Phylogenetic reconstruction of the

Phylogenetic reconstruction of the L. infantum Linf1 group including additional brazilian isolates/Sequence reads of all 47 samples from the Linf1 group and of the 26 samples additional L. infantum strains isolated from human infections in Brazil (Carnielli et al., 2018) were trimmed with Trimmomatic (RRID:SCR_011848, v0.39, Bolger et al., 2014) including removal of paired-end adaptorsusing the options: ‘ILLUMINACLIP:PEadaptors.fa:2:30:10 TRAILING:15 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50’. Trimmed reads were mapped using BWA (RRID:SCR_010910, v0.7.17, Li and Durbin, 2009) using the bwa mem -M option. SNPs were called using GATK (RRID:SCR_001876, v4.1.2.0, DePristo et al., 2011): First, g.vcf files were generated for individual samples with the ‘HaplotypeCaller’ and parameters ‘-ERC GVCF --annotate-with-num-discovered-allelesX--sample-ploidyX2’. Then individual g.vcf files were combined using ‘GenomicsDBImport’, SNPs across all samples were called using ‘GenotypeGVCFs’ and hard filtered using parameters “QD < 2.0, MQ < 50.0, FS > 20.0, SOR > 2.5, BaseQRankSum < -3.1, ClippingRankSum < -3.1, MQRankSum < -3.1, ReadPosRankSum < -3.1, and DP < 6’. The resulting vcf file were analysed in R: only SNPs with a missing fraction across samples < 0.2 were retained; Nei’s distances between samples were called using the R package StAMPP (v1.5.1, Pembleton et al., 2013) and phylogenetic trees calculated with neighbour joining with the r package ape (RRID:SCR_017343, v5.3, Paradis et al., 2004).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การสร้างสายวิวัฒนาการใหม่ของกลุ่ม L. infantum Linf1 รวมถึงบราซิลไอโซเลท / ลำดับการอ่านทั้งหมด 47 ตัวอย่างจากกลุ่ม Linf1 และจาก 26 ตัวอย่างเพิ่มเติม สายพันธุ์ L. infantum ที่แยกได้จากการติดเชื้อในมนุษย์ในบราซิล (Carnielli et al., 2018) ถูกตัดออก ด้วย Trimmomatic (RRID:SCR_011848, v0.39, Bolger et al., 2014) รวมถึงการถอดอะแดปเตอร์ปลายคู่ออกโดยใช้ตัวเลือก: 'ILLUMINACLIP:PEadaptors.fa:2:30:10 TRAILING:15 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN :50'. การอ่านแบบตัดแต่งถูกแมปโดยใช้ BWA (RRID:SCR_010910, v0.7.17, Li และ Durbin, 2009) โดยใช้ตัวเลือก bwa mem -M SNP ถูกเรียกโดยใช้ GATK (RRID:SCR_001876, v4.1.2.0, DePristo และคณะ, 2011): อันดับแรก ไฟล์ g.vcf ถูกสร้างขึ้นสำหรับตัวอย่างแต่ละรายการด้วย 'HaplotypeCaller' และพารามิเตอร์ '-ERC GVCF --annotate- ด้วยจำนวนที่ค้นพบ-อัลลีลX--ตัวอย่าง-ploidyX2' จากนั้นไฟล์ g.vcf แต่ละไฟล์ถูกรวมเข้าด้วยกันโดยใช้ 'GenomicsDBImport', SNP ทั่วทั้งตัวอย่างทั้งหมดถูกเรียกโดยใช้ 'GenotypeGVCFs' และกรองแบบยากโดยใช้พารามิเตอร์ “QD < 2.0, MQ < 50.0, FS > 20.0, SOR > 2.5, BaseQRankSum < -3.1, ClippingRankSum < -3.1, MQRankSum < -3.1, ReadPosRankSum < -3.1 และ DP < 6' ไฟล์ vcf ที่เป็นผลลัพธ์ได้รับการวิเคราะห์ใน R: มีเพียง SNP ที่มีเศษส่วนที่หายไปในกลุ่มตัวอย่าง <0.2 เท่านั้นที่ถูกเก็บรักษาไว้ ระยะทางของ Nei ระหว่างตัวอย่างถูกเรียกโดยใช้แพ็คเกจ R StAMPP (v1.5.1, Pembleton et al., 2013) และต้นไม้สายวิวัฒนาการที่คำนวณโดยเพื่อนบ้านเข้าร่วมกับ r package ape (RRID:SCR_017343, v5.3, Paradis et al., 2004 ).