GenomeA complete sequence of amo op

Genome

A complete sequence of amo operon, the amoCAB, for N. oceani has been completed by Alzerreca JJ. From the report the following is concluded: 49-53% is identical to the pmo gene encoding for mathane monooxygenase of methylococcus capsulatus, 39-42% identical to the amo gene of beta-proteobacteria. Within amo operon, three genes were found, the amoC, amoA, and amoB. There are 286bp and 65bp intergenetic spacer between amoC and amoA, between amoA and amoB relatively. Alzerreca concluded from the complete sequence of amo operon that this allow a finer phylogenetic sorting than 16S rRNA alone (Alzerreca, 1999)
Nitrosococcus oceani genome wass completed sequence in early 2006. N. oceani has one single circular chromosome 3,481,691 bp in size and one plasmid 40,420 bp in size. The chromosome contains 3,052 protein-encoding sequences while the plasmid encodes for 41 proteins (Klotz 2006). At least twenty-two genes codea for proteins which are involved in iron transport. In its genome can also found several uptake systems for other inorganic ions, several sodium/hydrogen antiporters, several protein export, secretion systems including a preprotein translocase, TatABC system, type II general secretion/pilus synthesis pathway, as well as type IV conjugal DNA/protein transfer system. It also encodes for form I RuBisCO It has a cluster of genes encoding for parts of PTS-type sugar transport system. Two large clusters of genes encode for flagellation and motility genes. Although it is able to metabolize methane, it is very limited because it has only one methyl-accepting chemotaxis protein (Klotz 2006).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

จีโนมเสร็จสมบูรณ์ลำดับของ amo operon, amoCAB สำหรับ oceani ตอนเหนือ โดยเจเจ Alzerreca จากรายงาน สรุปต่อไปนี้: 49-53% จะเหมือนกับการเข้ารหัสยีน pmo สำหรับ mathane monooxygenase ของ methylococcus capsulatus, 39-42% เหมือนกับยีน amo ของเบต้า-proteobacteria ภายใน amo operon ยีนสามพบ amoC, amoA และ amoB มี 286bp และ 65bp intergenetic เป็นตัวเว้นวรรค ระหว่าง amoC และ amoA, amoA และ amoB ค่อนข้าง Alzerreca สรุปจากลำดับที่สมบูรณ์ของ operon amo ที่นี้ทำให้การเรียงลำดับ finer phylogenetic กว่า 16S rRNA คนเดียว (Alzerreca, 1999)Nitrosococcus oceani จีโนม wass เสร็จลำดับในช่วงต้นปี 2549 Oceani ตอนเหนือมีหนึ่งเดียววงกลมโครโมโซม 3,481,691 bp ในขนาดและ bp plasmid 40,420 หนึ่งขนาด โครโมโซมประกอบด้วยลำดับรหัสโปรตีน 3,052 ในขณะ plasmid จแมปสำหรับโปรตีน 41 (Klotz 2006) Codea น้อยยี่สิบสองยีนสำหรับโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการขนส่งเหล็ก ในจีโนมของ สามารถพบระบบดูดซับหลายสำหรับประจุอื่น ๆ อนินทรีย์ หลาย antiporters โซเดียม/ไฮโดรเจน ส่งออกโปรตีนหลาย รวมทั้ง preprotein translocase ระบบ TatABC ระบบหลั่งชนิด II pilus ทั่วไปหลั่งสังเคราะห์ทางเดิน ตลอดจนชนิดระบบโอนย้ายดีเอ็นเอ/โปรตีน conjugal IV มันยังจแมปสำหรับฟอร์มฉัน RuBisCO มันมีคลัสเตอร์ของยีนที่เข้ารหัสในส่วนของระบบขนส่งน้ำตาลชนิด PTS การเข้ารหัสคลัสเตอร์ขนาดใหญ่ที่สองของพระเยซูถูกเฆี่ยนและยีน motility แม้ว่าคุณจะสามารถ metabolize มีเทน ได้จำกัดมากเนื่องจากมีเพียงยอมรับ methyl chemotaxis โปรตีน (Klotz 2006)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

