จังหวัดปัตตานีได้รับการคัดเลือกเข้าร่วมการการแข่งขันฟุตบอลโปรลีกที่จัดขึ้นมาเป็นครั้งแรก เมื่อพ.ศ. 2542 แต่สิ้นสุดการแข่งขัน จังหวัดปัตตานี จบด้วยอันดันสุดท้าย จังหวัดปัตตานีก็ได้ขอถอนตัวออกจากฟุตบอลโปรลีกในปีต่อมา ด้วยเหตุผลไม่มีงบประมาณ(ซึ่งจังหวัดที่ได้รับการพิจารณามาแทนคือทีมจังหวัดชลบุรีซึ่งต่อมาพัฒนาขึ้นมา จนเป็นมหาอำนาจลูกหนังเมืองไทย) นับตั้งแต่ พ.ศ 2542 ช่วงเวลาที่ผ่านมา10ปีเต็มๆสำหรับทีม ที่ได้ชื่อว่ามหาอำนาจทีมหนึ่งของภาคใต้ อย่างจังหวัดปัตตานี ทีมที่เคยคว้าแชมป์ฟุตบอลโล่ห์พระราชทานชิงแชมป์ภาคใต้มาแล้วถึง 3ครั้ง จำนวนผู้ชมก็มีมากไม่แพ้สตูลและสงขลาได้หายไป ชาวปัตตานีต้องแอบเชียร์ทีมต่างๆที่เป็นจังหวัดเพื่อนบ้านอย่างสงขลา สตูล และนราธิวาส โลดแล่นอยู่ในวงการฟุตบอลลีกของของเมืองไทย อย่างเงียบๆ