For the next-generation sequencing

For the next-generation sequencing library preparation, 1 μg
of metagenomic DNA was sheared to 200-bp length by
BioRuptor UCD-200 TS Sonication System (5 cycles of
15 min; Diagenode Co., Belgium and Denville, NJ, USA).
The Ion Xpress Fragment Library Kit (Life Technologies,
Carlsbad, CA, USA) was used for subsequent library preparation.
Shearing and phosphate end repairing was followed by
ligation of the respective barcode adapters to each sample.
Library size selection was done by an E-Gel SizeSelect at
2 % agarose gel on the E-Gel iBase Power System (Life Technologies,
Carlsbad, CA, USA). Further, the sample was nick
translated and amplified by ten PCR cycles. Precise quality
and quantity of the amplified DNA library was analyzed by an
Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technology, Santa Clara,
CA). The DNA library was diluted to 16 pM and emulsion
PCR was performed using the Ion OneTouch System (Life
Technologies, Gaithersburg, MD), followed by enrichment
for template-positive ion sphere particles using Dynabeads
MyOne Streptavidin C1 beads (Invitrogen, Carlsbad, CA).
Each sequencing sample was loaded on an Ion 316D chip
and sequenced on the Ion Torrent PGM for 520 flows with
Ion PGM Sequencing 200 Kit (Life Technologies, Gaithersburg,
MD). The Ion Torrent platform-specific pipeline software
was used to generate sequence reads, trim adapter sequences,
filter, and remove poor signal-profile reads from the
raw data

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

สำหรับการเตรียมลำดับถัดไปสร้างไลบรารี 1 μgของ metagenomic DNA ถูกตัดให้ความยาว 200-bp โดยระบบ Sonication TS 200 BioRuptor UCD (5 รอบของ15 นาที Diagenode Co. เบลเยียม และ Denville, NJ สหรัฐอเมริกา)ชุดไลบรารีส่วนซูไอออน (ชีวิตเทคโนโลยีคาร์ลส CA, USA) ใช้สำหรับเตรียมสอบไลบรารีตามมาตัดและซ่อมแซมสิ้นฟอสเฟตถูกตามด้วยไข่ของการ์ดบาร์โค้ดที่เกี่ยวข้องกับตัวอย่างแต่ละเลือกไลบรารีขนาดทำ โดย SizeSelect E-เจลเป็นที่เจ 2% agarose ใน iBase E-เจลระบบไฟฟ้า (เทคโนโลยีชีวิตคาร์ลส CA สหรัฐอเมริกา) เพิ่มเติม ตัวอย่างการนิคแปล และขยาย โดย PCR สิบรอบ มีคุณภาพแม่นยำและปริมาณของดีเอ็นเอรีเอาต์ถูกวิเคราะห์โดยการBioanalyzer Agilent 2100 (Agilent เทคโนโลยี ซานตาคลาราCA) รีดีเอ็นเอถูกทำให้เจือจางถึง 16 น. และอิมัลชันทำ PCR โดยใช้ระบบ OneTouch ไอออน (ชีวิตเทคโนโลยี Gaithersburg, MD), ตามที่ขอสำหรับแม่บวกไอออนอนุภาคทรงกลมที่ใช้ Dynabeadsลูกปัด MyOne Streptavidin C1 (Invitrogen คาร์ลส CA)ตัวอย่างแต่ละลำดับมีการโหลดบนไอออนเป็นชิป D 316และตามลำดับใน PGM Torrent ไอออนสำหรับขั้นตอนที่ 520 กับไอออน PGM ลำดับเบส 200 ชุด (ชีวิตเทคโนโลยี GaithersburgMD) . ซอฟต์แวร์แพลตฟอร์มเฉพาะตอนไอออน Torrentใช้ในการสร้างลำดับการอ่าน การตัดแต่งการ์ดลำดับกรอง และเอาอ่านค่าสัญญาณที่ดีจากการข้อมูลดิบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

