Transposable elements usually are d

Transposable elements usually are divided into two classes. Class 1, the retroelements, including the long terminal repeat (LTR) retrotransposons, makes up the largest fraction of most plant genomes (reviewed by Kumar and Bennetzen, 1999). Retroelements are capable of attaining very high copy numbers in a relatively short period because the element-encoded mRNA, and not the element itself, forms the transposition intermediate. Class 2, the DNA elements, is characterized by short terminal inverted repeats (TIRs) and transposition via a DNA intermediate (reviewed by Kunze et al., 1997). Plant DNA elements (such as Ac/Ds, Spm/dSpm, and Mutator) generally excise from one site and reinsert elsewhere in the genome. Class 2 elements can be further divided into two groups. Autonomous elements, such as Ac and Spm from maize, encode the products (transposase) necessary for their transposition (Baker et al., 1986; Yoder, 1990; Kunze et al., 1997). Nonautonomous elements, such as Ds and dSpm, usually are internally deleted versions of autonomous elements. As a result, they require the presence of the autonomous elements Ac and Spm, respectively, for their transposition.

As a result of their conservative mechanism of transposition, the copy number of class 2 element families is usually

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

องค์ประกอบ transposable มักจะมีแบ่งออกเป็น 2 ประเภท คลาส 1, retroelements, retrotransposons ซ้ำนานเทอร์มินัล (LTR) รวมทั้งทำให้ค่าสัดส่วนที่ใหญ่ที่สุดของ genomes โรงงานส่วนใหญ่ (ทบทวน Kumar และ Bennetzen, 1999) Retroelements มีความสามารถในการบรรลุหมายเลขสำเนาสูงมากในระยะเวลาค่อนข้างสั้นเนื่องจาก mRNA เข้าองค์ประกอบ และองค์ประกอบเอง ไม่แบบ transposition กลาง คลาส 2 องค์ประกอบ ดีเอ็นเอมีลักษณะสั้นเทอร์มินัลกลับทำซ้ำ (TIRs) และ transposition ผ่านปานกลางเป็นดีเอ็นเอ (ทบทวนโดย Kunze et al., 1997) โดยทั่วไปองค์ประกอบของดีเอ็นเอพืช (เช่น Ac/Ds, Spm/dSpm และ Mutator) สรรพสามิตจากไซต์หนึ่งและแทรกอื่น ๆ ในกลุ่ม องค์ประกอบของคลาส 2 สามารถถูกแบ่งเป็นสองกลุ่มเพิ่มเติม องค์ประกอบอิสระ Ac และ Spm จากข้าวโพด เข้ารหัสผลิตภัณฑ์ (transposase) จำเป็นสำหรับการ transposition (เบเกอร์ et al., 1986 Yoder, 1990 Kunze et al., 1997) องค์ประกอบ nonautonomous, Ds และ dSpm มักจะมีองค์ประกอบอิสระถูกลบภายในรุ่น ผล พวกเขาต้องการสถานะขององค์ประกอบอิสระ Ac และ Spm ตามลำดับ transposition