2012). We congruified (Eastman et a

2012). We congruified (Eastman et al., 2013) our maximum
likelihood estimate with the most resolved angiosperm chronogram
currently available (Tank et al., 2013; Zanne et al., 2013), and
used penalized likelihood rate smoothing to create a time scaled
phylogeny of the species in our study (Smith & O’Meara, 2012).
Phylogenetic distances between species in the 329 pairwise
interactions were extracted using the cophenetic.phylo function in
the R package ape (Paradis et al., 2004). Full details of the
phylogeny estimation are presented in Supporting Information
Methods S1.
Hierarchical Bayesian meta-analysis
To determine the influence of phylogeny on plant–soil feedbacks
we fitted a hierarchical Bayesian model accounting for sampling
and hierarchical dependencies in our data. Our model in matrix
form is:
d ¼ Xb þ d þ e Eqn 1
where d is the vector of effect size estimates from all the
experiments; X, a design matrix with our covariates, b, a vector of
parameters; d, a vector of hierarchical errors; and e a vector of
sampling errors. It assumes the distributions:
dNð0; DÞ
D ¼ s2I þ fM
eNð0; V Þ Eqn 2
where V is the sampling variance-covariance matrix, with known
sampling variances and covariances, D represents the variance and
covariance among random deviations of Xb from the effect sizes
being estimated. Thus, D is a block-diagonal matrix, with
hierarchical variance s2 on the diagonal (I) and blocks (M) of
hierarchical covariance f on the off-diagonal for pairs of hierarchically
dependent effect sizes. We estimated the slope for phylogenetic
distance with 95% credible intervals for this estimate,
calculated by multiplying the posterior standard error of the
coefficients by the 95% quantile of a t-distribution with N-k
degrees of freedom. Our analysis was carried out using R 3.1.0 (R
Core Development Team, 2013) with the R package metahdep
(Stevens&Nicholas, 2009). Further details of the methods and our
study design, including the full dataset and R code used in the
paper, can be found in our Supporting Information Methods S1,
Notes S2 and Table S1.
Results and Discussion
Our analyses show that phylogenetic distance between species pairs
is a very poor predictor of plant–soil feedback effects (0.00035;
95% credible interval (CI): lower = 0.00077, upper = 0.00007,
n = 329; Fig. 2a). Whilst there was a moderately negative plant–soil
feedback effect observed on average (0.330; 95% CI:
lower = 0.503, upper = 0.156, n = 329), variation in

