RESULTSThe total number of characte

RESULTS
The total number of characters in the SSU analysis was
2954, including gaps. All characters were given equal weight.
The number of constant characters was 1122, and 1039 were
parsimony-informative. The maximum parsimony analysis
yielded a single tree with 4968 characters. The scores of
the tree were as following; Consistency index (CI) = 0.623,
Retention index (RI) = 0.468, Rescaled consistency index
(RC) = 0.291, and Homoplasy index (HI) = 0.377. In the
partial LSU sequence, the total number of characters from
the alignment was 644 with gaps; 268 and 299 out of these
644 characters were constant and parsimony-informative,
respectively. Only one tree was generated by maximum
parsimony analysis from the LSU data set, with CI = 0.338,
RI = 0.635, RC = 0.215, and HI = 0.622.
In the SSU tree, only members of one class of fungi grouped
in the same clade as isolates KKUK1 and KKUK2. These
belonged to Leotiomycetes, with a bootstrap score of 70 (Fig.
1). This suggests that the two isolates KKUK1 and KKUK2 are
Leotiomycetes. To ascertain their closest sequenced relatives,
the SSU sequences were also compared to those available
in GenBank using the standard nucleotide-nucleotide BLAST
program. Isolates KKUK1 (JX219377) and KKUK2 (JX219378)
had the highest sequence similarity with Collophora rubra
(GQ154628) at 97 %. The LSU tree gave a similar result, with the
studied isolates KKUK1 and KKUK2 clustered in Leotiomycetes,
with a bootstrap score of 72 (Fig. 3). BLASTn searches of SSU
and LSU sequences of the isolates confirmed these results.
To determine whether the bamboo fungus was a
Collophora species or not, an additional ITS tree was
constructed; this had 638 characters, of which 380 were
constant characters and 100 parsimony informative. The
tree was parsimoniously constructed with Neobugaria pura
and Leotia lubrica as outgroups (CI = 0.893, RI = 0.886,
RC = 0.791, and HI = 0.107). KKUK1 and KKUK2 clustered
together (bootstrap score = 100) and were separated from
six Collophora species with bootstrap support at 99 (Fig. 5).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ผลลัพธ์มีจำนวนอักขระในวิเคราะห์ SSU2954 รวมทั้งช่องว่าง อักขระทั้งหมดได้รับน้ำหนักเท่ากันจำนวนอักขระคง 1122 และ 1039parsimony ข้อมูล วิเคราะห์ parsimony สูงสุดหาต้นไม้เดียวกับอักขระ 4968 คะแนนของต้นไม้ได้เป็นดังต่อไปนี้ ดัชนีความสอดคล้อง (CI) = 0.623เก็บข้อมูลดัชนี (RI) = 0.468, Rescaled ดัชนีความสอดคล้อง(RC) = 0.291 และดัชนี Homoplasy (HI) = 0.377 ในลำดับชุดปั๊มหมึกบางส่วน จำนวนตัวอักษรจากการจัดตำแหน่ง 644 ด้วยช่องว่าง 268 และ 299 จากเหล่านี้644 ตัวได้คง และ parsimony ข้อมูลตามลำดับ แผนภูมิเดียวถูกสร้างขึ้น โดยสูงสุดวิเคราะห์ parsimony จากชุดข้อมูลชุดปั๊มหมึก กับ CI = 0.338RI = 0.635, RC = 0.215 และ HI = 0.622ในแผนภูมิ SSU จัดเฉพาะสมาชิกของชั้นของเชื้อราใน clade เดียวเป็น KKUK1 และ KKUK2 ที่แยกได้ เหล่านี้Leotiomycetes เป็นสมาชิก มีคะแนน 70 (ฟิกการเริ่มต้นระบบ1) แนะนำว่า ทั้งสองแยก KKUK1 และ KKUK2Leotiomycetes การตรวจใกล้เคียงที่สุดตามลำดับญาติลำดับ SSU ก็ยังเปรียบเทียบกับที่ว่างการใช้ระเบิดมาตรฐานนิวคลีโอไทด์นิวคลีโอไทด์ใน GenBankโปรแกรม แยก KKUK1 (JX219377) และ KKUK2 (JX219378)มีความคล้ายคลึงกันลำดับสูงสุด ด้วย Collophora rubra(GQ154628) ที่ 97% ต้นชุดปั๊มหมึกให้ผลคล้ายกัน มีการจับกลุ่มเรียนแยก KKUK1 และ KKUK2 ใน Leotiomycetesด้วยคะแนน 72 (Fig. 3) เริ่มต้นระบบ ค้นหา BLASTn SSUและชุดปั๊มหมึกลำดับของการแยกยืนยันผลลัพธ์เหล่านี้เพื่อกำหนดว่า เป็นเชื้อราของไม้ไผ่สายพันธุ์ Collophora หรือไม่ การเพิ่มเติมของต้นไม้สร้าง นี้มีอักขระ 638 ซึ่งมี 380ค่าคงอักขระและ parsimony ข้อมูล 100 ที่แผนภูมิถูกสร้างขึ้น ด้วย Neobugaria ปุระ parsimoniouslyและ lubrica Leotia เป็น outgroups (CI = 0.893, RI = 0.886RC = 0.791 และ HI = 0.107) KKUK1 และ KKUK2 จับกลุ่มกัน (เริ่มต้นระบบคะแนน = 100) และถูกแยกออกจากสายพันธุ์ Collophora หก ด้วยการเริ่มต้นระบบสนับสนุนที่ 99 (Fig. 5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ผล
จำนวนรวมของตัวละครในการวิเคราะห์ซุเป็น
2954 รวมถึงช่องว่าง ทุกตัวอักษรที่ได้รับน้ำหนักที่เท่ากัน.
จำนวนตัวอักษรคงเป็น 1122 และ 1039 มี
ความประหยัดให้ข้อมูล การวิเคราะห์ความประหยัดสูงสุด
ให้ผลต้นไม้ต้นเดียวกับ 4968 ตัวอักษร คะแนนของ
ต้นไม้มีดังต่อไปนี้ ดัชนีความสอดคล้อง (CI) = 0.623,
ดัชนีการเก็บรักษา (RI) = 0.468, ดัชนีปรับความสอดคล้อง
(RC) = 0.291 และดัชนี homoplasy (HI) = 0.377 ใน
ลำดับ LSU บางส่วนจำนวนรวมของตัวละครจาก
การจัดตำแหน่งเป็น 644 มีช่องว่าง; 268 และ 299 ออกจากเหล่านี้
644 ตัวอักษรได้อย่างต่อเนื่องและประหยัด-ข้อมูล
ตามลำดับ เพียงคนเดียวที่ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นโดยสูงสุด
วิเคราะห์ความประหยัดจากชุดข้อมูล LSU กับ CI = 0.338,
RI = 0.635, RC = 0.215 และ HI = 0.622.
ในทรีซุเฉพาะสมาชิกของชั้นหนึ่งของเชื้อรากลุ่ม
ใน clade เดียวกัน เป็นสายพันธุ์ KKUK1 และ KKUK2 เหล่านี้
เป็น Leotiomycetes ด้วยคะแนนบูต 70 (รูปที่.
1) นี้แสดงให้เห็นว่าทั้งสองแยก KKUK1 และ KKUK2 มี
Leotiomycetes เพื่อยืนยันญาติติดใจที่ใกล้เคียงที่สุดของพวกเขา
ลำดับซุถูกนำมาเปรียบเทียบกับผู้ที่ยังมีอยู่
ใน GenBank โดยใช้มาตรฐานเบื่อหน่าย-เบื่อหน่ายระเบิด
โปรแกรม แยก KKUK1 (JX219377) และ KKUK2 (JX219378)
มีความคล้ายคลึงกันกับลำดับสูงสุด Collophora rubra
(GQ154628) ที่ 97% ต้นไม้ LSU ให้ผลคล้ายกับ
การศึกษาแยก KKUK1 และ KKUK2 กลุ่มใน Leotiomycetes,
ด้วยคะแนนบูต 72 (รูปที่. 3) ค้นหาไทด์ของซุ
และลำดับ LSU ของเชื้อได้รับการยืนยันผลเหล่านี้.
