Chromosome read depth analysis/Read

Chromosome read depth analysis/Reads were mapped to the appropriate reference genomes using MAQ (Li et al. 2008) version 0.7.1 (http://maq.sourceforge.net/), under the guidance of a custom Perl script. Read sets were parsed into smaller paired sets of 2.5 3 106 reads or less and converted into binary format. The number of bases mapping to each position in each chromosome was recorded and used to determine the total number of read bases mapping to each chromosome and the median read depth for each chromosome. Observing that a majority of chromosomes displayed similar median read depths, and interpreting this as a nominal ‘‘ploidy’’ for the cells, a within genome normalization was performed by setting the average of the read depth of the four longest disomic chromosomes to 2. The read depth for each chromosome was subsequently normalized to this value.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การวิเคราะห์เชิงลึกการอ่านโครโมโซม / การอ่านถูกแมปกับจีโนมอ้างอิงที่เหมาะสมโดยใช้ MAQ (Li et al. 2008) เวอร์ชัน 0.7.1 (//maq.sourceforge.net/) ภายใต้คำแนะนำของสคริปต์ Perl ที่กำหนดเอง ชุดการอ่านถูกแยกวิเคราะห์เป็นชุดคู่ที่เล็กกว่า 2.5 3 106 อ่านหรือน้อยกว่า และแปลงเป็นรูปแบบไบนารี จำนวนการจับคู่ฐานกับแต่ละตำแหน่งในแต่ละโครโมโซมถูกบันทึกและใช้เพื่อกำหนดจำนวนฐานการอ่านทั้งหมดที่แมปกับแต่ละโครโมโซมและค่ามัธยฐานความลึกในการอ่านสำหรับแต่ละโครโมโซม เมื่อสังเกตว่าโครโมโซมส่วนใหญ่แสดงค่ามัธยฐานความลึกในการอ่านที่คล้ายกัน และตีความสิ่งนี้ว่าเป็น "พลอยดี" ที่ระบุสำหรับเซลล์ การทำให้จีโนมเป็นมาตรฐานภายในทำได้โดยการตั้งค่าค่าเฉลี่ยของความลึกในการอ่านของโครโมโซมไดโซมิกที่ยาวที่สุดสี่โครโมโซมเป็น 2 ความลึกในการอ่านของแต่ละโครโมโซมจะถูกทำให้เป็นมาตรฐานในเวลาต่อมา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การวิเคราะห์ความลึกของการอ่านโครโมโซม /
ใช้ MAQ เพื่อทำแผนที่การอ่านไปยังจีโนมอ้างอิงที่เหมาะสม (Li et al. 2008) เวอร์ชั่น 0.7.1 ( http://maq.sourceforge.net/ ) ภายใต้การแนะนำของสคริปต์ Perl ที่กำหนดเอง ชุดอ่านถูกแยกวิเคราะห์เป็นชุดคู่ที่เล็กกว่า 2.53106 อ่านหรือน้อยกว่าและแปลงเป็นรูปแบบไบนารี บันทึกฐานอัลคาไลที่แมปไปยังแต่ละตำแหน่งในโครโมโซมแต่ละแท่งและใช้ในการกำหนดค่ามัธยฐานของฐานอ่านทั้งหมดที่แมปกับโครโมโซมแต่ละแท่งและความลึกของการอ่านของโครโมโซมแต่ละแท่ง โครโมโซมส่วนใหญ่แสดงความลึกในการอ่านค่ามัธยฐานที่คล้ายคลึงกันและตีความว่าเป็น "คูณ" ของเซลล์โดยการตั้งค่าเฉลี่ยของความลึกในการอ่านของโครโมโซมสองสถานะที่ยาวที่สุดสี่ตัวที่ 2 ความลึกของการอ่านของแต่ละโครโมโซมจะถูกมาตรฐานเป็นค่านี้ในภายหลัง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การวิเคราะห์ความลึกของการอ่านโครโมโซม /
ใช้ ( lee et al . , 2008 ) เวอร์ชั่น 0.7.1 ( http://maq . sourceforge . net / ) เพื่อทําแผนที่การอ่านไปยังจีโนมอ้างอิงที่เหมาะสม โดยได้รับคําแนะนําจากสคริปต์ perl ที่กําหนดเอง. ชุดอ่านจะถูกแยกวิเคราะห์เป็นชุดคู่ที่เล็กกว่า2.5×3×106อ่านหรือน้อยกว่าและแปลงเป็นรูปแบบไบนารี บันทึกจํานวนฐานที่แม็ปกับแต่ละตําแหน่งของโครโมโซมและใช้เพื่อกําหนดจํานวนฐานการอ่านทั้งหมดที่แม็ปกับแต่ละโครโมโซมและความลึกการอ่านโดยเฉลี่ยของแต่ละโครโมโซม สังเกตได้ว่าโครโมโซมส่วนใหญ่แสดงความลึกในการอ่านค่ามัธยฐานที่คล้ายคลึงกันและตีความว่าเป็น"คู่"ของเซลล์โดยการกําหนดค่าเฉลี่ยของความลึกในการอ่านของสี่โครโมโซมไดโอมัสที่ยาวที่สุดเป็น2มาตรฐานภายในจีโนม ความลึกของการอ่านของแต่ละโครโมโซมจะถูกกําหนดให้เป็นมาตรฐานสําหรับค่านี้