SSR markers can detect nucleotide s

SSR markers can detect nucleotide sequence differences between F2
individuals and determine segregation of the parental genomes in the F2
population. To find SSR makers that can efficiently detect polymorphisms among Chinese cabbage genotypes, we screened SSR markers
using an F2 population derived from an F1 hybrid cultivar. We assessed
321 SSR markers in a commercial F1 hybrid plant (‘W77’) and 6 individual F2 plants of ‘W77’ (Tables S1, S2). Fifty-nine DNA markers (18%)
detected polymorphism among these 7 plants (Table S2). We selected
11 co-dominant DNA markers confirming their Mendelian segregation
using 96 F2 plants derived from ‘W77’ (Table S5).
We selected 7 (BRMS007, BRMS026, BRMS027, BRMS040, BRMS163,
BRMS226, and BRMS276) of the 59 SSR markers because the BRMS
series are highly polymorphic markers in Brassica vegetables (Dr. Satoru
Matsumoto, personal communication). To examine whether these 7
SSR markers that can detect polymorphisms in parental lines of ‘W77’
are applicable to other parental combinations of F1 hybrid cultivars,
we assessed 13 F2 populations derived from commercial F1 hybrid cultivars. These SSR markers showed 38% (5 of 13 F2 populations) to 92%
(12 of 13 F2 populations) polymorphism rate among 6 individual F2
plants, of which BRMS007 and BRMS027 showed the highest polymorphism rate (Table S6). More than 3 DNA markers (43%) were found to
detect parental polymorphisms of F1 hybrid cultivars (Table S6).
RNA-sequencing (RNA-seq) analysis in leaves using two Chinese
cabbage inbred lines, RJKB-T23 and RJKB-T24, was used for SNP analysis
(Shimizu et al., 2014). More than three CAPS markers in each chromosome were developed, and their marker locations were spread over
the reference genome (Fig. S1). Totally 38 CAPS markers with codominance were developed, and their Mendelian segregation was confirmed in 12 of 38 CAPS markers using 96 F2 plants between RJKB-T23
and RJKB-T24 (Table S5).
Genetically uniform lines are desired for both laboratory experiments and F1 hybrid breeding. To confirm genetic uniformity of these
inbred lines, we used 7 DNA markers (BRMS007, BRMS026, BRMS027,
BRMS040, BRMS163, BRMS226, and BRMS276) on 8 individual plants
for each inbred line. These SSR markers did not show any polymorphism
among the 8 plants in any inbred line (data not shown). We further
tested the genetic uniformity by RAD-seq. The numbers of raw sequenced reads per inbred line ranged from 526,146 to 5,386,735
(mean = 1,774,162). The heterozygous genotypes in 22 inbred lines
were less than 1.42% (mean = 0.54%) in 288 positions of a nucleotide