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2012) . เรา congruified (อีสต์แมนและ al., 2013) สูงสุดของเราประเมินความเป็นไปได้กับเลขอักษร angiosperm แก้ไขมากที่สุดมีอยู่ในปัจจุบัน (ถัง et al., 2013 Zanne et al., 2013), และใช้ปรับให้เรียบอัตราโอกาสสำเร็จในการสร้างเวลาปรับphylogeny พันธุ์ในการศึกษาของเรา (Smith & O'Meara, 2012)ระยะทาง phylogenetic ระหว่างสปีชีส์ใน 329 แพร์ไวส์โต้ตอบถูกสกัดโดยใช้ฟังก์ชัน cophenetic.phylo ในR ชุดลิง (พาราดิส et al., 2004) รายละเอียดของเต็มประมาณ phylogeny แสดงข้อมูลสนับสนุนวิธี S1ทฤษฎีลำดับชั้น meta-วิเคราะห์การพิจารณาอิทธิพลของ phylogeny บนดิน – พืชผลตอบสนองเราตกแต่งบัญชีการจำลองทฤษฎีลำดับชั้นสำหรับการสุ่มตัวอย่างและความสัมพันธ์แบบลำดับชั้นในข้อมูลของเรา รูปแบบของเราในเมตริกซ์แบบฟอร์มคือ:d ¼ Xb þ d þ e Eqn 1โดยที่ d คือ เวกเตอร์ของขนาดผลประเมินจากการการทดลอง X เมทริกซ์ออก covariates ของเรา บี เวกเตอร์ของพารามิเตอร์ d เวกเตอร์ของข้อผิดพลาดลำดับ และ e เป็นเวกเตอร์ของข้อผิดพลาดในการสุ่มตัวอย่าง มันถือว่าการแจกจ่าย:d Nð0 DÞD ¼ s2I þ fMe Nð0 V Þ Eqn 2โดยที่ V คือ สุ่มตัวอย่างความแปรปรวนความแปรปรวนร่วมของเมตริกซ์ กับรู้จักD แทนผลต่างผลต่างของการสุ่มตัวอย่างและ covariances และความแปรปรวนร่วมระหว่างความเบี่ยงเบนของสุ่มของ Xb จากขนาดผลการประมาณการ ดังนั้น D เป็นเมทริกซ์ทแยงมุมบล็อกs2 ผลต่างลำดับชั้นบนเส้นทแยงมุม (I) และบล็อก (M) ของf ความแปรปรวนร่วมของลำดับชั้นในการปิดเส้นทแยงมุมสำหรับคู่ของชั้นขนาดขึ้นอยู่กับผลการ เราประมาณความชันสำหรับ phylogeneticระยะทางกับช่วงเวลาที่น่าเชื่อถือ 95% สำหรับประเมินนี้คำนวณ โดยการคูณหลังข้อผิดพลาดมาตรฐานของการสัมประสิทธิ์ โดย quantile 95% ของการแจกแจง t กับ N-kองศาความเป็นอิสระ วิเคราะห์ของเราถูกทำโดยใช้ R (R 3.1.0หลักที่ทีมพัฒนา 2013) กับ metahdep แพคเกจ R(Stevens และนิโคลัส 2009) เพิ่มเติมรายละเอียดของวิธีการเราเรียนออกแบบ รวมถึงชุดข้อมูลทั้งหมดและรหัส R ที่ใช้ในการกระดาษ สามารถพบได้ในของเราสนับสนุนข้อมูลวิธี S1หมายเหตุ S2 และตาราง S1ผลและการสนทนาวิเคราะห์ของเราแสดงว่าระยะทาง phylogenetic ระหว่างพันธุ์คู่มีผู้ทายผลที่แย่มากของพืช – ดินผลป้อนกลับผล (0.00035;ช่วงเวลาน่าเชื่อถือ 95% (CI): ต่ำกว่า = 0.00077 บน = 0.00007n = 329 Fig. 2a) ในขณะที่มีโรงงาน – ดินค่อนข้างลบสังเกตผลป้อนกลับผลเฉลี่ย (0.330; 95% CI:ต่ำกว่า = 0.503 บน = 0.156, n = 329), การเปลี่ยนแปลงใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

