Ribosomal RNA gene restriction site

Ribosomal RNA gene restriction site polymorphisms were determined for 114 isolates of three cosmopolitanly distributed species of Colpoda, a common soil ciliate genus. Isolates were obtained from soil samples and identifications confirmed using silver staining techniques. Based on restriction site analysis of a 1095 bp region of the large subunit (LSU) rRNA gene, thirty-one distinct riboprints were observed; 11 unique to Colpoda steinii, 8 unique to Colpoda inflata, 10 unique to Colpoda cucullus, and two riboprints shared by several isolates of C. inflata and C. cucullus. The average intraspecific genetic distance estimated from riboprint data was greatest among C. steinii isolates (0.0790, n = 37), intermediate among C. cucullus isolates (0.0519, n = 37), and the least among C. inflata isolates (0.0383, n = 40). Phylogenetic analysis of riboprint data using distance methods revealed no geographic pattern in the distribution of riboprints in any of the species examined. Furthermore, many of the riboprints were globally distributed, suggesting no equatorial barrier to species dispersal in the species examined. Several riboprints, however, appeared to be restricted on the basis of temperature, suggesting the possibility of fitness differences among riboprints with respect to environmental variables. Shared riboprints between two species of Colpoda indicates the limitations of riboprints in species discrimination within in this group, possibly due to the retention of ancestral polymorphisms or the inadequate resolution of the region of LSU rRNA gene that we examined. Additional molecular markers will be needed in order to resolve this issue.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Ribosomal RNA ยีนจำกัดเว็บไซต์ polymorphisms ถูกหา 114 แยกสาม cosmopolitanly กระจายพันธุ์ Colpoda สกุล ciliate ดินทั่วไป แยกที่ได้จากตัวอย่างดินและรหัสยืนยันโดยใช้เทคนิคสีผมสีเงิน จากการวิเคราะห์ไซต์ข้อจำกัดของพื้นที่ย่อยใหญ่ยีนใน rRNA (LSU) bp 1095 ข้อสังเกตแตกต่าง riboprints เอกลักษณ์ของ Colpoda steinii 11 เอกลักษณ์ของ Colpoda inflata 8, 10 เฉพาะ Colpoda cucullus และ riboprints สองที่ใช้ร่วมกัน โดยแยกหลาย C. inflata และ C. cucullus เฉลี่ยสำนวนพันธุระยะทางโดยประมาณจากข้อมูล riboprint ถูกสุดในแยก C. steinii (0.0790, n = 37), กลางระหว่างแยก C. cucullus (0.0519, n = 37), และน้อยที่สุดในแยก C. inflata (0.0383, n = 40) วิเคราะห์ข้อมูล riboprint ที่ใช้วิธีการทาง phylogenetic เผยไม่มีรูปแบบทางภูมิศาสตร์ในการกระจายของ riboprints ในการขยายพันธุ์การตรวจสอบ นอกจากนี้ ของ riboprints ถูกทั่วโลกแจกจ่าย แนะนำไม่มีอุปสรรคเส้นศูนย์สูตรเพื่อแพร่กระจายพันธุ์ในสายพันธุ์ที่ตรวจสอบ อย่างไรก็ตาม หลาย riboprints ปรากฏจะ ถูกจำกัดตามอุณหภูมิ การแนะนำการออกกำลังกายแตกต่างระหว่าง riboprints กับตัวแปรด้านสิ่งแวดล้อมที่อาจเกิดขึ้น Riboprints ที่ใช้ร่วมกันระหว่างสองสายพันธุ์ของ Colpoda บ่งชี้ว่า ข้อจำกัดของ riboprints ในการแบ่งแยกสายพันธุ์ภายในกลุ่มนี้ อาจเนื่องจากการเก็บข้อมูลของบรรพบุรุษ polymorphisms หรือความละเอียดไม่เพียงพอของภูมิภาคของยีน LSU rRNA