Aspergillus flavus is a common sapr

Aspergillus flavus is a common saprophyte and opportunistic pathogen producing aflatoxin (AF) and many
other secondary metabolites. 5-Azacytidine (5-AC), a derivative of the nucleoside cytidine, is widely used
for studies in epigenetics and cancer biology as an inactivator of DNA methyltransferase and is also used
for studying secondary metabolism in fungi. Our previous studies showed that 5-AC affects development
and inhibits AF production in A. flavus, and that A. flavus lacks DNA methylation. In this study, an RNASeq
approach was applied to explore the mechanism of 5-AC’s effect on A. flavus.We identified 240 significantly
differentially expressed (Q-value < 0.05) genes after 5-AC treatment, including two backbone genes
respectively in secondary metabolite clusters #27 and #35. These two clusters are involved in development
or survival of sclerotia. GO functional enrichment analysis showed that these significantly differentially
expressed genes were mainly involved in catalytic activity and proteolytic functions. The expressed transcripts
of most genes in the AF biosynthetic gene cluster in A. flavus showed no significant changes after
treatment with 5-AC and were expressed at low levels, and the transcription regulator genes aflR and aflS
in this cluster did not show differential expression relative to the sample without 5-AC treatment.Wefound
that the veA gene, which encodes protein bridges VelB and LaeA, decreased profoundly the expressed transcripts,
and brlA, which encodes an early regulator of development, increased its transcripts in A. flavus after
5-AC treatment. Our data support a model whereby 5-AC affects development through increasing the
expression of brlA by depressing the expression of veA and AF production through suppressing veA expression
and dysregulating carboxypeptidase activity, which then prevents the aflatoxisomes (vesicles) from
performing their normal function in AF formation. Furthermore, the suppressed veA expression weakens
or even interrupts the connection between VelB and LaeA, leading to dysregulation of the expression pattern
of genes involved in development and secondary metabolism in A. flavus. The RNA-seq data presented
in this work were also served to improve the annotation of the A. flavus genome. This work provides a comprehensive
view of the transcriptome of A. flavus responsive to 5-AC and supports the conclusion that fungal
development and secondary metabolism are co-regulated.