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การพัฒนาระบบและการฟื้นฟูกลุ่ม Lactobacterium Linf1 ในทารกรวมถึงสายพันธุ์อื่น ๆ ที่แยกได้ของบราซิล /
การอ่านลำดับของสายพันธุ์แลคโตบาซิลลัสทารกเพิ่มเติมจาก 47 ตัวอย่างจากกลุ่ม Linf1 และ 26 ตัวอย่างที่แยกจากการติดเชื้อในมนุษย์ในบราซิล (Carnielli et al. 2018) การตัดแต่งด้วย Trimmomatic (RRID: SCR_011848, v0.39, Bolger et al. 2014) รวมถึงการลบข้อต่อปลายคู่
ใช้ตัวเลือก: "ILLUMINACLIP: PEadaptors.fa: 2:30:10 ลาก: 15 เลื่อนหน้าต่าง: 4:15 ความยาวขั้นต่ำ: 50". การอ่านหลังจากการตัดแต่งจะทำแผนที่โดยใช้ BWA (RRID: SCR_010910, v0.7.17, Li & Durbin, 2009) โดยใช้ตัวเลือก BWA-mem-M ใช้ GATK เพื่อเรียก SNPs (RRID: SCR_001876, เวอร์ชั่น 4.1.2.0, DePristo et al. 2011): ขั้นแรกให้ใช้ "ผู้โทรเดี่ยว" และพารามิเตอร์ "- ERC GVCF - สร้างไฟล์ g.vcf สำหรับตัวอย่างเดียวด้วยหมายเหตุ num allel X ที่ค้นพบ - sample-ploidyX2" จากนั้นใช้ "GenomicsDBImport" เพื่อรวมไฟล์ g.vcf แต่ละไฟล์โดยใช้ "GenomicsDBImport" เพื่อเรียก SNP ของตัวอย่างทั้งหมดและใช้ "GenomicsDBImport"

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การฟื้นฟูการพัฒนาระบบของLinf 1 Leishmaniaทารกที่มีการแยกบราซิลเพิ่มเติม/
การอ่านลําดับของleishmaniaทั้งหมด47ตัวอย่างจากกลุ่มLinf 1และอีก26สายพันธุ์ที่แยกได้จากการติดเชื้อของมนุษย์ในบราซิลได้รับการตัดแต่งโดยใช้trim omatic ( RRID:SCR _ 011848,v0.39,Bolger et al.,2014 )รวมถึงการลบออกเป็นคู่ข้อต่อปลาย
ตัวเลือกการใช้งาน: "ILLUMINACLIP:pea adaptors . fa:2:30:10 TRAILING:15 sliding window:4:15 MINLEN:50 " . ใช้ bwa ( RRID : SCR _ 010910 , v0.7.17 , li และ durbin , 2009 ) ใช้ตัวเลือก bwa mem - m เพื่อทําแผนที่การอ่านที่ปรับแต่งให้ดีขึ้น. ใช้GATK ( RRID : SCR _ 001876,v4.1.2.0,DePristo et al.,2011 )เพื่อเรียกSNP :ขั้นแรกให้ใช้" monotype caller "และพารามิเตอร์'-ERC GVCF -หมายเหตุ-หมายเลข-ค้นพบ-อัลลีลsX -ตัวอย่าง-x2 'เพื่อสร้างไฟล์g.vcfสําหรับตัวอย่างเดียว จากนั้นใช้" GenomicsDBImport "เพื่อผสานไฟล์g.vcfเดียวและใช้" GenotypeGVCFs "เพื่อเรียกSNPของตัวอย่างทั้งหมดและใช้พารามิเตอร์" QD <2.0,MQ <50.0,FS > 20.0,SOR >2.5,BaseQRankSum <-3.1,ClippingRankSum <-3.1, MQRankSum < -3.1,ReadPosRankSum < -3.1และDP <6"สําหรับการกรองที่ยาก ไฟล์vcfที่ได้รับการวิเคราะห์ในr :เฉพาะSNPsที่มีเศษส่วนที่ขาดหายไป<0.2ในตัวอย่างจะถูกเก็บไว้โดยใช้แพคเกจR StAMPP ( v1.5.1,Pembleton et al.,2013 )และต้นไม้พัฒนาการที่คํานวณโดยเพื่อนบ้านที่เชื่อมต่อกับแพคเกจRape ( RRID:SCR _ 017343,v5.3,Paradis et al.,2004 )เพื่อเรียกระยะห่างระหว่างตัวอย่าง