All predicted SNPs have been includ

All predicted SNPs have been included in a public wheat genome GBrowse database hosted at the wheatgenome.info web site . This resource represents a substantial expansion over other recent wheat SNP discovery projects and provides a much greater density of SNPs than recently described methods for wheat. Allen et al. recently identified 14,078 putative SNPs in 6,255 distinct reference sequences with Illumina GAIIx data from wheat lines Avalon, Cadenza, Rialto, Savannah and Recital.The validation rate from a subset of 1,659 was 67%. In a separate project, Lai et al. identified a total of 38,928 candidate SNPs from bread wheat Roche 454 transcriptome data with an accuracy of 78% and presented these in an online database . A pipeline package called AGSNP has also been applied to identify SNPs between two accessions of one of the diploid progenitors of bread wheat, Aegilops tauschii. Roche 454 sequencing of A. tauschii accession AL8/78 was combined with Applied Biosystems SOLiD sequencing of genomic DNA and cDNA from A. tauschii accession AS75 using
AGSNP to identify a total of 497,118 candidate A. tauschii SNPs . Currently, genome wide identification of hexaploid bread wheat SNPs using our pipeline is limited by the lack of publically available chromosome sequences. However, the identification of 881,289 SNPs across the group 7 chromosomes suggests that genome wide discovery would identify a total of more than 6 million SNPs. The SNPs identified using SGSautoSNP can be used for genotyping by sequencing by low coverage

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

SNPs คาดการณ์ทั้งหมดได้ถูกรวมในข้าวสาลีสาธารณะกลุ่ม GBrowse ฐานข้อมูลเว็บไซต์ wheatgenome.info ทรัพยากรนี้ถึงขยายพบกว่าโครงการอื่นค้นพบ SNP ข้าวสาลีที่ล่าสุด และให้เป็นมากมากกว่าความหนาแน่นของ SNPs กว่าข้าวสาลีเพิ่งอธิบายวิธี อัลเลน et al. ล่าสุดระบุ SNPs putative 14,078 ในลำดับการอ้างอิงแตกต่าง 6,255 Illumina GAIIx ข้อมูลจากข้าวสาลีบรรทัดอวาลอน Cadenza เรียลโท สวันนาห์ และ 67% ถูก Recital.The ตรวจสอบราคาจากชุดย่อยของ 1,659 ในโครงการแยก ลาย et al. ระบุจำนวนผู้สมัคร 38,928 SNPs จากข้าวสาลีขนมปัง Roche 454 transcriptome ข้อมูล มีความถูกต้องของ 78% และแสดงเหล่านี้ในฐานข้อมูลออนไลน์ ยังมีการใช้แพคเกจขั้นตอนที่เรียกว่า AGSNP เพื่อระบุ SNPs ระหว่าง accessions สองหนึ่ง progenitors diploid ขนมปังข้าวสาลี Aegilops tauschii ลำดับ 454 โร A. tauschii ภาคยานุวัติ AL8/78 ถูกรวมกับแข็ง Biosystems ใช้ลำดับของ genomic DNA cDNA ใช้ทะเบียน AS75 tauschii อ.AGSNP เพื่อระบุจำนวนผู้สมัคร 497,118 A. tauschii SNPs รหัสกว้างจีโนมของ hexaploid ขนมปังข้าวสาลี SNPs ที่ใช้ไปป์ไลน์ของเราขณะนี้ ถูกจำกัด โดยขาดลำดับโครโมโซมว่างป่าว อย่างไรก็ตาม รหัสของ SNPs 881,289 ระหว่าง chromosomes กลุ่ม 7 แนะนำที่ค้นพบทั่วจีโนมจะระบุจำนวนมากกว่า 6 ล้าน SNPs SNPs ที่ระบุโดยใช้ SGSautoSNP ใช้สำหรับ genotyping โดยลำดับ โดยความครอบคลุมต่ำ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

