Amplified fragments were scored as

Amplified fragments were scored as presence or absence of bands, and a binary matrix of RAPD phenotypes was assembled. Only polymorphic loci were used. The data analysis were further restricted to bands whose observed frequencies in each population were less than 1 – (3/N), where N is the number of plants analysed [14] to avoid significant bias in estimates of population genetic parameters. Non-random associations between pairs of loci were investigated using the Spearman rank correlation, with the SPSS 12.0 computer package. Intrapopulational genetic diversity was assessed as the proportion of polymorphic loci (P, using the 95% criterion), mean number (N) and effective number (Ne) of alleles per locus, Nei's gene diversity [15] (He, that was adopted assuming the populations to be in Hardy-Weinberg equilibrium, although we were not able to investigate this since dominant markers were used), and Shannon's information index. The latter can be considered a measure of phenotypic diversity (I =  −Σpilog2pi, where pi is the frequency of presence or absence of a given RAPD fragment; [16]), assuming that populations are not in Hardy-Weinberg equilibrium. This index is frequently used in RAPD analysis because it is insensitive to bias that may be introduced into data owing to undetectable heterozygosity [17]. Calculations were performed using the GENALEX 6.5 software package [18].
The distribution of genetic diversity within and among populations was assessed using Nei's genetic differentiation degree (GST) [19]. Analysis of Molecular Variance (AMOVA), based on squared Euclidean distances between all pairs of RAPD phenotypes [20], was employed using the Arlequin software [21]. The AMOVA procedure was performed in order to further partition the total genetic variation among taxa, among population within subspecies and within populations, and to compute a pairwise population FST value matrix according to Weir and Cockerham [22]. The statistical significance of the covariance components was estimated by nonparametric randomisation tests using 10000 permutations. The null distribution of pairwise FST values under the hypothesis of no differences between the populations was also tested by using a permutational approach (10000 replicates).
Cluster analysis was performed on pairwise FST distances using the Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages (UPGMA; [23]) with the SAHN program in NTSYS-pc 2.10j[24]. A cophenetic value matrix (COPH in NTSYS) was produced from the dendrogram and compared with the genetic distance matrix by using the MXCOMP program in NTSYS to estimate the goodness of fit of the cluster analysis. Principal coordinate analysis (PCoA) was also performed, based on pairwise FST distances matrix (DCENTER and EIGEN procedures in NTSYS), to better understand genetic relationships among populations.
The genetic structure of the populations was also explored using Bayesian clustering, performed using the software Structure [25]. The program uses a Markov chain Monte Carlo (MCMC) algorithm to cluster individuals into populations on the basis of multilocus genotypic data. Individual multilocus genotypes are first assigned probabilistically to genetic clusters (K) without considering sampling origins. Admixed or hybrid individuals can be identified as they will have a fraction of their alleles derived from each genetic cluster. Posterior probabilities of K were calculated from the means of 20 runs for each value of K (from 1 to 6), and the optimum K determined using the method of Evanno et al. [26].

