All MS data were acquired on a Bruk

All MS data were acquired on a Bruker 12 T Apex-Qe hybrid
FT-ICR mass spectrometer (Bruker Daltonics, Billerica, MA, USA).
The parameters for the ion sampling interface and the ion transfer
were kept the same as previously described [29] to ensure that
no collisional activation induced H/D scrambling occurs. An ion
accumulation time of 0.2 s in the collision cell was used for the
acquisition of survey-scan mass spectra, while 0.3 s was used for
obtaining ECD data. The ECD experiments were performed on the
entire ion population of CAII within the ICR cell without precursor
selection. Top-down ECD experiments on unlabeled CAII weredone by infusing the protein (2.5 M) in an aqueous solution containing
0.1% formic acid. To achieve 100% sequence coverage for
large-protein HDX, different instrumental settings in the ICR cell
were evaluated, and two sets of ECD parameters were found to be
optimal for the detection of small and large c- and z fragment ions,
respectively. The ECD setting that is more efficient at generating
small fragments, which we call it “harsh-ECD”, is as follows: electron
pulse length 15 ms, electron beam bias 1.3 V, grid potential
that guides electrons into the ICR cell 13 V, heater current through
the dispenser cathode filament 1.4 A. In “soft-ECD”, which is more
efficient for generating large fragments, the parameters are: electron
pulse length 9 ms, electron beam bias 1.4 V, grid potential
14 V, cathode filament heater current 1.2 A. In general, the fragment
ions c84–c134 and z83–z134 were obtained under soft-ECD condition,
while c2–c80 and z3–z89 were obtained through the use of harsh-
ECD. Two exceptions are c69 and c70, which were obtained using
soft-ECD condition. Up to 3000 scans were accumulated for each
ECD spectrum over the m/z range 250–2600, this corresponds to
an accumulation time of 30 min. Mass calibration was performed
using the ECD fragments of ubiquitin.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ทั้งหมด MS ข้อมูลสินทรัพย์ในผสม Bruker 12 T Apex-QeFT-ICR โดยรวมสเปกโตรมิเตอร์ (Bruker Daltonics, Billerica, MA สหรัฐอเมริกา)โอนย้ายพารามิเตอร์สำหรับอินเทอร์เฟซสำหรับการสุ่มตัวอย่างไอออนและไอออนได้เก็บไว้เหมือนกับอธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [29] มั่นใจว่าเรียกใช้ collisional ไม่ H/D แปลงเหนี่ยวนำให้เกิดขึ้น ไอออนเป็นสะสมเวลา 0.2 s ในเซลล์ชนถูกใช้สำหรับการการสำรวจการสแกนรวมแรมสเป็คตรา ในขณะที่ 0.3 s ใช้สำหรับรับข้อมูลเบาะแส ดำเนินการทดลองเบาะแสในการประชากรทั้งไอออนของ CAII ภายในเซลล์ ICR ไม่มีสารตั้งต้นการเลือก ทดลองเบาะแสลงด้านบนเพียง CAII weredone โดย infusing โปรตีน (2.5 M) ในการละลายที่ประกอบด้วย0.1% กรด เพื่อให้เกิดความครอบคลุมของลำดับ 100% สำหรับโปรตีนขนาดใหญ่ HDX การตั้งค่าเครื่องมือต่าง ๆ ในเซลล์ ICRมีประเมิน และสองชุดของพารามิเตอร์เบาะแสพบจะเหมาะสมสำหรับการตรวจพบขนาดเล็ก และใหญ่ c และ z ส่วนประจุตามลำดับ การตั้งค่าเบาะแสที่มีประสิทธิภาพมากขึ้นที่สร้างชิ้นส่วนขนาดเล็ก ซึ่งเราเรียกว่า "รุนแรงเบาะแส" จะเป็นดังนี้: อิเล็กตรอนความยาวของชีพจร 15 ms อิเล็กตรอนคานราคาอคติ 1.3 V ตารางศักยภาพที่แนะนำอิเล็กตรอนในเซลล์ ICR 13 V ฮีตเตอร์ปัจจุบันผ่านใยแคโทดตู้ 1.4 อ. ใน "น้ำอัดลมเบาะแส" ซึ่งจะเพิ่มมากขึ้นพารามิเตอร์มีประสิทธิภาพสำหรับการสร้างชิ้นส่วนขนาดใหญ่ : อิเล็กตรอนความยาวของชีพจร 9 ms อิเล็กตรอนคานราคาอคติ 1.4 V ตารางศักยภาพ14 V แคโทดใยอุ่น 1.2 ปัจจุบันอ. โดยทั่วไป ส่วนประจุ c84 – c134 และ z83 – z134 ได้รับภายใต้เงื่อนไขเบาะแสอ่อนในขณะที่ c2 – c80 และ z3 – z89 ได้รับผ่านการใช้รุนแรง-เบาะแส ข้อยกเว้นสองใจ c69 c70 ซึ่งได้รับใช้อ่อนเบาะแสเงื่อนไขการ ถึง 3000 สแกนถูกสะสมสำหรับแต่ละเบาะแสสเปกตรัมไป m/z ช่วง 250 – 2600 นี้สอดคล้องกับดำเนินการรวบรวมเวลา 30 นาทีเทียบมวลใช้ชิ้นส่วนเบาะแสของ ubiquitin