ของพวกเขากันจากกลไกของหัวเก่าของ transposition หมายเลขสำเนาขององค์ประกอบชั้น 2 มักจะเป็น < 100 ต่อจีโนม haploid ยกเว้นการ generalization นี้เป็นขนาดเล็กที่กลับซ้ำ transposable องค์ประกอบ (ไร), ประเภทพิเศษของ nonautonomous องค์ประกอบที่แสดงหมายเลขสำเนาสูงมาก (เป็นพัน) และสม่ำเสมอเมื่อเทียบเคียงก็มี (ปกติ < 500 bp) นอกจากนี้ ส่วนใหญ่ในพืชมี TIRs และแทรก เข้า TA dinucleotide หรือ trinucleotide 3 bp (สำนักและ Wessler, 1992, 1994a, 1994b เมาและ al., 2000 จางและ al., 2000) แม้ว่าระบุครั้งแรก ในพืชหลายชนิด รวมถึงข้าวโพด (สำนักและ Wessler, 1992, 1994a, 1994b), ข้าว (สำนักและ Wessler, 1994a, 1994b สำนักงานร้อยเอ็ด al., 1996), พริกเขียว (Romero Pozueta et al., 1996), และ Arabidopsis (Casacuberta et al., 1998 เลอ et al., 2000), ไรยังมีชุกชุมใน genomes สัตว์หลาย รวมทั้ง Caenorhabditis elegans (Oosumi et al., 1995a, 1995b Surzycki และ Belknap, 2000), ยุง (Tu, 1997, 2001 Feschotte และ Mouchès, 2000), ปลา (Izsvák et al., 1999), และบุคคล (มอร์แกน 1995 Smit และ Riggs, 1996)คุณลักษณะอื่นไรเป็นการกำหนดลักษณะสำหรับแทรกต่ำคัดลอกลำดับหมายเลขหรือภูมิภาค genic (Tikhonov et al., 1999 เมาและ al., 2000 จางและ al., 2000) นอกจากนี้ ไรยังพบ ในหลายกรณี การใส่กัน ตัวอย่าง องค์ประกอบ Stowaway แรกพบเป็นแทรกในองค์ประกอบท่องเที่ยวข้าวฟ่าง (สำนักและ Wessler, 1994b), ในขณะที่ในกรณีอื่น ผลิตของ dimer การท่องเที่ยวพบในสิ่งมีชีวิตเดียวกัน (Tikhonov et al., 1999) Multimers สารดังกล่าวยังมีรายงานในสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ข้าว (Tarchini et al., 2000) และยุง (Tu, 1997 Feschotte และ Mouchès, 2000) ดังนั้น มันถูกเสนอไรอาจเป็นเป้าหมายที่ต้องการไรอื่น ๆ (Feschotte และ Mouchès, 2000)เราได้รับการตั้งค่าไซต์เป้าหมายระบุก่อนหน้านี้ของไรและการตรวจพบสาร multimers บ่อย ข้องใจเกี่ยวกับสิ่งของสารแทรกเป็นไรอื่น ๆ การกำหนดได้ ด้วยการเปรียบเทียบระบบระหว่างแทรกความถี่ของไร เป็นไร และไรในลำดับอื่น ๆ ในบทความนี้ เรารายงานจำแนกรายละเอียดของข้าวโพดทัว multimers และการวิเคราะห์ที่ครอบคลุมของไร multimers ข้าว ชนิดที่รู้จักกันโดยเฉพาะอย่างยิ่งอุดมไป ด้วยไร (สำนักงานร้อยเอ็ด al., 1996 เมาและ al., 2000 Tarchini และ al., 2000) 30.2 Mb ข้าว genomic ลำดับความได้เปิดใช้เราอยู่ถามเกี่ยวกับ multimers ไรที่ไม่สามารถตอบได้ ด้วยลำดับข้าวโพดมี การวิเคราะห์ลำดับ genomic ข้าวไม่เพียงแต่ช่วยให้เราสามารถประเมินความชุกของไร multimers แต่ยัง อาจมีความเข้าใจถึงลำดับขมับขยายองค์ประกอบ transposable ต่าง ๆ ในกลุ่มข้าวใหม่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

