Because many crucial interactions b

Because many crucial interactions between transcription factors
and target genes are fairly weak and nonspecific, even a small
change can exert significant influence on transcription regulation
(Bougdour et al., 2008). In our work, the best isolated lycopeneproducing
mutant MT-1(M1) had only one amino acid substitution
at residue D8 (D8V), which belongs to the N-proximal cAMP binding
domain. It was reported that the cAMP-binding capacity could
influence all three types of CAP-dependent promoters (Busby and
Ebright, 1999), which may alter the transcription of genes related
to lycopene production. The amino acid substitutions in M2 and
M3 were K52N and G141S, respectively. Residue K52 was reported
to have a negative effect on the transcription activation of class
II CRP-dependent promoters (Rhodius and Busby, 2000), whereas
substitution of the residue with a neutral or negatively charged
amino acid (K52N, K52D, or K52L) would improve the binding of
CRP to a CRP-dependent promoter (Williams et al., 1991). G141 is
located in the D -helix, which is near the hinge (135–139) and
faces the F -helix (Harman, 2001; Kim et al., 1992). The activation
of CRP is typically demonstrated to be allosteric, where the cAMPbinding
signals are transmitted from the N-terminal domain to the
C-terminal domain through the hinge. Based on the crystal structure
and mutational analyses, it is proposed that the binding of
cAMP aligns the subunits of the CRP dimer by contacting the large
domains of both subunits in the middle of the C -helix. These contacts
transmit a change to the hinge end of the D -helix, altering
the relative orientations of the large and small domains by changing
the hinge angle. These combinative motions ultimately position
the F -helix for specific contact with the DNA surface (Kolb et al.,
1993). Thus, the G141S substitution may affect the transmission of
cAMP-binding signals and the affinity between CRP and DNA.
The diverse phenotypes of microbial strains are derived from
complicated interactions among thousands of gene expression
products, which are regulated by different transcription factors.
Modifications of these transcriptional factors change their DNA
binding specificity, their partner proteins, and their influence on
transcription (Hobert, 2008). Our DNA microarray analyses data
revealed thatthe simple mutation oftrans-acting transcription factor
CRP reprogramed the transcription profile and altered the cell
phenotype accordingly. In our present work, the possible influence
of several important genes, which were regulated by the
engineered CRP, on the production of lycopene was investigated
(Table 4). These genes may be classified to four groups based on
their effects on lycopene production in E. coli: (1) the availability of
