2.3. Computational analysisEnzyme p

2.3. Computational analysis
Enzyme protein domains were predicted by using ScanProsite tool (http://expasy.org/tools/scanprosite/). Subcellular localization was predicted by using WoLF PSORT (http://wolfpsort.org/) (Horton et al., 2007). When multiple compartments appeared in the output with numerical scores, the one with the highest value was picked as the predicted compartment, and when two compartments showed the highest scores (e.g. ‘nuclear’ and ‘cytoplasmic’), both predictions were considered valid. Finally, enzymes were analyzed by using the SignalIP, NetOGlyc and NetNGlyc tools available at the Expasy Proteomics Server (http://www.expasy.ch/tools) to identify basic physicochemical parameters, the presence of a signal peptide and number and site of N- and O-glycosilations, respectively.

Analysis of conserved domains was based on previous reports for the domains involved in the catalytic binding site (Yuan et al., 2006 and Velazquez-Hernandez et al., 2009). Domains were manually identified in each group of sequences, extracted from the alignment and finally analyzed by using WebLogo tool (http://weblogo.berkeley.edu/) (Crooks et al., 2004). In addition, regions containing amino acids involved in enzyme characteristics as type of donor molecule (sucrose/fructose) (Schroeven et al., 2009), hydrolase versus transferase activity (Ritsema et al., 2006), or transformation of an F-type enzyme (6G-FFT/1-FFT) into an S-type enzyme (1-SST) (Lasseur et al., 2009), were also studied.

Amino acid substitutions were modeled by using the SwissPDB Viewer, and the tertiary structure models of Aspergillus oryzae N74 FTase (PMDB ID: PM0076248) (Rodriguez et al., 2010), Aspergillus japonicus FTase (PDB ID: 3LF7) (Chuankhayan et al., 2010), Bacillus subtilis levansucrase (PDB ID: 3BYJ) (Meng and Futterer, 2003), and Arabidopsis thaliana cell-wall invertase (PDB ID: 2AC1).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2.3 การวิเคราะห์การคำนวณ
โดเมนโปรตีนเอนไซม์ถูกคาดการณ์โดยใช้เครื่องมือ scanprosite (http://expasy.org/tool​​s/scanprosite/) แปล subcellular ทำนายโดยใช้หมาป่า psort (http://wolfpsort.org/) (ฮอร์ตัน, et al., 2007) เมื่อหลายช่องปรากฏอยู่ในเอาท์พุทที่มีคะแนนเป็นตัวเลขหนึ่งที่มีค่าสูงสุดได้รับเลือกให้เป็นช่องที่คาดการณ์ไว้,และเมื่อสองช่องมีคะแนนสูงสุด (เช่น 'นิวเคลียร์' และ 'นิวเคลียส') การคาดการณ์ทั้งสองได้รับการพิจารณาที่ถูกต้อง ในที่สุดเอนไซม์ถูกนำมาวิเคราะห์โดยใช้ signalip, netoglyc และเครื่องมือ netnglyc บริการที่เซิร์ฟเวอร์โปรตีน ExPASy (http://www.expasy.ch/tool​​s) เพื่อระบุพารามิเตอร์ทางเคมีฟิสิกส์พื้นฐานการปรากฏตัวของเปปไทด์สัญญาณและจำนวนและที่ตั้งของ n-o และ glycosilations ตามลำดับ.