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Aspergillus flavus เป็น saprophyte ทั่วไปและผลิต aflatoxin (AF) และหลายการศึกษายกmetabolites ที่รองอื่น ๆ 5-Azacytidine (5 ห้อง), อนุพันธ์ของ nucleoside cytidine ใช้กันอย่างแพร่หลายการศึกษาชีววิทยา epigenetics และโรคมะเร็งเป็นการ inactivator methyltransferase ดีเอ็นเอ และยังใช้สำหรับการศึกษาเมแทบอลิซึมรองในเชื้อรา ของเราการศึกษาก่อนหน้านี้แสดงให้เห็นว่าพัฒนา 5 AC ผลกระทบที่และยับยั้งการผลิต AF ใน A. flavus และปรับที่ A. flavus ขาด ในการศึกษานี้ RNASeq การวิธีใช้สำรวจกลไกของผล 5 AC A. flavusเราระบุ 240 มากแสดง differentially (Q ค่า < 0.05) หลังการรักษา 5-AC รวมทั้งสองแกนหลักยีนยีนในคลัสเตอร์ metabolite รอง #27 และ #35 ตามลำดับ เกี่ยวข้องในการพัฒนาคลัสเตอร์เหล่านี้สองหรืออยู่รอดของ sclerotia ขอทำงานไปวิเคราะห์พบว่าเหล่านี้มาก differentiallyยีนแสดงได้ส่วนใหญ่เกี่ยวข้องในกิจกรรมตัวเร่งปฏิกิริยาและ proteolytic ฟังก์ชัน ใบแสดงผลการแสดงของยีนส่วนใหญ่ในคลัสเตอร์ยีน biosynthetic AF ใน A. flavus พบว่าไม่มีการเปลี่ยนแปลงสำคัญหลังจากรักษา ด้วย 5 AC และได้แสดงใน ระดับต่ำ และ transcription ควบคุมยีน aflR และ aflSในคลัสเตอร์นี้ไม่ได้แสดงนิพจน์แตกต่างเมื่อเทียบกับตัวอย่างโดยไม่มีการรักษา 5-ACWefoundว่า ยีน veA ซึ่งจแมปสะพานโปรตีน VelB และ LaeA ลดลงซึ้งใบแสดงผลการแสดงและใบแสดงผลการใน A. flavus หลังจากเพิ่มขึ้น brlA ซึ่งจแมปควบคุมเป็นช่วงของการพัฒนาการรักษา 5-AC ข้อมูลสนับสนุนแบบโดย 5 AC ผลกระทบในด้านต่าง ๆ เพิ่มขึ้นของ brlA โดย depressing นิพจน์ veA และ AF ผลิตผ่านเมื่อนิพจน์ veAและ dysregulating carboxypeptidase กิจกรรม แล้ว ป้องกันไม่ให้ aflatoxisomes (อสุจิ)ดำเนินการทำงานปกติใน AF ก่อ นอกจากนี้ นิพจน์ veA หยุดอ่อนหรือแม้แต่ขัดจังหวะการเชื่อมต่อระหว่าง VelB และ LaeA นำไปสู่การ dysregulation ของรูปแบบนิพจน์ของยีนที่เกี่ยวข้องในการพัฒนาและเผาผลาญรองใน A. flavus แสดงข้อมูลลำดับอาร์เอ็นเอในงานนี้ได้ให้บริการการปรับปรุงคำอธิบายของกลุ่ม A. flavus งานนี้ให้ครอบคลุมมุมมองของ transcriptome ของ A. flavus ที่ตอบสนองต่อ 5 AC และสนับสนุนข้อสรุปที่เชื้อราพัฒนาและเผาผลาญรองจะควบคุมร่วม

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เชื้อรา Aspergillus flavus เป็น saprophyte ร่วมกันและการติดเชื้อฉวยโอกาสผลิตอะฟลาท็อกซิน (AF) และอีกหลาย
สารทุติยภูมิอื่น ๆ 5- Azacytidine (5-AC), อนุพันธ์ของ cytidine nucleoside ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลาย
สำหรับการศึกษาใน Epigenetics และชีววิทยามะเร็งเป็น inactivator ของใบพัดดีเอ็นเอและยังถูกนำมาใช้
สำหรับการศึกษาการเผาผลาญอาหารรองในเชื้อรา การศึกษาก่อนหน้าของเราแสดงให้เห็นว่า 5-AC มีผลกระทบต่อการพัฒนา
และการยับยั้งการผลิต AF ใน flavus A. และ A. flavus ที่ขาดดีเอ็นเอ methylation ในการศึกษานี้ RNASeq
วิธีการที่ใช้ในการสำรวจกลไกของผลกระทบ 5-AC บน A. flavus.We ระบุ 240 อย่างมีนัยสำคัญ
แสดงออกแตกต่างกัน (Q-value <0.05) ยีนหลังการรักษา 5-AC รวมทั้งสองยีนกระดูกสันหลัง
ตามลำดับรอง กลุ่ม metabolite # 27 และ # 35 ทั้งสองกลุ่มมีส่วนร่วมในการพัฒนา
หรือการอยู่รอดของ sclerotia GO การวิเคราะห์คุณค่าการทำงานแสดงให้เห็นว่าสิ่งเหล่านี้อย่างมีนัยสำคัญที่แตกต่างกัน
ของยีนที่แสดงออกมีส่วนร่วมเป็นหลักในการเร่งปฏิกิริยาและฟังก์ชั่นโปรตีเอส แสดงหลักฐาน
ของยีนมากที่สุดในกลุ่มยีนสังเคราะห์ AF ใน flavus A. แสดงให้เห็นว่าไม่มีการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญหลังจาก
การรักษาด้วย 5-AC และมีการแสดงออกในระดับต่ำและยีนที่ควบคุมการถอดความ aflR และ AFLs
ในกลุ่มนี้ไม่ได้แสดงให้เห็นความแตกต่างเมื่อเทียบกับการแสดงออก ตัวอย่างโดย 5-AC treatment.Wefound
ว่ายีน VEA ซึ่ง encodes สะพานโปรตีน VelB และ LaeA ลดลงอย่างสุดซึ้งเทปแสดง,
