A 500 bp 16S ribosomal DNA fragment

A 500 bp 16S ribosomal DNA fragment (comprising variable regions
V1 and V2) was amplified from the 5′ end of the gene as described
by Giraffa et al., 2003. The PCR reactions were performed in
a total volume of 50 μl containing 40 ng of genomic DNA, 1.5 mM
MgCl, 1X PCR buffer (20 mM Tris–HCl pH 8.4; 50 mM KCl), 0.5 mM
of each primer, 0.2 mM dNTPs and 1.25 U of Taq DNA polymerase
(Invitrogen Life Technologies, Monza, Italy). The 16S amplification
program consisted of 35 cycles composed of a 30 s denaturation
step at 95 °C, a 30 s annealing step at 59 °C, and a 45 s extension
step at 72 °C. These cycles were preceded by an initial denaturation
step of 10 min at 95 °C and followed by a final 10 min extension at
72 °C. PCR reactions were carried out in a 2720 Applied-Biosystem
Thermal Cycler (Applied-Biosystem, Foster City, CA, USA). The PCR
products were visualised after 1.5 h of electrophoresis (8 V/cm) on
an agarose gel (1% wt/vol) with a 100 bp marker (Invitrogen Life
Technologies, Monza, Italy). The amplified products were subsequently
purified as described above. Sequencing was carried out by
Eurofins MWG Operon (Ebersberg, Germany). The identifications
were refined by BLAST (www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) alignment of
the 16S rDNA sequences

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

500 bp 16S ribosomal DNA ส่วน (ประกอบด้วยตัวแปรภูมิภาคV1 และ V2) เป็น amplified จากปลาย 5 ′ยีนตามที่อธิบายไว้โดย Giraffa et al. 2003 ดำเนินการในปฏิกิริยา PCRมีปริมาตรรวม 50 μl ที่ประกอบด้วย 40 ฉบับของดีเอ็นเอออก 1.5 มม.MgCl, X PCR บัฟเฟอร์ (pH 20 มม.ทริสเรทติ้ง – HCl 8.4; 50 mM KCl) 1, 0.5 มม.รองพื้นแต่ละ dNTPs 0.2 mM และ 1.25 U ของ Taq DNA พอลิเมอเรส(Invitrogen ชีวิตเทคโนโลยี มอนซ่า อิตาลี) 16S amplificationโปรแกรมประกอบด้วย 35 รอบประกอบด้วยการแปรสภาพ s 30ขั้นตอนที่ 95 ° C, 30 s หลอมก้าวที่ 59 ° C และนามสกุลเป็น s 45ขั้นตอนที่ 72 องศาเซลเซียส รอบนี้ได้ก่อนหน้า โดยแปรสภาพเป็นต้นขั้นตอน 10 นาทีที่ 95 ° C และตาม ด้วยนามสกุลเป็น 10 นาทีพิจารณาที่72 องศาเซลเซียส ปฏิกิริยา PCR ได้ดำเนินการใน Biosystem-ใช้ที่ 2720ความร้อน Cycler (ใช้ Biosystem เมืองฟอสเตอร์ CA, USA) การ PCRผลิตภัณฑ์ได้เพียงเล็กน้อยได้หลัง 1.5 h ของอิ (8 V/cm) ในagarose เจล (1% wt/vol) มีเครื่องหมาย bp 100 (Invitrogen ชีวิตเทคโนโลยี มอนซ่า อิตาลี) ผลิตภัณฑ์ amplified ได้ในเวลาต่อมาpurified ตามที่อธิบายไว้ข้างต้น ลำดับดำเนินการโดยEurofins MWG Operon (อันดับ เยอรมัน) Identifications การถูก refined โดยตำแหน่งระเบิด (www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST)การ 16S rDNA ลำดับ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

