TWe conducted genome sequencing of

TWe conducted genome sequencing of the filamentous fungus Aspergillus sojae NBRC4239 isolated from the koji used to prepare Japanese soy sauce. We used the 454 pyrosequencing technology and investigated the genome with respect to enzymes and secondary metabolites in comparison with other Aspergilli sequenced. Assembly of 454 reads generated a non-redundant sequence of 39.5-Mb possessing 13 033 putative genes and 65 scaffolds composed of 557 contigs. Of the 2847 open reading frames with Pfam domain scores of >150 found in A. sojae NBRC4239, 81.7% had a high degree of similarity with the genes of A. oryzae. Comparative analysis identified serine carboxypeptidase and aspartic protease genes unique to A. sojae NBRC4239. While A. oryzae possessed three copies of α-amyalse gene, A. sojae NBRC4239 possessed only a single copy. Comparison of 56 gene clusters for secondary metabolites between A. sojae NBRC4239 and A. oryzae revealed that 24 clusters were conserved, whereas 32 clusters differed between them that included a deletion of 18 508 bp containing mfs1, mao1, dmaT, and pks-nrps for the cyclopiazonic acid (CPA) biosynthesis, explaining the no productivity of CPA in A. sojae. The A. sojae NBRC4239 genome data will be useful to characterize functional features of the koji moulds used in Japanese industries

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

TWe ดำเนินกลุ่มลำดับของการ filamentous เชื้อรา Aspergillus sojae NBRC4239 ที่แยกต่างหากจากจิที่ใช้ในการเตรียมซอสถั่วเหลืองญี่ปุ่น เราใช้เทคโนโลยี 454 pyrosequencing และสอบสวนกลุ่มเกี่ยวกับเอนไซม์และ metabolites รองเมื่อเปรียบเทียบกับ Aspergilli อื่น ๆ เรียงลำดับ แอสเซมบลีของอ่าน 454 สร้างลำดับที่ไม่ซ้ำซ้อนมียีน 13 033 putative เมกะไบต์ 39.5 และ 65 scaffolds ประกอบ 557 contigs ของ 2847 เปิดอ่านเฟรม ด้วยสกอร์ Pfam โดเมนของ > 150 พบใน sojae A. NBRC4239, 81.7% ได้ระดับสูงคล้ายกับยีนของ A. แห้งระดับต่าง ๆ วิเคราะห์เปรียบเทียบระบุแถ carboxypeptidase และ aspartic รติเอสยีนเฉพาะ A. sojae NBRC4239 ในขณะที่อ.แห้งระดับต่าง ๆ ต้องมีสำเนาของยีนα amyalse, A. sojae NBRC4239 ต้องสำเนาเดียวเท่านั้น เปรียบเทียบ 56 ยีนคลัสเตอร์ใน metabolites ที่รองระหว่าง A. sojae NBRC4239 และแห้งระดับต่าง ๆ อ.เปิดเผยว่า ได้อาศัยคลัสเตอร์ 24 ขณะคลัสเตอร์ 32 แตกต่างระหว่างนั้นได้รวมการลบ 18 508 bp ที่มี mfs1, mao1, dmaT และ pks-nrps ในการ cyclopiazonic กรด (CPA) สังเคราะห์ อธิบายประสิทธิผลไม่ของ CPA ใน A. sojae Sojae A. ข้อมูลจีโนม NBRC4239 จะใช้ลักษณะการทำงานลักษณะการทำงานของแม่พิมพ์จิที่ใช้ในอุตสาหกรรมญี่ปุ่น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