องค์ประกอบ Transposable มักจะถูกแบ่งออกเป็นสองชั้น ประเภทที่ 1, retroelements รวมถึงการทำซ้ำขั้วยาว (LTR) retrotransposons ทำให้ขึ้นส่วนที่ใหญ่ที่สุดของจีโนมของพืชมากที่สุด (สอบทานโดยมาร์และ Bennetzen, 1999) Retroelements มีความสามารถในการบรรลุสำเนาสูงมากตัวเลขในระยะเวลาอันสั้นเนื่องจาก mRNA องค์ประกอบเข้ารหัสและไม่องค์ประกอบของตัวเองในรูปแบบการขนย้ายกลาง ประเภทที่ 2 องค์ประกอบดีเอ็นเอเป็นลักษณะขั้วสั้นซ้ำคว่ำ (Tirs) และการขนย้ายผ่านทางดีเอ็นเอกลาง (สอบทานโดย Kunze et al., 1997) องค์ประกอบดีเอ็นเอพืช (เช่น AC / Ds, Spm / dSpm และ Mutator) โดยทั่วไปภาษีสรรพสามิตจากเว็บไซต์หนึ่งและใส่ที่อื่น ๆ ในจีโนม ประเภทที่ 2 องค์ประกอบจะถูกแบ่งออกเป็นสองกลุ่ม องค์ประกอบอิสระเช่น AC และ Spm จากข้าวโพดเข้ารหัสผลิตภัณฑ์ (transposase) ที่จำเป็นสำหรับการขนย้ายของพวกเขา (เบเกอร์, et al, 1986;. Yoder 1990;. Kunze, et al, 1997) องค์ประกอบ Nonautonomous เช่น Ds และ dSpm มักจะถูกลบภายในรุ่นขององค์ประกอบอิสระ เป็นผลให้พวกเขาจำเป็นต้องมีองค์ประกอบอิสระ Ac และ Spm ตามลำดับสำหรับการขนย้ายของพวกเขา. ในฐานะที่เป็นผลมาจากกลไกการอนุรักษ์นิยมของพวกเขาในการขนย้ายจำนวนสำเนาของคลาส 2 ครอบครัวองค์ประกอบเป็นปกติ <100 ต่อจีโนมเดี่ยว หนึ่งข้อยกเว้นทั่วไปนี้ซ้ำคว่ำขนาดเล็กองค์ประกอบ transposable (ไร) หมวดหมู่พิเศษขององค์ประกอบ nonautonomous ที่แสดงจำนวนสำเนาที่สูงมาก (ในพันบาท) และมีความสม่ำเสมอในระยะสั้น (ปกติ <500 bp) นอกจากนี้ไรมากที่สุดในพืชมี Tirs และใส่ลงใน TA dinucleotide หรือเป็น trinucleotide 3 bp (สำนักและ Wessler 1992, 1994a, 1994b; เหมา et al, 2000;.. Zhang และคณะ, 2000) ถึงแม้ว่าครั้งแรกที่ระบุในพันธุ์พืชหลายประการรวมถึงข้าวโพด (สำนักและ Wessler 1992, 1994a, 1994b) ข้าว (สำนักและ Wessler, 1994a, 1994b;. สำนักและคณะ, 1996)., พริกเขียว (Pozueta-โรเมโรและคณะ, 1996) และ Arabidopsis (Casacuberta et al, 1998;.. Le, et al, 2000), ไรนอกจากนี้ยังมีความอุดมสมบูรณ์ในจีโนมของสัตว์หลายประการรวมถึง Caenorhabditis elegans (OOSUMI และคณะ, 1995a, 1995b;. Surzycki และแนป, 2000), ยุง (Tu, 1997, 2001; Feschotte และ Mouches, 2000) ปลาและมนุษย์ (มอร์แกน, 1995; Smit และริกส์, 1996) (Izsvák et al, 1999).. อีกคุณสมบัติสำคัญของไรเป็นความชอบของพวกเขาสำหรับการแทรกลง ลำดับหมายเลขสำเนาต่ำหรือภูมิภาค Genic (Tikhonov et al, 1999;. เหมา et al, 2000;.. Zhang และคณะ, 2000) นอกจากนี้ไรนอกจากนี้ยังพบในหลายกรณีที่จะแทรกเข้าไปในแต่ละอื่น ๆ ยกตัวอย่างเช่นองค์ประกอบแรก Stowaway ถูกพบเป็นแทรกในองค์ประกอบของการท่องเที่ยวข้าวฟ่าง (สำนักและ Wessler, 1994b) ในขณะที่ในกรณีอื่น dimer ท่องเที่ยวที่พบในสิ่งมีชีวิตเดียว (Tikhonov et al., 1999) MITE multimers ดังกล่าวยังได้รับรายงานในสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ รวมทั้งข้าวและยุง (Tu, 1997; Feschotte และ Mouches, 2000) (Tarchini et al, 2000.) ดังนั้นมันก็เสนอว่าไรอาจเป็นเป้าหมายพิเศษอื่น ๆ ไร (Feschotte และ Mouches, 2000). ได้รับการตั้งค่าเว็บไซต์เป้าหมายระบุก่อนหน้านี้ของไรและการตรวจสอบบ่อยของ multimers MITE เราสงสัยเกี่ยวกับความโน้มเอียงของ MITE แทรกเข้าไปในไรอื่น ๆ . ความมุ่งมั่นดังกล่าวเป็นไปได้เฉพาะกับระบบเปรียบเทียบระหว่างความถี่ของไรแทรกเข้าไปในตัวไรและของไรเป็นลำดับอื่น ๆ ในบทความนี้เรารายงานลักษณะรายละเอียดของการท่องเที่ยว multimers ข้าวโพดและการวิเคราะห์ที่ครอบคลุมของ MITE multimers ในข้าวสายพันธุ์ที่รู้จักกันเป็นที่อุดมไปด้วยโดยเฉพาะอย่างยิ่งในไร (สำนัก et al, 1996;. เหมา et al, 2000;. Tarchini และคณะ ., 2000) ความพร้อมของ 30.2 Mb ลำดับจีโนมข้าวได้ช่วยให้เราที่จะตอบคำถามเกี่ยวกับ multimers MITE ที่ไม่สามารถตอบกับลำดับข้าวโพดที่มีอยู่ การวิเคราะห์ลำดับจีโนมข้าวไม่เพียง แต่ช่วยให้เราสามารถประเมินความชุกของ multimers MITE แต่ยังอาจให้ข้อมูลเชิงลึกใหม่ในการสั่งซื้อชั่วคราวของการขยายขององค์ประกอบ transposable แตกต่างกันในจีโนมข้าว