500 bp 16S โซมอลชิ้นดีเอ็นเอ (ประกอบด้วยภูมิภาคตัวแปร
V1 และ V2) คือเอ็ด Fi ampli จากปลาย 5 'ของยีนตามที่อธิบายไว้
โดย Giraffa et al., 2003 ปฏิกิริยา PCR ได้ดำเนินการใน
ปริมาณรวม 50 ไมโครลิตรมี 40 NG ของดีเอ็นเอ 1.5 มิลลิ
MgCl, 1X PCR บัฟเฟอร์ (20 มิลลิเมตร Tris-HCl ค่า pH 8.4; 50 มิลลิ KCl), 0.5 มิลลิ
ของแต่ละไพรเมอร์ 0.2 มิลลิ dNTPs และ 1.25 U ของ Taq DNA Polymerase
(Invitrogen เทคโนโลยีชีวิตมอน, อิตาลี) . Fi ไอออนบวก 16S ampli
โปรแกรมประกอบด้วย 35 รอบประกอบด้วย 30 S denaturation
ขั้นตอนที่ 95 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 30 วินาทีขั้นตอนการอบที่ 59 องศาเซลเซียสและการขยาย 45 s
ขั้นตอนที่ 72 ° C วงจรเหล่านี้ถูกนำหน้าด้วย denaturation เริ่มต้น
ขั้นตอนของ 10 นาทีที่ 95 องศาเซลเซียสและตามมาด้วยการขยาย Fi NAL 10 นาทีที่
72 ° C ปฏิกิริยา PCR ได้ดำเนินการใน 2,720 ประยุกต์-Biosystem
Cycler ความร้อน (ประยุกต์-Biosystem, ฟอสเตอร์ซิตี, แคลิฟอร์เนีย, สหรัฐอเมริกา) PCR
ผลิตภัณฑ์ได้รับการมองเห็นหลังจากที่ 1.5 ชั่วโมง electrophoresis (8 V / ซม.) บน
เจล agarose (1% โดยน้ำหนัก / ปริมาตร) มีเครื่องหมาย 100 BP (Invitrogen ชีวิต
Technologies, มอนอิตาลี) ผลิตภัณฑ์ Fi เอ็ด ampli ได้ภายหลัง
Puri เอ็ด Fi ตามที่อธิบายไว้ข้างต้น การเรียงลำดับได้ดำเนินการโดย
ยูโร Fi NS MWG Operon (Ebersberg, เยอรมนี) แคตไอออน Fi ระบุ
ถูกนิยามโดยระเบิดอีกครั้ง (www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) การจัดตำแหน่งของ
ลำดับ 16S rDNA

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

500 BP 16S ไรโบโซมอลดีเอ็นเอ ( ประกอบด้วยตัวแปรภูมิภาคV1 และ V2 ) คือ ampli จึงเอ็ดจาก 5 ’สิ้นสุดของยีน ตามที่อธิบายไว้โดยยีราฟ et al . , 2003 การตรวจปฏิกิริยาแสดงในปริมาณรวม 50 μ L ที่มี 40 นาโนดีเอ็นเอ 1.5 มม.แมกนีเซียมคลอไรด์ , 1x PCR buffer ( 20 มม. ) กรดไฮโดรคลอริก pH 8.4 บริษัท ; 50 mm . ) , 0.5 มม.ของแต่ละ dntps ไพรเมอร์ 0.2 มม. และ 1.25 U ของดีเอ็นเอพอลิเมอเรส ทัค( Invitrogen ชีวิตเทคโนโลยี มอนซา , อิตาลี ) การใช้ ampli ถ่ายทอดการโปรแกรมแบ่งออกเป็น 3 รอบ 30 S ( ประกอบด้วยขั้นตอนที่ 95 องศา C 30 วินาที annealing ขั้นตอนที่ 59 ° C และ 45 ของส่วนขยายขั้นตอนที่ 72 องศา วงจรนี้ถูกนำหน้าด้วย ( เริ่มต้นขั้นตอนที่ 10 นาทีที่ 95 องศา C และตามด้วยส่วนขยายที่ 10 นาทีจึงนาล72 องศา ปฏิกิริยา PCR ได้ทดลองใน 2720 biosystem ประยุกต์Thermal cycler ( biosystem ประยุกต์ Foster City , CA , USA ) pcrผลิตภัณฑ์ถูกมองเห็นหลัง 1.5 H ของ electrophoresis ( 8 v / cm )เป็นเจล ( 1 % โดยน้ำหนัก / ปริมาตร ) กับ 100 BP ( Invitrogen เครื่องหมายเทคโนโลยี มอนซา , อิตาลี ) การ ampli จึงเอ็ดผลิตภัณฑ์ในภายหลังปุริมจึงตามที่อธิบายไว้ข้างต้น การกระทำโดยยูโรจึง NS mwg โอเปอรอน ( ebersberg , เยอรมัน ) การ identi จึงแคตไอออนเป็นอีกครั้งจึงเน็ดโดยระเบิด ( www.ncbi . nlm . NIH . gov / ระเบิด ) แนวของการลำดับ 16S rDNA