เนื่องจากยาเคมีบำบัดไม่ได้ออกฤทธิ์จำเพาะเจาะจงที่เซลล์มะเร็งเท่านั้น จึงอาจส่งผลกระทบต่อเซลล์ปกติทั่วไปและการทำงานของอวัยวะอื่นๆ ทำให้เกิดอาการข้างเคียง เช่น คลื่นไส้ อาเจียน ปากอักเสบ เบื่ออาหาร ภูมิต้านทานต่ำ ท้องเสีย ผมร่วง ซึ่งอาการเหล่านี้จะมากหรือน้อยขึ้นกับชนิดของยา ความแข็งแรงของร่างกาย และความพร้อมด้านจิตใจของผู้ป่วย