และ brlA ซึ่ง encodes ควบคุมแรกของการพัฒนาเพิ่มขึ้นจิตบำบัดใน flavus A. หลังจากที่
5- การรักษา AC ข้อมูลของเราได้รับการสนับสนุนโดยรูปแบบ 5-AC มีผลกระทบต่อการพัฒนาที่เพิ่มขึ้นผ่าน
การแสดงออกของ brlA โดยกดการแสดงออกของการผลิตและชมไฮ AF ผ่านการยับยั้งการแสดงออก VEA
และกิจกรรม dysregulating carboxypeptidase ซึ่งจะป้องกันไม่ให้ aflatoxisomes (ถุง) จาก
การปฏิบัติหน้าที่ตามปกติของพวกเขาใน AF การสร้าง นอกจากนี้การปราบปรามการแสดงออก VEA อ่อนตัว
หรือแม้กระทั่งการขัดจังหวะการเชื่อมต่อระหว่าง VelB LaeA และนำไปสู่การ dysregulation ของรูปแบบการแสดงออก
ของยีนที่เกี่ยวข้องในการพัฒนาและการเผาผลาญรองใน flavus A. ข้อมูล RNA-seq ที่นำเสนอ
ในงานนี้ยังถูกนำมาเสิร์ฟในการปรับปรุงการบันทึกย่อของจีโนม A. flavus งานนี้ให้ครอบคลุม
มุมมองของยีนของ A. flavus ตอบสนองต่อ 5-AC และสนับสนุนข้อสรุปว่าเชื้อรา
การพัฒนาและการเผาผลาญที่สองจะร่วมควบคุม

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เชื้อรา Aspergillus flavus เป็นสปอโรไฟต์ทั่วไปและฉวยโอกาสเชื้อโรคผลิตทอกซิน ( AF ) และหลาย อื่น ๆสารทุติยภูมิ
. เลือก ( 5-ac ) , อนุพันธ์ของนิวคลิโอไซด์ไม่รู้จักหยุด ใช้กันอย่างแพร่หลาย
การศึกษาในดยุคแห่งกลอสเตอร์และชีววิทยามะเร็งเป็น inactivator ของ methyltransferase ดีเอ็นเอและยังใช้สำหรับเรียนมัธยม
ของเชื้อราการศึกษาก่อนหน้านี้พบว่า 5-ac มีผลต่อการพัฒนา
และยับยั้งการผลิต AF ใน A . flavus , A . flavus และขาด methylation ดีเอ็นเอ ในการศึกษานี้ rnaseq
แบบประยุกต์เพื่อศึกษากลไกของ 5-ac ของพิเศษใน A . flavus เราระบุ 240 อย่างมีนัยสำคัญ
แสดงออกแตกต่างกัน ( ระตู < 0.05 ) หลังจาก 5-ac ยีนบำบัดยีน
กระดูกสันหลังรวมทั้งสองตามลำดับ ในกลุ่มการสร้างสารทุติยภูมิ# 27 และ# 35 ทั้งสองกลุ่ม มีส่วนร่วมในการพัฒนา
หรือการอยู่รอดของเส้นใย . ไปวิเคราะห์การทำงาน พบว่าแตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติที่ระดับการเสริมเหล่านี้
แสดงออกยีนเกี่ยวข้องส่วนใหญ่ในฤทธิ์และการทำงานระ . แสดงออกของยีนยีน
ที่สุดใน AF กลุ่มยีนร่วม .ไม่พบการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญจากเชื้อรา รักษาได้ด้วย
5-ac และแสดงออกในระดับต่ำ และควบคุม aflr ถอดความยีน และ afls
ในกลุ่มนี้ไม่ได้แสดงแสดงออกที่แตกต่างกันเมื่อเทียบกับตัวอย่างโดยไม่ 5-ac รักษา พบ
ที่แว่ยีนที่เข้ารหัสโปรตีนและสะพาน velb laea ลดลงซึ่งแสดง transcripts
brla และ ,ที่เข้ารหัสเป็นเครื่องแรกของการพัฒนา เพิ่มขึ้นของยีนใน A flavus
5-ac หลังการรักษา ข้อมูลสนับสนุนรูปแบบโดย 5-ac มีผลต่อการพัฒนาผ่านการเพิ่มการแสดงออกของ brla หดหู่
โดยการแสดงออกของแว่และการผลิต AF ผ่านแว่การแสดงออก
ปราบปรามและกิจกรรม dysregulating คาร์บอกซีเปปติเดส ซึ่งป้องกัน aflatoxisomes
( เล็ก ) จากการปฏิบัติหน้าที่ปกติของพวกเขาใน AF ก่อตัว นอกจากนี้ ยับยั้งการแสดงออกแว่อ่อนตัว
หรือขัดจังหวะการเชื่อมต่อระหว่าง velb laea และนำไปสู่ dysregulation ของรูปแบบการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนา
ระดับการเผาผลาญใน A flavus . ยีน seq ข้อมูลที่นำเสนอในงานนี้ยังเสิร์ฟ
เพื่อปรับปรุงการจัดการของจีโนมเชื้อรา A . .งานนี้มีมุมมองที่ครอบคลุม
ของทราน ริปโตมของ A . flavus และการ 5-ac สนับสนุนข้อสรุปว่าการพัฒนาเชื้อรา
ระดับการเผาผลาญจะร่วมควบคุม