sequences determined by RAD-seq (Fig. S1, Table S7). These results indicate that these 22 inbred lines are highly homozygous.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เครื่องหมายยังคงสามารถตรวจพบความแตกต่างลำดับนิวคลีโอไทด์ระหว่าง F2บุคคล และกำหนดแบ่งแยก genomes ผู้ปกครองใน F2ประชากร การค้นหาผู้ผลิตยังคงมีประสิทธิภาพตรวจ polymorphisms ระหว่างพันธุ์ปลี เราตรวจเครื่องหมายยังคงใช้กับประชากร F2 มาจากมีพันธุ์ไฮบริ F1 เราประเมินเครื่องหมายยังคง 321 F1 ผสมพืชพาณิชย์ ('W77') และพืช F2 แต่ละ 6 ของ 'W77' (ตาราง S1, S2) เครื่องหมายดีเอ็นเอห้าสิบเก้า (18%)ตรวจพบโพลิมอร์ฟิซึมในพืชเหล่านี้ 7 (ตาราง S2) เราเลือกเครื่องหมายดีเอ็นเอโดดเด่นร่วม 11 ที่ยืนยันการแบ่งแยกของเมนเดลพันธุใช้พืช F2 96 มาจาก 'W77' (ตาราง S5)เราเลือก 7 (BRMS007, BRMS026, BRMS027, BRMS040, BRMS163BRMS226 และ BRMS276) ยังคงหมาย 59 เนื่องจากการ BRMSชุดมีเครื่องหมาย polymorphic สูงในผักผัก (ดร.ซะมัตสึโมโตะ สื่อสารส่วนบุคคล) การตรวจสอบว่า 7 เหล่านี้เครื่องหมายยังคงสามารถตรวจหา polymorphisms ในสายปกครองของ 'W77'ใช้กับชุดอื่น ๆ โดยผู้ปกครองของ F1 ผสมพันธุ์เราประเมินประชากร F2 13 มาจากพาณิชย์ F1 ผสมพันธุ์ เครื่องหมายเหล่านี้ยังคงพบ 38% (5 13 F2 ประชากร) 92%(12 13 F2 ประชากร) โพลิมอร์ฟิซึมอัตราระหว่าง F2 แต่ละ 6พืช ที่ BRMS007 และ BRMS027 พบว่าอัตราโพลิมอร์ฟิซึมสูงที่สุด (ตาราง S6) เครื่องหมายดีเอ็นเอ 3 กว่า (43%) พบว่าพบผู้ปกครอง polymorphisms ของ F1 ผสมพันธุ์ (ตาราง S6)วิเคราะห์ (RNA seq) RNA ลำดับในใบที่ใช้ภาษาจีน 2กะหล่ำปลีเสถียรสาย RJKB T23 และ RJKB-T24 ใช้สำหรับการวิเคราะห์ SNP(ชิมิซุร้อยเอ็ด 2014) เครื่องหมายหมวกมากกว่าสามในแต่ละโครโมโซมได้พัฒนา และตำแหน่งของเครื่องหมายที่ประดับอ้างอิงพันธุ (มะเดื่อ S1) ทั้งหมด 38 เครื่องหมายหมวกกับ codominance ที่พัฒนา และการแบ่งแยกของเมนเดลพันธุได้รับการยืนยันใน 12 เครื่องหมายหมวก 38 ใช้ 96 F2 พืชระหว่าง RJKB-T23และ RJKB-T24 (ตาราง S5)เส้นทางพันธุกรรมเหมือนกันต้องการสำหรับห้องปฏิบัติการทดลองและ F1 ผสมพันธุ์ เพื่อยืนยันความสม่ำเสมอทางพันธุกรรมเหล่านี้เสถียรสาย เราใช้เครื่องหมายดีเอ็นเอ 7 (BRMS007, BRMS026, BRMS027BRMS040, BRMS163, BRMS226 และ BRMS276) ในพืชแต่ละ 8สำหรับแต่ละบรรทัดที่เสถียร เครื่องหมายเหล่านี้ยังคงไม่ได้แสดงการโพลิมอร์ฟิซึมในบรรดาพืชที่ 8 ในบรรทัดใด ๆ เสถียร (ไม่แสดงข้อมูล) เราเพิ่มเติมทดสอบความสม่ำเสมอทางพันธุกรรม โดย RAD หมายเลขลำดับ หมายเลขของวัตถุดิบตามลำดับอ่านต่อบรรทัดเสถียรอยู่จาก 526,146 เพื่อ 5,386,735(หมายถึง = 1,774,162) ไทป์ heterozygous ในเสถียรสาย 22ได้น้อยกว่า 1.42% (หมายถึง = 0.54%) ในตำแหน่ง 288 ของนิวคลีโอไทด์เป็นลำดับที่กำหนด โดย RAD seq (มะเดื่อ S1, S7 ตาราง) ผลลัพธ์เหล่านี้บ่งชี้ว่า บรรทัดเหล่านี้เสถียร 22 อยู่หลักสูง

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เครื่องหมาย SSR สามารถตรวจจับความแตกต่างระหว่างลำดับเบส F2
บุคคลและตรวจสอบการคัดแยกของจีโนมของผู้ปกครองในของ F2
ประชากร ที่จะหาเครื่องชง SSR ที่มีประสิทธิภาพสามารถตรวจสอบความหลากหลายในหมู่ยีนผักกาดขาวปลีเราคัดเลือกเครื่องหมาย SSR
ใช้ประชากร F2 มาจากไฮบริดพันธุ์ F1 เราประเมิน
321 SSR เครื่องหมายในเชิงพาณิชย์ F1 ไฮบริดของพืช (W77) และ 6 พืชแต่ละ F2 'W77 (ตาราง S1, S2) ห้าสิบเก้าเครื่องหมายดีเอ็นเอ (18%)
ตรวจพบความแตกต่างในหมู่เหล่านี้ 7 พืช (ตารางที่ S2) เราเลือก
11 ร่วมที่โดดเด่นเครื่องหมายดีเอ็นเอยืนยันการแยกจากกันของเมนเดลของพวกเขา
โดยใช้ 96 พืช F2 มาจาก 'W77' (ตาราง S5).
