AUGUSTUS can be used as an ab initi

AUGUSTUS can be used as an ab initio program, which means that the prediction is based solely on the input DNA sequence. As a second possibility, the software may also incorporate hints on the gene structure coming from extrinsic sources such as BLAST [9] and DIALIGN [10] and [11] search results. With external hints, the prediction performance of AUGUSTUS can be increased significantly [12]. On the other hand, the computational costs to find external hints can exceed the costs of the program itself, in particular when large databases are used for BLAST search. Therefore, the search for external hints is not integrated into the AUGUSTUS web interface. In the following, we will focus on ab initio use of AUGUSTUS. In this case the command line program has two mandatory arguments: the query file and the species. The query file contains the input DNA sequences in uncompressed (multiple) FASTA [13] format. The species parameter denotes where the DNA sequences originate from, e.g. human, fruit fly, baker’s yeast, etc. There are several optional parameters which influence the way the genes are predicted. The output of AUGUSTUS is written to the command line output or into user-specified files. The output is compatible with the General Feature Format which can be visually interpreted by means of a genome browser [14]. Alternatively, the results can be transformed into gene maps in graphical representation via gff2ps [15]. A typical command line looks like:

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สามารถใช้ AUGUSTUS เป็น ab initio โปรแกรม ซึ่งหมายความ ว่า คำทำนายอยู่ในลำดับดีเอ็นเอที่นำเข้าแต่เพียงผู้เดียว เป็นไปได้ที่สอง ซอฟต์แวร์อาจยังรวบรวมคำแนะนำในโครงสร้างของยีนที่มาจากแหล่งที่สึกหรอเช่นระเบิด [9] และ DIALIGN [10] [11] หา มีคำแนะนำภายนอก ประสิทธิภาพการคาดเดาของ AUGUSTUS สามารถเพิ่มได้มาก [12] บนมืออื่น ๆ ต้นทุนที่คำนวณหาคำแนะนำภายนอกสามารถเกินต้นทุนของตัวโปรแกรมเอง โดยเฉพาะเมื่อฐานข้อมูลขนาดใหญ่ที่ใช้สำหรับการค้นหาระเบิด ดังนั้น การค้นหาคำแนะนำภายนอกจะไม่รวมอยู่ใน AUGUSTUS เว็บอินเทอร์เฟส ในต่อไปนี้ เราจะเน้น ab initio ใช้ AUGUSTUS ในกรณีนี้ บรรทัดคำสั่งโปรแกรมมีอาร์กิวเมนต์สองบังคับ: แฟ้มแบบสอบถามและสายพันธุ์ การป้อนข้อมูลดีเอ็นเอประกอบด้วยแฟ้มแบบสอบถามลำดับในการบีบอัดรูปแบบ (หลาย) FASTA [13] ชนิดพารามิเตอร์แสดงที่ลำดับดีเอ็นเอมาจาก เช่นมนุษย์ แมลงวันผลไม้ ยีสต์ของเบเกอร์ ฯลฯ มีพารามิเตอร์เพิ่มเติมหลายอย่างซึ่งมีอิทธิพลต่อวิธีมีทำนายยีน มีบันทึกเอาท์พุทของ AUGUSTUS เพื่อผลผลิตบรรทัดคำสั่ง หรือ ในแฟ้มที่ผู้ใช้ระบุ ผลลัพธ์คือเข้ากันได้กับรูปแบบคุณลักษณะทั่วไปที่สามารถมองเห็นได้ตีความโดยใช้เบราว์เซอร์จีโนม [14] สามารถแปลงผลเป็นแผนที่ยีนในภาพผ่าน gff2ps หรือ [15] บรรทัดคำสั่งโดยทั่วไปมีลักษณะเหมือน:

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ออกัสตัสามารถใช้เป็นโปรแกรมเริ่มแรก AB ซึ่งหมายความว่าคำทำนายจะขึ้นอยู่เพียงผู้เดียวในลำดับดีเอ็นเอที่นำเข้า ในฐานะที่เป็นความเป็นไปได้ที่สองซอฟแวร์นอกจากนี้ยังอาจรวมคำแนะนำเกี่ยวกับโครงสร้างของยีนที่มาจากแหล่งภายนอกเช่นระเบิด [9] และ DIALIGN [10] และ [11] ผลการค้นหา ด้วยคำแนะนำภายนอกทำนายผลการดำเนินงานของออกัสตัสามารถเพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ [12] บนมืออื่น ๆ , ค่าใช้จ่ายในการคำนวณเพื่อหาคำแนะนำจากภายนอกสามารถเกินค่าใช้จ่ายของตัวโปรแกรมเองโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อมีฐานข้อมูลขนาดใหญ่จะใช้สำหรับการค้นหาระเบิด ดังนั้นการค้นหาคำแนะนำจากภายนอกที่ไม่ได้รวมอยู่ในเว็บอินเตอร์เฟสออกัส ในต่อไปนี้เราจะมุ่งเน้นไปที่การใช้งานเริ่มแรก AB ออกัสตั ในกรณีนี้โปรแกรมบรรทัดคำสั่งมีสองข้อโต้แย้งบังคับ: ไฟล์แบบสอบถามและสายพันธุ์ แฟ้มแบบสอบถามมีดีเอ็นเอการป้อนข้อมูลในการบีบอัด (หลาย) FASTA [13] รูปแบบ พารามิเตอร์หมายถึงสายพันธุ์ที่ดีเอ็นเอมาจากเช่นมนุษย์แมลงวันผลไม้, ยีสต์ขนมปัง ฯลฯ มีพารามิเตอร์ที่ไม่จำเป็นหลายอย่างที่มีผลต่อวิธียีนที่คาดว่าจะ การส่งออกของออกัสถูกเขียนไปยังบรรทัดคำสั่งหรือการส่งออกเป็นไฟล์ที่ผู้ใช้ระบุ เอาท์พุทที่เข้ากันได้กับรูปแบบคุณสมบัติโดยทั่วไปซึ่งสามารถตีความสายตาโดยวิธีการของเบราว์เซอร์จีโนม [14] หรือมิฉะนั้นผลที่สามารถเปลี่ยนเป็นแผนที่ยีนในการแสดงกราฟิกผ่าน gff2ps [15] บรรทัดคำสั่งทั่วไปดูเหมือนว่า: