We used the widely accepted ratio o

We used the widely accepted ratio of the rate of nonsynonymous
substitutions to the rate of synonymous substitutions (dN/dS) as a
measure of the rate of evolution. Generally, dS is a measure of
evolutionary divergence between two genes due to neutral substitution,
and the dN/dS is the departure from the neutral substitution
caused by functional constraints and selection. The larger the dN/dS
value, the faster is the gene evolving due to selection. We used a
standard method to calculate dN/dS (Hirsh et al., 2005). First, we
obtain the genes in the gene regulatory networks of sea urchin
endomesoderm, see Fig. 1. We applied Wu-BLAST2 to search the
orthologous genes in the 7 genomes mentioned above from EMBL-EBI.
We required all the protein pairs to be reciprocal best hits. Since these
organisms are closely related, all orthologous proteins have the same
name and likely perform similar functions. Then, we aligned the
orthologous protein pairs in ClustalW (Thompson et al., 1994) and
calculated the dN/dS in PAL2NAL (Suyama et al., 2006). For each
gene, we averaged the dN/dS of all the protein pairs of that gene.
Taking gene Bra as an example, we found Bra genes in sea urchins
H. pulcherrimus, P. lividus, L. variegatus, and S. purpuratus. Bra should
also appear in other sea urchins not yet sequenced. We align the Bra
protein sequences in each two sea urchins, 6 pairs in total. For each
pair, use PAL2NAL to calculate dN/dS, see Table 1.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เราใช้อัตราที่ยอมรับอย่างกว้างขวางของอัตรา nonsynonymousแทนอัตราทดแทนพ้อง (dN/dS) เป็นการวัดอัตราของวิวัฒนาการ ทั่วไป dS คือ การวัดdivergence วิวัฒนาการระหว่างยีนทั้งสองเนื่องจากแทนที่เป็นกลางและ dN/dS ออกจากแทนกลางเกิดจากข้อจำกัดที่ทำงานและเลือก ใหญ่มาก dN/dSค่า ได้เร็วขึ้นเป็นยีนวิวัฒนาการจากตัวเลือก เราใช้เป็นวิธีการมาตรฐานในการคำนวณ dN/dS (Hirsh et al., 2005) แรก เราได้รับยีนในยีนกำกับดูแลเครือข่ายของปลิงทะเลendomesoderm ดู Fig. 1 เราใช้ BLAST2 วูเพื่อค้นหาการยีน orthologous ใน genomes 7 ที่กล่าวถึงข้างต้นจาก EMBL EBIเราต้องการคู่โปรตีนทั้งหมดให้ ชมกันและดีที่สุด ตั้งแต่นี้ชีวิตสัมพันธ์ โปรตีน orthologous ทั้งหมดได้เหมือนกันชื่อ และมีแนวโน้มที่ทำหน้าที่คล้ายกัน จากนั้น เราจัดคู่โปรตีน orthologous ใน ClustalW (ทอมป์สันและ al., 1994) และคำนวณ dN/dS ใน PAL2NAL (Suyama et al., 2006) สำหรับแต่ละยีน เรา averaged dN/dS ของคู่โปรตีนของยีนนั้นการยีนเสื้อเป็นตัวอย่าง เราพบเสื้อยีนในทะเล urchinsH. pulcherrimus, P. lividus, L. variegatus และ S. purpuratus เสื้อชั้นในควรนอกจากนี้ยัง ปรากฏใน urchins ทะเลอื่น ๆ ยังไม่ได้ เรียงลำดับ เราจัดชุดชั้นในลำดับโปรตีนในแต่ละ urchins ทะเลสอง คู่ที่ 6 รวม สำหรับแต่ละคู่ PAL2NAL การคำนวณ dN/dS ดูตารางที่ 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เราใช้อัตราส่วนที่ยอมรับอย่างกว้างขวางของอัตรา nonsynonymous
