3.2. Global diversity of intestinal

3.2. Global diversity of intestinal microbial communities across all treatment groups
A total of 49,031 16S rRNA sequences were generated from the contents of the intestinal ileum of unsupplemented/uninfected (control), unsupplemented/co-infected (NE), and oleoresin supplemented/co-infected (NE + XT) Cobb, Hubbard, and Ross chickens (Table 1). Individual pyrosequencing reads corresponding to specific OTUs were assigned to bacterial phyla and genera by homology comparison using the RDP and Silva databases. Table 2 summarizes the taxonomic classifications of the major OTUs identified in all treatment groups of the three chicken breeds. Sixteen major OTUs were identified in Cobb, 8 OTUs in Hubbard, and 15 OTUs in Ross. Firmicutes, Proteobacteria, and Cyanobacteria were the most common phyla detected in all chickens, with greater than 97% of all sequencing reads identified as Firmicutes. Bacteroidetes
was exclusively found in Cobb chickens and Actinobacteria was restricted to Ross. At the genus level, Hubbard chickens exhibited a fewer number of bacterial genera (n = 5) compared with Cobb
(n = 9) and Ross (n = 9) birds. Bacterial beta diversity was determined by molecular phylogenetic analysis using the maximum likelihood method. Beta diversity at the phylum level among the combined treatment groups for Cobb, Hubbard, and Ross chickens is illustrated in Fig. 3. Beta diversity at the OTU level in the three broiler breeds in the separate treatment groups is illustrated in Fig. 4. Included in this analysis were unsupplemented chickens infected
with either C. perfringens (CP) alone or E. maxima (EM) alone. In Cobb chickens, OTU diversity was relatively similar in the control, CP, NE, and NE + XT groups, while the EM group exhibited
a dissimilar degree of diversity (Fig. 4). In Hubbard chickens, OTU diversity was comparable in the control, EM, CP, and NE + XT groups,while the NE group exhibited a relatively unique level of diversity. In Ross chickens, OTU diversity was similar in the control, EM, CP, and
NE groups, while the NE + XT group exhibited a different extent of diversity.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

3.2. สากลหลากหลายชุมชนลำไส้จุลินทรีย์ในกลุ่มการรักษาทั้งหมดรวม 49,031 16S rRNA ที่สร้างขึ้นจากเนื้อหาของ ileum ลำไส้ unsupplemented/ไม่ ติดเชื้อ (ควบคุม), unsupplemented/ร่วม-infected (NE), และ oleoresin เสริม/ร่วม-infected (NE + XT) ลำดับไก่ Cobb ฮับบาร์ด และรอสส์ (ตารางที่ 1) อ่าน pyrosequencing บุคคลที่สอดคล้องกับ OTUs เฉพาะถูกกำหนดให้กับอาณาจักรแบคทีเรียและสกุล โดย homology เปรียบเทียบโดยใช้ฐานข้อมูล RDP และ Silva ตารางที่ 2 สรุปการจัดประเภทอนุกรมวิธานของ OTUs สำคัญที่ถูกระบุในกลุ่มการรักษาทั้งหมดของสายพันธุ์ไก่สาม สิบหกหลัก OTUs ถูกระบุในคด OTUs 8 ในฮับบาร์ด และ 15 OTUs ในรอสส์ อาณาจักรทั่วไปที่พบในไก่ทั้งหมด มีมากกว่า 97% ของการอ่านลำดับทั้งหมดที่ระบุเป็น Firmicutes Firmicutes, Proteobacteria และ Cyanobacteria ได้ Bacteroidetesพบเฉพาะในไก่ Cobb และ Actinobacteria ถูกจำกัดรอสส์ ในระดับสกุล ฮับบาร์ดไก่น้อยมีการจัดแสดงหมายเลขของแบคทีเรียสกุล (n = 5) เมื่อเทียบกับคด(n = 9) และรอสส์ (n = 9) นก ความหลากหลายของแบคทีเรียเบต้าดโดยวิเคราะห์ทางโมเลกุลโดยใช้วิธีความเป็นไปได้สูงสุด หลากหลายเบต้าในระดับไฟลัมระหว่างกลุ่มรวมรักษาสำหรับไก่ Cobb ฮับบาร์ด และรอสส์เป็นดังในรูปที่ 3 หลากหลายรุ่นเบต้าที่ระดับ OTU ในสายพันธุ์ไก่เนื้อสามกลุ่มรักษาแยกต่างหากเป็นดังในรูปที่ 4 รวมอยู่ในการวิเคราะห์นี้ถูก unsupplemented ไก่ติดเชื้อมีทั้ง C. perfringens (CP) คนเดียว หรือ E. maxima (EM) เพียงอย่างเดียว ในไก่ Cobb, OTU ตัดพ้อค่อนข้างคล้ายกันในการควบคุม CP, NE และ NE + XT รวม ในขณะที่จัดแสดงในกลุ่ม EMในระดับที่แตกต่างกันของความหลากหลาย (4 รูป) ในไก่ฮับบาร์ด OTU ความหลากหลายได้เปรียบในการควบคุม EM, CP และ NE + XT รวม ในขณะที่กลุ่มเดียวจัดแสดงความหลากหลายในระดับค่อนข้างเฉพาะ ในไก่รอสส์ OTU ตัดพ้อคล้ายกันในการควบคุม EM, CP และกลุ่มเดียว ในขณะ NE + XT กลุ่มจัดแสดงในระดับที่แตกต่างหลากหลาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