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

บางส่วนของเอาต์ได้คะแนนเป็นหรือวง และเมทริกซ์ฐานสองของฟีอาร์เอพีดีรวบรวม เฉพาะ polymorphic loci ถูกใช้ วิเคราะห์ข้อมูลเพิ่มเติมได้จำกัดการแถบความถี่ที่สังเกตในแต่ละประชากรมีน้อยกว่า 1- (3/N), โดยที่ N คือ จำนวนของพืช analysed [14] เพื่อหลีกเลี่ยงความโน้มเอียงที่สำคัญในการประเมินของประชากรพารามิเตอร์ทางพันธุกรรม สมาคมไม่สุ่มระหว่างคู่ของ loci ถูกสอบสวนด้วยความสัมพันธ์ของอันดับของ Spearman แพคเกจ 12.0 โปรแกรมคอมพิวเตอร์ จำนวน (N) หมายถึง ความหลากหลายทางพันธุกรรมถูกประเมินเป็นสัดส่วนของ polymorphic loci (P ใช้เกณฑ์ 95%), Intrapopulational และหมายเลข (Ne) มีผลบังคับใช้ของ alleles ต่อโลกัสโพล ความหลากหลายของยีนของ Nei [15] (เขา ที่ถูกนำมาใช้โดยประชากรจะอยู่ในสมดุล Hardy Weinberg แม้ว่าเราไม่สามารถทำการตรวจสอบเนื่องจากมีใช้เครื่องหมายหลัก), ดัชนีข้อมูลของแชนนอน หลังถือได้ว่าการวัดความหลากหลายไทป์ (ผม = −Σpilog2pi ปี่ความถี่ของการแสดงตนหรือการขาดงานของอาร์เอพีดีที่กำหนดส่วน [16]), สมมติว่าประชากรไม่สมดุล Hardy Weinberg ดัชนีนี้มักจะใช้ในการวิเคราะห์อาร์เอพีดีเนื่องจากมีการซ้อนความโน้มเอียงที่อาจนำมาใช้เป็นข้อมูลเพราะสามค heterozygosity [17] คำนวณได้ดำเนินการโดยใช้ชุดซอฟต์แวร์ของ GENALEX 6.5 [18]การกระจายของความหลากหลายทางพันธุกรรมภายใน และ ระหว่างประชากรถูกประเมินโดยใช้ระดับการสร้างความแตกต่างทางพันธุกรรมของ Nei (GST) [19] วิเคราะห์ของโมเลกุลต่าง (AMOVA), ขึ้นอยู่กับระยะทาง Euclidean กำลังสองระหว่างคู่ของอาร์เอพีดีฟี [20], ทำงานโดยใช้ซอฟต์แวร์ Arlequin [21] ทำการ AMOVA ขั้นตอนการพาร์ติชันเพิ่มเติมเปลี่ยนแปลงพันธุกรรมรวมระหว่าง taxa ระหว่างประชากร ในชนิดย่อย และ ในกลุ่ม ประชากร และการคำนวณ ประชากรแพร์ไวส์ FST ค่าเมตริกซ์ตามฝายและ Cockerham [22] นัยสำคัญทางสถิติของส่วนประกอบความแปรปรวนร่วมถูกประเมิน โดยการทดสอบ nonparametric randomisation ที่ใช้สับ 10000 นอกจากนี้ยังได้ทดสอบค่า FST แพร์ไวส์ภายใต้สมมติฐานของประชากรที่ไม่แตกกระจายเป็น null โดยใช้วิธีการแบบ permutational (เหมือนกับ 10000)ทำการแบ่งตามระยะทาง FST แพร์ไวส์ด้วยวิธี Unweighted คู่กลุ่มค่าเฉลี่ยเลขคณิต (UPGMA [23]) กับโปรแกรม SAHN ใน NTSYS pc 2.10j [24] Cophenetic ค่าเมทริกซ์ (COPH ใน NTSYS) ผลิตจาก dendrogram และเทียบกับเมทริกซ์ระยะห่างทางพันธุกรรม โดยใช้โปรแกรม MXCOMP