DGGE of PCRamplified16S rDNA fragme

DGGE of PCRamplified
16S rDNA fragments was
first used to profile community complexity of a microbial
mat and bacterial biofilms (Muyzer et al., 1993).
For this purpose bacterial genomicDNA was extracted
from natural samples, and segments of the 16S rRNA
genes were amplified in the polymerase chain reaction
(PCR; Saiki et al., 1988). This resulted in a mixture
of PCR products obtained from the different bacteria
present in the sample. The individual PCR products
were subsequently separated by DGGE. The resultwas
a pattern of bands, for which the number of bands corresponded
to the number of predominant members in
the microbial communities. To obtain more detailed
information about some of the community members,
DGGE profiles were blotted onto nylon membranes
and hybridised with a radioactivelylabelled
oligonucleotide
probe specific for sulfatereducing
bacteria
(Amann et al., 1992). In a subsequent study, Muyzer
and de Waal (1994) were able to identify community
members by sequencing of DNA eluted from excised
DGGE bands. Figure 1 gives a flow chart of the different
steps in this strategy.
Muyzer et al. (1995) used DGGE analysis of PCRamplified
rDNA fragments to provide information on
the genetic diversity of microbial communities found
around hydrothermal vents. Denaturing gradient gel
electrophoresis ofDNAfragments obtained after enzymatic
amplification of the 16S rDNA using genomic
DNA extracted from 2 different hydrothermal vent
samples and bacterial primers, showed only 1 band for

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

DGGE ของ PCRamplified
16S เศษ rDNA
ถูกใช้เป็นครั้งแรกในโปรไฟล์ชุมชนซับซ้อนของจุลินทรีย์เสื่อและแผ่นชีวะแบคทีเรีย
(Muyzer et al., 1993).
ในการนี้แบคทีเรีย genomicDNA
ถูกสกัดจากตัวอย่างธรรมชาติและส่วนของ16S rRNA
ยีนถูกขยายใน ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลิเมอร์
(PCR. Saiki, et al, 1988) ส่งผลให้มีส่วนผสมของผลิตภัณฑ์ PCR ที่ได้จากแบคทีเรียที่แตกต่างกันอยู่ในตัวอย่าง แต่ละผลิตภัณฑ์ PCR ถูกแยกออกภายหลังจาก DGGE resultwas รูปแบบของวงซึ่งจำนวนของวงดนตรีที่ตรงกับจำนวนของสมาชิกที่โดดเด่นในชุมชนของจุลินทรีย์ ที่จะได้รับรายละเอียดเพิ่มเติมข้อมูลเกี่ยวกับบางส่วนของสมาชิกในชุมชนโปรไฟล์DGGE ถูกเปื้อนบนเยื่อไนลอนและhybridised กับ radioactivelylabelled oligonucleotide สอบสวนที่เฉพาะเจาะจงสำหรับ sulfatereducing แบคทีเรีย(Amann et al., 1992) ในการศึกษาต่อมา Muyzer และ Waal (1994) มีความสามารถในการระบุชุมชนสมาชิกลำดับดีเอ็นเอชะจากพอร์วงดนตรีที่DGGE รูปที่ 1 จะช่วยให้การไหลเวียนของแผนภูมิที่แตกต่างกันตามขั้นตอนในกลยุทธ์นี้. Muyzer et al, (1995) ที่ใช้ในการวิเคราะห์ DGGE ของ PCRamplified เศษ rDNA ที่จะให้ข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรมของชุมชนจุลินทรีย์พบรอบhydrothermal ระบาย denaturing เจลลาดofDNAfragments อิได้รับหลังจากเอนไซม์ขยายของ16S rDNA ใช้จีโนมดีเอ็นเอที่สกัดได้จาก2 ช่องระบายอากาศร้อนที่แตกต่างกันตัวอย่างและแบคทีเรียไพรเมอร์แสดงให้เห็นเพียง1 วง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การทดลองของ pcramplified

แรกใช้ชิ้นส่วน 16S rDNA มีความซับซ้อนของชุมชนโปรไฟล์ของเสื่อจุลินทรีย์
แบคทีเรียไบโอฟิล์ม ( muyzer et al . , 1993 ) .
สำหรับวัตถุประสงค์นี้แบคทีเรีย genomicdna สกัด
จากตัวอย่างธรรมชาติ และส่วนของ 16S rRNA ยีน
ขยายในการใช้ปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรส ( พีซีอาร์
; ไซคิ et al . , 1988 ) นี้ส่งผลในการผสม
ผลิตภัณฑ์ที่ได้จากเชื้อแบคทีเรียที่แตกต่างกัน
ปัจจุบันในตัวอย่าง การตรวจแต่ละผลิตภัณฑ์
จัดการแยกออกจากกันโดยการทดลอง . การ resultwas
รูปแบบของวง ซึ่งจำนวนวงของ
จำนวนสมาชิกเด่นใน
ชุมชนจุลินทรีย์ ที่จะได้รับข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับรายละเอียด

บางส่วนของสมาชิกชุมชนการทดลองมีเปื้อนลงบนผ้าไนล่อนหุ้ม
โปรไฟล์และ radioactivelylabelled

hybridised ด้วย ซึ่งสอบสวนเฉพาะแบคทีเรีย sulfatereducing

( แอเมิน et al . , 1992 ) ในการศึกษาที่ตามมา muyzer
และ เดอ วาล ( 1994 ) สามารถระบุสมาชิกในชุมชน โดยการหาลำดับเบสของดีเอ็นเอตัวอย่าง

จากการทดลองตัดวง รูปที่ 1 ให้แผนภูมิการไหลของขั้นตอนที่แตกต่างกันในกลยุทธ์นี้
.
muyzer et al .( 1995 ) ที่ใช้ในการทดลองการวิเคราะห์ pcramplified
เศษด้วยเพื่อให้ข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายทางพันธุกรรมของประชากรจุลินทรีย์

รอบพบ hydrothermal vents . ี่ลาดเจลอิเลค ofdnafragments หลังจากได้รับเอนไซม์ (

ของ 16S rDNA ใช้จีโนมดีเอ็นเอที่สกัดได้จากตัวอย่างที่แตกต่างกัน 2

และระบายด้วยไพรเมอร์ พบเพียง 1 วง สำหรับแบคทีเรีย