The BEAST phylogenetic analysis ass

The BEAST phylogenetic analysis assumes two constant SGA rates, one on-NSAIDs and one off-NSAIDs. To relax this assumption, we added a maximum parsimony analysis (PAUP) of the biopsy SGA data that allows for differences in SGA load on estimated lineages. In 10/13 individuals we observed the maximum SGA load occurring on an off-NSAID lineage (Figure 3). In individual j, we observed a single lineage arise during the period off NSAIDs that carried a massive SGA load, and spawned descendant lineages also with heavy SGA loads (individual j in Figure 3 and Figure 4H,I). This suggests that NSAIDs may prevent the occurrence of massive numbers of SGA on single lineages (branches of the phylogeny) or limit the clonal expansion of such lineages.

This intensive longitudinal study with 5–8 time points per individual, with 10–20 biopsies per individual, over 6.4–19 years of follow-up, revealed a number of additional surprises. There was long-term evolutionary stasis in most individuals (Figure 2), only one large clonal expansion (in individual h; Figures S8, S9), and the sudden appearance of a massively altered clone in individual j (though a precursor of that clone was detected in biopsy 2, nine years earlier; Figure 4).

The term evolutionary stasis has been used in evolutionary biology to describe a lack of phenotypic change in a species over a given timeframe [32]. Models of this stasis are based on an evolving population diffusing across a fitness plateau due to evolutionarily neutral mutations, until they find an adaptive genotype [33]–[35]. This definition of stasis predated the advent of technologies that allowed characterization of genomic alterations, large and small, that can occur in a lineage that does not lead to measurable phenotypic changes. We are using the term stasis in this study to describe genomes that maintain in equilibrium a relatively constant level of genomic alterations over time and space, in contrast to those individuals in which large scale genomic alterations develop. Our results suggest that while clones may come and go, along with the SGAs they carry, the overall population of Barrett's cells maintains an equilibrium level of SGA events, that only grows slowly if at all (Figures 2, 6). The only exception was the one individual (j) who progressed to cancer, in whom we detected large-scale SGAs just before they started using NSAIDs. The observation of long-term evolutionary stasis is consistent with the observation that BE rarely progresses to EA [7], [8] and the hypothesis that BE can function as a benign and perhaps protective evolutionary adaptation of epithelial tissue to duodenal gastroesophageal reflux [36]. Our selection criteria, both for individuals that have used NSAIDs, and for at least 4 time points over at least 4.5 years of follow-up may have also led to selection bias for individuals with evolutionary stasis in their Barrett's epithelium.

