Distribution of phage contigs in ot

Distribution of phage contigs in other data sets

Reads sequenced in all individuals and time points in each study (Kurokawa et al. 2007; Reyes et al. 2010; Minot et al. 2011) were used to form a study pool. Each pool was mapped to MetaHIT phage contigs with BLASTN using a cutoff of at least 85% identity over at least 85% of the read length. A phage contig was determined to exist in a data set if the phage region (as previously defined) was covered by at least one read per base pair, and at least 70% of bases in the region were covered. For the VLP data sets, contigs that failed the above test were subjected to a second test with the same set of parameters across the entire length of the contig since the location of read mapping in this case did not need to be strictly controlled.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การแพร่กระจายของ contigs ทำลายจุลินทรีย์ในชุดข้อมูลอื่น ๆอ่านติดใจในบุคคลและจุดเวลาในแต่ละการศึกษา (โรคา et al, 2007;. เรเยส et al, 2010;. ไมนอต์ et al, 2011.) ถูกนำมาใช้ในรูปแบบสระว่ายน้ำการศึกษา สระว่ายน้ำแต่ละคนได้แมปไปทำลายจุลินทรีย์ MetaHIT contigs กับ BLASTN ใช้ตัดตัวตนอย่างน้อย 85% ในช่วงเวลาอย่างน้อย 85% ของระยะเวลาในการอ่าน contig ทำลายจุลินทรีย์ก็ตัดสินใจที่จะอยู่ในชุดข้อมูลถ้าภูมิภาคฟาจ (ตามที่กำหนดไว้ก่อนหน้านี้) ถูกปกคลุมด้วยอย่างน้อยหนึ่งอ่านต่อคู่ฐานและอย่างน้อย 70% ของฐานในภูมิภาคถูกปกคลุม สำหรับชุดข้อมูล VLP, contigs ที่ไม่ผ่านการทดสอบดังกล่าวข้างต้นได้ภายใต้การทดสอบครั้งที่สองกับชุดเดียวกันของพารามิเตอร์ในความยาวทั้งหมดของ contig ตั้งแต่สถานที่ของการทำแผนที่การอ่านในกรณีนี้ไม่จำเป็นต้องมีการควบคุมอย่างเคร่งครัด

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การกระจายของฟาจสูงในชุดข้อมูลอื่น ๆ

อ่านลำดับเบสในบุคคลทั้งหมดและจุดเวลาในแต่ละการศึกษา ( คุโรคาวะ et al . 2007 ; เรเยส et al . 2010 ; ไมนอต์ et al . 2011 ) ใช้รูปแบบการศึกษาสระ แมปแต่ละสระว่ายน้ำ metahit ฟาสูงกับ blastn ใช้ตัดอย่างน้อย 85% ตัวตนผ่านอย่างน้อย 85% ของอ่านยาวเป็น contig ฟา ตัดสินใจที่จะอยู่ในชุดข้อมูลถ้าว่าภูมิภาค ( ตามที่กำหนดไว้ก่อนหน้านี้ ) คือครอบคลุมอย่างน้อยหนึ่งอ่านต่อคู่เบส และอย่างน้อย 70% ของฐานในภูมิภาคได้ครอบคลุม สำหรับข้อมูล vlp ชุดสูงที่ล้มเหลวการทดสอบข้างต้นภายใต้การทดสอบที่สองกับชุดเดียวกันของตัวแปรข้ามความยาวทั้งหมดของ contig เนื่องจากที่ตั้งของแผนที่อ่านในกรณีนี้ไม่ต้องถูกควบคุมอย่างเคร่งครัด