substrates (pfkA, fbaA, ispG), (2) the energy supply (appY, araE), (3)
the resistance to toxicity (rpoS, yjiD), and (4) other regulators (araC,
yeiL, csrB, hns and creB).
The pfkA encoded 6-phosphofructokinase I is a key enzyme
regulating the glycolysis pathway. At the G6P (glucose-3-
phosphate) node of the glycolysis pathway, overproduction of
6-phosphofructokinase I readjusted the metabolic flux trending
tow

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เพราะโต้ตอบสำคัญมากระหว่างปัจจัย transcriptionและยีนเป้าหมายค่อนข้างอ่อนแอ และ เจาะจง แม้แต่ขนาดเล็กเปลี่ยนแปลงสามารถสำแดงอิทธิพลสำคัญในการควบคุม transcription(Bougdour et al., 2008) ในการทำงานของเรา lycopeneproducing แบบแยกส่วนmutant MT-1(M1) มีกรดอะมิโนเดียวแทนที่ตกค้าง D8 (D8V), ซึ่งเป็นการรวมค่าย N proximalโดเมน มันเป็นรายงานกำลังการผลิตรวมค่ายอาจอิทธิพลก่อขึ้นอยู่กับฝาครอบทั้งสามประเภท (บัส และEbright, 1999) ซึ่งอาจเปลี่ยนแปลง transcription ของยีนที่เกี่ยวข้องการผลิต lycopene การทดแทนกรดอะมิโนใน M2 และM3 ได้ K52N และ G141S ตามลำดับ รายงานสารตกค้าง K52มีผลกระทบในการเรียกใช้ transcription ของคลาสก่อขึ้นอยู่กับการ CRP II (Rhodius และบัส 2000), ในขณะที่ผลของสารตกค้างเป็นกลาง หรือทางลบคิดกรดอะมิโน (K52N, K52D หรือ K52L) จะช่วยปรับปรุงการรวมของCRP กับโปรโมเตอร์ CRP-ขึ้นอยู่กับ (วิลเลียมส์ et al., 1991) มี G141ตั้งอยู่ในดี-เกลียว ซึ่งอยู่ใกล้กับบานพับ (135-139) และใบหน้า F-เกลียว (Harman, 2001 คิม et al., 1992) การเปิดใช้งานของ CRP คือโดยปกติจะแสดงเป็น allosteric ที่ cAMPbinding ในส่งสัญญาณจากเทอร์มินัล N โดเมนเพื่อการโดเมนเทอร์มินัลซีผ่านบานพับ ตามโครงสร้างของผลึกและวิเคราะห์ mutational จะมีเสนอที่รวมของค่ายจัด subunits ของผลิตของ dimer CRP โดยติดต่อกับขนาดใหญ่โดเมนของทั้ง subunits กลาง C-เกลียว ติดต่อเหล่านี้ส่งการเปลี่ยนแปลงตามบานพับดี-เกลียว ดัดแปลงแนวสัมพันธ์โดเมนขนาดใหญ่ และขนาดเล็กโดยการเปลี่ยนมุมบานพับ ในที่สุดตำแหน่งดังนี้ combinativeF-เกลียวสำหรับติดต่อเฉพาะกับผิวดีเอ็นเอ (Kolb et al.,1993) . ดังนั้น การแทนที่ G141S อาจมีผลต่อการส่งค่ายรวมสัญญาณและความสัมพันธ์ระหว่าง CRP และดีเอ็นเอฟีมีความหลากหลายของสายพันธุ์จุลินทรีย์ที่ได้รับมาจากการโต้ตอบที่ซับซ้อนระหว่างพันยีนผลิตภัณฑ์ ซึ่งถูกควบคุม โดยปัจจัยต่าง ๆ transcriptionปรับเปลี่ยนปัจจัยเหล่านี้ transcriptional เปลี่ยนดีเอ็นเอของพวกเขาผูก specificity โปรตีนพันธมิตรของพวกเขา และอิทธิพลในtranscription (Hobert, 2008) ข้อมูลวิเคราะห์ DNA microarrayว่า ตัวทำหน้าที่ oftrans transcription กลายพันธุ์ง่ายCRP reprogramed โพ transcription และเปลี่ยนเซลล์phenotype ตาม ในงานนำเสนอ อิทธิพลได้ของหลายสิ่งสำคัญ ซึ่งถูกควบคุมโดยการมีการตรวจสอบออกแบบ CRP การผลิตของ lycopene(ตาราง 4) ยีนเหล่านี้อาจจำแนกประเภทตามกลุ่ม 4ผลผลิต lycopene ใน E. coli: (1) ความพร้อมของพื้นผิว (pfkA, fbaA, ispG), (2) การจัดหาพลังงาน (appY, araE), (3)ต่อต้านความเป็นพิษ (rpoS, yjiD), และ (4) อื่น ๆ เร็คกูเลเตอร์ (araCyeiL, csrB, hns ก creB)PfkA เข้า 6 phosphofructokinase ฉันเป็นเอนไซม์หลักควบคุมทางเดิน glycolysis ที่ G6P (กลูโคส - 3 -โหนดฟอสเฟต) ของทางเดิน glycolysis, overproduction ของ6-phosphofructokinase ฉัน readjusted trending ฟลักซ์ที่เผาผลาญใย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เพราะการมีปฏิสัมพันธ์ที่สำคัญมากระหว่างปัจจัยการถอดรหัสยีนเป้าหมายที่ค่อนข้างอ่อนแอและเชิญชมแม้จะมีขนาดเล็กการเปลี่ยนแปลงสามารถใช้อิทธิพลอย่างมีนัยสำคัญในการควบคุมการถอดรหัส(Bougdour et al., 2008) ในการทำงานของเราที่ดีที่สุดที่แยก lycopeneproducing กลายพันธุ์ MT-1 (M1) มีเพียงหนึ่งทดแทนกรดอะมิโนที่ตกค้างD8 (D8V) ซึ่งเป็นของค่าย N-ใกล้ชิดผูกพันโดเมน มีรายงานว่ากำลังการผลิตค่ายผูกพันอาจมีอิทธิพลต่อทั้งสามประเภทของโปรโมเตอร์ CAP ขึ้นอยู่กับ (Busby และ Ebright, 1999) ซึ่งอาจปรับเปลี่ยนการถอดรหัสของยีนที่เกี่ยวข้องกับการผลิตไลโคปีน แทนกรดอะมิโนใน M2 และM3 เป็น K52N และ G141S ตามลำดับ กาก K52 มีรายงานว่าจะมีผลกระทบต่อการเปิดใช้งานการถอดความจากชั้นที่สองโปรโมเตอร์CRP ขึ้นอยู่กับ (Rhodius และ Busby, 2000) ในขณะที่การทดแทนสารตกค้างที่มีความเป็นกลางหรือประจุลบกรดอะมิโน(K52N, K52D หรือ K52L) จะ ปรับปรุงผูกพันของไร้สาระที่จะก่อการCRP ขึ้นอยู่กับ (วิลเลียมส์ et al., 1991) G141 เป็นที่ตั้งอยู่ในD -helix ซึ่งอยู่ใกล้บานพับ (135-139) และใบหน้าF -helix (Harman 2001. คิม, et al, 1992) การเปิดใช้งานของ CRP จะแสดงให้เห็นโดยทั่วไปจะเป็น allosteric ที่ cAMPbinding สัญญาณจะถูกส่งจาก N-terminal domain กับโดเมนC ขั้วผ่านบานพับ ขึ้นอยู่กับโครงสร้างผลึกและการวิเคราะห์ mutational จะเสนอว่ามีผลผูกพันของค่ายสอดคล้องหน่วยย่อยของdimer CRP โดยการติดต่อที่มีขนาดใหญ่โดเมนของหน่วยย่อยทั้งในช่วงกลางของC -helix รายชื่อเหล่านี้ส่งการเปลี่ยนแปลงไปที่ปลายบานพับของ D -helix การเปลี่ยนทิศทางความสัมพันธ์ของโดเมนที่มีขนาดใหญ่และขนาดเล็กโดยการเปลี่ยนมุมบานพับ เหล่านี้รวมกับการเคลื่อนไหวในที่สุดตำแหน่ง-helix F สำหรับติดต่อเฉพาะที่มีพื้นผิวดีเอ็นเอ (คอล์บ et al., 1993) ดังนั้นการเปลี่ยนตัวผู้เล่น G141S อาจส่งผลกระทบต่อการส่งสัญญาณค่ายผูกพันและความสัมพันธ์ระหว่างCRP และดีเอ็นเอ. phenotypes มีความหลากหลายของสายพันธุ์จุลินทรีย์ที่จะได้มาจากการมีปฏิสัมพันธ์ที่ซับซ้อนในพันของการแสดงออกของยีนผลิตภัณฑ์ซึ่งถูกควบคุมโดยถอดความปัจจัยที่แตกต่างกัน. การปรับเปลี่ยน ปัจจัยเหล่านี้การถอดรหัสดีเอ็นเอของพวกเขาเปลี่ยนความจำเพาะผูกพันโปรตีนพันธมิตรของพวกเขาและมีอิทธิพลของพวกเขาในการถอดรหัส(Hobert 2008) microarray ดีเอ็นเอของเราวิเคราะห์ข้อมูลเปิดเผยthatthe กลายพันธุ์ง่าย oftrans ทำหน้าที่ถอดความปัจจัยCRP reprogramed รายละเอียดการถอดรหัสและการเปลี่ยนแปลงของเซลล์ต้นตาม ในการทำงานในปัจจุบันของเราที่มีอิทธิพลต่อความเป็นไปได้ของยีนที่สำคัญหลายประการซึ่งถูกควบคุมโดยCRP วิศวกรรมในการผลิตของไลโคปีนได้รับการตรวจสอบ(ตารางที่ 4) ยีนเหล่านี้อาจจะแบ่งเป็นสี่กลุ่มตามผลกระทบต่อการผลิตไลโคปีนในเชื้อ E. coli (1) ความพร้อมของพื้นผิว(pfkA, fbaA, ispG), (2) การจัดหาพลังงาน (Appy, Arae), (3) ความต้านทานต่อความเป็นพิษ (RPOs, yjiD) และ (4) หน่วยงานกำกับดูแลอื่น ๆ (Arac, yeiL, csrB, HNS และ CREB). pfkA เข้ารหัส 6 phosphofructokinase ฉันเป็นเอนไซม์ที่สำคัญการควบคุมทางเดินglycolysis ที่ G6P (กลูโคส 3 ฟอสเฟต) โหนดของทางเดิน glycolysis ที่มากเกินไปของ6 phosphofructokinase ผมปรับแนวโน้มการไหลของการเผาผลาญพ่วง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพราะปฏิสัมพันธ์ที่สำคัญระหว่างหลายปัจจัยการถอดความ