ที่เราตรวจสอบ เครื่องหมายโมเลกุลที่เพิ่มเติมจะต้องใช้เพื่อแก้ไขปัญหานี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ไรโบโซม RNA ข้อ จำกัด ยีนหลากหลายเว็บไซต์ได้รับการพิจารณา 114 ไอโซเลทสามกระจาย cosmopolitanly ชนิด Colpoda เป็น ciliate ประเภทดินทั่วไป ที่แยกได้จากตัวอย่างดินและได้รับการยืนยันการวินิจฉัยโดยใช้เทคนิคการย้อมสีเงิน จากการวิเคราะห์เว็บไซต์ข้อ จำกัด ของพื้นที่ BP 1095 ของ subunit ขนาดใหญ่ (LSU) ยีน rRNA, สามสิบเอ็ด riboprints ถูกตั้งข้อสังเกตที่แตกต่างกัน; 11 ที่ไม่ซ้ำกับ Colpoda steinii, 8 ไม่ซ้ำกันเพื่อ Colpoda inflata 10 ที่ไม่ซ้ำกับ Colpoda cucullus และสอง riboprints ร่วมกันโดยหลายสายพันธุ์ซี inflata และ C cucullus ระยะทางพันธุกรรมเฉลี่ยสำนวนประมาณจากข้อมูล riboprint เป็นที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในหมู่ซี steinii ไอโซเลท (0.0790, N = 37) กลางหมู่ซีไอโซเลท cucullus (0.0519, N = 37) และน้อยที่สุดในหมู่ซี inflata ไอโซเลท (0.0383, N = 40) phylogenetic วิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้วิธีการ riboprint ระยะทางเปิดเผยไม่มีรูปแบบทางภูมิศาสตร์ในการกระจายของ riboprints ในใด ๆ ของสายพันธุ์ตรวจสอบ นอกจากนี้หลาย riboprints ถูกเผยแพร่ไปทั่วโลกบอกไม่มีอุปสรรคเส้นศูนย์สูตรสายพันธุ์กระจายในสายพันธุ์ตรวจสอบ หลาย riboprints แต่ดูเหมือนจะถูก จำกัด อยู่บนพื้นฐานของอุณหภูมิบอกความเป็นไปได้ของความแตกต่างในหมู่ออกกำลังกาย riboprints ที่เกี่ยวกับตัวแปรด้านสิ่งแวดล้อม riboprints ร่วมกันระหว่างสองสายพันธุ์ของ Colpoda ชี้ให้เห็นข้อ จำกัด ของการเลือกปฏิบัติใน riboprints ชนิดภายในในกลุ่มนี้อาจจะเป็นเพราะการเก็บรักษาความหลากหลายของบรรพบุรุษหรือความละเอียดไม่เพียงพอของภูมิภาค LSU rRNA ยีนที่เราตรวจสอบที่ โมเลกุลเพิ่มเติมจะมีความจำเป็นในการที่จะแก้ไขปัญหานี้

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความหลากหลายของยีนไรโบโซมอลอาร์เอ็นเอจำกัดเว็บไซต์ได้รับการพิจารณาสำหรับ 114 ไอโซเลทกระจาย cosmopolitanly สามชนิดของ colpoda , ดินทั่วไปกลุ่มสกุล ที่แยกได้จากตัวอย่างดินและการแสดงตัวของการยืนยันโดยใช้เงินจากเทคนิค ขึ้นอยู่กับการวิเคราะห์เว็บไซต์ข้อ จำกัด ของ 1095 BP ภูมิภาคของใบใหญ่ ( LSU ) rRNA ยีน จากที่แตกต่างกัน riboprints พบ ; 11 เฉพาะ colpoda steinii 8 เฉพาะ colpoda inflata 10 เฉพาะ colpoda cucullus และสอง riboprints ร่วมกันโดยหลายสายพันธุ์ของ C และ C inflata cucullus . เฉลี่ยระยะทางโดยประมาณจากข้อมูล riboprint เซ็นต์ทางพันธุกรรมมากที่สุดระหว่าง C . steinii ไอโซเลต ( 0.0790 , N = 37 ) , กลางระหว่าง C . cucullus ไอโซเลต ( 0.0519 , N = 10 ) และอย่างน้อยของ C . inflata ไอโซเลต ( 0.0383 , n = 40 ) การวิเคราะห์ชนิดของข้อมูล riboprint ใช้ทางไกล พบว่า รูปแบบในการกระจายทางภูมิศาสตร์ของ riboprints ในใด ๆของสายพันธุ์ทดสอบ นอกจากนี้ หลายของ riboprints อยู่ทั่วโลกกระจาย บอกไม่เรียลเกราะชนิดกระจายพันธุ์ไปทดสอบ หลาย riboprints อย่างไรก็ตาม ดูเหมือนจะถูก จำกัด บนพื้นฐานของอุณหภูมิ แนะนำความเป็นไปได้ของความฟิตของ riboprints เกี่ยวกับตัวแปรด้านสิ่งแวดล้อม riboprints ร่วมกันระหว่างสองชนิดของ colpoda ระบุข้อ จำกัด ของการเลือกปฏิบัติภายใน riboprints ชนิดในกลุ่มนี้ อาจเนื่องจากการคงอยู่ของความหลากหลายของบรรพบุรุษ หรือความไม่เพียงพอของขอบเขตของ LSU rRNA ยีนที่เราตรวจสอบ เครื่องหมายโมเลกุลที่เพิ่มเติมจะถูกใช้เพื่อแก้ไขปัญหานี้