เมื่อสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถขึ้นครองราชย์ (พ.ศ. 1991 – 2031) พระองค์ทรงปรับปรุงระเบียบการปกครองใหม่ เพราะเห็นว่าการปกครองแบบเก่ายังหละหลวม กรุงศรีอยุธยาควบคุมดูแลเมืองในส่วนภูมิภาคได้ไม่ทั่วถึง บรรดาเมืองต่างๆ เบียดบังรายได้จากภาษีอากรไว้ ทำให้ราชธานีได้รับผลประโยชน์ไม่เต็มที่ นอกจากนั้นในระยะที่มีการผลัดแผ่นดิน หากกษัตริย์พระองค์ใหม่ทรงเข้มแข็ง มีอำนาจ ก็จะไม่มีปัญหาทางการปกครอง แต่หากกษัตริย์พระองค์ใหม่ทรงอ่อนแอไม่เด็ดขาดหรือยังทรงพระเยาว์อยู่ บรรดาเมืองประเทศราชและเมืองพระยามหานคร มักฉวยโอกาสแยกตนเป็นอิสระอยู่เสมอ