IntroductionFounder effects, geneti

Introduction
Founder effects, genetic drift and recombination associated with
the global spread of HIV-1 infection have given rise to genetically
distinct viral strains referred to as ‘subtypes’ and ‘circulating
recombinant forms’ [1]. HIV-1 genetic diversity may impact on
disease progression and response to antiretroviral therapy, and has
implications for vaccine development [2]. It is therefore important
to monitor changes in the genetic and geographic complexity of
the HIV-1 epidemic, and to identify the processes that drive these
changes. Of the various HIV-1 strains that have been described, the most
prevalent worldwide is subtype C [3]. First described in East and
Southern Africa [4], infections with viruses belonging to (or
partially derived from) subtype C are now prevalent in regions
throughout the world, including India, China, and South Americ In many of the regions where it has been introduced,
subtype C has overtaken other HIV-1 strains introduced at earlier
times [6–9]. Notably, studies suggest that subtype C may acquire
multi-drug resistance more rapidly than other HIV-1 subtypes
The rapid spread of subtype C in regions of South America -
including Brazil, Argentina and Uruguay - has drawn particular
attention [12–16]. Recent studies indicate that the South
American subtype C epidemic likely derives from a single founder
virus that entered the continent via Southern Brazil, and was
derived from viral strains prevalent in East Africa [12,13].
However, the external route via which this virus spread from
East Africa to South America has remained mysterious.
In the United Kingdom (UK), the prevalence of subtype C has
increased steadily since the early 1990s, and it now ranks as the
second most prevalent HIV-1 subtype after subtype B [17]. The overwhelming majority of subtype C infections in the UK occur in
individuals whose reported exposure risk is heterosexual contact,
and who were likely infected in Southern or Eastern Africa [18].
However, in a previous analyses of HIV-1 genetic diversity [19],
we observed that some subtype C isolates sampled within the UK
exhibit high levels of genetic similarity to isolates obtained in
South America. To explore this finding in greater detail, we
screened 8,309 subtype C sequences sampled within the UK to
identify isolates genetically linked to the South American
epidemic. We then examined the genetic relationships of these
isolates to subtype C isolates sampled worldwide evolutionary rate and the date of the most recent common
ancestor (MRCA) were performed using a Bayesian Markov chain
Monte Carlo (MCMC) approach as implemented in BEAST v1.7.
Analyses were performed with a Bayesian Skyline coalescent tree
prior, under the GTR + I + C model of nucleotide substitution,
and using both a strict and a relaxed molecular clock (uncorrelated
Lognormal model). Two separate MCMC chains were run for 108
generations for each dataset, sampled every 10,000th generation.
BEAST output was analyzed using TRACER v1.4 [27], with
uncertainty in parameter estimates reflected in the 95% highest
probability density (HPD) values after excluding a burn-in of 10%.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

