A transcriptome analysis of P. aeru

A transcriptome analysis of P. aeruginosa mRNA isolated directly
from CF sputum also revealed induction of genes essential for
anaerobic denitrifying and fermentative growth and induction of
the hcnABC cluster encoding the cyanide synthase (Son et al., 2007)
[induction of denitrification genes, e.g., narG, nirS, norC, and nosZ,
is documented in the supplemental material (Table S1) of the same
paper (Son et al., 2007)]. Induction of the denitrification pathway
and denitrification itself requires nitrate or nitrite and both have
been detected in CF sputum in concentrations from 10 to 700 M
(Hassett, 1996; Grasemann et al., 1998; Worlitzsch et al., 2002;
Palmer et al., 2007a). A median concentration of 400 M nitrate
supports significant anaerobic growth of P. aeruginosa in sterilized
CF sputum (Palmer et al., 2007a). As mentioned above, P. aeruginosa
contains 2 nitrate reductases, the membrane-bound NarGHI
and the periplasmic NapAB for the first step in denitrification, the
reduction of nitrate to nitrite. Only the membrane-bound nitrate
reductase NarGHI contributes to the generation of a proton motive
force (Zumft, 1997). In contrast, research in other bacteria showed
that periplasmic NapAB reductase does not (Potter et al., 2001). It is
presumed to balance cellular oxidation–reduction processes when
the concentration of cellular reducing equivalents is high and oxygen
concentrations are low (Gavira et al., 2002). Moreover, NapAB
has been shown to be important for growth under nitrate-limiting
conditions (Wang et al., 1999; Stewart et al., 2002). Although NapA
antibodies have been detected in sera from CF patients (Beckmann
et al., 2005), the role of NapAB in P. aeruginosa remains unclear,
since growth experiments with knockout mutants showed that it
is not essential under anaerobic, denitrifying growth conditions
even when nitrate is limiting (Palmer et al., 2007a; Schreiber et
al., 2007). However, increased expression of the genes encoding
NapAB has been reported recently in rugose small-colony variants
of P. aeruginosa. These isolates are presumed to contain mutations
beneficial for adaptation to the CF lung environment (Starkey et al.,
2009). Small-colony variants have been frequently isolated from
CF patients (Häussler et al., 1999), and one of their characteristics
is their adaptation to an anaerobic environment (Häussler, 2004;
von Götz et al., 2004; Starkey et al., 2009). Moreover, characterization
of the Australian epidemic P. aeruginosa strain (AES-2) showed
upregulation of 2 genes of the periplasmic nitrate reductase (napC
and napD) when grown as biofilms and compared to wild-type P.