เราเลือก 7 (BRMS007, BRMS026, BRMS027, BRMS040, BRMS163,
BRMS226 และ BRMS276) ของ 59 SSR เครื่องหมาย เพราะ BRMs
ชุดเครื่องหมาย polymorphic สูงในผักตระกูลกะหล่ำ (ดร. ซาโตรุ
มัตสึ, การสื่อสารส่วนบุคคล) เพื่อตรวจสอบว่าเหล่านี้ 7
SSR เครื่องหมายที่สามารถตรวจจับความหลากหลายในสายของผู้ปกครองของ W77 '
มีผลบังคับใช้กับการรวมกันของผู้ปกครองอื่น ๆ ของสายพันธุ์ F1 ไฮบริด
ที่เราประเมิน 13 ประชากร F2 ที่ได้มาจากการค้า F1 ไฮบริดพันธุ์ เครื่องหมาย SSR เหล่านี้แสดงให้เห็นว่า 38% (5 ของประชากร 13 F2) 92%
(12 of 13 ประชากร F2) อัตราความแตกต่างในหมู่ 6 F2 แต่ละ
พืชซึ่ง BRMS007 และ BRMS027 แสดงให้เห็นความแตกต่างในอัตราที่สูงที่สุด (ตารางที่ S6) มากกว่า 3 ดีเอ็นเอเครื่องหมาย (43%) พบว่ามี
การตรวจสอบความหลากหลายของผู้ปกครองพันธุ์ F1 ไฮบริด (ตาราง S6).
RNA-ลำดับ (RNA-seq) การวิเคราะห์ในใบใช้สองภาษาจีน
กะหล่ำปลีสายพันธุ์แท้, RJKB-T23 และ RJKB-T24, ถูกนำมาใช้สำหรับการวิเคราะห์ SNP
(ชิมิซุ et al., 2014) มากกว่าสาม CAPS เครื่องหมายในแต่ละโครโมโซมได้รับการพัฒนาและตำแหน่งของเครื่องหมายของพวกเขาถูกกระจายไป
อ้างอิงจีโนม (รูป. S1) ทั้งหมด 38 CAPS เครื่องหมายกับ codominance ได้รับการพัฒนาและการคัดแยกของเมนเดลของพวกเขาได้รับการยืนยันใน 12 จาก 38 เครื่องหมาย CAPS ใช้ 96 พืช F2 ระหว่าง RJKB-T23
และ RJKB-T24 (ตาราง S5).
สายเครื่องแบบพันธุกรรมเป็นที่ต้องการสำหรับทั้งการทดลองในห้องปฏิบัติการและ F1 ไฮบริด การผสมพันธุ์ เพื่อยืนยันความเท่าเทียมทางพันธุกรรมของเหล่านี้
สายพันธุ์แท้เราใช้ 7 เครื่องหมายดีเอ็นเอ (BRMS007, BRMS026, BRMS027,
BRMS040, BRMS163, BRMS226 และ BRMS276) เมื่อวันที่ 8 พืชแต่ละ
สายพันธุ์แต่ละ เครื่องหมาย SSR เหล่านี้ไม่ได้แสดงให้เห็นความแตกต่างใด ๆ
ในหมู่ที่ 8 พืชในสายพันธุ์ใด ๆ (ไม่ได้แสดงข้อมูล) เรายัง
ผ่านการทดสอบความสม่ำเสมอทางพันธุกรรมโดย RAD-seq ตัวเลขของติดใจดิบอ่านต่อบรรทัดพันธุ์แท้ตั้งแต่ 526,146 เพื่อ 5386735
(ค่าเฉลี่ย = 1,774,162) ยีน heterozygous ใน 22 สายพันธุ์แท้
น้อยกว่า 1.42% (เฉลี่ย = 0.54%) ใน 288 ตำแหน่งเบื่อหน่าย
ลำดับกำหนดโดย RAD-seq (รูป. S1, โต๊ะ S7) ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นว่าสิ่งเหล่านี้ 22 สายพันธุ์แท้มี homozygous สูง

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