การวิเคราะห์ของโดเมนป่าสงวนก็ขึ้นอยู่กับรายงานก่อนหน้านี้สำหรับโดเมนที่เกี่ยวข้องในเว็บไซต์ที่มีผลผูกพันตัวเร่งปฏิกิริยา (หยวน et al. ปี 2006 และ Velazquez- Hernandez, et al., 2009) โดเมนที่ถูกระบุว่าตนเองอยู่ในกลุ่มของลำดับแต่ละที่สกัดได้จากการจัดตำแหน่งและวิเคราะห์ในที่สุดได้โดยใช้เครื่องมือ weblogo (http://weblogo.berkeley.edu/) (โจร et al. 2004) นอกจากนี้ในพื้นที่ซึ่งมีกรดอะมิโนที่เกี่ยวข้องในลักษณะเอนไซม์เป็นชนิดของโมเลกุลผู้บริจาค (ซูโครส / ฟรักโทส) (schroeven et al. 2009), ไฮโดรเลสเมื่อเทียบกับ transferase กิจกรรม (ritsema et al. 2006)หรือการเปลี่ยนแปลงของเอนไซม์ F-TYPE (6g-fft/1-fft) ลงเอนไซม์ s-type (1-SST) (lasseur et al. 2009) การศึกษายัง.

แทนกรดอะมิโนที่ถูกสร้างแบบจำลองโดยใช้ ผู้ชม swisspdb และรูปแบบโครงสร้างในระดับอุดมศึกษาของ Aspergillus oryzae N74 ftase (PMDB ID: pm0076248) (Rodriguez, et al, 2010.) ftase Aspergillus japonicus (pdb ID: 3lf7) (. chuankhayan, et al, 2010),บาซิลลัส subtilis levansucrase (pdb ID: 3byj) (เม้งและ futterer, 2003) และ thaliana ผนังเซลล์ Arabidopsis invertase (pdb ID: 2ac1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2.3 การคำนวณวิเคราะห์
เอนไซม์โปรตีนโดเมนถูกคาดการณ์ โดยใช้เครื่องมือ ScanProsite (http://expasy.org/tools/scanprosite/) Subcellular แปลถูกทำนาย โดยใช้ดาวเคราะห์ PSORT (http://wolfpsort.org/) (แหล่ง et al., 2007) เมื่อช่องหลายปรากฏในการแสดงผลด้วยตัวเลขคะแนน หนึ่งที่ มีค่าสูงสุดได้รับเลือกเป็นช่องคาดการณ์ และเมื่อสองช่องแสดงคะแนนสูงสุด (เช่น 'นิวเคลียร์' และ 'cytoplasmic'), คาดคะเนทั้งสองได้ถือว่าใช้ สุดท้าย เอนไซม์ถูกวิเคราะห์ โดยใช้เครื่อง SignalIP, NetOGlyc และ NetNGlyc มือว่างที่เซิร์ฟเวอร์โปรตีโอมิกส์ Expasy (http://www.expasy.ch/tools) เพื่อระบุพารามิเตอร์ physicochemical พื้นฐาน ของเพปไทด์ส่งสัญญาณ และหมายเลข และไซต์ของ N - และ O-glycosilations ตามลำดับ.

วิเคราะห์นำโดเมนถูกตามรายงานก่อนหน้านี้สำหรับโดเมนเกี่ยวข้องในเว็บไซต์รวมตัวเร่งปฏิกิริยา (al. et หยวน 2006 และ al. et Velazquez นานเดซ 2009) โดเมนที่ระบุด้วยตนเองในแต่ละกลุ่มลำดับ สกัดจากตำแหน่ง และในที่สุด วิเคราะห์ โดยใช้เครื่องมือ WebLogo (http://weblogo.berkeley.edu/) (จาก Crooks et al., 2004) นอกจากนี้ ภูมิภาคที่ประกอบด้วยกรดอะมิโนเกี่ยวข้องในลักษณะเอนไซม์เป็นชนิดโมเลกุลผู้บริจาค (ซูโครส/ฟรักโทส) (Schroeven et al., 2009), hydrolase กับกิจกรรม transferase (Ritsema et al., 2006), หรือการเปลี่ยนแปลงของเอ็นไซม์ชนิด F (fft เที่ยง 6G fft เที่ยง ตรง/1-ตรง) เป็นเอ็นไซม์ชนิด S (1-SST) (Lasseur et al., 2009), ได้ศึกษายัง

