Eukaryotic unicellular organisms ar

Eukaryotic unicellular organisms are an important part of the soil microbial community, but they are often
neglected in soil functional microbial diversity analysis, principally due to the absence of specific investiga-
tion methods in the special soil environment. In this study we used a method based on high-density centri-
fugation to specifically isolate intact algal and yeast cells, with the aim to analyze them with flow cytometry
and sort them for further molecular analysis such as deep sequencing. Recovery efficiency was tested at low
abundance levels that fit those in natural environments (104to 106cells per g soil). Five algae and five yeast
morphospecies isolated from soil were used for the testing. Recovery efficiency was between 1.5 to 43.16%
and 2 to 30.2%, respectively, and was dependent on soil type for three of the algae. Control treatments without
soil showed that the majority of cells were lost due to the method itself (58% and 55.8% respectively). However,
the cell extraction technique did not much compromise cell vitality because a fluorescein di-acetate assay indi-
cated high viability percentages (73.3% and 97.2% of cells, respectively). The low abundant algae and yeast
morphospecies recovered from soil were cytometrically analyzed and sorted. Following, their DNA was isolated
and amplified using specific primers. The developed workflow enables isolation and enrichment of intact auto-
trophic and heterotrophic soil unicellular eukaryotes from natural environments for subsequent application of
deep sequencing technologies.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ชีวิต unicellular eukaryotic เป็นส่วนสำคัญของชุมชนจุลินทรีย์ดิน แต่พวกเขามักละเลยในการวิเคราะห์ความหลากหลายที่จุลินทรีย์ทำงานดิน หลักเนื่องจากการขาดการระบุ investiga-วิธีการทางการค้าในสภาพแวดล้อมดินพิเศษ ในการศึกษานี้ เราใช้วิธีการอิงความหนาแน่นสูง centri-fugation โดยเฉพาะแยกเหมือนเดิมสาหร่ายและยีสต์เซลล์ การวิเคราะห์พวกเขา ด้วยการตรวจวิเคราะห์เซลล์ไหลและเรียงต่อโมเลกุลวิเคราะห์เช่นลำดับลึก ทดสอบประสิทธิภาพการกู้คืนที่ต่ำระดับความอุดมสมบูรณ์ที่เหมาะกับผู้ที่อยู่ในสภาพแวดล้อมธรรมชาติ (ต่อดิน g 104to 106cells) สาหร่ายที่ห้าและยีสต์ห้าmorphospecies ที่แยกได้จากดินที่ใช้สำหรับการทดสอบ ประสิทธิภาพการกู้คืนคือระหว่าง 1.5 ถึง 43.16%และ 2 30.2% ตามลำดับ และขึ้นอยู่กับชนิดของดินที่สามของสาหร่าย ควบคุมรักษาโดยไม่ต้องดินแสดงให้เห็นว่า ส่วนใหญ่ของเซลล์สูญเสียวิธีการเอง (58% และ 55.8% ตามลำดับ) อย่างไรก็ตามเทคนิคการสกัดเซลล์ไม่มากประนีประนอมพลังเซลล์เนื่องจากใน fluorescein di-อะซิเต assay หม่า-เปอร์เซ็นต์สูงศักยภาพผลิต (73.3% และ 97.2% ของเซลล์ ตามลำดับ) สาหร่ายที่อุดมสมบูรณ์ต่ำและยีสต์กู้คืนจากดิน morphospecies cytometrically วิเคราะห์ และเรียงลำดับได้ ต่อไปนี้ ดีเอ็นเอของพวกเขาถูกแยกและขยายโดยใช้ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจง ลำดับการพัฒนาช่วยให้การแยกและเพิ่มคุณค่าในเหมือนเดิมอัตโนมัติ-จากธรรมชาติสำหรับการประยุกต์ของ eukaryotes unicellular ดินชั้น และ heterotrophicลำดับลึกเทคโนโลยี