ใน NTSYS เพื่อประเมินความกตัญญูพอดีวิเคราะห์คลัสเตอร์ หลักการประสานงานวิเคราะห์ (PCoA) ยังทำการ ตามแพร์ไวส์ FST ระยะทางเมตริกซ์ (EIGEN และ DCENTER ขั้นตอนใน NTSYS), การเข้าใจความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมในประชากรโครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากรที่ถูกยังอุดมใช้ทฤษฎีคลัสเตอร์ ใช้ซอฟต์แวร์โครงสร้าง [25] โปรแกรมใช้แบบ Markov โซ่มอน Carlo (MCMC) อัลกอริทึมกับคลัสเตอร์บุคคลในประชากรโดยใช้ข้อมูลจีโนไทป์ multilocus แต่ละการศึกษาจีโนไทป์ multilocus แรกกำหนดให้ probabilistically กับคลัสเตอร์ทางพันธุกรรม (K) โดยสุ่มตัวอย่างมาพิจารณา Admixed หรือสามารถระบุบุคคลไฮบริด ตามที่พวกเขาจะมีเศษของ alleles ของพวกเขามาจากแต่ละคลัสเตอร์ทางพันธุกรรม กิจกรรมหลังของ K คำนวณได้จากวิธีการทำงาน 20 สำหรับแต่ละค่าของ K (จาก 1 ถึง 6), และ K สูงสุดที่กำหนดโดยใช้วิธีของ Evanno et al. [26]

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ชิ้นส่วนขยายถูกยิงในขณะที่มีหรือไม่มีวงดนตรีและเมทริกซ์ไบนารีของ phenotypes RAPD ประกอบ เฉพาะตำแหน่ง polymorphic ถูกนำมาใช้ การวิเคราะห์ข้อมูลที่ถูก จำกัด ต่อไปวงดนตรีที่มีข้อสังเกตความถี่ในแต่ละประชากรน้อยกว่า 1 - (3 / N) โดยที่ N คือจำนวนของพืชวิเคราะห์ [14] เพื่อหลีกเลี่ยงอคติที่สำคัญในการประมาณการของพารามิเตอร์ทางพันธุกรรมของประชากร สมาคมที่ไม่ใช่สุ่มระหว่างคู่ของตำแหน่งถูกตรวจสอบโดยใช้ความสัมพันธ์ยศสเปียร์แมนกับแพคเกจโปรแกรม SPSS 12.0 คอมพิวเตอร์ ความหลากหลายทางพันธุกรรม Intrapopulational ได้รับการประเมินเป็นสัดส่วนของตำแหน่ง polymorphic (P โดยใช้เกณฑ์ 95%) ค่าเฉลี่ยจำนวน (N) และจำนวนที่มีประสิทธิภาพ (Ne) ของอัลลีลต่อสถานที่ความหลากหลายของยีน Nei ของ [15] (เขาที่ถูกนำมาใช้สมมติ ประชากรที่จะอยู่ในความสมดุล Hardy-Weinberg ถึงแม้ว่าเราไม่สามารถที่จะตรวจสอบเรื่องนี้ตั้งแต่เครื่องหมายที่โดดเด่นถูกนำมาใช้) และดัชนีข้อมูลของแชนนอน หลังได้รับการพิจารณาตัวชี้วัดของความหลากหลายทางฟีโนไทป์ (ที่ I = -Σpilog2piที่ปี่คือความถี่ของการมีหรือไม่มีส่วนดีเอ็นเอที่กำหนด [16]) สมมติว่าประชากรที่ไม่ได้อยู่ในภาวะสมดุล Hardy-Weinberg ดัชนีนี้มักจะถูกใช้ในการวิเคราะห์ดีเอ็นเอเพราะมันเป็นความรู้สึกที่มีอคติที่อาจจะนำมาใช้เป็นข้อมูลเนื่องจาก heterozygosity ตรวจสอบไม่พบ [17] การคำนวณที่ถูกดำเนินการโดยใช้ GENALEX 6.5 แพคเกจซอฟต์แวร์ [18].