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

องค์ประกอบตรวจมักจะแบ่งออกเป็นสองชนชั้น ชั้น 1 , retroelements รวมทั้งยาวปลายทวน ( LTR ) retrotransposons สร้างขึ้นส่วนที่ใหญ่ที่สุดของจีโนมพืชมากที่สุด ( และตรวจทานโดยคูมาร์ bennetzen , 1999 ) retroelements สามารถบรรลุจำนวนสำเนาสูงมากในระยะเวลาอันสั้น เพราะองค์ประกอบรหัส mRNA และไม่ใช่ธาตุตัวเองรูปแบบตำแหน่งกลาง 2 ชั้น ดีเอ็นเอ องค์ประกอบที่เป็นลักษณะสั้นปลายกลับซ้ำ ( tirs ) และการขนส่งผ่านทางดีเอ็นเอขั้นกลาง ( ตรวจสอบโดย คุนส์ et al . , 1997 ) องค์ประกอบของดีเอ็นเอของพืช ( เช่น AC / DS , SPM / dspm และ mutator ) โดยทั่วไปภาษีสรรพสามิตจากเว็บไซต์หนึ่ง และ reinsert ที่อื่นในจีโนม . องค์ประกอบของคลาส 2 สามารถแบ่งออกเป็นสองกลุ่มองค์ประกอบที่เป็นอิสระเช่น AC และ SPM จากข้าวโพด , เข้ารหัสผลิตภัณฑ์ ( transposase ) ที่จำเป็นสำหรับการเปลี่ยนตำแหน่งของพวกเขา ( Baker et al . , 1986 , 1990 ; ; โยเดอร์ คูนซ์ et al . , 1997 ) องค์ประกอบ nonautonomous เช่น DS และ dspm มักจะถูกลบภายในรุ่นขององค์ประกอบที่เป็นอิสระ ผล จะต้องมีองค์ประกอบของ AC และ SPM ตามลำดับสำหรับตำแหน่งของพวกเขา .

