The Protein Data Bank (PDB) was est

The Protein Data Bank (PDB) was established at Brookhaven National Laboratories (BNL) (1) in 1971 as an archive for biological macromolecular crystal structures. In the beginning the archive held seven structures, and with each year a handful more were deposited. In the 1980s the number of deposited structures began to increase dramatically. This was due to the improved technology for all aspects of the crystallographic process, the addition of structures determined by nuclear magnetic resonance (NMR) methods, and changes in the community views about data sharing. By the early 1990s the majority of journals required a PDB accession code and at least one funding agency (National Institute of General Medical Sciences) adopted the guidelines published by the International Union of Crystallography (IUCr) requiring data deposition for all structures.

The mode of access to PDB data has changed over the years as a result of improved technology, notably the availability of the WWW replacing distribution solely via magnetic media. Further, the need to analyze diverse data sets required the development of modern data management systems.

Initial use of the PDB had been limited to a small group of experts involved in structural research. Today depositors to the PDB have varying expertise in the techniques of X-ray crystal structure determination, NMR, cryoelectron microscopy and theoretical modeling. Users are a very diverse group of researchers in biology, chemistry and computer scientists, educators, and students at all levels. The tremendous influx of data soon to be fueled by the structural genomics initiative, and the increased recognition of the value of the data toward understanding biological function, demand new ways to collect, organize and distribute the data.

