To obtain complete transcriptomes m

To obtain complete transcriptomes multiple stress treatments were applied on several important
developmental stages (eggs, juveniles and adults) for F. candida and O. cincta. The following
stress treatments were included: heat exposures to 10°C, 20°C, 30°C and 35°C for 3 days;
desiccation treatment for 4 days in Lufa standard soil at 20% of water holding capacity; pH
treatment at pH 3 for 4 days; toxicity exposures to cadmium and phenanthrene according to
ISO guidelines [8] at the EC50 (concentration causing 50% decrease in reproduction) for
3 days. Even though large numbers of genes were transcriptionally activated, no mortality in
adults was observed at such EC50 levels in previous studies [29, 30]. Animals were immediately
snap frozen in liquid nitrogen and stored at -80°C to guarantee RNA integrity. Each developmental
stage and treatment was replicated twice. For each species the final RNA pool was represented
by 12 μg of total RNA, prepared by mixing 500 ng of each of the 24 RNA samples.
1.5 μg of normalized cDNA in 100 μl 10 mM Tris/HCl was fragmented. cDNA normalization
was performed by Evrogen [31, 32]. After fragmentation, end repair, and ligation of adapters,
enrichment of the 150–250 base pairs (bp) fragments was done using the Paired-End
Sequencing kit of Illumina, according to the manufacturer’s protocol. All purification steps
were done using the MinElute PCR purification kit (Qiagen). Quality and concentration of the
fragmented and enriched library was verified on a lab-on-a-chip (Agilent Technologies).
Next-generation sequencing (NGS) of the 150–250 bp fragments for F. candida and O.
cincta was performed on the Next Genome Analyzer II platform and on the Illumina HiSeq
2000 platform (Illumina, Inc.), respectively. The sequencing data was deposited to NCBI’s
Sequence Read Archive (SRA) under accession numbers SRR935329 and SRR935

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

รับทำ transcriptomes ความเครียดหลาย ใช้รักษาหลายที่สำคัญระยะ (ไข่ สัตว์ และผู้ใหญ่) F. แคนและโอ cincta ต่อไปนี้บำบัดความเครียดถูกรวม: ความร้อนแสง 10° C, 20° C, 30° C และ 35° C 3 วันผึ่งแห้งรักษา 4 วันใน Lufa ดินมาตรฐานที่ 20% ของน้ำความจุ ค่า pHรักษาที่ pH 3 4 วัน แสงพิษแคดเมียมและฟีแนนทรีนตามแนวทาง ISO [8] ที่ EC50 (ลด 50% ทำให้เกิดความเข้มข้น) สำหรับ3 วัน เรียกใช้แม้ว่า ยีนจำนวนมากถูก transcriptionally ไม่ตายในผู้ใหญ่ถูกตรวจสอบในระดับ EC50 ดังกล่าวในการศึกษาก่อนหน้านี้ [29, 30] สัตว์ได้ทันทีจับแช่แข็งในไนโตรเจนเหลว และเก็บที่-80 ° C เพื่อรับประกันความสมบูรณ์ของ RNA พัฒนาการแต่ละขั้นตอนและการรักษาที่ถูกจำลองสอง แสดงสระสำหรับ RNA สุดท้ายแต่ละสายพันธุ์โดย 12 ไมโครกรัมของ RNA ทั้งหมด จัดทำ โดยผสม 500 ฉบับของแต่ละตัวอย่าง RNA 24ถูกมาก 1.5 ไมโครกรัมของ cDNA มาตรฐานใน 100 μl 10 มม. ตรี/HCl เกี่ยวกับการปรับสภาพของ cDNAดำเนินการ โดย Evrogen [31, 32] หลัง จากการกระจายตัวของ ซ่อมแซมสิ้น ligation ของอะแดปเตอร์เพิ่มคุณค่าของเศษฐานคู่ (bp) 150 – 250 เสร็จเรียบร้อยแล้วโดยใช้ Paired-สิ้นสุดชุดลำดับของ Illumina ตามโพรโทคอของผู้ผลิต ขั้นตอนการกรองทั้งหมดทำโดยใช้ชุดการฟอก MinElute PCR (Qiagen) คุณภาพและความเข้มข้นของการมีการกระจาย และอุดมได้รับการตรวจสอบในการปฏิบัติในการชิ (Agilent เทคโนโลยี)ลำดับรุ่น (NGS) ของเศษ bp 150 – 250 F. แคนและ oทำ cincta บนแพลตฟอร์ม II วิเคราะห์พันธุถัดไป และ Illumina HiSeqแพลตฟอร์ม 2000 (Illumina, Inc.), ตามลำดับ ฝากข้อมูลลำดับการของ NCBIอ่านเก็บลำดับ (SRA) ภายใต้หมายเลขทะเบียน SRR935329 และ SRR935