แนะนำผลผู้ก่อตั้ง ดริฟท์พันธุ และ recombination ที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายทั่วโลกติดเชื้อเอชไอวี-1 ให้สูงขึ้นเพื่อแปลงพันธุกรรมสายพันธุ์ไวรัสที่แตกต่างกันเรียกว่า 'subtypes' และ ' การหมุนเวียนrecombinant ฟอร์ม [1] ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อเอชไอวี-1 อาจส่งผลกระทบในความก้าวหน้าของโรคและการตอบสนองต่อการรักษาด้วย และมีผลการพัฒนาวัคซีน [2] จึงเป็นสิ่งสำคัญการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในความซับซ้อนทางพันธุกรรม และทางภูมิศาสตร์ของระบาดของเชื้อเอชไอวี-1 และกระบวนการที่ไดรฟ์เหล่านี้ระบุการเปลี่ยนแปลง ของสายพันธุ์ต่าง ๆ เอชไอวี-1 ที่มีการอธิบาย มากที่สุดแพร่หลายทั่วโลกเป็นชนิดย่อย C [3] อธิบายครั้งแรก ในตะวันออก และแอฟริกาใต้ [4], ติดเชื้อกับไวรัสอยู่ (หรือบางส่วนได้รับจาก) ขณะนี้เป็นชนิดย่อย C พบมากในภูมิภาคทั่วโลก รวมทั้งอินเดีย จีน และ Americ ใต้ในภูมิภาคซึ่งจะมีการแนะนำชนิดย่อย C มี overtaken อื่น ๆ สายพันธุ์เอชไอวี-1 ที่นำมาใช้ในรุ่นก่อนหน้าเวลา [6-9] ยวด การศึกษาแนะนำว่า ชนิดย่อย C อาจได้รับยาหลายอย่างรวดเร็วมากขึ้นกว่า subtypes อื่น ๆ เอชไอวี-1อย่างรวดเร็วในการแพร่กระจายของชนิดย่อย C ในภูมิภาคอเมริกาใต้-รวมทั้งบราซิล อาร์เจนตินา และ อุรุกวัย - ได้วาดเฉพาะสนใจ [12-16] การศึกษาล่าสุดบ่งชี้ว่า ภาคใต้โรคระบาดชนิดย่อยอเมริกัน C น่าจะมาจากผู้ก่อตั้งที่เดียวไวรัส ที่ป้อนทวีปผ่านใต้บราซิล ถูกมาจากสายพันธุ์ไวรัสที่แพร่หลายในแอฟริกาตะวันออก [12,13]อย่างไรก็ตาม ภายนอกเส้นทางที่ไวรัสนี้แพร่กระจายจากแอฟริกาตะวันออกไปยังทวีปอเมริกาใต้มียังคงลึกลับมีความชุกของชนิดย่อย C ในสหราชอาณาจักร (UK),เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ช่วงต้นทศวรรษ 1990 และก็ตอนนี้เป็นอันดับสองแพร่หลายมากที่สุด 1 เอชไอวีชนิดย่อยหลังจากชนิดย่อย B [17] ชนิดย่อย C เชื้อในสหราชอาณาจักรส่วนใหญ่เกิดขึ้นในติดต่อบุคคลที่มีความเสี่ยงรายงานความเสี่ยงเป็นรักต่างเพศและที่มีโอกาสติดเชื้อในแอฟริกาใต้ หรือตะวันออก [18]อย่างไรก็ตาม ในวิเคราะห์ก่อนหน้านี้ของเอชไอวี-1 พันธุ [19],เราพบว่า บางชนิดย่อย C แยกตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรแสดงความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมเพื่อแยกได้ในระดับสูงอเมริกาใต้ การสำรวจนี้ค้นหาในรายละเอียดมากขึ้น เราลำดับ C ชนิดย่อย 8,309 ตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรเพื่อฉายระบุแยกแปลงพันธุกรรมกับอเมริกาใต้โรคระบาด เราตรวจสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมเหล่านี้แล้วแยกเพื่อแยกชนิดย่อย C ตัวอย่างอัตราวิวัฒนาการทั่วโลกและทั่วไปล่าสุดวันบรรพบุรุษ (MRCA) ได้ดำเนินการโดยใช้โซ่ Markov ทฤษฎีวิธี Carlo มอน (MCMC) นำมาใช้ในสัตว์ v1.7วิเคราะห์ดำเนินกับสกายไลน์ทฤษฎีต้นไม้ coalescentก่อน ภายใต้ GTR ฉัน + รุ่น C นิวคลีโอไทด์แทนและการใช้เข้มงวดและนาฬิกาโมเลกุลผ่อนคลาย (uncorrelatedรูปแบบ lognormal) สองแยก MCMC โซ่ถูกเรียกใช้สำหรับ 108รุ่นสำหรับแต่ละชุดข้อมูล ตัวอย่างทุกรุ่น 10,000thผลผลิตสัตว์ถูกวิเคราะห์ด้วยติดตามคืนชีพ [27],ความไม่แน่นอนในการประเมินพารามิเตอร์ในสูงสุด 95%ค่าความหนาแน่นความน่าเป็น (HPD) หลังจากการยกเว้นการเผาไหม้ใน 10%