2012) เรา congruified (อีสต์แมนและคณะ, 2013.) สูงสุดของเรา
น่าจะเป็นประมาณการที่มี chronogram พืชชั้นสูงการแก้ไขมากที่สุด
มีอยู่ในปัจจุบัน (ถัง, et al, 2013;. Zanne, et al, 2013.) และ
ใช้อัตราการลงโทษโอกาสให้เรียบเพื่อสร้างช่วงเวลาที่ปรับขนาด
เชื้อชาติ ของสายพันธุ์ในการศึกษาของเรา (Smith & O'Meara, 2012).
ระยะทางวิวัฒนาการระหว่างสายพันธุ์ใน 329 คู่
ปฏิสัมพันธ์ถูกสกัดโดยใช้ฟังก์ชั่นใน cophenetic.phylo
ลิงแพคเกจ R (พารา et al., 2004) รายละเอียดทั้งหมดของ
การประมาณค่าเชื้อชาติถูกนำเสนอในการสนับสนุนข้อมูล
วิธี S1.
คชกรรม meta-analysis ลำดับชั้น
การตรวจสอบอิทธิพลของเชื้อชาติในการตอบพืชดิน
ที่เราติดตั้งแบบเบส์ลำดับชั้นการบัญชีสำหรับการสุ่มตัวอย่าง
และการอ้างอิงลำดับชั้นในข้อมูลของเรา แบบจำลองของเราในเมทริกซ์
รูปแบบคือ
ง¼ Xb þ d TH E สม 1
โดย d เป็นเวกเตอร์ของประมาณการขนาดของผลจาก
การทดลอง; X, เมทริกซ์ออกแบบที่มีตัวแปรของเรา, B, เวกเตอร์ของ
พารามิเตอร์ วันเวกเตอร์ของข้อผิดพลาดเป็นลำดับชั้น และเอเวกเตอร์ของ
ข้อผิดพลาดการสุ่มตัวอย่าง จะถือว่าการกระจาย:
D Nð0? DTH
D ¼ S2i þ fM
อีNð0; V Þสม 2
โดยที่ V คือเมทริกซ์ความแปรปรวน-แปรปรวนสุ่มตัวอย่างที่รู้จักกับ
ความแปรปรวนสุ่มตัวอย่างและ covariances, D หมายถึงความแปรปรวนและ
ความแปรปรวนในหมู่เบี่ยงเบนสุ่มของ Xb จากขนาดอิทธิพล
ถูกประมาณ ดังนั้น D เป็นเมทริกซ์บล็อกเส้นทแยงมุมกับ
s2 แปรปรวนลำดับชั้นในแนวทแยง (I) และบล็อก (M) ของ
ฉแปรปรวนในลำดับชั้นนอกเส้นทแยงมุมสำหรับคู่ของลำดับชั้น
ขึ้นอยู่กับขนาดอิทธิพล เราคาดลาดสำหรับสายวิวัฒนาการ
ทางไกลกับช่วงเวลาที่น่าเชื่อถือ 95% สำหรับประมาณการนี้
คำนวณโดยการคูณหลังข้อผิดพลาดมาตรฐานของ
สัมประสิทธิ์โดย 95% ของ quantile เสื้อกระจายกับ Nk
องศาอิสระ การวิเคราะห์ของเราได้รับการดำเนินการโดยใช้ R 3.1.0 (R
ทีมพัฒนาหลัก, 2013) กับแพคเกจ R metahdep
(สตีเว่นและนิโคลัส, 2009) รายละเอียดเพิ่มเติมของวิธีการของเราและ
การออกแบบการศึกษารวมทั้งชุดเต็มรูปแบบและ R รหัสที่ใช้ใน
กระดาษสามารถพบได้ในวิธีการของเราข้อมูลสนับสนุน S1,
S2 และหมายเหตุตาราง S1.
และอภิปรายผล
การวิเคราะห์ของเราแสดงให้เห็นว่าระยะห่างระหว่างคู่สายวิวัฒนาการสายพันธุ์
เป็นปัจจัยบ่งชี้ที่น่าสงสารมากของผลกระทบข้อเสนอแนะจากพืชดิน (0.00035;
95% ช่วงเวลาที่มีความน่าเชื่อถือ (CI): ต่ำ = 0.00077 ด้านบน = 0.00007,
n = 329; รูปที่ 2a.) ในขณะที่มีพืชดินเชิงลบในระดับปานกลาง
มีผลข้อเสนอแนะข้อสังเกตโดยเฉลี่ย (0.330; 95% CI:
ต่ำ = 0.503, บน = 0.156, n = 329?) การเปลี่ยนแปลงใน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

2012 ) เรา congruified ( Eastman et al . , 2013 ) ของเราสูงสุด
โอกาสประเมินกับมากที่สุดการแก้ไขพืชดอกไอพอดทัช
มีอยู่ในปัจจุบัน ( ถัง et al . , 2013 ; zanne et al . , 2013 ) และใช้โอกาสเท่ากันเรียบจริงจัง

เวลาปรับสร้างระบบเชื้อชาติของชนิดในการศึกษาของเรา ( & o'meara สมิ ธ 2012 ) .
ซึ่งระยะทางระหว่างสปีชีส์ใน 329 คู่
ปฏิกิริยาที่ใช้ในการทำงาน cophenetic.phylo
R ชุด APE ( Paradis et al . , 2004 ) รายละเอียดของ
ระบบเชื้อชาติประมาณนำเสนอข้อมูลสนับสนุนวิธี S1
.