เป็นผลจากกลไกอนุลักษณ์ของการขนย้าย การคัดลอกจำนวนของครอบครัวองค์ประกอบชั้น 2 เป็นปกติ < 100 ต่อแฮพลอยด์จีโนม . ข้อยกเว้นหนึ่งนัยทั่วไปนี้เป็นขนาดเล็กแบบย้ำตรวจองค์ประกอบ ( ขี้ )ประเภทพิเศษของ nonautonomous องค์ประกอบที่แสดงจำนวนสูงมาก คัดลอก ( ในพัน ) และเป็นจุดที่สั้น ( ปกติ < 500 BP ) นอกจากนี้ ไรมากที่สุดในพืชมี tirs และแทรกเข้าไปทาไดนิวคลีโอไทด์ หรือเป็น 3-bp ทัศนคติ ( สำนักงาน และ wessler 2535 1994a 1994b ; เหมา , et al . , 2000 ; Zhang et al . , 2000 ) แม้ว่าระบุครั้งแรกในพืชหลายรวมทั้งข้าวโพด ( สำนักงาน และ wessler 1994a 1994b , 2535 ) ข้าว ( สำนักงาน และ wessler 1994a 1994b , , ; สำนัก et al . , 1996 ) , พริกไทย ( pozueta Romero et al . , 1996 ) และ Arabidopsis ( casacuberta et al . , 1998 ; le et al . , 2000 ) , ไรยัง มีมากในจีโนมของสัตว์ต่าง ๆรวมทั้ง C ³ ( oosumi et al . , 1995a 1995b ; และ , surzycki เบ็คแน็พ , 2000 ) , ยุง ( มธ. , 1997 , 2001และ feschotte mouch è s , 2000 ) , ปลา ( izsv . kgm k et al . , 1999 ) และมนุษย์ ( มอร์แกน , 1995 ; SMIT และ ริกส์ , 1996 ) .

อีกหนึ่งคุณลักษณะที่สำคัญของไรฝุ่น คือ ความชอบของพวกเขาสำหรับการแทรกลงในลำดับจำนวนสำเนา หรือทำให้เป็นภูมิภาค ( tikhonov et al . , 1999 ; เหมา et al . , 2000 ; Zhang et al . , 2000 ) นอกจากนี้ ขี้ ยังพบว่า ในหลายกรณี เพื่อแทรกลงในแต่ละอื่น ๆ สำหรับอินสแตนซ์องค์ประกอบบาร์แรก ถูกพบว่าเป็นแทรกในข้าวฟ่างท่องเที่ยวองค์ประกอบ ( สำนักงาน และ wessler 1994b , ) ส่วนในกรณีอื่นนักท่องเที่ยวไดเมอร์ พบในสิ่งมีชีวิตเดียวกัน ( tikhonov et al . , 1999 ) เช่น ไร multimers ยังได้รับรายงานในสิ่งมีชีวิตอื่น ได้แก่ ข้าว ( tarchini et al . , 2000 ) และยุง ( มธ. , 1997 ; feschotte และ mouch è s , 2000 ) ดังนั้นมันคือไร เสนอมานั้น อาจเป็นเป้าหมายพิเศษสำหรับตัวอื่น ๆ ( feschotte และ mouch è s , 2000 )

ให้ระบุก่อนหน้านี้เป้าหมายเว็บไซต์การตั้งค่าของไรและการตรวจจับบ่อยไร multimers เราสงสัยเกี่ยวกับความโน้มเอียงของการแทรกไรเข้าไปขี้ อื่น ๆเช่นการกำหนดเป็นไปได้เฉพาะกับการเปรียบเทียบอย่างเป็นระบบระหว่างการแทรกความถี่ของไรไรไรลงในลำดับอื่น ๆ ในบทความนี้ , เรารายงานการศึกษารายละเอียดของข้าวโพดและนักท่องเที่ยว multimers การวิเคราะห์ที่ครอบคลุมของไร multimers ในข้าวสายพันธุ์ที่รู้จักกันเป็นรวยโดยเฉพาะอย่างยิ่งในตัว ( สำนัก et al . , 1996 ; เหมา et al . , 2000 ; tarchini et al . ,2000 ) ความพร้อมของ 30.2 MB ของข้าวจีโนมลำดับได้เปิดใช้งานเราจะถามที่อยู่เกี่ยวกับ multimers ไรไม่สามารถตอบกับลำดับข้าวโพด พร้อมใช้งานการวิเคราะห์ลำดับจีโนมของข้าวไม่เพียง แต่ช่วยให้เราเพื่อประเมินความชุกของไร multimers แต่ยังอาจให้ใหม่ลึกลงไปชั่วคราวเพื่อเพิ่มจำนวนขององค์ประกอบที่แตกต่างกันในการตรวจจีโนมข้าว .