shown to be variable but to a lesse

shown to be variable but to a lesser degree than Domain 1.
Domain 3, however, remains in the ancestral basic state. In
addition, S. pharaonis Paci-Sepia-1 had a fourth domain
inserted after domains 2 and 3, which had a pI of 9.13 and a
domain molecular weight of 4 kDa. The molecular weights
of the coleoid forms (calculated between the first and last
cysteines as the N- and C-terminal tails are variable in
cleavage points) were consistently approximately 4 kDa
for each domain. In contrast, the ancestral forms (also
calculated between first and last cysteines) were approximately
3.1 kDa. The differences, however, may reflect a
taxonomical trend, rather than a structural state impacting
upon function. In contrast to the variability of the highly
cysteine cross-linked scaffolds, the globular enzymes chitinase
and hyaluronidase conversely showed extreme
conservation.
In order to understand the molecular evolution of coleoid
toxins, we first employed the conservative one-ratio model
(ORM) which estimates a single omega value for the entire
phylogenetic tree. It estimated an omega of 0.16, 0.15,
0.42 and 0.22 for the coleoid CAP, pacifastin, PLA2 and
serine proteases, respectively, suggesting strong evolutionary
conservation (Supplementary Tables 1–4). ORM can only
detect positive selection if the average over all the sites along
the lineage is significantly greater than one and hence fails to
identify sites that are affected by episodic adaptations. We
further employed the site-specific selection analyses. Site
model 8 highlighted the strong influence of negative selection
on the coleoid toxins and computed omega values that
ranged widely (Table 3): 0.22, 0.36, 0.52 and 0.29 for the
coleoid CAP, pacifastin, PLA2 and serine proteases,
respectively. However, this model identified a single codon
in the serine protease as evolving under the influence of
positive selection. Single likelihood ancestral counting
(SLAC), fixed-effects likelihood (FEL), random-effects
likelihood (REL) and the evolutionary fingerprint analyses
also supported the lack of variation in the coleoid toxins
(Table 3 and Supplementary Fig. 1). The aforementioned
models for identifying positive selection work best whilst
detecting pervasive selection pressures. However, a large
proportion of positively selected sites are often subjected to
transient or episodic adaptations. When the majority of lineages
in a phylogenetic tree follow the regime of negative
selection, they mask the signal of positive selection that

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แสดงเป็นตัวแปร แต่ตัวน้อยมากกว่า 1 โดเมนโดเมน 3 ยังคงอยู่ในสถานะพื้นฐานโบราณอย่างไรก็ตาม ในนอกจากนี้ S. pharaonis Paci-ต้า-1 มีราคาสี่โดเมนแทรกหลังจากโดเมนที่ 2 และ 3 ซึ่งมีปี่ของ 9.13 และน้ำหนักโมเลกุลโดเมนของ 4 kDa น้ำหนักโมเลกุลแบบฟอร์ม coleoid (คำนวณระหว่างครั้งแรก และครั้งสุดท้ายcysteines เป็นหาง N - และ C-เทอร์มินัลเป็นตัวแปรในปริคะแนน) ได้อย่างต่อเนื่องประมาณ 4 kDaสำหรับแต่ละโดเมน ในความคมชัด แบบโบราณ (ยังคำนวณระหว่าง cysteines และนามสกุล) ได้ประมาณ3.1 kDa ความแตกต่าง อย่างไรก็ตาม อาจสะท้อนถึงการแนวโน้ม taxonomical แทนที่มีผลกระทบต่อโครงสร้างรัฐเมื่อฟังก์ชัน ตรงข้ามสำหรับความผันผวนของสูงcysteine cross-linked scaffolds, chitinase globular เอนไซม์และ hyaluronidase เอียดพบมากอนุรักษ์ความเข้าใจในวิวัฒนาการเชิงโมเลกุลของ coleoidสารพิษ เราต้องจ้างแบบอัตราส่วนคนหัวเก่า(ออมทองอพาร์) ซึ่งประเมินค่าโอเมก้าเดี่ยวทั้งหมดทรี phylogenetic มันคาดมีโอเมก้าของ 0.16, 0.150.42 และ$ 0.22 สำหรับ coleoid หมวก pacifastin, PLA2 และแถ proteases ตามลำดับ แนะนำแข็งแกร่งวิวัฒนาการอนุรักษ์ (เสริมตาราง 1 – 4) ออมทองอพาร์สามารถเท่านั้นตรวจเลือกบวกถ้าเฉลี่ยผ่านเว็บไซต์ทั้งหมดตามลินเนจอย่างมีนัยสำคัญมากกว่าหนึ่ง และไม่ดังนั้นระบุไซต์ที่ได้รับผลกระทบ โดย episodic ท้อง เราเพิ่มเติม จ้างวิเคราะห์เลือกเฉพาะ เว็บไซต์รุ่น 8 เน้นอิทธิพลของการเลือกลบในการ coleoid สารพิษและโอเมก้าจากการคำนวณค่าที่อยู่ในช่วงกัน (ตาราง 3): $ 0.22, 0.36, 0.52 และ 0.29 สำหรับการcoleoid หมวก pacifastin, PLA2 และแถ proteasesตามลำดับ อย่างไรก็ตาม รุ่นนี้ระบุรหัสพันธุกรรมเดียวในรติเอสแถเป็นการพัฒนาภายใต้อิทธิพลของเลือกค่าบวก โอกาสเดียวโบราณนับ(SLAC), ผลโอกาส (FEL), ลักษณะแบบสุ่มโอกาส (REL) และการวิเคราะห์ลายนิ้วมือวิวัฒนาการยัง สนับสนุนการขาดของความผันแปรในสารพิษ coleoid(ตาราง 3 และ 1 Fig. เสริม) ดังกล่าวทำแบบจำลองสำหรับการระบุตัวเลือกบวกส่วนขณะที่ตรวจความดันเลือกชุมชนที่แพร่หลาย อย่างไรก็ตาม ขนาดใหญ่สัดส่วนของไซต์ที่เลือกบวกมักจะต้องการชั่วคราว หรือ episodic ท้อง เมื่อส่วนใหญ่ของเชื้อชาติในต้นไม้ phylogenetic ตามระบอบของการลบเลือก พวกเขาหน้ากากสัญญาณบวกเลือกที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