การตรวจสอบว่าเชื้อราไม้ไผ่เป็น
สายพันธุ์ Collophora หรือไม่เพิ่มเติมต้นไม้ถูก
สร้างขึ้น; นี้มี 638 ตัวอักษรซึ่งมี 380
ตัวอักษรคงที่และ 100 ตระหนี่ข้อมูล
ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นอย่างถี่ถ้วนกับปุระ Neobugaria
และ Leotia lubrica เป็น outgroups (CI = 0.893, RI = 0.886,
RC = 0.791 และ HI = 0.107) KKUK1 และ KKUK2 คลัสเตอร์
ร่วมกัน (คะแนนบูต = 100) และถูกแยกออกจาก
หกสายพันธุ์ Collophora ด้วยการสนับสนุนบูตที่ 99 (รูปที่. 5)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ผลลัพธ์
จำนวนอักขระในการวิเคราะห์ซื่อ คือ
จับ รวมทั้งช่องว่าง ตัวละครทุกตัวมีน้ำหนักเท่ากับ .
จํานวนตัวอักษรคงที่คือ 1122 , และฉันได้
ตระหนี่ข้อมูล สูงสุด ความตระหนี่การวิเคราะห์
จากต้นไม้เดี่ยวกับ 4968 อักขระ คะแนนของ
ต้นไม้มีดังนี้ ดัชนีความสอดคล้อง ( CI ) = 0.623 ดัชนี
ความคงทน ( ริ ) = 0.468 ,ดัชนีความสอดคล้อง rescaled
( RC ) = 0.291 และ homoplasy Index ( HI ) = 0.377 . ใน
ลำดับ LSU บางส่วน จำนวนของอักขระจาก
แนวเป็น 644 ด้วยช่องว่าง ; และ 299 เหล่านี้ออกจาก
644 อักขระคงที่และความตระหนี่ ข้อมูล
ตามลำดับ เพียงหนึ่งต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นโดยการวิเคราะห์ความตระหนี่สูงสุด
จาก LSU ชุดข้อมูล กับ CI = 0.338 ,
ริ = = 0.215 0.635 RC ,สวัสดี = 0.622 .
ในต้นไม้ซื่อ เฉพาะสมาชิกของชั้นเรียนของเชื้อราจัดกลุ่ม
ใน clade เช่นเดียวกับไอโซเลทและ kkuk1 kkuk2 . เหล่านี้
เป็นของ leotiomycetes ด้วยคะแนน 70 บูท ( รูป
1 ) นี้แสดงให้เห็นว่าสองไอโซเลตและ kkuk1 kkuk2 อยู่
leotiomycetes . การวินิจฉัยของพวกเขาใกล้
ลำดับญาติ ซื่อ ลำดับยังเทียบกับผู้ใช้ได้
พบการใช้มาตรฐานลำดับเบสนิวคลีโอไทด์ระเบิด
โปรแกรม สายพันธุ์ kkuk1 ( jx219377 ) และ kkuk2 ( jx219378 )
สูงมีความเหมือนกับลำดับ collophora รูบร้า
( gq154628 ) ที่ 97 % ต้นไม้ LSU ให้ผลที่คล้ายกันกับ
เรียนแยกและแบบ kkuk1 kkuk2 ใน leotiomycetes
กับบู , คะแนน 72 ( รูปที่ 3 ) การค้นหา blastn
ของซื่อลำดับของสายพันธุ์ และ LSU ยืนยันผลลัพธ์เหล่านี้ .
เพื่อตรวจสอบว่าเห็ดราไม้ไผ่เป็น
collophora ชนิดหรือไม่ อีกต้นคือ
สร้าง ; นี้จะได้ตัวละคร ซึ่งตัวละคร 380 เป็น
คงที่และ 100 ความตระหนี่ข้อมูล
ต้นไม้ parsimoniously สร้างด้วย neobugaria ปุระ
leotia lubrica และเป็น outgroups ( CI = 0.906 , ริ =
= 0.791 0.886 , RC ,สวัสดี = 0.107 ) และ kkuk1 kkuk2 เป็นกลุ่ม
ด้วยกัน ( คะแนนเท่ากับ = 100 ) และแยกจาก
6 collophora ชนิดสนับสนุนบูตสแตรปที่ 99 ( ภาพที่ 5 )