Multiple alignments of nucleic acid

Multiple alignments of nucleic acid and protein se- quences are basic investigations widely used for a large number of studies, such as phylogeny, profile construction, structure prediction, and se- quence/structure activity relationships. In the last years, many programs and services have been de- veloped to align multiple sequences and to edit and analyze the obtained multiple alignments (1). The most commonly used methods for creating multiple sequence alignments are based on the progressive- alignment strategy, which first estimates a phyloge- netic tree and then constructs an alignment of the se- quences (named “profile”) following the order in the tree. The best known of these methods is ClustalW (2). There are variants of this approach, such as T-Coffee, which builds a library of both local and global alignments of every pair of sequences and uses a library-based score for aligning two profiles (3), and MUSCLE, which applies horizontal refinement to the built alignment (4). Specific tools to help in the view- ing and editing of the alignments have also been de- veloped, including ALSCRIPT and CHROMA that visualize multiple sequence alignments (5,6), as well as SEAVIEW, Jalview, and CINEMA that allow edit- ing of multiple sequence alignments (7–9).

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

การจัดแนวหลายของกรดนิวคลีอิกและโปรตีน quences se- มีการตรวจสอบพื้นฐานที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับจำนวนมากของการศึกษาเช่นเชื้อชาติก่อสร้างรายละเอียดทำนายโครงสร้างและ se- quence / โครงสร้างความสัมพันธ์ของกิจกรรม ในปีที่ผ่านมาหลายโปรแกรมและบริการที่ได้รับการนำไป de- ในการจัดลำดับหลายและการแก้ไขและวิเคราะห์ที่ได้รับการจัดแนวหลาย ๆ (1) วิธีการที่ใช้กันมากที่สุดสำหรับการสร้างการจัดแนวหลายลำดับจะขึ้นอยู่กับกลยุทธ์การจัดตำแหน่ง progressive- สิ่งแรกที่ประมาณการ phyloge- ต้นไม้ netic แล้วสร้างการจัดตำแหน่งของ quences se- (ชื่อ "รายละเอียด") ตามลำดับในต้นไม้ ที่รู้จักกันดีของวิธีการเหล่านี้เป็น ClustalW (2) มีสายพันธุ์ของว​​ิธีการนี​​้เช่นเสื้อคอฟฟี่ซึ่งสร้างห้องสมุดของการจัดแนวทั้งประเทศและทั่วโลกของคู่ลำดับของทุกคนและใช้คะแนนห้องสมุดที่ใช้สำหรับการจัดตำแหน่งสองรูปแบบคือ (3) และกล้ามเนื้อซึ่งใช้การปรับแต่งในแนวนอน การจัดตำแหน่งที่สร้างขึ้น (4) เครื่องมือเฉพาะเพื่อช่วยในการชมทิวทัศน์ที่ไอเอ็นจีและแก้ไขการจัดแนวนอกจากนี้ยังมีการนำไป de- รวมทั้ง ALSCRIPT และ CHROMA ที่เห็นภาพการจัดแนวลำดับหลาย (5,6) เช่นเดียวกับซีวิว, Jalview และ CINEMA ที่ช่วยให้ Edit- ไอเอ็นจี ของการจัดแนวลำดับหลาย (7-9)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กรดนิวคลีอิกและโปรตีนหลาย การเซ - quences มีการสืบสวนพื้นฐานที่ใช้กันอย่างแพร่หลายสำหรับจำนวนขนาดใหญ่ของการศึกษา เช่น ระบบเชื้อชาติ , ก่อสร้าง , ทำนายโครงสร้างโปรไฟล์ และ เซ - quence / โครงสร้างกิจกรรมสัมพันธ์ ใน ปี ล่าสุด หลายโปรแกรมและบริการได้รับการ de - veloped เพื่อจัดหลายลำดับและเพื่อแก้ไขและวิเคราะห์หลายการ ( 1 )ส่วนใหญ่นิยมใช้วิธีในการสร้างการลำดับหลายจะขึ้นอยู่กับกลยุทธ์แนวก้าวหน้า ซึ่งตอนแรกประมาณการ phyloge - ต้นไม้ netic แล้วโครงสร้างการเรียงตัวของ เซ - quences ( ชื่อ " โปรไฟล์ " ) ตามคำสั่งในต้นไม้ ที่รู้จักกันดีที่สุดของวิธีการเหล่านี้เป็น clustalw ( 2 ) มีตัวแปรของวิธีการนี้เช่น t-coffee , ,ซึ่งสร้างห้องสมุดทั้งในระดับภูมิภาคและระดับโลก การของทุกคู่ของลำดับและใช้คะแนนจากห้องสมุดจัดสองรูปแบบ ( 3 ) และกล้ามเนื้อ ซึ่งใช้เพื่อการสร้างแนวนอนแนว ( 4 ) เครื่องมือเฉพาะเพื่อช่วยในมุมมองไอเอ็นจีและการแก้ไขของการได้รับ veloped เดอ - ,รวม alscript Chroma ที่เห็นภาพและการลำดับหลาย ( 5 , 6 ) , เช่นเดียวกับทะเล jalview และโรงภาพยนตร์ที่อนุญาตให้แก้ไข - ing ของการลำดับหลาย ( 7 )
9 )