Apparent evolutionary stasis at the level of analyses of biopsies may miss ongoing accumulation of SGAs within single crypts. If those clones never grow larger than a few crypts, they would not be detected by our assays. Further work will be necessary to determine if the stasis seen at the biopsy level is a result of the lack of accumulation of SGAs in crypts or the lack of clonal expansions of those SGAs to detectable sizes. In addition, SNP arrays do not reveal point mutations, small indels, and some structural rearrangements that would be revealed by genomic sequencing. Additional analyses will be required to test if there is significant accumulation of these other genomic alterations during progression.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์ทางสัตว์อนุมานสองคงอัตรา SGA หนึ่งใน NSAIDs และหนึ่งปิด NSAIDs ผ่อนสมมติฐานนี้ เราเพิ่มการวิเคราะห์สูงสุด parsimony (PAUP) ของเนื้อข้อมูล SGA ที่อนุญาตให้สำหรับความแตกต่างในการโหลด SGA บนเชื้อชาติประมาณ ใน 10/13 คน เราสังเกตโหลด SGA สูงสุดที่เกิดขึ้นบนมีลินเนจปิด NSAID (3 รูป) เราสังเกตเห็นมีคนเชื้อสายเดียวที่เกิดขึ้นระหว่างงวดปิด NSAIDs ที่ดำเนินการโหลด SGA ขนาดใหญ่ และเกิดเชื้อชาติเชื้อสายกับ SGA โหลดหนัก ในแต่ละ j (j แต่ละตัวในรูปที่ 3 และรูปที่ 4 H ฉัน) นี้แสดงให้เห็นว่า NSAIDs อาจป้องกันการเกิดขึ้นของตัวเลขขนาดใหญ่ของ SGA ในเชื้อชาติเดียว (สาขา phylogeny) หรือจำกัดการขยายตัว clonal ของเชื้อชาติดังกล่าวงานศึกษาตามยาวนี้เข้มข้น ด้วยคะแนน 5-8 รายบุคคล เวลากับประสาทการตรวจชิ้นเนื้อ 10-20 รายบุคคล ติดตาม กว่า 6.4 – 19 ปีเปิดเผยจำนวนน่าประหลาดใจเพิ่มเติม มีภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการระยะยาวประชาชนส่วนใหญ่ (รูป 2), ขยาย clonal เดียวขนาดใหญ่ (ในแต่ละชม. ตัวเลข S8, S9), และฉับพลันของโคลนอย่างหนาแน่นมีการเปลี่ยนแปลงในแต่ละเจ (แม้ว่าสารตั้งต้นของโคลนที่ตรวจพบในเนื้อ 2 เก้าปีก่อนหน้า รูป 4)ภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการระยะมีการใช้ในชีววิทยาวิวัฒนาการเพื่ออธิบายการขาดจากการเปลี่ยนแปลงฟีโนไทป์ชนิดกว่ากรอบเวลาที่กำหนด [32] รุ่นภาวะหยุดนิ่งนี้จะขึ้นอยู่กับประชากรพัฒนากระจายทั่วราบสูงออกกำลังกายเนื่องจากการกลายพันธุ์เป็นกลาง evolutionarily จนกว่าพวกเขาพบว่าจีโนไทป์แบบอะแดปทีฟ [33] – [35] คำนิยามของภาวะหยุดนิ่งนี้ predated การถือกำเนิดของเทคโนโลยีที่ได้รับอนุญาตสิงซื่อออก ขนาดใหญ่ และขนาด เล็ก ที่เกิดขึ้นในเชื้อสายที่ไม่ได้มีการนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงฟีโนไทป์สามารถวัด