SNPs ที่คาดการณ์ไว้ทั้งหมดได้รับการรวมอยู่ในจีโนมข้าวสาลีฐานข้อมูลสาธารณะ GBrowse เจ้าภาพที่เว็บไซต์ wheatgenome.info ทรัพยากรนี้แสดงให้เห็นถึงการขยายตัวที่สำคัญกว่าข้าวสาลีที่ผ่านมาโครงการอื่น ๆ ค้นพบ SNP และให้ความหนาแน่นมากขึ้นของ SNPs กว่าวิธีการที่อธิบายไว้เมื่อเร็ว ๆ นี้ข้าวสาลี อัลเลนและคณะ เมื่อเร็ว ๆ นี้ระบุ 14,078 SNPs สมมุติใน 6,255 ลำดับการอ้างอิงที่แตกต่างกับข้อมูล Illumina GAIIx จากสายข้าวสาลีรีสอร์ต Cadenza, Rialto วานนาห์และ Recital.The อัตราการตรวจสอบจากการย่อยของ 1659 เป็น 67% ในโครงการที่แยกแครายและคณะ ระบุทั้งหมด 38,928 SNPs ผู้สมัครจากข้าวสาลีขนมปังโรช 454 ข้อมูลยีนกับความถูกต้องของ 78% และนำเสนอเหล่านี้ในฐานข้อมูลออนไลน์ แพคเกจที่เรียกว่าท่อ AGSNP ยังได้ถูกนำมาใช้เพื่อระบุ SNPs ระหว่างสองสายหนึ่งของบรรพบุรุษซ้ำของข้าวสาลีขนมปัง Aegilops tauschii โรช 454 ลำดับของ A. ภาคยานุวัติ tauschii AL8 / 78 ได้ร่วมกับลำดับ Applied Biosystems มั่นคงของดีเอ็นเอและยีนจากการเข้า A. tauschii AS75 ใช้
AGSNP การระบุรวมของผู้สมัคร 497,118 A. SNPs tauschii ปัจจุบันจีโนมการระบุกว้างของ SNPs ข้าวสาลีขนมปัง hexaploid ใช้ท่อของเราจะถูก จำกัด โดยขาดการมี publically ลำดับโครโมโซม แต่บัตรประจำตัวของ 881,289 SNPs ข้ามกลุ่ม 7 โครโมโซมแสดงให้เห็นว่าการค้นพบกว้างจีโนมจะระบุรวมกว่า 6 ล้าน SNPs SNPs ระบุการใช้ SGSautoSNP สามารถใช้สำหรับการ genotyping โดยลำดับโดยความคุ้มครองต่ำ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ทั้งหมดที่ทำนาย snps ได้รับการรวมอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะ ( ข้าวสาลี gbrowse เจ้าภาพที่เว็บไซต์ wheatgenome.info . ทรัพยากรนี้แสดงถึงการขยายตัวอย่างมากกว่าโครงการอื่น และมีการค้นพบ SNP ข้าวสาลีล่าสุดมากขึ้นความหนาแน่นของ snps กว่าเมื่อเร็ว ๆนี้อธิบายวิธีการสำหรับข้าวสาลี Allen et al . เมื่อเร็วๆ นี้ ระบุ 14078 ซึ่ง snps ใน 6แตกต่างกับ gaiix Illumina ลำดับ 255 อ้างอิงข้อมูลจากข้าวสาลีสายอวาลอน ยว Rialto , สะวันนา , และ การแสดง การตรวจสอบคะแนนจากบางส่วนของที่ได้ 67 % ในโครงการแยกลาย et al . ระบุจำนวน 38928 ผู้สมัคร snps จากข้าวสาลีขนมปัง โรช 454 ทราน ริปโตมข้อมูลที่มีความถูกต้อง 78 % และนำเสนอเหล่านี้ในฐานข้อมูลออนไลน์ท่อแพคเกจที่เรียกว่า agsnp ยังถูกใช้เพื่อระบุ snps ระหว่างสองสายพันธุ์หนึ่งของตั้งต้นซ้ำของข้าวสาลี , ขนมปัง aegilops tauschii . โรช 454 ลำดับ . tauschii ภาคยานุวัติ al8 / 78 ถูกรวมกับ Applied Biosystems ของแข็งการหาลำดับเบสของดีเอ็นเอ และการใช้ยีนจาก tauschii as75
agsnp ระบุทั้งหมดของ 497118 ผู้สมัคร . tauschii snps .ขณะนี้ hexaploid จีโนมกว้างการใช้ขนมปังโฮลวีท snps ท่อของเรามีจำกัด โดยขาด publically ของโครโมโซมลำดับดีเอ็นเอ อย่างไรก็ตาม การ 881289 snps ข้ามกลุ่ม 7 โครโมโซมพบว่าจีโนมกว้างการค้นพบจะระบุรวมกว่า 6 ล้าน snps .การ snps ระบุใช้ sgsautosnp สามารถใช้สำหรับการส่งเสริม โดยลำดับ โดยความคุ้มครองน้อย