Denaturing gradient gel electrophor

Denaturing gradient gel electrophoresis and temperature
gradient gel electrophoresis
Denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) involves
electrophoresis of PCR-amplified 16S/18S rDNA fragments
(Muyzer et al. 1993), which get separated based on the
decreased electrophoretic mobility of a partially melted
double-stranded (ds) DNA molecule in gel containing a
linear gradient of urea and formamide (Muyzer et al. 1993;
Muyzer and Smalla 1998). A modification of this method is
temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), which
utilizes linear temperature as gradient. The V3 region of
small subunit rRNA gene has been preferentially employed
due to enough length and species-specific heterogeneity.
DGGE/TGGE can theoretically distinguish between the
fragments differs by just single or few base pairs.
Sequencing of individual bands provides information about
the presence and relative abundance of microbial genera/
species in both qualitative and semiquantitative ways.
Muyzer et al. (1993) were the first to report the application
of DGGE on soil microbial ecosystems. Since then, a number
of investigators have applied this method for microbial
community profiling of different ecosystems including rumen
(Kocherginskaya et al. 2001; Mackie et al. 2003; Mao
et al. 2007). Its other applications in rumen diversity studies
are described in Tables 2, 3, and 4. However, sometimes,
these techniques lack reproducibility due to mishandling of
outsized gels, primer dimers formation, and/or variable gel
staining.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Denaturing electrophoresis เจลไล่ระดับและอุณหภูมิelectrophoresis เจลไล่ระดับเกี่ยวข้องกับ denaturing electrophoresis เจลไล่ระดับสี (DGGE)electrophoresis ขยาย PCR 16S/18S rDNA ชิ้นส่วน(Muyzer et al. 1993), ซึ่งได้รับการแยกตามลดลงด้วยการเคลื่อนไหวของการหลอมเป็นบางส่วนสองขน (ds) ดีเอ็นเอโมเลกุลในเจประกอบด้วยการการไล่ระดับสีแบบเส้นตรงของยูเรียและ formamide (Muyzer et al. 1993Muyzer และ Smalla ปี 1998) การปรับเปลี่ยนวิธีการนี้คืออุณหภูมิ electrophoresis เจล (TGGE), ซึ่งใช้อุณหภูมิเชิงเส้นเป็นการไล่ระดับสี ภูมิภาค V3 ของลูกจ้างการยีน rRNA ย่อยเล็ก ๆ ขึ้นก่อนความยาวเพียงพอและ species-specific heterogeneityDGGE/TGGE ตามหลักวิชาสามารถแยกระหว่างการการกระจายตัวแตกต่างกัน โดยคู่ฐานเดียว หรือเพียงไม่กี่จัดลำดับของแต่ละวงให้ข้อมูลเกี่ยวกับสถานะและความสัมพันธ์ของจุลินทรีย์สกุล /สปีชีส์ในวิธี semiquantitative และเชิงคุณภาพMuyzer et al. (1993) ได้ก่อนการรายงานการใช้ของ DGGE บนระบบนิเวศจุลินทรีย์ดิน ตั้งแต่นั้น ตัวเลขของนักสืบได้ใช้วิธีนี้สำหรับจุลินทรีย์ชุมชนสร้างโพรไฟล์ของระบบนิเวศต่าง ๆ รวมถึงต่อ(Kocherginskaya et al. 2001 รับเชิญ et al. 2003 เหมาร้อยเอ็ด al. 2007) ของโปรแกรมประยุกต์อื่นในการศึกษาต่อความหลากหลายไว้ในตารางที่ 2, 3 และ 4 อย่างไรก็ตาม บาง ครั้งเทคนิคเหล่านี้ขาด reproducibility เนื่องจากการเก็บของเจอบอุ่น ก่อ dimers รองพื้น และ/หรือเจลตัวแปรย้อมสี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

วิธีเจลี่ไล่ระดับและอุณหภูมิลาดเจล

ี่ลาด gel electrophoresis ( การทดลอง ) เกี่ยวข้องกับ
electrophoresis ของ PCR พบชิ้นส่วน 16S rDNA ของ /
( muyzer et al . 1993 ) ซึ่งแยกตามรูปแบบของการเคลื่อนไหวลดลง

คู่บางส่วนละลายติด ( DS ) โมเลกุลดีเอ็นเอในเจลที่มี
ลาดเชิงเส้นและยูเรียฟอร์มาไมด์ ( muyzer et al . 1993 ;
muyzer และ smalla 1998 ) การปรับเปลี่ยนของวิธีนี้คือ
อุณหภูมิลาด gel electrophoresis ( tgge ) ซึ่ง
ใช้เชิงเส้นอุณหภูมิลาด . ในเขตของหน่วยขนาดเล็ก V3

preferentially rRNA ยีนได้ใช้เนื่องจากความยาวเพียงพอและความหลากหลายเผ่าพันธุ์ - เฉพาะ .
/ tgge การทดลองทฤษฎีการแบ่งแยกระหว่าง
ชิ้นส่วนต่าง ๆโดยจะเดี่ยวหรือคู่เบสน้อย การจัดลำดับของแต่ละวง

ให้ข้อมูลเกี่ยวกับสถานะและความชุกชุมสัมพัทธ์ของจุลินทรีย์สกุล /
ชนิดทั้งเชิงคุณภาพและวิธีบริโภค .
muyzer et al . ( 1993 ) เป็นคนแรกที่รายงานการประยุกต์ใช้
ของการทดลองต่อระบบนิเวศจุลินทรีย์ดิน จากนั้น ตัวเลข
ของนักวิจัยได้วิธีการนี้จุลินทรีย์
ประยุกต์ชุมชนโปรไฟล์ของระบบนิเวศที่แตกต่างกันรวมทั้งกระบวนการ
( kocherginskaya et al . 2001 Mackie et al . 2003 ; เหมา
et al . 2007 ) การใช้งานอื่น ๆ ในกระบวนการของการศึกษา
อธิบายไว้ในตารางที่ 2 , 3 และ 4 อย่างไรก็ตาม บางครั้ง
เทคนิคเหล่านี้ขาดยาเนื่องจาก mishandling ของ
ขนาดใหญ่เจลรองพื้นสายการพัฒนา และ / หรือตัวแปรเจล
staining