aeruginosa (Manos et al., 2009). However, it remains to be elucidated
which events and regulators lead to an increased expression
of the periplasmic napAB in some small-colony variants as well as
during biofilm growth of AES-2.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์ transcriptome ของ P. aeruginosa mRNA แยกโดยตรงจาก CF เสมหะยังเปิดเผยการเหนี่ยวนำของยีนที่สำคัญdenitrifying ไม่ใช้ออกซิเจน และการหมักเจริญเติบโต และเหนี่ยวนำคลัสเตอร์ hcnABC synthase ไซยาไนด์ (Son et al. 2007) การเข้ารหัส[การเหนี่ยวนำของยีน denitrification เช่น narG ผลิตภัณฑ์ norC และ nosZรับการบันทึกไว้ในวัสดุเสริม (ตาราง S1) เดียวกันกระดาษ (Son et al. 2007)] เหนี่ยวนำของ denitrification pathwayและ denitrification เองต้องมีไนเตรทหรือไนไตรท์ และทั้งสองมีพบในเสมหะ CF ในความเข้มข้น 10 ถึง 700 เมตร(Hassett, 1996 Grasemann et al. 1998 Worlitzsch et al. 2002นปาล์มเมอร์ et al. 2007a) ความเข้มข้นเฉลี่ยของไนเตรท 400 Mสนับสนุนสำคัญไม่ใช้ออกซิเจนเจริญเติบโตของ P. aeruginosa ในการฆ่าเชื้อCF เสมหะ (นปาล์มเมอร์ et al. 2007a) ดังกล่าวข้างต้น P. aeruginosaประกอบด้วย 2 ไนเตรท reductases, NarGHI ผูกกับเมมเบรนและ NapAB periplasmic สำหรับขั้นตอนแรกในการ denitrification การลดไนเตรทกับไนไตรท์ ไนเตรทผูกกับเมมเบรนเท่านั้นไซด์ NarGHI ก่อให้เกิดการสร้างแรงจูงใจที่โปรตอนบังคับ (Zumft, 1997) ตรงกันข้าม วิจัยในแบคทีเรียอื่น ๆ แสดงให้เห็นว่าไม่มีไซด์ที่ NapAB periplasmic (พอตเตอร์ et al. 2001) มันเป็นสันนิษฐานว่าสมดุลเซลล์ออกซิเดชัน – ลดกระบวนการเมื่อความเข้มข้นของลดเทียบเท่ามือถือเป็นสูงและออกซิเจนความเข้มข้นต่ำ (Gavira et al. 2002) นอกจากนี้ NapABได้รับการแสดงที่มีความสำคัญสำหรับการเติบโตของไนเตรทจำกัดเงื่อนไข (Wang et al. 1999 สจ๊วต et al. 2002) ถึงแม้ว่าปาตรวจพบแอนติบอดีในร่าจากผู้ป่วย CF (Beckmannet al. 2005), บทบาทของ NapAB ใน P. aeruginosa ยังคงไม่ชัดเจนตั้งแต่ทดลองการเจริญเติบโต มีการกลายพันธุ์ที่น่าพิศวง ว่ามันแสดงให้เห็นไม่จำเป็นภายใต้เงื่อนไขที่ไม่ใช้ออกซิเจน denitrifying เติบโตแม้เมื่อไนเตรทที่ถูกจำกัด (นปาล์มเมอร์ et al. 2007a Schreiber etal., 2007) อย่างไรก็ตาม เพิ่มการแสดงออกของยีนที่เข้ารหัสNapAB ได้รายงานเมื่อเร็ว ๆ นี้ในสายพันธุ์เล็กอาณานิคม rugoseของ P. aeruginosa แยกเหล่านี้มีการสันนิษฐานว่าประกอบด้วยการกลายพันธุ์เป็นประโยชน์สำหรับการปรับตัวกับสภาพแวดล้อมของปอด CF (Starkey et al.,2009) . ย่อยเล็กอาณานิคมได้บ่อยแยกจากผู้ป่วย CF (Häussler et al. 1999), และเป็นหนึ่งลักษณะของการปรับตัวกับสภาพแวดล้อมที่ไม่ใช้ออกซิเจน (Häussler, 2004Götz von et al. 2004 Starkey et al. 2009) นอกจากนี้ สมบัติของ P. แพร่ระบาดในออสเตรเลีย พบว่าสายพันธุ์ aeruginosa (AES-2)upregulation ของยีน 2 ของไซด์ periplasmic ไนเตรต (napCและ napD) เมื่อเติบโตเป็นไบโอฟิล์มที่ และเมื่อเทียบกับป่าชนิด P.aeruginosa (Manos et al. 2009) อย่างไรก็ตาม ยังคงที่จะอธิบายกิจกรรมและหน่วยงานกำกับดูแลซึ่งนำไปสู่การแสดงเพิ่มขึ้นของ napAB periplasmic ในบางสายพันธุ์เล็กอาณานิคมเป็นในระหว่างการเจริญเติบโตของไบโอฟิล์มของ AES-2