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สิ่งมีชีวิตเซลล์เดียว eukaryotic เป็นส่วนสำคัญของชุมชนของจุลินทรีย์ดิน แต่พวกเขามักจะ
ถูกละเลยในการทำงานการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์ดินโดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากขาดสืบสวนเฉพาะ
วิธีการในสภาพแวดล้อมดินพิเศษ ในการศึกษานี้เราใช้วิธีการขึ้นอยู่กับความหนาแน่นสูง centri-
fugation เฉพาะแยกเหมือนเดิมสาหร่ายและยีสต์เซลล์โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อวิเคราะห์พวกเขามีภูมิคุ้มกันไหล
และจัดเรียงพวกเขาสำหรับการวิเคราะห์โมเลกุลเพิ่มเติมเช่นลำดับลึก ประสิทธิภาพการกู้คืนได้รับการทดสอบที่ต่ำ
ระดับความอุดมสมบูรณ์ที่เหมาะสมกับผู้ที่อยู่ในสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติ (104to 106cells ต่อกรัมของดิน) ห้าห้าสาหร่ายและยีสต์
morphospecies ที่แยกได้จากดินที่ถูกนำมาใช้สำหรับการทดสอบ ประสิทธิภาพการกู้คืนระหว่าง 1.5-43.16%
และ 2-30.2% ตามลำดับและขึ้นอยู่กับชนิดของดินสามของสาหร่าย การรักษาควบคุมโดยไม่ต้อง
ดินพบว่าส่วนใหญ่ของเซลล์ที่ถูกสูญเสียไปจากวิธีการของตัวเอง (58% และ 55.8% ตามลำดับ) อย่างไรก็ตาม
เทคนิคการสกัดเซลล์ได้พลังเซลล์ประนีประนอมไม่มากเพราะ fluorescein di-acetate ทดสอบชี้บอก
cated เปอร์เซ็นต์มีศักยภาพสูง (73.3% และ 97.2% ของเซลล์ตามลำดับ) ความอุดมสมบูรณ์ต่ำสาหร่ายและยีสต์
morphospecies ฟื้นจากดินมาวิเคราะห์และจัดเรียง cytometrically ต่อไปนี้ดีเอ็นเอของพวกเขาถูกแยก
และขยายการใช้ไพรเมอร์ที่เฉพาะเจาะจง เวิร์กโฟลว์การพัฒนาจะช่วยให้การแยกและการเพิ่มคุณค่าของอัตโนมัติเหมือนเดิม
โภชนาและดิน heterotrophic ยูคาริโอจุลินทรีย์จากสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติสำหรับการใช้งานที่ตามมาของ
เทคโนโลยีการจัดลำดับลึก

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ความแตกต่างระหว่างสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวเป็นส่วนสําคัญของชุมชนจุลินทรีย์ในดิน แต่พวกเขามักจะหลงในความหลากหลายของจุลินทรีย์ดินการทำงานการวิเคราะห์ , หลักเนื่องจากการขาด investiga เฉพาะ -วิธีการ , ในสภาพแวดล้อมดินพิเศษ ในการศึกษาได้ใช้วิธีตาม centri - ความหนาแน่นสูงfugation เฉพาะแยกสมบูรณ์ของสาหร่ายและยีสต์เซลล์ มีวัตถุประสงค์เพื่อวิเคราะห์ด้วยเครื่องนับเซลล์และจัดเรียงไว้ในการวิเคราะห์โมเลกุลเพิ่มเติม เช่น การลึก กู้คืนถูกทดสอบในประสิทธิภาพต่ำความอุดมสมบูรณ์ในระดับที่พอดีในสภาพแวดล้อมธรรมชาติ ( 104to 106cells / กรัมของดิน ) ห้าห้า ยีสต์ สาหร่าย และmorphospecies ที่แยกได้จากดินที่ใช้ในการทดสอบ ประสิทธิภาพการกู้คืนอยู่ระหว่าง 1.5 ถึง 43.16 %และ 2 30.2 ตามลำดับ และขึ้นอยู่กับชนิดของดินสำหรับสามสาหร่าย การรักษาโดยไม่ต้องควบคุมของดินพบว่าส่วนใหญ่ของเซลล์ที่สูญหายเนื่องจากวิธีตัวเอง ( 58 % และ 55.8 ตามลำดับ ) อย่างไรก็ตามเทคนิคการสกัดเซลล์ไม่ได้มากประนีประนอม เซลล์พลัง เพราะดิ อะซิเตที่ใช้ - อินดีเปอร์เซ็นต์ความมีชีวิตสูงตั้งอยู่ ( 29 ล้านบาท และสินทรัพย์รวมของเซลล์ ตามลำดับ ) ต่ำมาก สาหร่าย และยีสต์morphospecies หายจาก cytometrically วิเคราะห์ดินและเรียงลําดับ ต่อไปนี้ ดีเอ็นเอของพวกเขาถูกแยกขยายและใช้ไพรเมอร์ที่จำเพาะ การพัฒนาเวิร์กโฟลว์ช่วยแยกและการสมบูรณ์อัตโนมัติอันดับดินและสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวแบบยูแคริโอตจากสภาพแวดล้อมธรรมชาติๆ ใบสมัครลึกเทคโนโลยีของ