3.2 ความหลากหลายทั่วโลกของกลุ่มจุลินทรีย์ในลำไส้ในกลุ่มการรักษาทั้งหมด
รวม 49,031 16S ลำดับ rRNA ถูกสร้างขึ้นจากเนื้อหาของ ileum ลำไส้ของ unsupplemented / ติดเชื้อ (Control) ที่ unsupplemented / ร่วมการติดเชื้อ (NE) และ oleoresin เสริม / ร่วมการติดเชื้อ (NE + XT) Cobb, ฮับบาร์ดและรอสส์ไก่ (ตารางที่ 1) pyrosequencing บุคคลอ่านที่สอดคล้องกับเฉพาะ Otus ได้รับมอบหมายให้ phyla แบคทีเรียและจำพวกโดยเปรียบเทียบที่คล้ายคลึงกันโดยใช้ RDP และฐานข้อมูลซิลวา ตารางที่ 2 สรุปการจำแนกประเภทการจัดหมวดหมู่ของ Otus สำคัญที่ระบุไว้ในทุกกลุ่มการรักษาของทั้งสามสายพันธุ์ไก่ สิบหกหลัก Otus ถูกระบุใน Cobb, 8 Otus ในฮับบาร์ดและ 15 Otus ใน Ross Firmicutes, Proteobacteria และไซยาโนแบคทีเรียเป็นไฟลัมที่พบมากที่สุดที่ตรวจพบในไก่ทั้งหมดที่มีมากกว่า 97% ของการจัดลำดับการอ่านระบุว่าเป็น Firmicutes Bacteroidetes
ถูกพบเฉพาะในไก่อบบ์และ actinobacteria ถูก จำกัด ให้รอสส์ ในระดับประเภทไก่ฮับบาร์ดแสดงจำนวนน้อยจำพวกแบคทีเรีย (n = 5) เมื่อเทียบกับคอบบ์
(n = 9) และรอสส์ (n = 9) นก ความหลากหลายเบต้าแบคทีเรียถูกกำหนดโดยการวิเคราะห์โมเลกุล phylogenetic ใช้วิธีโอกาสสูงสุด หลากหลายรุ่นเบต้าในระดับประเภทระหว่างกลุ่มการรักษาร่วมกันเพื่อ Cobb, ฮับบาร์ดและรอสส์ไก่จะแสดงในรูปที่ 3. เบต้าความหลากหลายในระดับ OTU ในสามสายพันธุ์ไก่เนื้อในกลุ่มการรักษาที่แยกจากกันจะแสดงในรูปที่ 4. รวมอยู่ในการวิเคราะห์ครั้งนี้มีไก่ติดเชื้อ unsupplemented
กับทั้ง C. perfringens (CP) คนเดียวหรืออี Maxima (EM) เพียงอย่างเดียว ในไก่อบบ์หลากหลาย OTU ค่อนข้างคล้ายกันในการควบคุม CP ทิศตะวันออกเฉียงเหนือและภาคตะวันออกเฉียงเหนือ + XT กลุ่มขณะที่กลุ่ม EM แสดง
ในระดับที่แตกต่างกันของความหลากหลาย (รูปที่. 4) ในไก่ฮับบาร์ด OTU หลากหลายเปรียบในการควบคุม, อีเอ็มซีพีและ NE + XT กลุ่มขณะที่กลุ่ม NE แสดงระดับที่ค่อนข้างเป็นเอกลักษณ์ของความหลากหลาย ใน Ross ไก่ OTU ความหลากหลายเป็นที่คล้ายกันในการควบคุม, อีเอ็มซีพีและ
กลุ่มภาคตะวันออกเฉียงเหนือในขณะที่กลุ่ม NE + XT แสดงในระดับที่แตกต่างกันของความหลากหลาย