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ข้อมูลทั้งหมด MS ได้มาใน Bruker 12 T เอเพ็กซ์-Qe ไฮบริด
FT-ICR สเปกโตรมิเตอร์มวล (Bruker Daltonics, บิลเลริกา, MA, USA).
พารามิเตอร์สำหรับอินเตอร์เฟซการสุ่มตัวอย่างไอออนและการถ่ายโอนไอออนถูกเก็บไว้เช่นเดียวกับที่อธิบายไว้ก่อนหน้า [29 ] เพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีการเปิดใช้งานcollisional ชักนำ H / D หนีเกิดขึ้น ไอออนเวลา 0.2 การสะสมของเซลล์ในการปะทะกันถูกนำมาใช้สำหรับการซื้อกิจการของสเปกตรัมมวลสำรวจสแกนในขณะที่0.3 s ที่ใช้สำหรับการรับข้อมูลECD การทดลอง ECD ได้ดำเนินการในประชากรทั้งหมดของไอออนCAII ภายในเซลล์โดยไม่ต้องจำปูชนียบุคคลเลือก การทดลอง ECD จากบนลงล่างที่ไม่มีป้ายกำกับบน weredone CAII โดยการผสมผสานระหว่างโปรตีน (2.5? M) ในสารละลายที่มี0.1% กรด เพื่อให้บรรลุความคุ้มครองลำดับที่ 100% สำหรับHDX ขนาดใหญ่โปรตีนการตั้งค่าการใช้เครื่องมือที่แตกต่างกันในเซลล์ ICR ได้รับการประเมินและสองชุดของพารามิเตอร์ ECD พบว่ามีที่ดีที่สุดสำหรับการตรวจสอบของc- ขนาดเล็กและขนาดใหญ่และซีไอโอนิกส่วนที่ตามลำดับ การตั้งค่า ECD ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้นในการสร้างชิ้นส่วนเล็กๆ ซึ่งเราเรียกว่า "รุนแรง-ECD" เป็นดังนี้อิเล็กตรอนระยะเวลาในการเต้นของชีพจร15 มิลลิวินาทีลำแสงอิเล็กตรอนอคติ 1.3 V ที่มีศักยภาพตารางที่แนะนำอิเล็กตรอนเข้าไปในเซลล์ICR 13 V, เครื่องทำน้ำอุ่นปัจจุบันผ่านแคโทดตู้เส้นใย1.4 A. ใน "นุ่ม ECD" ซึ่งเป็นที่มีประสิทธิภาพในการสร้างชิ้นส่วนขนาดใหญ่พารามิเตอร์คืออิเล็กตรอนระยะเวลาในการเต้นของชีพจร9 มิลลิวินาทีลำแสงอิเล็กตรอนอคติ 1.4 V ตารางที่มีศักยภาพ14 V, เครื่องทำไส้หลอดแคโทด ปัจจุบัน 1.2 A. โดยทั่วไปส่วนไอออนC84-C134 และ z83-z134 ได้รับภายใต้เงื่อนไข ECD นุ่มในขณะที่c2-c80 และ z3-z89 ที่ได้รับผ่านการใช้ harsh- ECD สองข้อยกเว้น c69 และ C70 ซึ่งได้รับการใช้สภาพECD นุ่ม ถึง 3000 สแกนสะสมสำหรับแต่ละคลื่นความถี่ECD กว่าม. / ชซี 250-2,600 นี้สอดคล้องกับระยะเวลาการสะสมของ30 นาที การสอบเทียบมวลได้ดำเนินการโดยใช้ชิ้นส่วนของ ECD ubiquitin