แสดงเป็น ตัวแปร แต่ในระดับที่น้อยกว่า 1 โดเมน โดเมน .
3 อย่างไรก็ตาม ยังคงอยู่ในสถานะพื้นฐานของบรรพบุรุษ ใน
นอกจากนี้ เอส pharaonis paci-sepia-1 มี 4
แทรกหลังจากโดเมนโดเมน 2 และ 3 ซึ่งมีปี่ของ 9.13 และ
โดเมนน้ำหนักโมเลกุล 4 กิโลดาลตัน น้ำหนักอณู
ของรูปแบบ coleoid ( คำนวณระหว่าง
สุดท้ายก่อนและcysteines เป็น - และหางซึ่งเป็นตัวแปรใน
จุดแตกแยก ) เสมอประมาณ 4 กิโล
สำหรับแต่ละโดเมน ในทางตรงกันข้าม , รูปบรรพบุรุษ (
) ระหว่างก่อนและ cysteines ล่าสุด ) ประมาณ
3.1 กิโลดาลตัน ความแตกต่าง , อย่างไรก็ตาม , อาจสะท้อนให้เห็นถึงแนวโน้ม taxonomical
มากกว่าโครงสร้างรัฐ ส่งผลกระทบต่อ
เมื่อฟังก์ชันในทางตรงกันข้ามกับการ cross-linked นั่งร้านสูง
กรดอะมิโนเอนไซม์ไคติเนส , ทรงกลมและในทางกลับกันพบอนุรักษ์สุดโต่งไฮอะลูโรนิเดส

.
เพื่อให้เข้าใจวิวัฒนาการระดับโมเลกุลของสารพิษ coleoid
เราก่อนใช้อนุลักษณ์อัตราส่วนหนึ่งรูปแบบ
( ORM ) ซึ่งประมาณการค่าโอเมก้าเดียวสำหรับ phylogenetic ต้นไม้ทั้งหมด

มันประมาณว่าโอเมก้า 0.16 0.15 ,
,0.42 และ 0.22 สำหรับ coleoid หมวก pacifastin pla2
, และเซรีน proteases ) แนะนำการอนุรักษ์วิวัฒนาการ
แข็งแรง ( เสริมตารางที่ 1 – 4 ) ออมสามารถ
ตรวจสอบการเป็นบวกถ้าเฉลี่ยกว่าทุกเว็บไซต์ตาม
พื้นเพเป็นสูงกว่าหนึ่งจึงล้มเหลว
ระบุไซต์ที่ได้รับผลกระทบจากการลำดับเรื่อง . เรา
เพิ่มเติมที่ใช้วิเคราะห์การเลือกเฉพาะ . เว็บไซต์
รุ่น 8 เน้นอิทธิพลที่แข็งแกร่งของ
เลือกลบสารพิษ และคำนวณค่า
coleoid โอเมก้าอยู่กันอย่างแพร่หลาย ( ตารางที่ 3 ) : 0.22 , 0.36 , 0.52 และ 0.29 ต่อ
coleoid หมวก pacifastin และทาง pla2 ซีรี
, , ) อย่างไรก็ตาม รูปแบบนี้ระบุ
โคดอนเดี่ยวเอนไซม์โปรติเอส ในขณะที่การพัฒนาภายใต้อิทธิพลของ
เลือกบวก ความน่าจะเป็นบรรพบุรุษนับเดียว
( ซเลค ) , แก้ไขผลความน่าจะเป็น ( UP ) , สุ่มผล
ความน่าจะเป็น ( rel ) และการวิเคราะห์ลายนิ้วมือวิวัฒนาการ
ยังสนับสนุนการเปลี่ยนแปลงใน
สารพิษ coleoid ( ตารางที่ 3 และเสริมรูปที่ 1 ) ดังกล่าว
รุ่นสำหรับใช้งานเลือกบวกที่ดีที่สุดในขณะที่การเลือกสำหรับ
แพร่หลาย . อย่างไรก็ตาม สัดส่วนขนาดใหญ่
เว็บไซต์บวกเลือกมักจะต้องการ
ชั่วคราวหรือตอนปรับ เมื่อเสียงส่วนใหญ่ของเผ่าพันธุ์
ใน phylogenetic ต้นไม้ตามระบอบการปกครองของการเลือกลบ
, พวกเขารูปแบบสัญญาณของการเป็นบวกว่า