การกระจายความหลากหลายทางพันธุกรรมภายในและระหว่างประชากรได้รับการประเมินโดยใช้ระดับความแตกต่างทางพันธุกรรมของ Nei (GST) [19] การวิเคราะห์ความแปรปรวนโมเลกุล (AMOVA) ขึ้นอยู่กับระยะทางแบบยุคลิดสองระหว่างคู่ทั้งหมดของ phenotypes RAPD [20], ถูกจ้างโดยใช้ซอฟแวร์ Arlequin [21] ขั้นตอน AMOVA ได้ดำเนินการเพื่อที่จะแบ่งพาร์ติชันต่อไปการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมรวมหมู่แท็กซ่าในหมู่ประชากรภายในย่อยภายในประชากรและการคำนวณจากจำนวนประชากรเมทริกซ์ค่า FST ตามเวียร์และคอร์เกอร์แฮม [22] อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติของส่วนประกอบความแปรปรวนที่ถูกประเมินโดยการทดสอบโดยใช้การสุ่ม nonparametric 10000 พีชคณิต การกระจาย null ของค่าคู่ FST ภายใต้สมมติฐานของการไม่มีความแตกต่างระหว่างประชากรได้รับการทดสอบโดยใช้วิธี permutational นี้ (10,000 ซ้ำ).
การวิเคราะห์กลุ่มกำลังดำเนินการคู่ FST ระยะทางที่ใช้ชั่งคู่กลุ่มวิธีที่มีค่าเฉลี่ยเลขคณิต (UPGMA [ 23]) กับโปรแกรม Sahn ใน NTSYS พีซี 2.10j [24] เมทริกซ์ค่า cophenetic (COPH ใน NTSYS) ถูกผลิตจาก dendrogram และเมื่อเทียบกับเมทริกซ์ระยะทางพันธุกรรมโดยใช้โปรแกรม MXCOMP ใน NTSYS ในการประเมินความดีของพอดีของการวิเคราะห์คลัสเตอร์ การวิเคราะห์การประสานงานหลัก (PCoA) ได้ดำเนินการนอกจากนี้ยังขึ้นอยู่กับคู่ FST ระยะทางแมทริกซ์ (DCENTER และวิธีการใน EIGEN NTSYS) เพื่อทำความเข้าใจความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของประชากร.
โครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากรที่ได้รับการสำรวจโดยใช้การจัดกลุ่มคชกรรมดำเนินการโดยใช้ซอฟแวร์ โครงสร้าง [25] โปรแกรมที่ใช้โซ่มาร์คอฟ Monte Carlo (MCMC) ขั้นตอนวิธีการที่จะเข้ามาในกลุ่มบุคคลที่ประชากรบนพื้นฐานของข้อมูลทางพันธุกรรม Multilocus ยีน Multilocus ส่วนบุคคลที่ได้รับมอบหมายเป็นครั้งแรกที่จะ probabilistically กลุ่มพันธุกรรม (K) โดยไม่คำนึงถึงต้นกำเนิดของการสุ่มตัวอย่าง ผสมหรือไฮบริดบุคคลที่สามารถระบุได้ที่พวกเขาจะมีส่วนของอัลลีลของพวกเขาได้มาจากแต่ละกลุ่มทางพันธุกรรม ความน่าจะเป็นหลังของ K จะถูกคำนวณจากวิธีการของการวิ่ง 20 สำหรับแต่ละค่าของ K (1-6) และ K ที่เหมาะสมที่กำหนดใช้วิธีการ Evanno et al, [26]