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ข้อมูล MS ทั้งหมดได้มาในบรุคเกอร์ 12 T APEX QE ไฮบริด
ft-icr แมสสเปกโตรมิเตอร์ ( บรูกเกอร์ ดอลโทนิก บิลเลริกา , , MA , USA ) .
พารามิเตอร์สำหรับไอออน ( ไอออนติดต่อและโอน
ไว้เหมือนเดิมตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ [ 29 ] เพื่อให้แน่ใจว่าไม่มีการกระตุ้นให้เกิด collisional
H / D แปลงเกิดขึ้น . ไอออน
สะสมเวลา 0.2 ในการชนกันของเซลล์ที่ถูกใช้สำหรับ
การสํารวจสแกนมวลสเปกตรัมในขณะที่ 0.3 s ใช้
ได้รับข้อมูลประเทศไทย . บก. ปอศ. ทดลองบน
ทั้งไอออนประชากรเรียกภายใน ICR เซลล์โดยไม่เลือกสารตั้งต้น

ด้านบนลงเนินการทดลองใกล้เคียงกันเรียก weredone ซึ่งโปรตีน ( 2.5  M ) ในสารละลายที่มี
0.1% กรด . เพื่อให้บรรลุ 100% ครอบคลุม
ลำดับHDX โปรตีนขนาดใหญ่ที่แตกต่างกันโดยการตั้งค่าใน ICR เซลล์
ถูกประเมิน และสองชุดของพารามิเตอร์ที่ บก. ปอศ. ได้
ที่เหมาะสมสำหรับการขนาดเล็กและขนาดใหญ่ C และ Z ส่วนไอออน
ตามลำดับ บก. ปอศ. ในการตั้งค่าจะมีประสิทธิภาพมากขึ้นในการสร้าง
สะเก็ดเล็กๆ ซึ่งเราเรียกว่า " รุนแรง บก. ปอศ. " เป็นดังนี้ : อิเล็กตรอน
ชีพจรระยะเวลา 15 ms ลำแสงอิเล็กตรอนอคติ 1.3 V ,ตารางศักยภาพ
แนะนําอิเล็กตรอนใน ICR เซลล์ 13 V , เครื่องจ่ายกระแสไฟฟ้า
แคโทดเส้นใย 1.4 ก. อ่อน " บก. ปอศ. " ซึ่งเป็นมากกว่าที่มีประสิทธิภาพสำหรับการสร้างชิ้นส่วน
ขนาดใหญ่ ค่าความยาวคลื่นอิเล็กตรอน
9 นางสาว ลำแสงอิเล็กตรอนอคติ 1.4 V , ตารางศักยภาพ
14 V Cathode เส้นใยฮีตเตอร์ปัจจุบัน 1.2 A . ทั่วไป ส่วน
ไอออนและ c84 – c134 z83 – z134 ได้รับภายใต้เนินนุ่มสภาพในขณะที่ C2
c80 z3 – z89 ) และได้ผ่านการใช้รุนแรง -
บก. . สองยกเว้น c69 และ C70 , ซึ่งได้รับการใช้
นุ่ม ECD เงื่อนไข ถึง 3000 สแกนสะสมแต่ละ
บก. สเปกตรัมมากกว่า M / Z ช่วง 250 – 2600 นี้สอดคล้องกับการสะสมเวลา 30 นาที

การสอบเทียบมวลใช้ชิ้นส่วนของ บก. ปอศ. ข้างนอก .