Initially, each primer set (RB87 an

Initially, each primer set (RB87 and RB88 for ipaH, RB89 and
RB90 for virB, and RB110 and RB111 for mxiC) was tested separately
to ensure that they gave a single product corresponding to the
predicted molecular size for each amplicon (data not shown).
Genome analysis of the 15 Shigella and EIEC genome and virulence
plasmid sequences available in public databases showed that the
RB87 and RB88 ipaH primers can recognize the five to seven copies
and the four to five copies of ipaH located on the chromosome and
the invasion plasmid, respectively, depending on the bacterial
isolate. The multiplex assay was therefore designed to contain four
times more primers directed against the virB and mxiC single-copy
genes than primers directed against the multicopy ipaH gene. The
assay was still sensitive enough to detect less than 10 Shigella cells
in pure culture (Fig.1A) in 1 h and 40min fromstart to finish (a one-
hour PCR reaction using the fast-cycling PCR kit on the DNA Tetrad
thermocycler followed by a 40-min agarose gel electrophoresis on
the RunOne system). The wild-type S. flexneri strain showed three
bands at the predicted molecular size while the mutant 2457M
showed only 2 bands for ipaH and virB, whether the HotStar Taq
Plus enzyme was used with the Master Mix kit (data not shown) or
with the fast cycling PCR kit (Fig. 1A; Table 1). A band at w1kb
corresponding to the mxiC::kan amplicon was seen only with
2457M when the multiplex reactions were performed with the
Qiagen Multiplex PCR mix (Fig. 1B).

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

เริ่มแรก แต่ละชุดสีรองพื้น (RB87 และ RB88 สำหรับ ipaH, RB89 และRB90 virB และ RB110) และ RB111 สำหรับ mxiC ถูกทดสอบแยกกันเพื่อให้แน่ใจว่า จะให้ผลิตภัณฑ์เดียวที่สอดคล้องกับการขนาดโมเลกุลเคลื่อนที่แต่ละ amplicon (ข้อมูลไม่แสดง)วิเคราะห์กลุ่มของ Shigella และ EIEC จีโนมและ virulence 15ลำดับ plasmid ที่มีอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะพบว่าการRB87 และ RB88 ipaH ไพรเมอร์สามารถรู้จัก five กับสำเนาเจ็ดและ 4 การสำเนา ipaH ที่อยู่บนโครโมโซม five และplasmid บุกรุก ตามลำดับ ตามแบคทีเรียแยก วิเคราะห์ multiplex ถูกออกแบบมาให้ประกอบด้วยสี่ดังนั้นเวลาเพิ่มเติมไพรเมอร์โดยตรง virB และ mxiC สำเนาเดียวยีนกว่าไพรเมอร์โดยตรงกับยีน multicopy ipaH ที่ทดสอบยังคงมีความสำคัญพอตรวจพบน้อยกว่า 10 เซลล์ Shigellaในวัฒนธรรมบริสุทธิ์ (Fig.1A) ใน 1 h 40 นาที fromstart กับ finish (เป็นหนึ่ง-ชั่วโมงปฏิกิริยา PCR ใช้ชุด PCR เร็วขี่จักรยานบน Tetrad ดีเอ็นเอตาม ด้วย electrophoresis เป็นเจล agarose 40 นาทีบน thermocyclerRunOne ระบบ) สายพันธุ์ป่าชนิด S. flexneri พบสามวงที่มีขนาดโมเลกุลที่คาดการณ์ในขณะ mutant 2457Mพบเพียง 2 วง ipaH และ virB ว่า HotStar Taqบวก กับเอนไซม์ที่ใช้กับชุดหลักผสม (ข้อมูลไม่แสดง) หรือมี PCR ขี่เร็ว kit (Fig. 1A ตาราง 1) วงที่ w1kbที่สอดคล้องกับ mxiC::kan amplicon ไม่เห็นด้วย2457 เมตรเมื่อดำเนินปฏิกิริยา multiplex กับการผสม Qiagen Multiplex PCR (Fig. 1B)