และยีนเป้าหมายจะค่อนข้างอ่อนแอและเจาะจงแม้การเปลี่ยนแปลงเล็ก ๆสามารถออกแรงอิทธิพลอย่างมีนัยสำคัญต่อ

( ถอดความระเบียบ bougdour et al . , 2008 ) ในงานของเรา ดีที่สุด แยก lycopeneproducing
กลายพันธุ์ mt-1 ( M1 ) มีเพียงหนึ่งกรดอะมิโนทดแทน
ที่ d8 กาก ( d8v ) ซึ่งเป็นของค่าย n-proximal ผูกพัน
โดเมนมีรายงานว่า ค่ายผูกความจุอาจ
อิทธิพลทั้งสามชนิดของหมวก ( ขึ้นอยู่กับโปรโมเตอร์ บัสบีและ
ebright , 1999 ) ซึ่งอาจปรับเปลี่ยนของยีนที่เกี่ยวข้องถอดความ
การผลิตไลโคปีน . กรดอะมิโนใน M2 และ M3
แทนและเป็น k52n g141s ตามลำดับ k52 ตกค้างรายงาน
ที่จะมีผลกระทบต่อการกระตุ้นของคลาส
บัณฑิตยสถาน2 ค้นหา ขึ้นอยู่กับโปรโมเตอร์ ( rhodius และ บัสบี , 2000 ) ส่วนการตกค้างด้วย

คิดเป็นกลางหรือลบกรดอะมิโน ( k52n k52d , หรือ k52l ) จะปรับปรุงการผูกขาดการค้นหา โปรโมเตอร์
2 ( วิลเลียม et al . , 1991 ) g141 คือ
ตั้งอยู่ใน D - เกลียวซึ่งใกล้บานพับ ( 135 – 139 ) และ
หน้า F - เกลียว ( Harman , 2001 ; Kim et al . , 1992 )
เปิดใช้งานของซีรีแอกทีฟโปรตีนโดยทั่วไปจะแสดงให้เห็นเป็น ตัวควบคุมที่ campbinding
สัญญาณส่งมาจากโดเมนถูกเพื่อ
โดเมนซึ่งผ่านบานพับ ตามโครงสร้างของผลึก
และวิเคราะห์ความสำคัญ มันเสนอว่าผูก
ค่ายจัดหน่วยย่อยของซีรีแอกทีฟโปรตีนไดเมอร์ โดยติดต่อโดเมนขนาดใหญ่
ของทั้งสองหน่วยในกลางของ C - สิ่งที่เป็นเกลียว ติดต่อ
เหล่านี้ส่งสัญญาณเปลี่ยนบานพับท้ายของ D - เกลียวดัดแปลง
orientations ญาติของขนาดใหญ่และขนาดเล็กโดยการเปลี่ยนโดเมน
บานพับ , มุม เหล่านี้รวมกับภาพเคลื่อนไหวสุดตำแหน่ง
F - เกลียวสำหรับติดต่อเฉพาะกับพื้นผิวของดีเอ็นเอ ( โกล์บ et al . ,
1993 ) ดังนั้น g141s ทดแทนอาจมีผลต่อการส่งของ
ค่ายผูกสัญญาณและความสัมพันธ์ระหว่างซีรีแอกทีฟโปรตีนและดีเอ็นเอ
การเกิดความหลากหลายของสายพันธุ์จุลินทรีย์ก็จะได้มาจาก
ซับซ้อนปฏิสัมพันธ์ระหว่างหลักพันของผลิตภัณฑ์การแสดงออก
ยีน ซึ่งถูกควบคุมโดยปัจจัยการถอดความที่แตกต่างกัน การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ปัจจัย

ลองของดีเอ็นเอโปรตีนผูกพันต่อคู่ของตน และอิทธิพลของพวกเขาเกี่ยวกับ
ถอดความ ( ฮอเบิร์ต , 2008 ) ดีเอ็นเอ microarray วิเคราะห์
เปิดเผยว่าการทำง่าย oftrans ถอดความปัจจัย
ขาด reprogramed บัณฑิตยสถานโปรไฟล์และการเปลี่ยนแปลงเซลล์
+ ตาม ในงานนำเสนอของเรา ได้รับอิทธิพลของยีน
ที่สำคัญหลายประการ ซึ่งถูกควบคุมโดย
วิศวกรรมซีรีแอกทีฟโปรตีนในการผลิตของไลโคปีนถูกสอบสวน
( ตารางที่ 4 ) ยีนเหล่านี้อาจแบ่งเป็น 4 กลุ่มตาม
ผลกระทบต่อการผลิตไลโคปีนใน E . coli ( 1 ) ความพร้อมของ
พื้นผิว ( pfka fbaa ispg , , ) , ( 2 ) การจัดหาพลังงาน ( การผ่าตัดอาเร , ) , ( 3 )
( rpos yjid ต้านทานต่อพิษ , ) และ ( 4 ) ควบคุมอื่น ๆ ( arac yeil csrb
, , และ hns , creb )
pfka เข้ารหัส 6-phosphofructokinase ผมเป็นคีย์เอนไซม์
ควบคุมวิถีไกลโคลิซีส . ที่ g6p ( glucose-3 -
ฟอสเฟต ) โหนดของไกลโคไลซิสทางเดิน , overproduction ของ
6-phosphofructokinase ผมปรับการเผาผลาญอาหารของแนวโน้ม
พ่วง