Strains and plasmids. The strains a

Strains and plasmids. The strains and plasmids used in this study are listed in
Table 1. Biphenyl-utilizing P. pseudoalcaligenes KF707 (13, 35) and P. putida
KF715 (18) were described previously (1, 2). Briefly, KF715 possesses a bph
operon very similar to that of KF707, except that the bphX region, conferring the
ability to convert 2-hydroxy-penta-2,4-dienoate to acetyl coenzyme A (21, 25), is
deleted. The similarities of bphC and bphD between KF707 and KF715 were 92.4
and 96.0%, respectively (18). Although bphA regions of KF715 have not yet been
completely sequenced, the nucleotide sequences of orf0 and bphA1A2 orf3A3A4
seem to be very similar, on the basis of restriction analyses (18). In KF707, orf0
(738 bp) is located upstream of bphA1, and orf3 (330 bp) is located between
bphA2 and bphA3, but their functions are unknown (35). Toluene-utilizing P.
putida F1 was described previously (16, 17, 44) and provided by David T. Gibson
(University of Iowa). All hybrid Pseudomonas strains listed in Table 1 were
constructed by mating with E. coli S17-1 (chromosomally integrated
RP4-2-Tc::Mu-Km::Tn7) (32) as the donor strain which carries pASF101 containing
the hybrid orf0-todC1-bphA2 orf3A3A4 gene cluster. pASF101 was constructed
in this study as follows. pJHF101 contains the hybrid gene cluster
orf0-todC1-bphA2 orf3A3A4 in pUC118, as described previously (20). pJHF101
was cut with XhoI, and then the XhoI fragment containing orf0-todC1-bphA2
orf3A3A4 was inserted into the XhoI-digested suicide vector, pSUPB30 (33), to
get pASF101 (15.3 kb). Restriction enzymes XhoI and EcoRI and T4 DNA ligase
were purchased from Takara Shuzo Co., Ltd. (Kyoto, Japan).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สายพันธุ์และ plasmids สายพันธุ์และ plasmids ที่ใช้ในการศึกษานี้อยู่ในตารางที่ 1 ใช้ไบเฟนิล P. pseudoalcaligenes KF707 (13, 35) และ P. putidaKF715 (18) ได้อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (1, 2) สั้น ๆ KF715 มีคุณสมบัติแน่ชัดคล้ายกับที่ของ KF707 ยกเว้นที่ operon ภูมิภาค bphX, conferring การมีความสามารถในการแปลง acetyl A โคเอนไซม์คิว (21, 25), 2-ไฮดร็อกซี่ห้องสแตนดาร์ด 2, 4-dienoateลบ ความคล้ายคลึงกันของ bphC และ bphD ระหว่าง KF707 และ KF715 ได้ 92.4และ 96.0% ตามลำดับ (18) แม้ว่าภาค bphA ของ KF715 ยังไม่ได้ทั้งหมดที่เรียงลำดับ ลำดับนิวคลีโอไทด์ของ orf3A3A4 orf0 และ bphA1A2ดูเหมือนจะคล้ายกันมาก ถกวิเคราะห์ข้อจำกัด (18) ใน KF707, orf0(738 bp) อยู่ต้นน้ำของ bphA1 และ orf3 (330 bp) อยู่ระหว่างbphA2 และ bphA3 แต่ทำงานไม่เป็นที่รู้จัก (35) ใช้โทลูอีน pputida F1 ได้อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (16, 17, 44) และให้บริการ โดยเดวิดกิบสันต.(มหาวิทยาลัยไอโอวา) มีสายพันธุ์ Pseudomonas ไฮบริดทั้งหมดที่แสดงในตารางที่ 1สร้าง โดยการผสมพันธุ์กับ E. coli S17-1 (chromosomally ในตัวRP4-2-Tc::Mu-Km::Tn7) (32) เป็นสายพันธุ์ผู้บริจาคซึ่งดำเนินการที่ประกอบด้วย pASF101คลัสเตอร์ยีน orf3A3A4 orf0-todC1-bphA2 ไฮบริด สร้าง pASF101ในการศึกษานี้เป็นดังนี้ pJHF101 ประกอบด้วยคลัสเตอร์ยีนไฮบริดorf3A3A4 orf0-todC1-bphA2 ใน pUC118 ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (20) pJHF101ตัด ด้วย XhoI แล้วส่วน XhoI ที่ประกอบด้วย orf0-todC1-bphA2orf3A3A4 ถูกแทรกลงในเวกเตอร์ย่อย XhoI ฆ่าตัวตาย pSUPB30 (33), การรับ pASF101 (15.3 kb) เอนไซม์จำกัด XhoI และ EcoRI และ T4 DNA ligaseซื้อจาก Takara กลั่นเหล้า Co., Ltd. (เกียวโต ญี่ปุ่น)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สายพันธุ์และพลาสมิด สายพันธุ์และพลาสมิดที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้มีการระบุไว้ใน
