The genomic DNA of cell pellets fro

The genomic DNA of cell pellets from isolate OM3 was extracted
and purified with DNeasy Tissue Kit (Qiagen GmbH, Germany)
according to the manufacturer’s instructions with minor modifications.
With the genomic DNA of strain OM3 as a template, PCR
amplification of the 16S rRNA genes was performed with a pair
of universal bacterial primer 8F (50-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-
30) and 1392R (50-ACGGGCGGTGTGTAC-30) (Maniatis et al., 1982).
After cleaning the PCR products with a PCR purification kit (Qiagen
GmbH, Germany), the 16S rRNA genes were sequenced on a ABI
DNA Sequencer. After Basic Local Alignment Search Tool (BLAST),
the 16S rRNA gene sequences of the isolate and other closely related
strains were aligned using CLUSTAL X software (Thompson
et al., 1997). Phylogenetic trees were constructed using the neighbor-
joining method (Saitou and Nei, 1987) implemented in the
MEGA program (Kumar et al., 2004). The topologies of the tree
were evaluated by bootstrap analysis, based on 1000 replicates.
The nucleotide sequence of culture OM3 was deposited in the
GenBank under an accession number HQ860790.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ดีเอ็นเอ genomic ของเซลล์เกล็ดจาก OM3 แยกถูกแยกและบริสุทธิ์ ด้วยชุดเนื้อเยื่อ DNeasy (Qiagen GmbH เยอรมนี)ตามคำแนะนำของผู้ผลิตด้วยการปรับเปลี่ยนเล็กน้อยกับดีเอ็นเอ genomic ของต้องใช้ OM3 เป็นแม่ PCRทำการขยายยีน 16S rRNA กับคู่ของแบคทีเรียพื้นสากล 8F (50 - AGAGTTTGATCCTGGCTCAG -30) และ 1392R (50-ACGGGCGGTGTGTAC-30) (Maniatis และ al., 1982)หลังจากทำความสะอาดผลิตภัณฑ์ PCR กับชุดฟอก PCR (QiagenGmbH เยอรมัน), ยีน 16S rRNA ถูกเรียงลำดับในแบบลักชัวรี่DNA Sequencer การ หลังจากเครื่องมือค้นหาการจัดตำแหน่งภายในพื้นฐาน (ระเบิด),ลำดับยีน rRNA 16S แยก และอื่น ๆ เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดสายพันธุ์ถูกจัดตำแหน่งโดยใช้ซอฟต์แวร์ CLUSTAL X (ทอมป์สันและ al., 1997) ต้นไม้ phylogenetic ถูกสร้างโดยใช้เพื่อนบ้าน-รวมวิธี (Saitou และ Nei, 1987) ที่นำมาใช้ในการโปรแกรมร็อค (Kumar et al., 2004) โทของต้นไม้ถูกประเมิน โดยการวิเคราะห์เริ่มต้นระบบ ตามเหมือนกับ 1000ลำดับนิวคลีโอไทด์ของวัฒนธรรม OM3 ที่ฝากในGenBank ภายใต้หมายเลขทะเบียน HQ860790

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ดีเอ็นเอของเม็ดมือถือจาก OM3 แยกสกัด
และทำให้บริสุทธิ์ด้วย DNeasy เนื้อเยื่อ Kit (Qiagen GmbH ประเทศเยอรมนี)
ตามคำแนะนำของผู้ผลิตที่มีการปรับเปลี่ยนเล็กน้อย.
กับดีเอ็นเอของสายพันธุ์ OM3 เป็นแม่แบบ PCR
การขยายของ 16S ยีน rRNA ได้ดำเนินการกับคู่
ของไพรเมอร์ของแบคทีเรียสากล 8F (50 AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-
30) และ 1392R (50 ACGGGCGGTGTGTAC-30) (Maniatis et al., 1982).
หลังจากทำความสะอาดผลิตภัณฑ์ PCR กับชุดฟอก PCR (Qiagen
GmbH ประเทศเยอรมนี ) ยีน 16S rRNA มีลำดับขั้นตอนใน ABI
ซีเควนดีเอ็นเอ หลังจากการจัดท้องถิ่นพื้นฐานเครื่องมือค้นหา (ระเบิด)
16S rRNA ลำดับยีนของเชื้อและอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
สายพันธุ์ที่ถูกจัดชิดโดยใช้ซอฟแวร์ Clustal X (ธ อมป์สัน
et al., 1997) ต้นไม้ที่ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ neighbor-
วิธีการเข้าร่วม (Saitou และ Nei, 1987) การดำเนินการใน
โครงการ MEGA (Kumar et al., 2004) โครงสร้างของต้นไม้ที่
ได้รับการประเมินโดยการวิเคราะห์บูตขึ้นอยู่กับ 1000 ซ้ำ.
ลำดับเบสของวัฒนธรรม OM3 ถูกฝากไว้ใน
GenBank ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติ HQ860790

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การแยกดีเอ็นเอจากเซลล์เม็ด om3 สกัดบริสุทธิ์กับชุด dneasy
เนื้อเยื่อ ( QIAGEN GmbH , Germany )
ตามคําแนะนําของผู้ผลิตมีการปรับเปลี่ยนเล็กน้อย
กับดีเอ็นเอของสายพันธุ์ om3 เป็นแม่แบบ PCR ของยีน 16S rRNA
( แสดงคู่กับ แบคทีเรีย
ของสากล รองพื้น 8f ( 50-agagtttgatcctggctcag -
30 ) และ 1392r ( 50-acgggcggtgtgtac-30 ) ( maniatis et al . , 1982 ) .
หลังจากทำความสะอาดด้วยผลิตภัณฑ์ PCR PCR ฟอก Kit ( QIAGEN
GmbH , Germany ) , ลำดับเบส 16S rRNA ยีนใน DNA sequencer ABI
. หลังจากเครื่องมือค้นหาการปรับพื้นฐานท้องถิ่น ( ระเบิด ) ,
เบส 16S rRNA ลำดับยีนของเชื้อ และ อื่น ๆที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
สายพันธุ์ชิดใช้ clustal X ซอฟต์แวร์ ( ทอมป์สัน
et al . , 1997 )ซึ่งต้นไม้ที่ถูกสร้างโดยใช้เพื่อนบ้าน -
เข้าร่วมวิธี ( ไซโตะกับเนย , 1987 ) ที่ใช้ในโปรแกรมใหญ่
( Kumar et al . , 2004 ) ในรูปแบบของต้นไม้
ได้แก่ การวิเคราะห์ประขึ้นอยู่กับ 1 , 000 ซ้ำ .
ลำดับนิวคลีโอไทด์ของ om3 วัฒนธรรมถูกฝากใน
5% ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติ hq860790 .