แทนกรดอะมิโนถูกจำลอง โดยใช้ตัวแสดง SwissPDB และแบบจำลองโครงสร้างระดับตติยภูมิของ Aspergillus แห้งระดับต่าง ๆ N74 FTase (PMDB ID: PM0076248) (ร็อดริเกซและ al., 2010), Aspergillus japonicus FTase (PDB ID: 3LF7) (Chuankhayan et al., 2010), คัด levansucrase subtilis (PDB ID: 3BYJ) (เม็งและ Futterer, 2003), และ invertase Arabidopsis thaliana ผนังเซลล์ (PDB ID: 2AC1)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2.3 . โดเมนการวิเคราะห์
เอนไซม์โปรตีนเป็นนวัตกรรมโดยคาดว่าการใช้เครื่องมือ scanprosite ( http://expasy.org/tools/scanprosite/). การแปลเอกสารข้อมูลเกี่ยวกับ subcellular คาดว่าโดยการใช้สุนัข psort ( http://wolfpsort.org/) ( Horton et al . 2007 ) เมื่อปรากฏตัวในหลายช่องเอาต์พุตที่มีคะแนนเป็นตัวเลขหนึ่งที่มีมูลค่าสูงสุดที่ได้รับคาดว่าจะเป็นช่องและเมื่อทั้งสองช่องแสดงให้เห็นคะแนนสูงสุด(เช่น 'นิวเคลียร์'และ'.')การทำนายทั้งสองได้รับการพิจารณาให้ถูกต้อง สุดท้ายคือเอ็นไซม์ก็วิเคราะห์โดยใช้ signalip netoglyc netnglyc เครื่องมือและที่จัดให้บริการที่ expasy proteomics เซิร์ฟเวอร์( http://www.expasy.ch/tools) เพื่อระบุพารามิเตอร์ physicochemical พื้นฐานที่อยู่ของสัญญาณ peptide และหมายเลขและเว็บไซต์ของ N - และ o - glycosilations ,ตามลำดับ.

การวิเคราะห์ของสงวนไว้เป็นโดเมนที่ใช้ก่อนหน้ารายงานสำหรับโดเมนที่มีส่วนร่วมในที่มีเครื่องฟอกไอเสียมีผลผูกพันทางเว็บไซต์(หยวน et al ., 2006 และ velazquez-hernandez et al ., 2009 ) โดเมนได้รับการระบุว่าในแต่ละกลุ่มของซีเควนซ์ของด้วยตนเองถูกแยกออกมาจากการปรับแนวและสุดท้ายก็วิเคราะห์โดยการใช้เครื่องมือ weblogo ( http://weblogo.berkeley.edu/) (นักโจรกรรมบนโลกไซเบอร์ et al . 2004 ) ในการเพิ่มเขตพื้นที่ที่มีกรดอะมิโนชนิดมีส่วนเกี่ยวข้องในลักษณะเอนไซม์ชนิดโมเลกุลของผู้บริจาค(น้ำตาลฟรัค - โทซซูโครส/)( schroeven et al . 2009 ) hydrolase เมื่อเทียบกับกิจกรรม transferase ( ritsema et al . 2006 )หรือการเปลี่ยนแปลงของ F - type เอนไซม์( 6 G - FFT / 1 - FFT )เป็น S - พิมพ์เอนไซม์( 1 - SST )สำหรับ( lasseur et al ., 2009 )และยังศึกษา.

กรดอะมิโนเป็นการแทนโดยใช้การวางรูปแบบตามอย่าง swisspdb Viewer ,และขั้นโครงสร้างรุ่นของ aspergillus oryzae n 74 ftase ( pmdb ID :น . 0076248 )( Rodriguez et al ., 2010 ), aspergillus japonicus ftase ( PDB ID : 3 LF Array ทั้งชุด 7 )( chuankhayan et al ., 2010 )เชื้อ subtilis levansucrase ( ID PDB 3 byj )(เม็งและ futterer 2003 )และ ID arabidopsis thaliana เซลล์ - ผนัง invertase ( PDB 2 AC 1 )