จีโนมลำดับที่สมบูรณ์ของ operon amo, amoCAB สำหรับเอ็น Oceani เสร็จเรียบร้อยแล้วโดย Alzerreca เจเจ จากรายงานดังต่อไปนี้เป็นข้อสรุปที่ 49-53% เป็นเหมือนยีน PMO สำหรับ mathane monooxygenase ของ methylococcus capsulatus, 39-42% เหมือนยีน amo ของเบต้าแบคทีเรีย ภายใน operon amo สามพบว่ามียีนที่ amoC, AMOA และ amoB มี 286bp และ 65bp spacer intergenetic ระหว่าง amoC และ AMOA อยู่ระหว่าง AMOA และ amoB ค่อนข้าง Alzerreca สรุปจากลำดับที่สมบูรณ์ของ operon amo ว่านี้อนุญาตให้มีการเรียงลำดับสายวิวัฒนาการดีกว่า 16S rRNA เพียงอย่างเดียว (Alzerreca, 1999) จีโนม Nitrosococcus Oceani wass ลำดับแล้วเสร็จในช่วงต้นปี 2006 N. Oceani มีโครโมโซมวงกลมเดียว 3,481,691 bp ในขนาดและพลาสมิดหนึ่ง 40,420 bp ในขนาด มีโครโมโซม 3052 ลำดับโปรตีนเข้ารหัสในขณะที่พลาสมิดถอดรหัส 41 โปรตีน (Klotz 2006) อย่างน้อยยี่สิบสองยีน codea โปรตีนที่มีส่วนร่วมในการขนส่งเหล็ก ในจีโนมของมันยังสามารถพบระบบการดูดซึมหลายไอออนนินทรีย์อื่น ๆ โซเดียมหลาย / antiporters ไฮโดรเจนส่งออกโปรตีนหลายระบบการหลั่งรวมทั้ง translocase preprotein ระบบ TatABC พิมพ์ครั้งที่สองหลั่งทั่วไป / pilus เดินสังเคราะห์เช่นเดียวกับประเภท IV ดีเอ็นเอสมรส / โปรตีนระบบการโอน นอกจากนี้ยังมีรูปแบบเข้ารหัสสำหรับฉัน RuBisCO แต่ก็มีกลุ่มของยีนสำหรับชิ้นส่วนของระบบการขนส่งน้ำตาล PTS ชนิด สองกลุ่มที่มีขนาดใหญ่ของยีนเข้ารหัสสำหรับลงแส้และการเคลื่อนไหวของยีน แม้ว่ามันจะเป็นความสามารถในการเผาผลาญมีเทนจะมีข้อ จำกัด มากเพราะมีเพียงหนึ่ง methyl-ยอมรับโปรตีน chemotaxis (Klotz 2006)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

จีโนม

ลำดับเบสที่สมบูรณ์ของโม่ โอเปอรอน , amocab , เอ็น oceani เสร็จเรียบร้อยแล้ว โดย alzerreca เจเจ จากรายงานต่อไปนี้เป็นสรุป : 49-53 % เป็นเหมือนกันกับ PMO ยีนสำหรับ mathane monooxygenase ของ methylococcus capsulatus 39-42 , % เหมือนโม่ของยีนเบต้าโพรทีโอแบคทีเรีย . ภายในโม่ โอเปอรอน 3 ยีน พบ , amoc amoa , และ amob .และมี 286bp 65bp intergenetic spacer ระหว่าง amoc amoa ระหว่าง amoa amob และ , และ ค่อนข้าง alzerreca สรุปจากลำดับเบสที่สมบูรณ์ของโม่ โอเปอรอนนั้นให้ละเอียดการเรียงลำดับเบส 16S rRNA phylogenetic กว่าคนเดียว ( alzerreca , 1999 )
ไนโตรโซคอกคัส oceani จีโนมลำดับวาสเสร็จในต้นปี 2006 . oceani มีโครโมโซมวงกลมเดียว 3481691 BP และพลาสมิดขนาด 40420 คู่ขนาด โครโมโซมประกอบด้วยโปรตีนที่ใช้เข้ารหัสลำดับในขณะที่พลาสมิด encodes 41 โปรตีน ( คล็อตส์ 2006 ) codea อย่างน้อยสองยีนสำหรับโปรตีนที่เกี่ยวข้องในการขนส่งเหล็ก ในจีโนมยังสามารถพบการใช้หลายระบบไอออนอนินทรีย์อื่น ๆ antiporters โซเดียมไฮโดรเจนหลาย โปรตีนส่งออกหลายระบบการ preprotein translocase รวมทั้งระบบ tatabc ประเภททั่วไป 2 / เส้นทางการขนสังเคราะห์เช่นเดียวกับประเภทที่ 4 ในฐานะคู่สมรส / ระบบการถ่ายโอนดีเอ็นเอ โปรตีน มันยังเข้ารหัสสำหรับรูปแบบผม rubisco มีกลุ่มของยีนที่เข้ารหัสสำหรับชิ้นส่วนของ PTS ประเภทน้ำตาลขนส่งระบบ สองกลุ่มใหญ่ของยีนที่เข้ารหัสสำหรับ flagellation การเคลื่อนที่และยีนแม้ว่าจะสามารถเผาผลาญก๊าซมีเทน มี จำกัด มาก เพราะมีเพียงหนึ่งยอมรับข้อตกลง ( สารโปรตีนคล็อตส์ 2006 )