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ยีนของ P. aeruginosa mRNA แยกโดยตรง
จาก CF เสมหะยังเหนี่ยวนำการเปิดเผยของยีนที่จำเป็นสำหรับ
Denitrifying แบบไม่ใช้ออกซิเจนและการเจริญเติบโตการหมักและการชักนำของ
กลุ่มเทส hcnABC เข้ารหัสไซยาไนด์ (ลูกชาย et al., 2007)
[การเหนี่ยวนำของยีน denitrification เช่น , narG, nirS, NORC และ nosZ,
การบันทึกไว้ในวัสดุเสริม (ตาราง S1) ของเดียวกัน
กระดาษ (ลูกชาย et al., 2007)] การเหนี่ยวนำของทางเดินเซลเซียส
และ denitrification ตัวเองต้องใช้ไนเตรตและไนไตรท์และทั้งสองได้
รับการตรวจพบใน CF เสมหะในระดับความเข้มข้น 10-700 M
(Hassett 1996; Grasemann et al, 1998;. Worlitzsch, et ​​al., 2002;
พาลเมอร์, et al , 2007A) ความเข้มข้นเฉลี่ยของ 400 มไนเตรต
สนับสนุนการเจริญเติบโตแบบไม่ใช้ออกซิเจนที่สำคัญของ P. aeruginosa ในการฆ่าเชื้อ
CF เสมหะ (พาลเมอร์ et al., 2007A) ดังกล่าวข้างต้น, P. aeruginosa
มี 2 ดักไนเตรต, เมมเบรนที่ถูกผูกไว้ NarGHI
และ NapAB periplasmic สำหรับขั้นตอนแรกใน denitrification ที่
ลดลงของไนเตรทไนไตรท์ เฉพาะเมมเบรนที่ถูกผูกไว้ไนเตรต
reductase NarGHI ก่อให้เกิดการสร้างโปรตอนแรงจูงใจ
แรง (Zumft, 1997) ในทางตรงกันข้ามการวิจัยแบคทีเรียอื่น ๆ ที่แสดงให้เห็น
ว่า reductase NapAB periplasmic ไม่ (พอตเตอร์ et al., 2001) มันถูก
สันนิษฐานว่าเพื่อความสมดุลของกระบวนการออกซิเดชันลดเซลลูลาร์เมื่อ
ความเข้มข้นของเทียบเท่าลดเซลลูลาร์อยู่ในระดับสูงและออกซิเจน
ความเข้มข้นต่ำ (Gavira et al., 2002) นอกจากนี้ NapAB
ได้รับการแสดงเป็นสิ่งที่สำคัญสำหรับการเจริญเติบโตภายใต้ไนเตรท จำกัด
เงื่อนไข (Wang et al, 1999;.. สจ๊วต, et al, 2002) แม้ว่า Napa
แอนติบอดีได้รับการตรวจพบในซีรั่มจากผู้ป่วย CF (Beckmann
et al., 2005) บทบาทของ NapAB ใน P. aeruginosa ยังคงไม่มีความชัดเจน
ตั้งแต่การทดลองการเจริญเติบโตที่มีการกลายพันธุ์ที่น่าพิศวงแสดงให้เห็นว่ามัน
ไม่จำเป็นภายใต้แบบไม่ใช้ออกซิเจน Denitrifying สภาวะการเจริญเติบโต
แม้กระทั่ง เมื่อไนเตรตถูก จำกัด (พาลเมอร์, et al, 2007A. ไก et
al., 2007) แต่การแสดงออกที่เพิ่มขึ้นของยีนที่เข้ารหัส
NapAB ได้รับรายงานเมื่อเร็ว ๆ นี้ในสายพันธุ์ย่นเล็กอาณานิคม
ของ P. aeruginosa สายพันธุ์เหล่านี้จะเชื่อว่าจะมีการกลายพันธุ์
ที่เป็นประโยชน์ในการปรับตัวกับสภาพแวดล้อม CF ปอด (สตาร์กี้ et al.,
2009) สายพันธุ์ขนาดเล็กอาณานิคมได้รับการแยกบ่อยจาก
ผู้ป่วยที่ CF และเป็นหนึ่งในลักษณะของพวกเขา (Haussler et al, 1999.)
คือการปรับตัวของพวกเขาเพื่อสภาพแวดล้อมที่ไม่ใช้ออกซิเจน (Haussler 2004;
ฟอนGötz et al, 2004;.. สตาร์กี้, et al, 2009) นอกจากนี้ลักษณะ
ของการแพร่ระบาดของออสเตรเลีย P. aeruginosa ความเครียด (AES-2) พบ
upregulation 2 ยีนของ reductase ไนเตรต periplasmic (NAPC
และ napD) เมื่อโตเป็นไบโอฟิล์มและเมื่อเทียบกับป่าชนิด P.