เรากำลังใช้ในภาวะหยุดนิ่งระยะในการศึกษานี้เพื่ออธิบาย genomes ที่รักษาในสมดุลระดับค่อนข้างคงที่การเปลี่ยนแปลงออกผ่านเวลาและพื้นที่ ตรงข้ามกับบุคคลผู้ซึ่งพัฒนาเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่ออก ผลของเราแนะนำว่า ขณะโคลนอาจมา และไป พร้อมกับ SGAs พวกเขาพก ประชากรโดยรวมของเซลล์ของบาร์เร็ตต์รักษาระดับสมดุลของกิจกรรม SGA ที่เพียง เติบโตช้าถ้าที่ทั้งหมด (เลข 2, 6) เท่าถูกบุคคลหนึ่ง (j) ที่ก้าวหน้าในมะเร็ง คนที่เราตรวจพบ SGAs ขนาดใหญ่ก่อนจะเริ่มใช้ Nsaid สังเกตภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการระยะยาวสอดคล้องกับการสังเกตที่ไม่ค่อยจะคืบไป EA [7], [8] และสมมติฐานที่จะสามารถใช้งานเป็นแบบอ่อนโยน และป้องกันอาจจะวิวัฒนาการการปรับตัวของเยื่อบุผิวเนื้อเยื่อจะชื่อ duodenal กรดไหลย้อน [36] เกณฑ์การเลือกของเรา ทั้ง สำหรับบุคคลที่ใช้ NSAIDs และน้อย 4 จุดเวลาน้อย 4.5 ปีติดตามผลอาจได้ยังนำไปเอียงสำหรับบุคคลที่มีภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการในบาร์เร็ตต์ของเยื่อบุผิวภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการชัดเจนในระดับของการวิเคราะห์ประสาทการตรวจชิ้นเนื้ออาจพลาดการสะสมอย่างต่อเนื่องของ SGAs ภายในสัจจะเดียว ถ้าโคลนที่ไม่เคยเติบโตมากกว่ากี่สัจจะ พวกเขาจะไม่ถูกตรวจพบ โดย assays ของเรา ทำงานเพิ่มเติมจะจำเป็นเพื่อตรวจสอบว่า ภาวะหยุดนิ่งเห็นระดับตรวจชิ้นเนื้อ เป็นผลมาจากการขาดการสะสมของ SGAs ในสัจจะหรือการขาดการขยาย clonal ของเหล่า SGAs ตรวจขนาด นอกจากนี้ อาร์เรย์ SNP ไม่เปิดเผยจุดกลายพันธุ์ เล็ก indels และต้อบางโครงสร้างที่จะถูกเปิดเผย โดยลำดับออก วิเคราะห์เพิ่มเติมจะต้องทดสอบว่ามีสะสมสำคัญของเปลี่ยนแปลงออกเหล่านี้ระหว่างความก้าวหน้า

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์สายวิวัฒนาการ BEAST ถือว่าสองอัตราคงที่เอสจีเอเป็นหนึ่งในยากลุ่ม NSAIDs และ One Off-NSAIDs เพื่อการผ่อนคลายสมมติฐานนี้เราได้เพิ่มการวิเคราะห์ความประหยัดสูงสุด (PAUP) ของข้อมูลการตรวจชิ้นเนื้อเอสจีเอที่ช่วยให้ความแตกต่างในการโหลดบน SGA lineages ประมาณ ใน 10/13 บุคคลที่เราสังเกตได้ถึงการโหลด SGA สูงสุดที่เกิดขึ้นบนเชื้อสายปิด NSAID (รูปที่ 3) ในแต่ละ J เราสังเกตเชื้อสายเดียวที่เกิดขึ้นในช่วงเวลาปิด NSAIDs ที่ดำเนินการโหลด SGA ขนาดใหญ่และกลับกลาย lineages ลูกหลานยังมีโหลด SGA หนัก (บุคคล J ในรูปที่ 3 และรูปที่ 4H, I) นี้แสดงให้เห็นว่ายากลุ่ม NSAIDs อาจป้องกันไม่ให้เกิดขึ้นของตัวเลขขนาดใหญ่ของเอสจีเอใน lineages เดียว (สาขาของเชื้อชาติ) หรือ จำกัด การขยายพันธุ์ lineages เช่น. นี้การศึกษาระยะยาวเร่งรัดกับ 5-8 จุดเวลาต่อบุคคลที่มี 10-20 ขริบต่อ ของแต่ละบุคคลมากกว่า 6.4-19 ปีของการติดตามการเปิดเผยจำนวนที่น่าประหลาดใจเพิ่มเติม มีระยะยาวชะงักงันวิวัฒนาการในบุคคลมากที่สุด (รูปที่ 2) เพียงหนึ่งการขยายตัว clonal ขนาดใหญ่ (ในแต่ละเอช; ตัวเลข S8, S9) และลักษณะฉับพลันของโคลนที่มีการเปลี่ยนแปลงอย่างหนาแน่นใน J บุคคล (แม้ว่าสารตั้งต้นของโคลนที่ ถูกตรวจพบในการตรวจชิ้นเนื้อ 2 เก้าปีก่อน. รูปที่ 4) ชะงักงันวิวัฒนาการระยะได้ถูกนำมาใช้ในทางชีววิทยาวิวัฒนาการในการอธิบายถึงการขาดการเปลี่ยนแปลงฟีโนไทป์ในสปีชีส์ในช่วงระยะเวลาที่กำหนด [32] สินค้าทุกรุ่นของภาวะหยุดนิ่งนี้อยู่บนพื้นฐานของการพัฒนาประชากรกระจายทั่วที่ราบสูงออกกำลังกายเนื่องจากการกลายพันธุ์ที่เป็นกลางวิวัฒนาการจนกว่าพวกเขาจะได้พบกับจีโนไทป์ปรับตัว [33] - [35] ความหมายของการชะงักงันนี้ฟิกกำเนิดของเทคโนโลยีที่ได้รับอนุญาตลักษณะของการเปลี่ยนแปลงจีโนมขนาดใหญ่และขนาดเล็กที่สามารถเกิดขึ้นได้ในวงศ์ตระกูลที่ไม่นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงฟีโนไทป์ที่วัด เราจะใช้ที่ชะงักงันระยะในการศึกษานี้จะอธิบายจีโนมที่รักษาความสมดุลในระดับที่ค่อนข้างคงที่ของการเปลี่ยนแปลงจีโนมในช่วงเวลาและพื้นที่ในทางตรงกันข้ามกับบุคคลเหล่านั้นในการที่ขนาดใหญ่มีการปรับเปลี่ยนพัฒนาจีโนม ผลของเราแสดงให้เห็นว่าในขณะที่โคลนอาจมาและไปพร้อมกับ SGAs ที่พวกเขาดำเนินการของประชากรโดยรวมของเซลล์บาร์เร็ตต์ยังคงรักษาระดับความสมดุลของเหตุการณ์ SGA ว่ามีเพียงเติบโตช้าถ้าที่ทั้งหมด (รูปที่ 2, 6) ยกเว้นอย่างเดียวคือหนึ่งบุคคล (ญ) ที่ก้าวหน้าไปสู่โรคมะเร็งในผู้ที่เราตรวจพบขนาดใหญ่ SGAs เพียงก่อนที่พวกเขาเริ่มใช้ยากลุ่ม NSAIDs การสังเกตในระยะยาวชะงักงันวิวัฒนาการมีความสอดคล้องกับการสังเกตว่าไม่ค่อยดำเนินไป EA [7] [8] และสมมติฐานที่ว่าจะสามารถทำงานเป็นอ่อนโยนและอาจป้องกันการปรับตัววิวัฒนาการของเนื้อเยื่อเยื่อบุผิวที่จะไหลย้อน gastroesophageal ลำไส้เล็กส่วนต้น [36 ] เกณฑ์การคัดเลือกของเราทั้งสำหรับบุคคลที่มีการใช้ยากลุ่ม NSAIDs และเป็นเวลาอย่างน้อย 4 จุดในช่วงเวลาอย่างน้อย 4.5 ปีของการติดตามอาจจะนำไปสู่การมีอคติเลือกสำหรับบุคคลที่มีภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการในเยื่อบุผิวบาร์เร็ตต์ของพวกเขา. ชะงักงันวิวัฒนาการปรากฏที่ ระดับของการวิเคราะห์ขริบอาจจะพลาดการสะสมอย่างต่อเนื่องของ SGAs ภายในสัจจะเดียว ถ้าโคลนเหล่านั้นไม่เติบโตมีขนาดใหญ่กว่าไม่กี่สัจจะที่พวกเขาจะไม่ถูกตรวจพบโดยการวิเคราะห์ของเรา การทำงานต่อไปจะมีความจำเป็นเพื่อตรวจสอบว่าชะงักงันที่เห็นในระดับการตรวจชิ้นเนื้อเป็นผลจากการขาดการสะสมของ SGAs ในสัจจะหรือขาดการขยายพันธุ์ SGAs เหล่านั้นให้มีขนาดที่ตรวจพบ นอกจากนี้อาร์เรย์ SNP ไม่เปิดเผยการกลายพันธุ์จุด indels ขนาดเล็กและบาง rearrangements โครงสร้างที่จะได้รับการเปิดเผยโดยลำดับจีโนม การวิเคราะห์เพิ่มเติมจะต้องทดสอบว่ามีการสะสมอย่างมีนัยสำคัญของการเปลี่ยนแปลงจีโนมอื่น ๆ เหล่านี้ในระหว่างความก้าวหน้า