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บทนำผลกระทบผู้ก่อตั้งดริฟท์ทางพันธุกรรมและการรวมตัวกันอีกที่เกี่ยวข้องกับการแพร่กระจายทั่วโลกของเอชไอวี1 การติดเชื้อได้ก่อให้เกิดการพันธุกรรมสายพันธุ์ไวรัสที่แตกต่างกันจะเรียกว่า'เชื้อ' และ 'การไหลเวียนของรูปแบบrecombinant' [1] HIV-1 ความหลากหลายทางพันธุกรรมที่อาจส่งผลกระทบต่อการดำเนินของโรคและการตอบสนองต่อยาต้านไวรัสและมีผลกระทบต่อการพัฒนาวัคซีน[2] ดังนั้นจึงเป็นสิ่งสำคัญในการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงในความซับซ้อนทางพันธุกรรมและทางภูมิศาสตร์ของการแพร่ระบาดของเอชไอวีที่1 และการระบุกระบวนการที่ไดรฟ์เหล่านี้มีการเปลี่ยนแปลง ของสายพันธุ์เอชไอวี -1 ต่างๆที่ได้รับการอธิบายที่มากที่สุดที่แพร่หลายทั่วโลกเป็นชนิดย่อย C [3] ครั้งแรกในเอเชียตะวันออกและภาคใต้ของแอฟริกา [4] ติดเชื้อไวรัสที่เป็นของ (หรือได้มาบางส่วน) จากชนิดย่อย C ตอนนี้แพร่หลายในภูมิภาคทั่วโลกรวมทั้งอินเดียจีนและใต้Americ ในหลายภูมิภาคที่จะได้รับ แนะนำชนิดย่อยC ได้ทันอื่น ๆ HIV-1 สายพันธุ์ที่นำมาใช้ก่อนหน้านี้ครั้ง[6-9] โดยเฉพาะอย่างยิ่งการศึกษาแสดงให้เห็นว่า C ชนิดย่อยอาจได้รับความต้านทานหลายยาเสพติดมากขึ้นอย่างรวดเร็วกว่าชนิดย่อยเอชไอวีอีก1 คนการแพร่กระจายอย่างรวดเร็วของชนิดย่อยซีในภูมิภาคอเมริกาใต้- รวมทั้งบราซิลอาร์เจนตินาและอุรุกวัย - โดยเฉพาะอย่างยิ่งได้รับความสนใจ[12-16] การศึกษาล่าสุดแสดงให้เห็นว่าภาคใต้ชนิดย่อยอเมริกันมีแนวโน้มการแพร่ระบาด C มาจากผู้ก่อตั้งเดียวไวรัสที่เข้ามาในทวีปผ่านทางภาคใต้ของบราซิลและได้รับการที่ได้มาจากสายพันธุ์ของเชื้อไวรัสแพร่ระบาดในแอฟริกาตะวันออก[12,13]. แต่เส้นทางภายนอกผ่านทางซึ่งไวรัสนี้ การแพร่กระจายจากแอฟริกาตะวันออกไปอเมริกาใต้ยังคงลึกลับ. ในสหราชอาณาจักร (UK), ความชุกของชนิดย่อย C ได้เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ต้นปี1990 และตอนนี้จัดอันดับให้เป็นที่แพร่หลายมากที่สุดชนิดย่อยHIV-1 ที่สองหลังจากที่ B ชนิดย่อย [17 ] ส่วนใหญ่ที่ครอบงำของชนิดย่อยการติดเชื้อซีในสหราชอาณาจักรที่เกิดขึ้นในบุคคลที่มีความเสี่ยงการเปิดรับรายงานมีการติดต่อกับเพศตรงข้ามและผู้ที่มีการติดเชื้อมีแนวโน้มในภาคใต้หรือแอฟริกาตะวันออก[18]. อย่างไรก็ตามในการวิเคราะห์ก่อนหน้าของ HIV-1 ความหลากหลายทางพันธุกรรม [19] , เราพบว่าบางชนิดย่อย C แยกตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรแสดงระดับสูงของความคล้ายคลึงกันทางพันธุกรรมที่จะแยกได้ในทวีปอเมริกาใต้ การสำรวจการค้นพบนี้ในรายละเอียดมากขึ้นเราฉาย 8,309 ชนิดย่อยลำดับ C ตัวอย่างที่อยู่ในสหราชอาณาจักรเพื่อระบุแยกการเชื่อมโยงทางพันธุกรรมไปยังอเมริกาใต้การแพร่ระบาด จากนั้นเราจะตรวจสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเหล่าไอโซเลทที่จะแยกย่อย C ตัวอย่างอัตราการวิวัฒนาการทั่วโลกและวันที่พบล่าสุดบรรพบุรุษ(MRCA) ได้รับการดำเนินการโดยใช้โซ่มาร์คอฟเบย์มอนติคาร์โล(MCMC) เป็นวิธีการที่นำมาใช้ในวง BEAST v1.7 วิเคราะห์ได้ดำเนินการกับคชกรรม Skyline Coalescent ต้นไม้ก่อนภายใต้GTR เครื่องหมาย + I + C รูปแบบของการทดแทนเบื่อหน่ายและการใช้ทั้งสองอย่างเข้มงวดและนาฬิกาโมเลกุลผ่อนคลาย(uncorrelated รูปแบบ Lognormal) สองโซ่ MCMC แยกต่างหากวิ่ง 108 รุ่นสำหรับแต่ละชุดข้อมูลที่ชิมทุกรุ่น 10000. BEAST การส่งออกได้รับการวิเคราะห์โดยใช้ TRACER v1.4 [27] มีความไม่แน่นอนในการประมาณการพารามิเตอร์สะท้อนให้เห็นในสูงสุด95% ความหนาแน่น (HPD) ค่าหลังจาก ไม่รวมการเผาไหม้ใน 10%