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ที่จะได้รับการรักษาที่สมบูรณ์รานความเครียดหลายถูกนำไปใช้ในหลายที่สำคัญ
ขั้นตอนการพัฒนา (ไข่หนุ่มสาวและผู้ใหญ่) สำหรับเอฟ Candida และทุม cincta ต่อไปนี้
การรักษาความเครียดถูกรวม: เปิดรับความร้อนถึง 10 ° C, 20 ° C, 30 ° C ถึง 35 ° C เป็นเวลา 3 วัน
การรักษาผึ่งให้แห้งเป็นเวลา 4 วันในดินมาตรฐาน Lufa ที่ 20% ของกำลังการผลิตน้ำโฮลดิ้ง; ค่า pH
รักษาที่ pH 3 เป็นเวลา 4 วัน; ความเป็นพิษของการเปิดรับแคดเมียมและฟีแนนทรีตาม
แนวทางมาตรฐาน ISO [8] ที่ EC50 (ที่ก่อให้เกิดความเข้มข้นลดลง 50% ในการทำสำเนา) สำหรับ
3 วัน แม้ว่าจำนวนมากของยีนที่ถูกเปิดใช้งาน transcriptionally ตายไม่มี
ผู้ใหญ่พบว่าอยู่ในระดับที่ EC50 ดังกล่าวในการศึกษาก่อนหน้านี้ [29 30] สัตว์ที่ถูกทันที
แน็ปแช่แข็งในไนโตรเจนเหลวและเก็บไว้ที่ -80 ° C ถึงรับประกันความสมบูรณ์อาร์เอ็นเอ แต่ละการพัฒนา
ขั้นตอนและการรักษาที่ถูกจำลองแบบสองครั้ง สำหรับแต่ละสปีชีส์สระว่ายน้ำ RNA สุดท้ายเป็นตัวแทน
จาก 12 ไมโครกรัมของ RNA รวมจัดทำขึ้นโดยการผสม 500 NG ของแต่ละกลุ่มตัวอย่าง 24 RNA.
1.5 ไมโครกรัมของยีนปกติใน 100 ไมโครลิตร 10 มิทริส / HCl คือการแยกส่วน ฟื้นฟู cDNA
ได้ดำเนินการโดย Evrogen [31 32] หลังจากการกระจายตัวของการซ่อมแซมที่สิ้นสุดและ ligation ของอะแดปเตอร์
การเพิ่มปริมาณของ 150-250 คู่เบส (BP) ชิ้นส่วนที่ได้กระทำโดยใช้คู่-End
ชุดลำดับ Illumina ตามโปรโตคอลของผู้ผลิต ขั้นตอนการทำให้บริสุทธิ์ทั้งหมด
ถูกทำโดยการใช้ชุดฟอก MinElute PCR (Qiagen) ที่มีคุณภาพและความเข้มข้นของ
ห้องสมุดการแยกส่วนและอุดมถูกตรวจสอบในห้องปฏิบัติการบนชิป (Agilent Technologies).
ในรุ่นต่อไปลำดับ (NGS) ของชิ้นส่วน 150-250 bp สำหรับเอฟ Candida และทุม
cincta กำลังดำเนินการ แพลตฟอร์มถัดไปวิเคราะห์จีโนมครั้งที่สองและใน Illumina HiSeq
แพลตฟอร์ม 2000 (Illumina, Inc) ตามลำดับ ข้อมูลที่ถูกจัดลำดับฝากของ NCBI
ลำดับอ่าน Archive (SRA) ภายใต้หมายเลขภาคยานุวัติ SRR935329 และ SRR935

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

รับสมบูรณ์ transcriptomes หลายความเครียดการทดลองใช้หลายที่สำคัญขั้นตอนการพัฒนา ( ไข่ เยาวชนและผู้ใหญ่ ) และ O . F . Candida bauensis . ต่อไปนี้การรักษาความเครียดรวม : ความร้อนแบบ 10 °องศาเซลเซียส 20 ° C 30 ° C และ 35 ° C เป็นเวลา 3 วันส่วนการรักษาเป็นเวลา 4 วัน ในดินมาตรฐาน lufa 20% ของน้ำความจุถือ ; พีเอชการรักษาที่ pH 3 4 วัน พิษของแคดเมียมและฟีแนนทรีนชมตามแนวทาง ISO [ 8 ] ที่ ec50 ( สมาธิก่อให้เกิด 50% ลดลงในการสืบพันธุ์ )3 วัน แม้ว่าตัวเลขขนาดใหญ่ของยีน transcriptionally เปิดไม่ตลอดผู้ใหญ่พบว่าระดับ ec50 ดังกล่าวในการศึกษาก่อนหน้านี้ [ 29 , 30 ] สัตว์ทันทีตะครุบแช่แข็งในไนโตรเจนเหลวที่อุณหภูมิ - 80 องศา C และรับประกัน RNA ความซื่อสัตย์ แต่ละคนพัฒนาขั้นตอนและการรักษาเป็นจำนวน 2 ครั้ง สำหรับแต่ละชนิดสระ ซึ่งสุดท้ายถูกแสดง12 μกรัมของ RNA ทั้งหมด เตรียมโดยการผสม 500 นาโนของ 24 อาร์เอ็นเอตัวอย่าง1.5 μกรัมปกติยีนใน 100 μ L 10 มม. นอกจากนี้ ขาวก็แตกกระจาย ยีนปกติกระทำโดย evrogen [ 31 , 32 ) หลังจากการซ่อมจบ Ligation และอะแดปเตอร์ ,การเพิ่มคุณค่าของ 150 – 250 คู่เบส ( BP ) เศษ โดยใช้คู่จบชุดของ Illumina ลำดับตามขั้นตอนของผู้ผลิต ทุกขั้นตอนฟอกทำโดยใช้เชื้อบริสุทธิ์ minelute ชุด ( เพิ่ม ) คุณภาพและความเข้มข้นของการแยกส่วนและอุดมห้องสมุดยืนยันใน lab-on-a-chip ( Agilent Technologies )รุ่นถัดไปของลำดับ ( ภาพหลุด ) ของ 150 – 250 BP เศษสำหรับ Candida และ O Fbauensis แสดงบนแพลตฟอร์มวิเคราะห์จีโนม และ 2 ใน hiseq Illumina ถัดไป2000 แพลตฟอร์ม ( Illumina Inc . ) ตามลำดับ การจัดข้อมูลฝากไป ncbi คือลำดับอ่านถาวร ( SRA ) ภายใต้การ srr935329 ตัวเลขและ srr935