Protein 3-D structures and recent sequence analyses
within the class II LMPs indicate phylogenetic and functional clustering of the enzymes [26, 74–76]. The overall
3-D protein structures of fungal LIP and MNP, both
from P. chrysosporium, and the CIP/ARP from C. cinerea
came available during early 1990’s.
The crystal structures show an overall compact and
mostly helical fold for fungal class II peroxidases with
heme tightly embedded between two domains, both of
which contain one Ca2+ ion [77–81]. Two conserved His
and the distal side Arg residues are conserved for peroxidative
catalytic function [54, 55]. The class II peroxidases
are glycosylated and 37–50 kDa in size, with
acidic pI and ca 320–360 aa in length as mature proteins,
and the structures are strengthend by 4–5 conserved
cysteine bridges (Fig. 1A) [77–79, 81].
In regard to the functional features (Table 1), we
performed a more expanding phylogenetic analysis
with the complete ORF sequences of the basidiomycetous
class II peroxidases that were available at public
domains (EMBL/GenBank/DDBJ). The maximum parsimony
(MP) method resulted with an evolutionary tree
showing three main peroxidase clusters named as
group A, B and C (Fig. 2). In the analysis, one representative
of class I (Aspergillus nidulans mitochondrial CCP)
and class III (HRP, Armoracia rusticana perox C1A) peroxidases
was included as evolutionary outgroups.
โครงสร้าง 3 มิติของโปรตีนและวิเคราะห์ลำดับล่าสุดภายใน LMPs II ชั้นระบุ phylogenetic และทำคลัสเตอร์ของเอนไซม์ [26, 74 – 76] โดยรวมโครงสร้าง 3 มิติของโปรตีนของเชื้อรา LIP และการ MNP ทั้งสองจาก P. chrysosporium, CIP/ARP จาก C. cinereaมาช่วง 1990โครงสร้างผลึกแสดงโดยรวมมีขนาดกะทัดรัด และพับส่วนใหญ่ helical สำหรับ peroxidases II ชั้นเชื้อราด้วยheme ที่ฝังแน่นระหว่างโดเมนที่สอง ทั้งสองซึ่งประกอบด้วยหนึ่ง Ca2 + ข่าวลือไอออน [77-81] สองอยู่ของเขาและตกอาร์กิวเมนต์ของค่าด้านกระดูกมีอยู่สำหรับ peroxidativeฟังก์ชันตัวเร่งปฏิกิริยา [54, 55] Peroxidases สองชั้นมี glycosylated และ 37-50 kDa ขนาดพี่เปรี้ยวและ ca 320-360 aa ยาวเป็นโปรตีนผู้ใหญ่และโครงสร้าง strengthend โดย 4-5 อยู่cysteine สะพาน (Fig. 1A) [77-79, 81]เรื่องคุณลักษณะการทำงาน (ตารางที่ 1), เราดำเนินการขยาย phylogenetic วิเคราะห์มากขึ้นกับลำดับ ORF ที่สมบูรณ์ของการ basidiomycetousคลา peroxidases II ที่มีที่สาธารณะโดเมน (EMBL/GenBank/DDBJ) Parsimony สูงสุดวิธี (MP) ให้กับต้นไม้เป็นวิวัฒนาการแสดงหลัก peroxidase คลัสเตอร์ที่สามชื่อว่าเป็นกลุ่ม A, B และ C (Fig. 2) ในการวิเคราะห์ ตัวแทนหนึ่งระดับฉัน (Aspergillus nidulans mitochondrial CCP)และคลาส III (HRP, Armoracia rusticana perox C1A) peroxidasesรวมอยู่ใน outgroups เป็นวิวัฒนาการ
การแปล กรุณารอสักครู่..