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

บทนำ
ผู้ก่อตั้งผลกระทบทางพันธุกรรมลอยและการเกี่ยวข้องกับการติดเชื้อแพร่กระจายทั่วโลก

ให้ลุกขึ้นเพื่อพันธุกรรมแตกต่างไวรัสสายพันธุ์ชนิดย่อยเรียกว่า ' ' และ ' ' แบบหมุนเวียน
รูปแบบ [ 1 ] ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้ออาจส่งผลกระทบต่อ
ความก้าวหน้าและการตอบสนองต่อยาต้านไวรัสโรค และมีการประยุกต์ใช้เพื่อพัฒนาวัคซีน
[ 2 ]มันจึงเป็นสิ่งสำคัญที่จะตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงใน

และความซับซ้อนทางพันธุกรรมของเชื้อระบาดทางภูมิศาสตร์ และศึกษากระบวนการที่ไดรฟ์การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้

ของ HIV-1 สายพันธุ์ต่าง ๆที่ได้ถูกอธิบายไว้ มากที่สุด แพร่หลาย ทั่วโลก คือ กลุ่ม C
[ 3 ] รายงานครั้งแรกในภาคตะวันออกและภาคใต้แอฟริกา
[ 4 ] , การติดเชื้อ ด้วยไวรัสของ ( หรือ
บางส่วนได้มาจากกลุ่ม C ) กำลังแพร่หลายในภูมิภาค
ทั่วโลกรวมทั้งอินเดีย , จีน , และ South Americ ในหลายภูมิภาคที่ได้รับการแนะนำ ,
c ได้ทันในสายพันธุ์อื่น ๆซึ่งแนะนำที่ก่อนหน้านี้
ครั้ง [ 6 – 9 ] ยวด , การศึกษาแสดงให้เห็นว่ากลุ่ม C อาจได้รับการดื้อยาหลายมากขึ้นอย่างรวดเร็วกว่าคนอื่น