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ชิ้นส่วนของตนหรือขาดของระดับคะแนนเป็นวง และแบบไบนารีของ RAPD ฟีโนไทป์คือประกอบ เฉพาะตำแหน่งที่มีการใช้ การวิเคราะห์ข้อมูลได้จำกัดวงใครสังเกตความถี่ในแต่ละประชากรน้อยกว่า 1 – 3 / n ) โดยที่ n คือจำนวนของพืชที่วิเคราะห์ [ 14 ] เพื่อหลีกเลี่ยงความอคติในการประมาณค่าพารามิเตอร์ทางพันธุกรรมประชากรแบบไม่สุ่มสมาคมระหว่างคู่ของเทคนิคศึกษาโดยใช้ Spearman Rank Correlation กับคอมพิวเตอร์ SPSS สำหรับแพคเกจ ความหลากหลายทางพันธุกรรม intrapopulational ถูกประเมินว่า สัดส่วนของจำนวนโลไซ ( P ใช้ 95% เกณฑ์ ) หมายถึงจำนวน ( n ) และประสิทธิภาพ ( NE ) ของจำนวนอัลลีลต่อความเชื่อของเนย , ความหลากหลาย [ 15 ] ( เขาที่เป็นลูกบุญธรรมสมมติว่าประชากรให้อยู่ในสมดุลฮาร์ดีไวน์เบิร์ก แม้ว่าเราไม่สามารถที่จะตรวจสอบเรื่องนี้ เพราะเด่นเครื่องหมายที่ใช้ ) และ แชนนอน ข้อมูลดัชนี หลังสามารถพิจารณาการวัดความหลากหลายของเซลล์ ( ผม  =  −Σ pilog2pi ที่ PI คือความถี่ของตนหรือขาดได้ด้วย ~ ; [ 16 ] )สมมติว่าใน Hardy Weinberg ประชากรไม่สมดุล ดัชนีนี้จะถูกใช้บ่อยในการวิเคราะห์ RAPD เพราะมันไม่รู้สึกถึงอคติที่อาจจะแนะนำเป็นข้อมูล เพราะได้เฉพาะที่ [ 17 ] การคำนวณการใช้แพคเกจซอฟต์แวร์ genalex 6.5
[ 18 ]การกระจายของความหลากหลายทางพันธุกรรมในประชากรและใช้เนยเป็นพันธุกรรมแตกต่างองศา ( GST ) [ 19 ] การวิเคราะห์ความแปรปรวน ( ANOVA ) ซึ่งตามสถิติใช้ระยะทางระหว่างคู่ทั้งหมดของ RAPD ฟีโนไทป์ [ 20 ] ในการใช้ซอฟต์แวร์ arlequin [ 21 ]ขั้นตอนการวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมถูกใช้เพื่อเพิ่มเติมพาร์ทิชันทั้งหมดและความแปรผันทางพันธุกรรมของประชากรภายในของชนิดย่อยและภายในประชากร และคำนวณค่าเมทริกซ์คู่ประชากร f ตามฝายและแฮม [ 22 ] ความสำคัญทางสถิติของนักเรียนโดยการทดสอบส่วนประกอบประมาณ 3 หมื่น randomisation ใช้กฎการสลับที่การกระจายของคู่ f ค่า null ภายใต้สมมติฐานที่ไม่มีความแตกต่างระหว่างประชากร นอกจากนี้ ทดสอบโดยใช้วิธีการ permutational ( 10000 ซ้ำ )
การวิเคราะห์กลุ่มคือใช้ระยะทาง f คู่โดยใช้วิธีเฉลี่ยถ่วงน้ำหนักคู่กับคณิตศาสตร์ ( UPGMA ; [ 23 ] ) กับ sahn โปรแกรม NTSYS pc ใน 2.10j [ 24 ]เมทริกซ์ค่า cophenetic ( COPH ใน NTSYS ) ผลิตจากพันธุกรรม และเมื่อเทียบกับระยะทางพันธุกรรมเมทริกซ์ โดยใช้โปรแกรม NTSYS mxcomp ในการประเมินความสอดคล้องของการวิเคราะห์กลุ่ม การวิเคราะห์พิกัดหลัก ( pcoa ) ยังดำเนินการตามคู่ f ระยะทางเมทริกซ์ ( dcenter และขั้นตอนใน eigen NTSYS )เพื่อให้เข้าใจความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของประชากร โครงสร้างทางพันธุกรรมของประชากร
ยังสํารวจโดยใช้ Bayesian การจัดกลุ่มโดยใช้โครงสร้างซอฟต์แวร์ , [ 25 ] โปรแกรมใช้ Markov Monte Carlo ( MCMC ) โดยให้กลุ่มบุคคลที่เป็นประชากรบนพื้นฐานของ multilocus การทดสอบข้อมูล