SSR markers สามารถตรวจสอบความแตกต่างของลำดับนิวคลีโอไทด์ระหว่าง F2บุคคลและตรวจสอบการกระจายตัวของจีโนมของผู้ปกครองใน F2ประชากร ค้นหา ผู้ผลิตที่มีประสิทธิภาพสามารถตรวจสอบความหลากหลายของ SSR พันธุ์ผักกาดขาว เราคัดเครื่องหมาย SSRใช้ F2 ประชากรมาจาก F1 ลูกผสมพันธุ์ . เราประเมิน321 เครื่องหมาย SSR ในการค้าพืชลูกผสม F1 ( 'w77 ' ) และ 6 บุคคล w77 F2 พืชของ ' ' ( ตาราง S1 , S2 ) ห้าสิบเก้าเครื่องหมายดีเอ็นเอ ( 18 % )ตรวจพบความหลากหลายของพืชเหล่านี้ 7 ( ตาราง S1 ) เราเลือก11 คือ เด่นดีเอ็นเอยืนยันการแยกชนิดของพวกเขาใช้ 96 F2 พืชที่ได้มาจาก ' ' ( ตาราง w77 S5 )เราเลือก 7 ( brms007 brms026 , brms027 brms040 brms163 , , , ,brms226 และ brms276 ) ของ SSR markers เพราะ brms 59ชุดเป็นอย่างสูงที่มีเครื่องหมายในพืชตระกูลกะหล่ำ ผัก ( ดร. ซาโตรุมัตสึโมโตะ การสื่อสารส่วนบุคคล ) เพื่อตรวจสอบว่าเหล่านี้ 7เครื่องหมาย SSR ที่สามารถตรวจสอบความหลากหลายในสายพันธุ์พ่อแม่ของ ' ' w77ใช้กับชุดอื่น ๆของผู้ปกครองของ F1 ลูกผสมพันธุ์เราประเมิน 13 F2 ประชากรมาจาก F1 พาณิชย์พันธุ์ลูกผสม เครื่องหมาย SSR เหล่านี้พบร้อยละ 38 ( 5 13 F2 ถึง 92% ของประชากร )( 12 13 F2 ประชากร ) อัตราของแต่ละธนาคาร ) 6พืช ซึ่ง brms007 brms027 ) และมีอัตราสูงสุด ( ตาราง s6 ) กว่า 3 เครื่องหมายดีเอ็นเอ ( 43% ) พบว่าตรวจสอบความหลากหลายของพันธุ์ลูกผสม ( F1 ( ตาราง s6 )อาร์เอ็นเอ ( RNA sequencing seq ) การวิเคราะห์ในใบที่ใช้ภาษาจีนกะหล่ำปลีสายพันธุ์แท้ rjkb-t23 rjkb-t24 , และถูกนำมาใช้สำหรับการวิเคราะห์ SNP( ชิมิสึ et al . , 2010 ) มากกว่าสามหมวกเครื่องหมายในแต่ละโครโมโซมมีการพัฒนา และที่ตั้งเครื่องหมายของพวกเขาแพร่กระจาย( รูปอ้างอิง ( S1 ) ทั้งหมด 38 หมวกเครื่องหมายกับแกงเลียง ได้รับการพัฒนา และการแยกชนิดของพวกเขาได้รับการยืนยันใน 12 38 หมวกเครื่องหมายพืชระหว่าง rjkb-t23 96 F2 ใช้rjkb-t24 ( ตารางและ S5 )สายพันธุกรรมเครื่องแบบเป็นที่ต้องการทั้งในห้องปฏิบัติการและการปรับปรุงพันธุ์ลูกผสม . เพื่อยืนยันความสอดคล้องของพันธุกรรมเหล่านี้สายพันธุ์แท้ เราใช้ 7 เครื่องหมายดีเอ็นเอ ( brms007 brms026 brms027 , , ,brms040 brms163 brms226 , , , และ brms276 ) บนพืช 8 บุคคลสำหรับแต่ละสายพันธุ์แท้สาย เครื่องหมาย SSR เหล่านี้ไม่ได้แสดง )ระหว่าง 8 พืชในสายพันธุ์แท้สาย ( ข้อมูลไม่แสดง ) เราเพิ่มเติมการทดสอบความสม่ำเสมอทางพันธุกรรม โดยราด seq . หมายเลขลำดับของดิบอ่านต่อสายพันธุ์แท้สายระหว่าง 526146 เพื่อ 5386735( ค่าเฉลี่ย = 1774162 ) การสร้างสายพันธุ์แท้พันธุ์ 22กว่า 1.42 ล้านบาท ( ค่าเฉลี่ย = 0.54 เปอร์เซ็นต์ ) แต่ตำแหน่งของยีนลําดับที่กำหนดโดยราด seq ( รูปตาราง S7 S1 ) ผลลัพธ์เหล่านี้บ่งชี้ว่า ทั้ง 22 สายพันธุ์แท้สายขอแบบ .