ยีนซีโรโทนินแพร่กระจายอย่างรวดเร็วของกลุ่ม C ในภูมิภาคอเมริกาใต้ -
ได้แก่ บราซิล อาร์เจนตินา และอุรุกวัย ได้ดึงดูดความสนใจโดยเฉพาะ
[ 12 – 16 ] การศึกษาล่าสุดบ่งชี้ว่า ชาวอเมริกันทั้ง C ใต้
ระบาดน่าจะมาจากเดี่ยวผู้ก่อตั้ง
ไวรัสที่เข้าไปในทวีป ทางภาคใต้ของบราซิล และได้มาจากไวรัสสายพันธุ์
แพร่หลายในแอฟริกาตะวันออก [ 12 , 13 ‘ ] .
อย่างไรก็ตามภายนอกเส้นทางผ่าน ซึ่งไวรัสนี้แพร่กระจายจาก
ตะวันออกแอฟริกาอเมริกาใต้ยังคงลึกลับ .
ในสหราชอาณาจักร ( UK ) , ความชุกของกลุ่ม C มี
เพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่องตั้งแต่ช่วงต้นทศวรรษ 1990 และตอนนี้อันดับเป็นที่แพร่หลายมากที่สุดในกลุ่ม
ที่สองหลังจากกลุ่ม B [ 17 ] ส่วนใหญ่ที่น่าหนักใจของเชื้อในกลุ่ม C อังกฤษเกิดขึ้นใน
บุคคลที่มีรายงานความเสี่ยงคือติดต่อต่างเพศ ,
และใครที่น่าจะติดเชื้อในภาคใต้และตะวันออกแอฟริกา [ 18 ] .
แต่ในหน้าที่วิเคราะห์ความหลากหลายทางพันธุกรรมของเชื้อ [ 19 ]
เราสังเกตได้ว่า บางชนิดย่อย C จากตัวอย่างภายใน UK
แสดงระดับสูงของพันธุกรรมคล้ายคลึงกับเชื้อได้ใน
ใต้ อเมริกา เพื่อศึกษาหารายละเอียดมากกว่าเรา
คัด 8309 ชนิดย่อย C ลำดับตัวอย่างภายในสหราชอาณาจักรระบุสายพันธุ์

พันธุกรรมที่เชื่อมโยงกับการระบาดในอเมริกาใต้

จากนั้นเราจะตรวจสอบความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของเชื้อในกลุ่มเหล่านี้
C ตัวอย่างวิวัฒนาการสายพันธุ์ทั่วโลกอัตราและวันที่ของบรรพบุรุษ
ล่าสุด ( mrca ) คือการใช้แบบ Markov
Monte Carlo ( MCMC ) วิธีการที่ใช้ใน v1.7
อสูรการวิเคราะห์การรวมตัวกับคชกรรมเส้นขอบฟ้าต้นไม้
ก่อน ภายใต้รูปแบบการแทนที่นิวคลีโอไทด์ GTR ฉัน C
, และใช้ทั้งเข้มงวด และผ่อนคลาย ( uncorrelated
นาฬิกาโมเลกุลแบบนางแบบ ) แยกเป็นสองกลุ่ม MCMC วิ่ง 108
รุ่นแต่ละชุดข้อมูลตัวอย่างทุกรุ่น , 10000th .
ผลผลิตสัตว์ครั้งนี้ใช้ติดตาม v1.4 [ 27 ] ,
ค่าความไม่แน่นอนในการประเมินที่สะท้อนอยู่ใน 95% สูงสุด
ความหนาแน่นของความน่าจะเป็น ( ตำรวจ ) ไม่รวมค่าหลังจากเผา 10 %