Then, matchedporcine EST sequences

Then, matched
porcine EST sequences (>80% identities) were aligned
and manually assembled. Putative SNP were declared
when at least 3 aligned different EST sequences were
identified for each of 2 bases at the same position.
Search of mutations in the 3´-untranslated region
(UTR) of the porcine CTSL gene was performed by
PCR-SSCP analysis as described by Fontanesi et al.
(2001a) in a panel of 40 pigs of different breeds reported
above. Mutations in the CSTB, CTSB, and CTSF
genes were previously reported by Russo et al. (2002,
2004). The mutation in the CSTB gene is a missense
mutation [D63N; g.173G>A, European Molecular Biology
Laboratory (EMBL) accession number AJ315563
and AJ315562] identified in exon 3. This mutation was
analyzed by PCR-RFLP as described previously (Russo
et al., 2002; Table 3). The mutation analyzed in
intron 6 of the CTSB gene, that differentiates allele 3
(g.72C, EMBL accession number AJ315560) from the
other detected alleles (g.72A, alleles 1 and 2; EMBL accession
numbers AJ315558 and AJ315559), was chosen
because in our previous investigation it was associated

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

จับคู่แล้วช่วง EST ลำดับ (> 80% ประจำ) ได้จัดและประกอบด้วยตนเอง Putative SNP ถูกประกาศเมื่อน้อย 3 ชิดต่างๆ EST ลำดับได้ระบุสำหรับแต่ละฐาน 2 ที่ตำแหน่งเดียวกันค้นหาการกลายพันธุ์ในภูมิภาค 3´ untranslated(UTR) ของ CTSL ช่วง ยีนถูกดำเนินการโดยPCR SSCP วิเคราะห์ตามที่อธิบายไว้โดย Fontanesi et al(2001a) ในแผงของสุกรที่ 40 ของสายพันธุ์ต่าง ๆ ที่รายงานข้างต้น กลายพันธุ์ CSTB, CTSB และ CTSFยีนที่ก่อนหน้านี้มีรายงานโดยสง et al. (20022004) การกลายพันธุ์ในยีน CSTB เป็น missense เป็นการกลายพันธุ์ [D63N; g.173G > ชีววิทยาโมเลกุล A ยุโรปห้องปฏิบัติการ (EMBL) ทะเบียนหมายเลข AJ315563และ AJ315562] ระบุใน exon 3 มีการกลายพันธุ์นี้วิเคราะห์ โดย PCR-RFLP อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (สงและ al., 2002 ตาราง 3) การกลายพันธุ์การวิเคราะห์ในintron 6 ของยีน CTSB ที่แตกต่าง 3 allele(g.72C, EMBL เลขทะเบียน AJ315560) จากการalleles ตรวจพบอื่น ๆ (g.72A, alleles 1 และ 2 ทะเบียน EMBLเลือกหมายเลข AJ315558 และ AJ315559),เนื่องจากในการตรวจสอบของเราก่อนหน้านี้ ถูกเชื่อมโยง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

จากนั้นจับคู่ลำดับ EST สุกร (> ตัวตน 80%) ถูกจัดชิดและประกอบด้วยตนเอง สมมุติ SNP ถูกประกาศเมื่ออย่างน้อย3 ลำดับสอดคล้อง EST ที่แตกต่างกันระบุสำหรับแต่ละฐาน2 ที่ตำแหน่งเดียวกัน. ค้นหาของการกลายพันธุ์ในภูมิภาค 3'-untranslated (UTR) ของยีนหมู CTSL ได้ดำเนินการโดยการวิเคราะห์PCR-SSCP เป็น อธิบายโดย Fontanesi et al. (2001a) ในแผง 40 หมูสายพันธุ์ที่แตกต่างกันรายงานดังกล่าวข้างต้น การกลายพันธุ์ใน CSTB, CTSB และ CTSF ยีนที่ได้รับรายงานก่อนหน้านี้โดยรุสโซและอัล (2002, 2004) การกลายพันธุ์ในยีน CSTB เป็น missense กลายพันธุ์ [D63N; g.173G> A, ชีววิทยาระดับโมเลกุลยุโรปทดลอง(EMBL) เข้าจำนวน AJ315563 และ AJ315562] ระบุไว้ในเอกซ์ซอน 3. การกลายพันธุ์นี้ได้รับการวิเคราะห์โดยวิธีPCR-RFLP ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (รัสเซีย, et al., 2002; ตารางที่ 3) การกลายพันธุ์วิเคราะห์ในintron 6 ของยีน CTSB, อัลลีลที่แตกต่าง 3 (g.72C, EMBL เข้าจำนวน AJ315560) จากอัลลีลอื่นๆ ที่ตรวจพบ (g.72A, อัลลีลที่ 1 และ 2; EMBL เข้าหมายเลขAJ315558 และ AJ315559) ได้รับการแต่งตั้งเพราะในการตรวจสอบก่อนหน้านี้มันเกี่ยวข้อง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แล้วจับคู่
เลือดหมู EST ลำดับ ( > 80% อัตลักษณ์ ) ชิด
และตนเองประกอบ ซึ่งถูกประกาศให้เป็น SNP
เมื่ออย่างน้อย 3 ชิดแตกต่างกัน EST ลำดับเป็น
ระบุสำหรับแต่ละ 2 ฐานในตำแหน่งเดียวกัน .
ค้นหาการกลายพันธุ์ใน 3 ภาคใหม่นี่
( UTR ) ของยีน ctsl สุกรโดยใช้การวิเคราะห์ตามที่อธิบายไว้โดย PCR-SSCP

fontanesi et al .( 2001a ) ในแผงของสุกรพันธุ์ที่แตกต่างกัน 40 รายงาน
ข้างบน การกลายพันธุ์ใน cstb ctsb , และ ctsf
ยีนก่อนหน้านี้ที่รายงานโดยรุสโซ et al . ( 2002 ,
2004 ) การกลายพันธุ์ในยีน cstb เป็นมิ ซ็นต์
การกลายพันธุ์ [ d63n ; g.173g > ห้องปฏิบัติการชีววิทยา
โมเลกุลยุโรป ( สัตว ) หมายเลขภาคยานุวัติ aj315563
aj315562 ] และระบุใน exon 3 การกลายพันธุ์นี้
โดยวิเคราะห์ว่าตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( รุสโซ่
et al . , 2002 ; ตารางที่ 3 ) การกลายพันธุ์วิเคราะห์
iNtRON 6 ของ ctsb ยีน ยีนที่ทำให้ 3
( g.72c สัตวภาคยานุวัติ , หมายเลข aj315560 ) จาก
อื่นๆ ได้ตรวจพบอัลลีล ( g.72a อัลลีล , 1 และ 2 และตัวเลข aj315558 สัตวภาคยานุวัติ
aj315559 ) ถูกเลือก
เพราะในการสืบสวนของเราก่อนหน้านี้มันเกี่ยวข้อง