ชุดคชกรรมการวิเคราะห์ เพื่อศึกษาอิทธิพลของระบบเชื้อชาติบนพืช–ดินตอบรับ
เราติดตั้งแบบลำดับชั้นแบบจำลองบัญชีสำหรับการสุ่มตัวอย่าง
ข้อมูลและการอ้างอิงในแบบของเรา นางแบบของเราในรูปแบบเมทริกซ์
:
d ¼ xB þ D þ E eqn 1
ที่ D คือ เวกเตอร์ของประมาณการขนาดของผลกระทบจากการทดลองทั้งหมด
; X , การออกแบบเมทริกซ์กับความรู้ของเรา , B , เวกเตอร์ของ
พารามิเตอร์ ; D เวกเตอร์ข้อผิดพลาดลำดับชั้น และ E เป็นเวกเตอร์ของ
ข้อผิดพลาดการสุ่มตัวอย่าง โดยจะถือว่าการ  n :
d ð 0 ; D Þ
D ¼ s2i þ FM
E  ð 0 n ; V Þ eqn
2ที่ 5 เป็นคนแปรปรวนเมทริกซ์ความแปรปรวนร่วมด้วยและกัน
covariances ) , D หมายถึงความแปรปรวนและความเบี่ยงเบนของ xB
ของสุ่มจากผลขนาด
ถูกประมาณ ดังนั้น , D เป็นเมทริกซ์ทแยงมุมแบบบล็อกด้วย
( S2 ลำดับชั้นในแนวทแยง ( ฉัน ) และบล็อก ( M )
ลำดับชั้นความ F บนปิดขวางสำหรับคู่ของสาธารณูปการ
ขนาดผลขึ้นอยู่กับ เราคาดว่าเนินดินซึ่ง
ระยะทาง 95% น่าเชื่อถือประมาณช่วงประมาณนี้
คำนวณโดยคูณข้อผิดพลาดมาตรฐานที่ด้านหลังของ
สัมประสิทธิ์ โดย 95% ควอนไทล์ของทีกับ n-k
องศาอิสระ การวิเคราะห์ของเรา โดยใช้ 3.1.0 r ( r
หลักพัฒนาทีมงาน , 2013 ) กับ R ชุด metahdep
( สตีเว่น&นิโคลัส , 2009 )รายละเอียดเพิ่มเติมของวิธีการและการออกแบบการศึกษาของเรา
รวมทั้งเต็มรูปแบบและรหัสที่ใช้ในชุดข้อมูล R
กระดาษ สามารถพบได้ในข้อมูลสนับสนุนวิธี S1 , S2 และหมายเหตุตาราง S1
.

ผลและการอภิปรายการวิเคราะห์ของเราแสดงให้เห็นว่าระยะห่างระหว่างสปีชีส์ ซึ่งคู่
เป็นทำนายที่ยากจนมากของพืชจำกัด ความคิดเห็นต่อดิน (  0.00035 ;
95% น่าเชื่อถือช่วงเวลา ( CI ) : ลด = 0.00077  ,บน 0.00007
n = , = 329 ; รูปที่ 2A ) ในขณะที่มีลบปานกลางพืช–ดิน
ติชมผลสังเกตเฉลี่ย (  0.330 ; 95% CI :
ล่าง =  0.503 บน  = 0.156 , n = 329 ) , การเปลี่ยนแปลงใน