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

3.2 . ความหลากหลายของจุลินทรีย์ในลำไส้โดยชุมชนในกลุ่มการรักษาทั้งหมดรวม 49031 16S rRNA ลำดับถูกสร้างขึ้นจากเนื้อหาของลำไส้ลำไส้ของมาก่อน ( การควบคุม ) , ขาว / ขาว / Co ติดเชื้อ ( NE ) และโอลีโอเรซิน เสริม co / ติดเชื้อ ( เน่ + XT ) Cobb , ฮับบาร์ด , รอสและไก่ ( ตารางที่ 1 ) ไพโรซีเควนซิงอ่านเฉพาะในแต่ละที่ได้รับพบแบคทีเรียสกุลโดยเปรียบเทียบซึ่งใช้ RDP และ ซิลวา ฐานข้อมูล ตารางที่ 2 สรุปหมวดหมู่หมวดหมู่ของสาขาในการระบุในกลุ่มของไก่ 3 สายพันธุ์ 16 สาขาในถูกระบุใน Cobb , 8 ในใน Hubbard , และ 15 ในใน Ross โพรทีโอแบคทีเรีย และ กฟภ. Firmicutes ) , ที่พบมากที่สุดที่พบในไก่ พบทั้งหมดที่มีมากกว่า 97% ของทั้งหมดหาอ่านตามที่ระบุ Firmicutes . bacteroidetesพิเศษที่พบในไก่และแอคติโนมัยสีทคือคอบจำกัด โรส ในระดับสกุล ฮับบาร์ด ไก่ , มีจำนวนน้อยลงของแบคทีเรียสกุล ( n = 5 ) เปรียบเทียบกับคอบ( n = 9 ) และโรส ( n = 9 ) นก แบคทีเรียที่ถูกกำหนดโดยการวิเคราะห์ phylogenetic เบต้าของโมเลกุลโดยใช้วิธีความควรจะเป็นสูงสุด เบต้า ความหลากหลายในไฟลัมระดับระหว่างรวมกลุ่มสำหรับค็อบ ฮับบาร์ด และ รอส ไก่จะแสดงในรูปที่ 3 เบต้า ความหลากหลายที่ otu ระดับใน 3 ไก่เนื้อสายพันธุ์ในกลุ่มแยกต่างหากจะแสดงในรูปที่ 4 รวมอยู่ในการวิเคราะห์ครั้งนี้ได้รับไก่ติดเชื้อกับ C . perfringens ( CP ) คนเดียว หรือ E . maxima ( เอ็ม ) คนเดียว ไก่ใน Cobb , ความหลากหลาย otu ก็ค่อนข้างคล้ายกันในการควบคุม , CP NE และเน่ + กลุ่ม XT , ในขณะที่มันมีกลุ่มองศาที่แตกต่างกันของความหลากหลาย ( รูปที่ 4 ) ใน Hubbard ไก่ , ความหลากหลาย otu ได้ในการควบคุม , เอ็ม , CP และ NE + กลุ่มต่อไป ในขณะที่กลุ่มไม่แสดงระดับเฉพาะค่อนข้างหลากหลาย ใน รอสส์ ไก่ , ความหลากหลาย otu คล้ายกันในการควบคุม , เอ็ม , CP และเน่เน่ + XT กลุ่ม ในขณะที่กลุ่มมีขอบเขตที่แตกต่างกันของความหลากหลาย