แทนอัตราของการแทนความหมายเหมือนกัน (DN / DS)
เป็นตัวชี้วัดของอัตราการวิวัฒนาการ โดยทั่วไป dS
เป็นตัวชี้วัดของความแตกต่างระหว่างสองวิวัฒนาการยีนเนื่องจากการทดแทนที่เป็นกลางและ
DN / DS
จะเดินทางออกจากการเปลี่ยนตัวผู้เล่นที่เป็นกลางที่เกิดจากข้อจำกัด ของการทำงานและการเลือก ขนาดใหญ่ DN / DS
ค่าได้รวดเร็วยิ่งขึ้นคือการแสดงออกของยีนการพัฒนาอันเนื่องมาจากการเลือก เราใช้วิธีการมาตรฐานในการคำนวณ DN / DS (Hirsh et al., 2005) ครั้งแรกที่เราได้รับยีนในเครือข่ายการกำกับดูแลของยีนของทะเลเม่นทะเลendomesoderm ดูรูป 1. เราใช้ Wu-BLAST2 การค้นหายีน orthologous ใน 7 จีโนมกล่าวข้างต้นจาก EMBL-EBI. เราจำเป็นทั้งหมดคู่โปรตีนซึ่งกันและกันจะเป็นเพลงฮิตที่ดีที่สุด เพราะสิ่งเหล่านี้มีชีวิตที่มีความเกี่ยวข้องกับโปรตีน orthologous ทุกคนมีเหมือนกันชื่อและมีแนวโน้มที่ทำหน้าที่คล้ายกัน จากนั้นเราชิดคู่โปรตีน orthologous ใน ClustalW (ธ อมป์สัน et al., 1994) และการคำนวณDN / DS ใน PAL2NAL (Suyama et al., 2006) สำหรับแต่ละยีนเราเฉลี่ย DN / DS ของทุกคู่โปรตีนของยีนที่. การ Bra ยีนเป็นตัวอย่างที่เราพบยีนชุดชั้นในเม่นทะเลเอช pulcherrimus พี lividus, variegatus ลิตรและเอส purpuratus ชุดชั้นในควรปรากฏในเม่นทะเลอื่น ๆ ไม่ได้ติดใจเลย เราจัดชุดชั้นในลำดับโปรตีนในแต่ละสองเม่นทะเล 6 คู่รวม สำหรับแต่ละคู่ใช้ในการคำนวณ PAL2NAL DN / DS, ดูตารางที่ 1

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เราใช้ ยอมรับอัตราส่วนของอัตรา nonsynonymous
แทนเพื่ออัตราพ้องแทน ( DN / DS ) เป็น
วัดอัตราของวิวัฒนาการ โดยทั่วไป , DS คือ การวัด
ความแตกต่างเชิงวิวัฒนาการระหว่างยีนสองเนื่องจากการทดแทนเป็นกลาง
และ DN / DS เป็นจากกลางแทน
เกิดจากข้อจำกัดการทำงานและการเลือก ขนาดใหญ่ DN / DS
ค่า ยิ่งเป็นยีนที่พัฒนาจากการเลือก เราใช้วิธีการมาตรฐานในการคำนวณ
DN / DS ( Hirsh et al . , 2005 ) แรกเรา
ได้รับยีนในยีนควบคุมเครือข่ายของเม่นทะเล
endomesoderm เห็นรูปที่ 1 เราใช้ wu-blast2 เพื่อค้นหายีนในจีโนม orthologous
7 ดังกล่าวข้างต้นจาก embl-ebi .
เราต้องทุกคู่โปรตีนเป็นส่วนกลับที่สุดฮิต ตั้งแต่เหล่านี้
สิ่งมีชีวิตมีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิด โปรตีน orthologous ทั้งหมดที่มีชื่อเดียวกัน
และมีแนวโน้มที่ทำหน้าที่คล้ายกัน งั้นเราชิด
orthologous โปรตีนคู่ใน clustalw ( Thompson et al . , 1994 ) และ
คำนวณ DN / DS ใน pal2nal ( suyama et al . , 2006 ) สำหรับแต่ละ
ยีน เราเฉลี่ย DN / DS ทุกคู่ของโปรตีนที่ยีน ยีน
ใช้บราเป็นตัวอย่าง เราเจอยกทรงยีนในเม่นทะเล
hpulcherrimus , หน้า lividus L variegatus , และ purpuratus . บราควร
ยังปรากฏในทะเลอื่น ๆ มันไม่นี้ เราจัดยกทรง
โปรตีนลำดับในแต่ละสองเม่นทะเล , 6 คู่ทั้งหมด สำหรับแต่ละ
คู่ ใช้ pal2nal คำนวณ DN / DS , เห็นโต๊ะ 1