In October 1998, the management of the PDB became the responsibility of the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB). In general terms, the vision of the RCSB is to create a resource based on the most modern technology that facilitates the use and analysis of structural data and thus creates an enabling resource for biological research. Specifically in this paper, we describe the current procedures for data deposition, data processing and data distribution of PDB data by the RCSB. In addition, we address the issues of data uniformity. We conclude with some current developments of the PDB.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การโปรตีนข้อมูลธนาคาร (PDB) ถูกตั้งขึ้นที่ Brookhaven ชาติปฏิบัติ (BNL) (1) ในปี 1971 เป็นเก็บถาวรสำหรับโครงสร้างผลึก macromolecular ชีวภาพ ในการเริ่มต้นเก็บถาวรจัดโครงสร้าง 7 และแต่ละปีได้หยิบ เพิ่มเติมก็ฝาก ในทศวรรษ 1980 จำนวนโครงสร้างนำฝากเริ่มเพิ่มขึ้นอย่างมาก ซึ่งเกิดจากเทคโนโลยีดีขึ้นทุก ๆ การ crystallographic นอกจากนี้โครงสร้างที่กำหนด โดยวิธีการสั่นพ้องแม่เหล็กนิวเคลียร์ (NMR) และการเปลี่ยนแปลงในมุมมองของชุมชนเกี่ยวกับการใช้ข้อมูลร่วมกัน โดยช่วงปี 1990 ส่วนใหญ่ของสมุดรายวันจำเป็นสำนักงานเงินทุนน้อย (ชาติสถาบันของทั่วไปวิทยาศาสตร์การแพทย์) และรหัสทะเบียน PDB นำแนวทางการเผยแพร่ โดยนานาชาติร่วมของผลิกศาสตร์ (IUCr) ต้องสะสมข้อมูลสำหรับโครงสร้างทั้งหมดมีการเปลี่ยนแปลงโหมดการเข้าถึงข้อมูล PDB ปีจากการปรับปรุงเทคโนโลยี ยวดพร้อมกระจายแทน WWW เท่านั้นผ่านสื่อแม่เหล็ก เพิ่มเติม ต้องวิเคราะห์ชุดข้อมูลมีความหลากหลายต้องการการพัฒนาระบบการจัดการข้อมูลที่ทันสมัยเริ่มต้นใช้ PDB ที่เคยจำกัดผู้เชี่ยวชาญที่เกี่ยวข้องในการวิจัยโครงสร้างขนาดเล็ก วันนี้ depositors เพื่อ PDB มีความเชี่ยวชาญแตกต่างกันในเทคนิคของการกำหนดโครงสร้างของผลึกเอ็กซ์เรย์ NMR, cryoelectron microscopy และแบบจำลองทฤษฎี ผู้ใช้คือ กลุ่มหลากหลายของนักวิจัย ในชีววิทยา เคมีและคอมพิวเตอร์นักวิทยาศาสตร์ นักการศึกษา นักศึกษาทุกระดับชั้น อีกมหาศาลข้อมูลเร็ว ๆ นี้จะสามารถเป็นเชื้อเพลิง โดยการริเริ่มโครงสร้าง genomics และการเพิ่มขึ้นของค่าของข้อมูลต่อการทำความเข้าใจฟังก์ชันชีวภาพ ต้องวิธีใหม่ในการรวบรวม จัดระเบียบ และกระจายข้อมูลในเดือน 2541 ตุลาคม จัดการ PDB กลายเป็น ความรับผิดชอบของงานวิจัย Collaboratory สำหรับโครงสร้าง Bioinformatics (RCSB) ในข้อตกลง วิสัยทัศน์ของการ RCSB คือการ สร้างทรัพยากรตามเทคโนโลยีทันสมัยที่อำนวยความสะดวกในการใช้และการวิเคราะห์โครงสร้างข้อมูล และสร้างทรัพยากรการเปิดใช้งานสำหรับการวิจัยทางชีวภาพดังนั้น โดยเฉพาะในเอกสารนี้ เราอธิบายขั้นตอนปัจจุบันสำหรับการสะสมข้อมูล ประมวลผลข้อมูล และการกระจายข้อมูลของข้อมูล PDB โดย RCSB นอกจากนั้น เราสามารถแก้ไขปัญหาของใจข้อมูล เราสรุป ด้วยบาง PDB พัฒนาปัจจุบัน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรตีนข้อมูลธนาคาร (PDB) ได้ก่อตั้งขึ้นที่ Brookhaven ห้องปฏิบัติการแห่งชาติ (BNL) (1) ในปี 1971 เป็นที่เก็บสำหรับทางชีวภาพโครงสร้างผลึกโมเลกุล ในการเริ่มต้นเก็บเจ็ดจัดโครงสร้างและในแต่ละปีไม่กี่คนมีเงินมากขึ้น ในช่วงปี 1980 จำนวนของโครงสร้างฝากเริ่มที่จะเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว เนื่องจากเทคโนโลยีที่ดีขึ้นสำหรับทุกด้านของกระบวนการ crystallographic นอกเหนือจากโครงสร้างที่กำหนดโดยแม่เหล็กนิวเคลียร์ (NMR) วิธีการและการเปลี่ยนแปลงในมุมมองของชุมชนเกี่ยวกับการใช้ข้อมูลร่วมกัน โดยช่วงปี 1990 ส่วนใหญ่ของวารสารต้องมีรหัสเข้า PDB และอย่างน้อยหนึ่งหน่วยงานระดมทุน (National Institute of วิทยาศาสตร์การแพทย์ทั่วไป) นำมาใช้แนวทางที่เผยแพร่โดยสหภาพนานาชาติของผลึก (IUCr) ต้องมีการสะสมข้อมูลสำหรับโครงสร้างทั้งหมด. โหมดของ การเข้าถึงข้อมูล PDB มีการเปลี่ยนแปลงในช่วงหลายปีเป็นผลมาจากเทคโนโลยีที่ดีขึ้นโดยเฉพาะความพร้อมของการจัดจำหน่าย แต่เพียงผู้เดียวรายละเอียดการเปลี่ยนผ่านทางสื่อแม่เหล็ก นอกจากนี้จำเป็นที่จะต้องวิเคราะห์ชุดข้อมูลที่หลากหลายต้องพัฒนาระบบการจัดการข้อมูลที่ทันสมัย. การใช้งานครั้งแรกของ PDB ได้รับการ จำกัด ให้กลุ่มเล็ก ๆ ของผู้เชี่ยวชาญด้านการมีส่วนร่วมในการวิจัยโครงสร้าง ผู้ฝากเงินในวันนี้เพื่อ PDB ที่แตกต่างกันมีความเชี่ยวชาญในการเทคนิคของการกำหนดโครงสร้างผลึก X-ray NMR กล้องจุลทรรศน์ cryoelectron และการสร้างแบบจำลองทางทฤษฎี ผู้ใช้เป็นกลุ่มที่มีความหลากหลายมากของนักวิจัยในชีววิทยาเคมีและนักวิทยาศาสตร์คอมพิวเตอร์, การศึกษา, และนักเรียนในทุกระดับ ไหลบ่าเข้ามาอย่างมากของข้อมูลเร็ว ๆ นี้จะผลักดันจากความคิดริเริ่มของฟังก์ชั่นที่มีโครงสร้างและการรับรู้ที่เพิ่มขึ้นของค่าของข้อมูลที่มีต่อความเข้าใจในการทำงานทางชีวภาพที่มีความต้องการวิธีการใหม่ ๆ ในการเก็บรวบรวมจัดระเบียบและแจกจ่ายข้อมูล. ในเดือนตุลาคมปี 1998 การบริหารจัดการของ PDB กลายเป็นความรับผิดชอบของ Collaboratory วิจัยสำหรับชีวสารสนเทศศาสตร์โครงสร้าง (RCSB) ในแง่ทั่วไปวิสัยทัศน์ของ RCSB คือการสร้างทรัพยากรที่อยู่บนพื้นฐานของเทคโนโลยีที่ทันสมัยที่สุดที่อำนวยความสะดวกในการใช้งานและการวิเคราะห์ข้อมูลที่มีโครงสร้างและทำให้สร้างทรัพยากรการเปิดใช้งานสำหรับการวิจัยทางชีววิทยา โดยเฉพาะในบทความนี้เราจะอธิบายขั้นตอนปัจจุบันการสะสมข้อมูลการประมวลผลข้อมูลและการกระจายของข้อมูล PDB โดย RCSB นอกจากนี้เราแก้ไขปัญหาของความสม่ำเสมอของข้อมูล เราสรุปได้กับบางส่วนของการพัฒนาในปัจจุบัน PDB