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สัตว์ ซึ่งการวิเคราะห์จะคงที่ในอัตราสอง SGA , NSAIDs และหนึ่งจากอร . ผ่อนคลายสมมติฐานนี้ เราได้เพิ่มการวิเคราะห์ความตระหนี่สูงสุด ( ยาจก ) ของการตรวจชิ้นเนื้อข้อมูลที่ให้ความแตกต่างใน SGA SGA โหลดเมื่อประมาณ . 10 / 13 บุคคลที่เราพบสูงสุดที่เกิดขึ้นในและนอก SGA โหลด มาวงศ์ ( รูปที่ 3 ) ในแต่ละเจ เราสังเกตสายเลือดเดียวเกิดขึ้นในระหว่างรอบระยะเวลาจาก NSAIDs ที่ดำเนินการโหลดขนาดใหญ่ SGA และกลับกลายเป็นลูกหลานเชื้อสายกับโหลด SGA หนัก ( บุคคลในรูปที่ 3 และรูปที่ 4 J , I ) . นี้แสดงให้เห็นว่าอรอาจป้องกันการเกิดของตัวเลขขนาดใหญ่ของ SGA ในเผ่าพันธุ์เดียว ( สาขาของระบบเชื้อชาติ ) หรือ จำกัด การขยายงานดังกล่าวเมื่อ .การศึกษาตามยาวเข้มข้น 5 – 8 เวลาจุด ตามแต่ละบุคคล กับ 10 – 20 biopsies ต่อบุคคลมากกว่า 6.4 – 19 ปีของการเปิดเผยตัวเลขที่น่าประหลาดใจเพิ่มเติม มีภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการระยะยาวในแต่ละบุคคลมากที่สุด ( รูปที่ 2 ) เพียงหนึ่งขนาดใหญ่รูปแบบขยาย ( ในแต่ละตัวเลข s8 S9 H ; , ) และลักษณะของการเปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลันในแต่ละโคลน J ( แม้ว่าสารตั้งต้นของโคลนถูกตรวจพบในเนื้อเยื่อ 2 เก้าปีก่อนหน้านี้ ; รูปที่ 4 )ระยะการจำศีลได้ถูกใช้ในชีววิทยาวิวัฒนาการเพื่ออธิบายการเปลี่ยนแปลงของเซลล์ในชนิดกว่าระบุระยะเวลา [ 32 ] รูปแบบของภาวะหยุดนิ่งนี้ ขึ้นอยู่กับการพัฒนาประชากรกระจายทั่วที่ราบสูงฟิตเนื่องจาก evolutionarily เป็นกลางการกลายพันธุ์จนกว่าพวกเขาจะพบการปรับเปลี่ยนพันธุกรรม [ 33 ] - [ 3 ] นิยามของภาวะหยุดนิ่งนี้มีอายุมากกว่าการมาถึงของเทคโนโลยีที่อนุญาตให้ การสร้าง การเปลี่ยนแปลงขนาดใหญ่และขนาดเล็กที่อาจเกิดขึ้นในการไม่นำไปสู่การวัดคุณสมบัติการเปลี่ยนแปลง เราใช้คำว่าการหยุดนิ่งในการศึกษานี้เพื่ออธิบายจีโนมที่รักษาสมดุลในระดับค่อนข้างคงที่ของการดัดแปลงจีโนมผ่านเวลาและพื้นที่ในทางตรงกันข้ามกับบุคคลเหล่านั้นที่ขนาดใหญ่ที่มีการเปลี่ยนแปลงพัฒนา จากผลการศึกษานี้ ในขณะที่โคลนอาจมาและไปพร้อมกับ sgas พวกเขาถือ ประชากรโดยรวมของ Barrett ของเซลล์รักษาสมดุลระดับของเหตุการณ์ SGA ที่เติบโตอย่างช้าๆ , ถ้าที่ทั้งหมด ( ตัวเลข 2 , 6 ) ยกเว้นอย่างเดียวคือหนึ่งในบุคคล ( J ) ที่ก้าวหน้ามะเร็ง ซึ่งเราพบ sgas ขนาดใหญ่เพียงก่อนที่พวกเขาเริ่มใช้สเตียรอยด์ . การสังเกตภาวะหยุดนิ่งวิวัฒนาการระยะยาวที่สอดคล้องกับการสังเกตว่าไม่ค่อยมีความคืบหน้า EA [ 7 ] , [ 8 ] และสมมติฐานที่สามารถทำหน้าที่เป็นเนื้องอกและอาจป้องกันวิวัฒนาการการปรับตัวของเยื่อบุผิวลำไส้ให้กรดไหลย้อน [ 36 ] เกณฑ์การเลือกของเรา ทั้งบุคคลที่มีการใช้ NSAIDs และคะแนนอย่างน้อย 4 ครั้ง อย่างน้อย 4.5 ปีของการติดตามผล อาจได้นำไปสู่ความแตกแยกครั้งใหญ่สำหรับบุคคลที่มีการจำศีลในเยื่อบุผิวของ Barrett ของปรากฏการจำศีลที่ระดับวิเคราะห์ biopsies อาจพลาดการสะสมอย่างต่อเนื่องของ sgas ภายใน crypts เดียว ถ้าโคลนเหล่านั้นไม่เคยโตใหญ่กว่าไม่กี่สุสาน พวกเขาจะไม่ถูกตรวจพบโดยวิธีของเรา งานต่อไปจะต้องตรวจสอบว่าคววามเห็นในระดับเนื้อเยื่อเป็นผลของการสะสมของ sgas ในสุสานหรือขาดรูปแบบการขยายตัวของ sgas ขนาดนั้นได้ นอกจากนี้ อาร์เรย์ SNP ไม่เปิดเผยจุดการกลายพันธุ์ indels ขนาดเล็กและบาง rearrangements โครงสร้างนั้นจะถูกเปิดเผยโดยลำดับจีโนม . การศึกษาเพิ่มเติมจะต้องทดสอบว่ามีการสะสมของเหล่านี้อื่น ๆที่มีการเปลี่ยนแปลงสำคัญในความก้าวหน้า