สำหรับห้องสมุดลำดับรุ่นต่อไปเตรียมการ 1
ไมโครกรัมดีเอ็นเอMetagenomic ถูกตัดให้มีความยาว 200 bp โดย
BioRuptor UCD-200 TS Sonication ระบบ (5 รอบของ
15 นาที; Diagenode จำกัด เบลเยียมและเดนวิลล์, นิวเจอร์ซีย์สหรัฐอเมริกา).
ไอออน Xpress ส่วนห้องสมุด Kit (ไลฟ์เทคโนโลยีส์,
คาร์ลส, CA, USA) ถูกนำมาใช้ในการจัดทำห้องสมุดที่ตามมา.
ตัดและจุดสิ้นสุดซ่อมฟอสเฟตตามมาด้วย
ligation ของอะแดปเตอร์บาร์โค้ดตามลำดับแต่ละตัวอย่าง.
เลือกขนาดห้องสมุดทำโดย E-เจล SizeSelect
ที่เจลagarose 2% ใน E-เจล iBASE ระบบไฟฟ้า (ไลฟ์เทคโนโลยีส์,
คาร์ลส, CA, USA) นอกจากนี้กลุ่มตัวอย่างเป็นกรงขังแปลและขยายโดยวิธี PCR สิบรอบ ที่มีคุณภาพได้อย่างแม่นยำและปริมาณของห้องสมุดดีเอ็นเอขยายได้รับการวิเคราะห์โดยAgilent 2100 Bioanalyzer (Agilent เทคโนโลยีซานตาคลารา, แคลิฟอร์เนีย) ห้องสมุดดีเอ็นเอถูกเจือจาง 16 นและอิมัลชั่PCR ได้รับการดำเนินการโดยใช้ไอออน OneTouch ระบบ (ชีวิตTechnologies, วอชิงตัน ดี.ซี. ) ตามด้วยการเพิ่มคุณค่าสำหรับอนุภาคทรงกลมไอออนแม่แบบในเชิงบวกโดยใช้Dynabeads ลูกปัด MYONE สเต C1 (Invitrogen, Carlsbad, CA) . ตัวอย่างลำดับแต่ละคนได้โหลดบนชิปไอออน 316d และติดใจใน Ion Torrent PGM 520 สำหรับกระแสที่มีไอออนPGM ลำดับ 200 Kit (ชีวิต Technologies, Gaithersburg, MD) ไอออน Torrent แพลตฟอร์มเฉพาะซอฟต์แวร์ท่อถูกใช้ในการสร้างการอ่านลำดับตัดลำดับอะแดปเตอร์กรองและลบสัญญาณที่ไม่ดีรายละเอียดอ่านจากข้อมูลดิบ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

สำหรับการเตรียมการสร้างห้องสมุด 1 μ g
ของเมตาจีโนมิคดีเอ็นเอตัดความยาว 200 BP ด้วย
bioruptor ucd-200 TS sonication ระบบ ( 5 รอบ
15 นาที ; diagenode Co . , เบลเยียม และ เดนวิลล์ , NJ , USA ) .
ไอออน Xpress ห้องสมุดส่วนชุด ( เทคโนโลยี , ชีวิต
Carlsbad , CA , สหรัฐอเมริกา ) ถูกใช้เพื่อการเตรียมห้องสมุดที่ตามมา และสุดท้าย
ตัดซ่อมตาม
ฟอสเฟตของอะแดปเตอร์บาร์โค้ด Ligation เกี่ยวข้องกับแต่ละตัวอย่าง
เลือกขนาดห้องสมุดที่ทำโดย e-gel sizeselect ที่
2 % เจลบน e-gel ไอเบสระบบไฟฟ้ากำลัง ( เทคโนโลยี , ชีวิต
Carlsbad , CA , USA ) เพิ่มเติม กลุ่มตัวอย่างคือ นิค
แปลและโดยขยายสิบรอบ PCR
คุณภาพ แม่นยำ และปริมาณของแถบดีเอ็นเอ ห้องสมุด วิเคราะห์โดย
Agilent 2100 bioanalyzer ( Agilent เทคโนโลยี ซานตาคลารา ,
CA ) ห้องสมุดดีเอ็นเอ คือ ประมาณ 16 น. และอิมัลชัน
PCR ทำการใช้ระบบวันทัช ไอออน ( ชีวิต
เทคโนโลยี Gaithersburg MD ) รองลงมา คือ การเสริม
สำหรับแม่แบบบวกไอออนอนุภาคทรงกลมใช้ dynabeads
myone streptavidin C1 ลูกปัด ( Invitrogen Carlsbad , CA ) .
แต่ละลำดับตัวอย่างโหลด 316d ไอออน
ชิลำดับในไอออนและฝนตกหนัก PGM 520 ไหลไปกับ
ไอออน PGM ลำดับ 200 ชุด ( ชีวิตเทคโนโลยี Gaithersburg
, MD ) แพลตฟอร์มซอฟต์แวร์ torrent ไอออนเฉพาะท่อ
ถูกใช้เพื่อสร้างลำดับอ่านอะแดปเตอร์ตัดดับ
กรองและลบโปรไฟล์สัญญาณไม่ดีอ่านจาก

ข้อมูลดิบ