GROMACS is extremely fast due to al

GROMACS is extremely fast due to algorithmic and processor-specific optimization, typically running 3-10 times faster than many simulation programs. GROMACS is operated via the command-line, and can use files for input and output. GROMACS provides calculation progress and ETA feedback, a trajectory viewer, and an extensive library for trajectory analysis.[2] In addition, support for different force fields makes GROMACS very flexible. It can be executed in parallel, using MPI or threads. GROMACS contains a script to convert molecular coordinates from a PDB file into the formats it uses internally. Once a configuration file for the simulation of several molecules (possibly including solvent) has been created, the actual simulation run (which can be time consuming) produces a trajectory file, describing the movements of the atoms over time. This trajectory file can then be analyzed or visualized with a number of supplied tools.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

GROMACS เป็นรวดเร็วมากเนื่องจาก algorithmic และตัวประมวลผลเฉพาะเพิ่มประสิทธิภาพ โดยทั่วไปทำงาน 3 - 10 ครั้งเร็วกว่าโปรแกรมจำลองมากมาย GROMACS ดำเนินการผ่านบรรทัดคำสั่ง และสามารถใช้แฟ้มสำหรับการป้อนข้อมูลและ GROMACS ให้คำนวณความคืบหน้า และเอตากคำติชม แสดงวิถี และไลบรารีหลากหลายสำหรับการวิเคราะห์วิถี [2] นอกจากนี้ สนับสนุนสำหรับฟิลด์บังคับต่าง ๆ ทำให้ GROMACS มีความยืดหยุ่นมาก มันจะดำเนินการพร้อมกัน ใช้ MPI หรือหัวข้อ GROMACS ประกอบด้วยสคริปต์การแปลงพิกัดโมเลกุลจากแฟ้ม PDB เป็นรูปแบบที่ใช้ภายใน เมื่อมีการสร้างแฟ้มการกำหนดค่าสำหรับการจำลองโมเลกุลต่าง ๆ (อาจรวมถึงตัวทำละลาย) การจำลองสถานการณ์จริงวิ่ง (ซึ่งอาจใช้เวลานาน) สร้างแฟ้มวิถี อธิบายความเคลื่อนไหวของอะตอมเวลา แฟ้มนี้วิถีสามารถจะวิเคราะห์ หรือ visualized มีเครื่องมือให้

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

GROMACS เป็นไปอย่างรวดเร็วมากเนื่องจากการเพิ่มประสิทธิภาพของอัลกอริทึมที่เฉพาะเจาะจงและประมวลผลมักจะทำงาน 3-10 ครั้งเร็วกว่าโปรแกรมจำลองหลาย ๆ GROMACS มีการดำเนินการผ่านทางบรรทัดคำสั่งและสามารถใช้ไฟล์สำหรับการเข้าและส่งออก GROMACS มีความคืบหน้าในการคำนวณและข้อเสนอแนะการทางพิเศษแห่งประเทศไทย, ดูวิถีและห้องสมุดที่กว้างขวางสำหรับการวิเคราะห์วิถี. [2] นอกจากนี้การสนับสนุนสำหรับฟิลด์บังคับที่แตกต่างกันทำให้มีความยืดหยุ่นมาก GROMACS ก็สามารถที่จะดำเนินการในแบบคู่ขนานโดยใช้ MPI หรือหัวข้อ GROMACS มีสคริปต์การแปลงพิกัดโมเลกุลจากไฟล์ PDB เป็นรูปแบบที่ใช้ภายใน เมื่อแฟ้มการกำหนดค่าสำหรับการจำลองโมเลกุลหลาย (อาจรวมถึงตัวทำละลาย) ได้รับการสร้างแบบจำลองการทำงานที่เกิดขึ้นจริง (ซึ่งอาจจะใช้เวลานาน) ผลิตไฟล์วิถีอธิบายการเคลื่อนไหวของอะตอมเมื่อเวลาผ่านไป วิถีไฟล์นี้จากนั้นจะสามารถวิเคราะห์หรือมองเห็นด้วยจำนวนของเครื่องมือที่ให้มา

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

gromacs เป็นอย่างมากอย่างรวดเร็วเนื่องจากการเพิ่มประสิทธิภาพและขั้นตอนวิธีการประมวลผลเฉพาะ มักจะวิ่ง 3-10 ครั้งเร็วกว่าโปรแกรมจำลองมากมาย gromacs จะดำเนินการผ่านทางบรรทัดคำสั่งและสามารถใช้ไฟล์สำหรับการนำเข้าและส่งออก gromacs มีความคืบหน้าและการคำนวณและติชม เป็นวิถี Viewer และครอบคลุมห้องสมุดการวิเคราะห์วิถี [ 2 ] นอกจากนี้การสนับสนุนสำหรับเขตข้อมูลบังคับที่แตกต่างกันทำให้ gromacs มีความยืดหยุ่นมาก มันสามารถถูกใช้ในแบบคู่ขนาน หน้า หรือกระทู้ gromacs ประกอบด้วยสคริปต์แปลงพิกัดโมเลกุลจาก PDB ไฟล์ในรูปแบบที่ใช้เป็นการภายใน เมื่อแฟ้มค่าตั้งสำหรับการจำลองโมเลกุลต่าง ๆ ( อาจจะรวมถึงตัวทำละลาย ) ได้ถูกสร้างขึ้นจริงจำลองวิ่ง ( ซึ่งอาจจะใช้เวลานาน ) สร้างไฟล์เส้นทางที่อธิบายการเคลื่อนไหวของอะตอมในช่วงเวลา ไฟล์เส้นทางนี้แล้ว สามารถวิเคราะห์ หรือภาพที่มีจำนวนของเครื่องมือจัด