aeruginosa (Manos et al., 2009) แต่ก็ยังคงที่จะอธิบาย
เหตุการณ์ที่หน่วยงานกำกับดูแลและนำไปสู่การแสดงออกเพิ่มขึ้น
ของ napAB periplasmic ในบางขนาดเล็กอาณานิคมสายพันธุ์เช่นเดียวกับ
ช่วงการเจริญเติบโตของไบโอฟิล์ม AES-2

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ของ P . aeruginosa mRNA เป็นทราน ริปโตมแยกได้โดยตรงจากโฆษณา เสมหะยังเปิดเผยการทำงานของยีนที่สำคัญสำหรับดีไนตริฟายอิง แอโรบิก และการเจริญเติบโตและชักนำของวิศวกรรมเคมีการ hcnabc กลุ่มไซยาไนด์และการเข้ารหัส ( ลูกชาย et al . , 2007 )[ การเหนี่ยวนำยีนดีไนตริฟิเคชัน เช่น narg nirs norc และ nosz , , ,เป็นเอกสารในวัสดุเสริม ( ตาราง S1 ) จากเดิมกระดาษ ( ลูกชาย et al . , 2007 ) ] วงจรของน้ำ .และดีไนตริฟิเคชันที่ตัวเองต้องใช้ไนเตรตหรือไนไตรต์และทั้งสองมีถูกพบในโฆษณา เสมหะในความเข้มข้น 10 - 700 เมตร( แฮสซิต , 1996 ; grasemann et al . , 1998 ; worlitzsch et al . , 2002 ;ปาล์มเมอร์ et al . , 2007a ) ความเข้มข้นเฉลี่ยของ 400 เมตร ไนเตรทสนับสนุนการเติบโตของระบบสำคัญของ P . aeruginosa ในฆ่าเชื้อCF เสมหะ ( เมอร์ et al . , 2007a ) ดังที่ได้กล่าวข้างต้น , P . aeruginosaมี 2 reductases narghi มีไนเตรท ,และ periplasmic napab สำหรับขั้นตอนแรกในน้ำ ,การลดลงของไนเตรทไนไตร์ท เพียงมีไนเตรทเทส narghi มีส่วนช่วยในรุ่นของโปรตอนโมทีฟบังคับ ( zumft , 1997 ) ในทางตรงกันข้าม งานวิจัยพบว่าแบคทีเรียอื่น ๆที่ periplasmic napab เทสไม่ได้ ( พอตเตอร์ et al . , 2001 ) มันคือซึ่งความสมดุลของเซลล์และกระบวนการออกซิเดชันลดลงเมื่อความเข้มข้นของออกซิเจนสูงและลดส่วนเซลล์ความเข้มข้นต่ำ ( gavira et al . , 2002 ) นอกจากนี้ napabได้ถูกแสดงเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการเจริญเติบโตภายใต้ไนเตรท จำกัดเงื่อนไข ( Wang et al . , 1999 ; สจ๊วต et al . , 2002 ) ถึงแม้ว่านภาแอนติบอดีได้ถูกตรวจพบในซีรั่มผู้ป่วย CF ( เบ็คมันน์et al . , 2005 ) , บทบาทของ napab ใน P . aeruginosa ยังคงไม่ชัดเจนเนื่องจากการเติบโตของการทดลองกับมหัศจรรย์สายพันธุ์พบว่าไม่สําคัญภายใต้เงื่อนไขแบบไม่ใช้ออกซิเจนเติบโตดีไนตริฟายอิงแม้เมื่อไนเตรตเป็นปาล์มเมอร์จำกัด ( et al . , 2007a ; ชไรเบอร์ และal . , 2007 ) อย่างไรก็ตาม การเพิ่มการแสดงออกของยีนโดยnapab ได้รับการรายงานเมื่อเร็ว ๆนี้ในอาณานิคมย่นเล็ก ได้แก่P . aeruginosa เหล่านี้แยกเป็นสันนิษฐานว่ามีการกลายพันธุ์ประโยชน์สำหรับการปรับตัวให้เข้ากับสภาพแวดล้อม สตาร์กี้ CF ปอด ( et al . ,2009 ) สายพันธุ์ที่แยกได้จากอาณานิคมขนาดเล็กได้รับบ่อย ๆผู้ป่วย CF ( H และ ussler et al . , 1999 ) , และหนึ่งในลักษณะของพวกเขาคือการปรับตัวให้เข้ากับสิ่งแวดล้อม anaerobic ( H และ ussler , 2004 ;จาก G ö TZ et al . , 2004 ; สตาร์คีย์ et al . , 2009 ) นอกจากนี้ คุณลักษณะP . aeruginosa สายพันธุ์ที่ระบาดของออสเตรเลีย ( aes-2 ) แสดงระหว่าง 2 ยีนของเอนไซม์ไนเตรต periplasmic ( napcnapd ) และเมื่อปลูกไบโอฟิล์มและเทียบกับ ของหน้าaeruginosa ( มานอส et al . , 2009 ) อย่างไรก็ตาม ก็ยังคงต้องทำการซึ่งเหตุการณ์และควบคุมนำไปสู่การเพิ่มการแสดงออกของ napab periplasmic ในบางสายพันธุ์อาณานิคมขนาดเล็กเช่นเดียวกับในระหว่างการเจริญเติบโตของ aes-2 ฟิล์ม .