ตารางที่ 1 Biphenyl-ใช้พี pseudoalcaligenes KF707 (13, 35) และ P. putida
KF715 (18) ถูกอธิบายไว้ก่อนหน้า (1, 2) สั้น ๆ , KF715 ครอบครองเพลี้ยกระโดดสีน้ำตาล
operon มากคล้ายกับที่ของ KF707 ยกเว้นว่าภูมิภาค bphX, การหารือ
ความสามารถในการแปลง 2 ไฮดรอกซี-Penta-2,4-acetyl dienoate เพื่อ Coenzyme A (21, 25) เป็น
ลบ ความคล้ายคลึงกันของ bphC และ bphD ระหว่าง KF707 KF715 และ 92.4
และ 96.0% ตามลำดับ (18) แม้ว่าภูมิภาค bphA ของ KF715 ยังไม่ได้
ติดใจสมบูรณ์ลำดับเบสของ orf0 และ bphA1A2 orf3A3A4
ดูเหมือนจะคล้ายกันมากบนพื้นฐานของข้อ จำกัด การวิเคราะห์ (18) ใน KF707, orf0
(738 bp) ตั้งอยู่ต้นน้ำของ bphA1 และ orf3 (330 bp) ตั้งอยู่ระหว่าง
bphA2 และ bphA3 แต่ฟังก์ชั่นของพวกเขาเป็นที่รู้จัก (35) โทลูอีนที่ใช้พี
putida F1 ถูกอธิบายไว้ก่อนหน้า (16, 17, 44) และให้บริการโดยเดวิดตันกิบสัน
(มหาวิทยาลัยไอโอวา) ทุกสายพันธุ์ Pseudomonas ไฮบริดที่ระบุไว้ในตารางที่ 1 ถูก
สร้างขึ้นโดยการผสมพันธุ์กับเชื้อ E. coli S17-1 (รวม chromosomally
RP4-2-Tc :: Mu-Km :: Tn7) (32) ขณะที่สายพันธุ์ผู้บริจาคซึ่งเป็นผู้ที่มี pASF101
orf0 ไฮบริด คลัสเตอร์ยีน -todC1-bphA2 orf3A3A4 pASF101 ถูกสร้างขึ้น
ในการศึกษาครั้งนี้ดังนี้ pJHF101 มีกลุ่มไฮบริดยีน
orf0-todC1-bphA2 orf3A3A4 ใน pUC118 ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ (20) pJHF101
ถูกตัดด้วย XhoI แล้วส่วน XhoI มี orf0-todC1-bphA2
orf3A3A4 ถูกแทรกเข้าไปในการฆ่าตัวตายเวกเตอร์ XhoI-ย่อย pSUPB30 (33) ที่จะ
ได้รับ pASF101 (15.3 KB) เอนไซม์ข้อ จำกัด XhoI และ EcoRI และลิกาเซ T4 ดีเอ็นเอ
ที่ซื้อมาจาก Takara Shuzo จำกัด (เกียวโตญี่ปุ่น)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สายพันธุ์และพลาส . สายพันธุ์ และพลาสมิดที่ใช้ในการศึกษาครั้งนี้ คือ รายการตารางที่ 1 . การใช้ไบหน้า pseudoalcaligenes kf707 ( 13 , 35 ) และ P.putidakf715 ( 18 ) ได้อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( 1 , 2 ) สั้น ๆ , kf715 ครบถ้วน ,โอเปอร์รอนคล้ายกับที่ของ kf707 , ยกเว้นว่า bphx พร้อมที่ภูมิภาคความสามารถในการแปลง 2-hydroxy-penta-2,4-dienoate ให้อะโค ( 21 , 25 ) , คือลบ ความคล้ายคลึงกันของ bphc bphd และ kf707 kf715 เป็น 2.9% และระหว่างและ 96.0 เปอร์เซ็นต์ ตามลำดับ ( 18 ) แม้ว่า bpha ภูมิภาคของ kf715 ไม่ได้ทั้งหมดนี้ , ลำดับของนิวคลีโอไทด์และ orf0 bpha1a2 orf3a3a4ดูเหมือนจะคล้ายกันมาก บนพื้นฐานของข้อ จำกัด วิเคราะห์ ( 18 ) ใน kf707 orf0 ,( 738 BP ) ตั้งอยู่เหนือ bpha1 และ orf3 ( 330 bp ) ตั้งอยู่ระหว่างและ bpha2 bpha3 แต่การทำงานของพวกเขาจะไม่รู้จัก ( 35 ) โทลูอีนโดยใช้ Penrichment F1 ได้อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( 16 , 17 , 44 ) และให้บริการโดย เดวิด ที กิบสัน( มหาวิทยาลัยมลรัฐไอโอวา ) ทั้งหมดของสายพันธุ์ลูกผสมที่ระบุไว้ในตารางที่ 1 คือสร้างโดยผสมพันธุ์กับเชื้ออีโคไล s17-1 ( chromosomally แบบบูรณาการrp4-2-tc : : MU km : : tn7 ) ( 32 ) เป็นผู้บริจาคซึ่งประกอบ pasf101 ที่มีความเครียดลูกผสม orf0-todc1-bpha2 orf3a3a4 กลุ่มยีน . pasf101 ก่อสร้างในการศึกษา ดังนี้ pjhf101 ประกอบด้วยกลุ่มยีนลูกผสมorf0-todc1-bpha2 orf3a3a4 ใน puc118 ตามที่อธิบายไว้ก่อนหน้านี้ ( 20 ) pjhf101ถูกตัดด้วย xhoi แล้ว xhoi orf0-todc1-bpha2 ส่วนที่มีorf3a3a4 ถูกแทรกลงใน xhoi ย่อยเวกเตอร์ฆ่าตัวตาย psupb30 ( 33 ) ,ได้รับ pasf101 ( 15.3 KB ) ข้อ จำกัด xhoi เอนไซม์ EcoRI และดีเอ็นเอไลเกส T4 และซื้อมาจากทาคาระชูโซะ จำกัด ( โตเกียว , ญี่ปุ่น )