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ธนาคารข้อมูลโปรตีน ( PDB ) ก่อตั้งขึ้นที่ห้องปฏิบัติการแห่งชาติบรูกเฮเวน ( bnl ) ( 1 ) ในปี 1971 เป็นการถาวร สำหรับโครงสร้างของผลึกแมคโครโมเลกุลทางชีวภาพ ในการเริ่มต้นเก็บจัด 7 โครงสร้างและแต่ละปีที่หยิบขึ้นฝาก ในช่วงปี 1980 จำนวนฝากโครงสร้างเริ่มเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็วเนื่องจากเทคโนโลยีดีขึ้นทุกด้านของกระบวนการทางโดยโครงสร้างที่กำหนดโดยแม่เหล็กนิวเคลียร์ ( NMR ) วิธีการและการเปลี่ยนแปลงในชุมชนความคิดเห็นเกี่ยวกับข้อมูลที่แบ่งปันโดยในช่วงต้นทศวรรษ 1990 ส่วนใหญ่ของวารสารต้องเลื่อการรหัสและอย่างน้อยหนึ่งแหล่งทุนจากสถาบันแห่งชาติของวิทยาศาสตร์การแพทย์ทั่วไป ) ประกาศใช้แนวทางเผยแพร่โดยสหภาพนานาชาติของผลึกศาสตร์ ( iucr ) ที่ต้องการสะสมข้อมูลโครงสร้างทั้งหมด

โหมดของการเข้าถึงข้อมูล PDB ที่มีการเปลี่ยนแปลงมากกว่าปีที่ผ่านมาเป็นผล ของการปรับปรุงเทคโนโลยีโดยเฉพาะความพร้อมของ WWW แทนจำหน่ายแต่เพียงผู้เดียวผ่านสื่อแม่เหล็ก เพิ่มเติม ต้องวิเคราะห์ข้อมูลที่หลากหลายชุด ต้องการพัฒนาระบบการจัดการข้อมูลที่ทันสมัย

เริ่มต้นการใช้งานของเส้นใยได้ จำกัด กลุ่มเล็ก ๆของผู้เชี่ยวชาญที่เกี่ยวข้องในโครงการวิจัยวันนี้ฝากไป PDB ที่มีแตกต่างกันความเชี่ยวชาญในเทคนิคเอกซเรย์คริสตัล การหาโครงสร้าง NMR , กล้องจุลทรรศน์ , cryoelectron และแบบจำลองทางทฤษฎี ผู้ใช้กลุ่มที่หลากหลายมากของนักวิจัยด้านชีววิทยา เคมี คอมพิวเตอร์ และ นักวิทยาศาสตร์ นักการศึกษา และนักเรียนทุกระดับ การไหลเข้าของข้อมูลมหาศาล ๆเป็นเชื้อเพลิงโดยในโครงสร้างโครงการและเพิ่มการรับรู้ของค่าของข้อมูลที่มีต่อความเข้าใจฟังก์ชันทางชีวภาพ , ความต้องการวิธีการใหม่เพื่อรวบรวมจัดระเบียบและเผยแพร่ข้อมูล .

ในตุลาคม 1998 , การจัดการของ PDB กลายเป็นความรับผิดชอบของ collaboratory งานวิจัยชีวสารสนเทศศาสตร์โครงสร้าง ( rcsb ) ในแง่ทั่วไปวิสัยทัศน์ของ rcsb คือการสร้างทรัพยากรบนพื้นฐานของเทคโนโลยีที่ทันสมัยที่สุดในการใช้และการวิเคราะห์ข้อมูลโครงสร้าง และดังนั้นจึง สร้างให้ทรัพยากรสำหรับการวิจัยทางชีวภาพ โดยเฉพาะในบทความนี้เราจะอธิบายขั้นตอนปัจจุบันสำหรับการสะสมข้อมูล การประมวลผลข้อมูล และการกระจายของข้อมูลข้อมูล PDB โดย rcsb . นอกจากนี้เราแก้ไขปัญหาของความสอดคล้องของข้อมูล เราได้มีการพัฒนาในปัจจุบันของ PDB .