Twe ดำเนินการลำดับจีโนมของเชื้อรา Aspergillus ใย Sojae NBRC4239 ที่แยกได้จากโคจิที่ใช้ในการเตรียมความพร้อมซอสถั่วเหลืองญี่ปุ่น เราใช้เทคโนโลยี pyrosequencing 454 และการตรวจสอบจีโนมที่เกี่ยวกับเอนไซม์และสารทุติยภูมิในการเปรียบเทียบกับ Aspergilli อื่น ๆ หาลำดับ สภา 454 คนอ่านสร้างลำดับที่ไม่ซ้ำซ้อน 39.5 Mb-13 ที่มี 033 ยีนสมมุติและ 65 โครงประกอบด้วย 557 contigs ของ 2847 เฟรมเปิดอ่านด้วยคะแนน Pfam โดเมน> 150 พบใน A. Sojae NBRC4239, 81.7% มีระดับสูงของความคล้ายคลึงกันกับยีนของ A. oryzae การวิเคราะห์เปรียบเทียบระบุ carboxypeptidase ซีรีนและยีนโปรตีเอส aspartic ที่ไม่ซ้ำกับ A. Sojae NBRC4239 ในขณะที่ A. oryzae ครอบครองสามสำเนาของยีนα-amyalse, A. Sojae NBRC4239 ครอบครองเพียงสำเนาเดียว เปรียบเทียบจาก 56 กลุ่มยีนสำหรับสารทุติยภูมิระหว่าง A. Sojae NBRC4239 และ A. oryzae เปิดเผยว่า 24 กลุ่มที่ได้รับการอนุรักษ์ในขณะที่ 32 กลุ่มที่แตกต่างระหว่างพวกเขารวมถึงลบ 18 508 bp มี MFS1, MAO1, DMAT และ PKS-NRPS สำหรับ กรด cyclopiazonic (CPA) การสังเคราะห์อธิบายการผลิตที่ไม่มีการสอบบัญชีรับอนุญาตใน Sojae A. A. Sojae NBRC4239 ข้อมูลจีโนมจะเป็นประโยชน์กับลักษณะคุณสมบัติการทำงานของแม่พิมพ์โคจิที่ใช้ในอุตสาหกรรมญี่ปุ่น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ลำดับของจีโนม twe จัดเป็นเชื้อรา Aspergillus sojae nbrc4239 แยกจากโคจิที่ใช้ในการเตรียมซอสถั่วเหลืองญี่ปุ่น เราใช้ 454 ไพโรซีเควนซิงเทคโนโลยีและศึกษาพันธุกรรมที่มีต่อเอนไซม์และสารทุติยภูมิในการเปรียบเทียบกับอื่น ๆ aspergilli นี้ ประกอบจาก 454 คนอ่านสร้างไม่ซ้อนลำดับ 395-mb ครอบครอง 13 033 การแสดงออกยีนและ 65 โครงประกอบด้วย 557 สูง . ของ 2396 เปิดอ่านเฟรมกับ pfam โดเมนคะแนน > 150 ที่พบใน อ. sojae nbrc4239 ร้อยละ 81.7 , ระดับสูงของความเหมือนกับยีนของ A . oryzae . การวิเคราะห์เปรียบเทียบเอนไซม์และยีน aspartic protease คาร์บอกซีเปปติเดสระบุเฉพาะ . sojae nbrc4239 . ในขณะที่ Aผลการสิงสามชุดของยีนแอลฟา amyalse อ. sojae nbrc4239 สิงเดียวคัดลอก การเปรียบเทียบยีนกลุ่มสำหรับ 56 ชนิดทุติยภูมิ ระหว่าง อ. sojae nbrc4239 และ A . oryzae เปิดเผยว่า 24 กลุ่ม เป็นป่าสงวน ส่วน 32 กลุ่มแตกต่างกันระหว่างพวกเขาซึ่งรวมถึงการลบ 18 508 BP ที่มี mfs1 mao1 ภายหลัง , , ,สำหรับกรดและ nrps pks cyclopiazonic ( CPA ) ในอธิบายไม่มีผลผลิตของ CPA . sojae . เอ. sojae nbrc4239 จีโนมข้อมูลจะเป็นประโยชน์กับลักษณะคุณสมบัติการทำงานของโคจิ แม่พิมพ์ที่ใช้ในอุตสาหกรรมของญี่ปุ่น