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในขั้นต้นแต่ละชุดไพรเมอร์ (RB87 และ RB88 สำหรับ ipaH, RB89 และ
RB90 สำหรับ virB และ RB110 และ RB111 สำหรับ mxiC)
ได้รับการทดสอบแยกต่างหากเพื่อให้แน่ใจว่าพวกเขาให้ผลิตภัณฑ์เดียวที่สอดคล้องกับที่คาดการณ์ขนาดโมเลกุลสำหรับแต่ละ
amplicon (ไม่ได้แสดงข้อมูล) .
การวิเคราะห์จีโนมของ 15 Shigella และจีโนม EIEC
และรุนแรงลำดับพลาสมิดที่มีอยู่ในฐานข้อมูลสาธารณะพบว่า
RB87 และ RB88 ไพรเมอร์ ipaH สามารถรับรู้ Fi
จะได้ถึงเจ็ดเล่มและสี่fi ได้สำเนาของ ipaH
ตั้งอยู่บนโครโมโซมและพลาสมิดบุกรุก
ตามลำดับทั้งนี้ขึ้นอยู่กับแบคทีเรียแยก การทดสอบหลายจึงได้รับการออกแบบเพื่อให้มีสี่ครั้งไพรเมอร์มากขึ้นโดยตรงต่อ virB และ mxiC สำเนาเดียวยีนมากกว่าไพรเมอร์ผู้กำกับกับmulticopy ยีน ipaH ทดสอบก็ยังคงมีความสำคัญพอที่จะตรวจสอบน้อยกว่า 10 เซลล์ Shigella ในวัฒนธรรมบริสุทธิ์ (Fig.1A) ในเวลา 1 ชั่วโมงและ 40min fromstart เพื่อ Nish ไฟ (เป็นหนึ่งปฏิกิริยาPCR ชั่วโมงโดยใช้การขี่จักรยานอย่างรวดเร็วชุด PCR ใน Tetrad ดีเอ็นเอthermocycler ตามมาด้วย 40 นาทีข่าวคราว agarose ในระบบRunOne) ที่ ป่าชนิดเอส fl สายพันธุ์ exneri แสดงให้เห็นว่าทั้งสามวงดนตรีที่มีขนาดโมเลกุลที่คาดการณ์ไว้ขณะที่กลายพันธุ์2457M แสดงให้เห็นเพียง 2 วงดนตรีสำหรับ ipaH และ virB ไม่ว่าจะเป็น Taq HotStar เอนไซม์พลัสถูกนำมาใช้กับชุดผสมโท (ไม่ได้แสดงข้อมูล) หรือกับการขี่จักรยานอย่างรวดเร็ว PCR ชุด (รูปที่ 1A. ตารางที่ 1) วงดนตรีที่ w1kb สอดคล้องกับ mxiC ฯ :: กาฬ amplicon เท่านั้นที่เห็นด้วย2457M เมื่อหลายปฏิกิริยาที่ถูกดำเนินการกับการผสมผสานQiagen Multiplex PCR (รูป. 1B)

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ในแต่ละชุด ( rb87 รองพื้นและ ipah rb88 สำหรับ , และ rb89
rb90 สำหรับเวิร์บ และ rb110 และ rb111 สำหรับ mxic ) คือการทดสอบแยกต่างหาก
เพื่อให้แน่ใจว่าพวกเขาให้ผลิตภัณฑ์เดียวที่สอดคล้องกับ
ทำนายขนาดโมเลกุลสำหรับแต่ละและ ( ข้อมูลไม่แสดง ) .
การวิเคราะห์พันธุกรรมของจีโนม eiec 15 ชิเกลล่า และ ความรุนแรงของพลาสมิดที่มีอยู่ในฐานข้อมูลลำดับ

สาธารณะ พบว่าrb87 rb88 ipah ไพรเมอร์และสามารถรับรู้ได้จึงได้ถึงเจ็ดเล่ม
และทั้งสี่จึงได้สำเนา ipah ตั้งอยู่บนโครโมโซมและพลาสมิด
บุกตามลำดับ ขึ้นอยู่กับเชื้อ
ไอโซเลท ( มัลติเพล็กซ์ จึงออกแบบให้มีมากกว่าสี่ครั้งโดยตรงต่อ

mxic เวิร์บเดียวและคัดลอกดีเอ็นเอยีนกว่าตรงกับยีน ipah multicopy .
การทดสอบยังไวพอที่จะตรวจพบน้อยกว่า 10 ชิเกลล่าเซลล์
ในวัฒนธรรมบริสุทธิ์ ( fig.1a ) 1 H และ 40min fromstart ที่จะถ่ายทอด นิช ( หนึ่ง -
ชั่วโมงเพื่อตรวจหาการใช้จักรยานและรวดเร็วชุดดีเอ็นเอ เทแทรด
เทอร์มอไซเคล ์ตามด้วยเจลอิเลคโตรโฟรีซีสบน 40 นาที
runone ระบบ ) สายพันธุ์ของfl exneri พบ 3
Sวงดนตรีที่คาดการณ์ขนาดโมเลกุลในขณะที่
2457m กลายพันธุ์ พบเพียง 2 วงและ ipah เวิร์บ ไม่ว่า Hotstar แทค
พลัสเอนไซม์ใช้กับ Master Mix Kit ( ข้อมูลไม่แสดง ) หรือ
กับจักรยานอย่างรวดเร็ว PCR Kit ( รูปที่ 1A ; ตารางที่ 1 ) วงดนตรีที่ w1kb
สอดคล้องกับ mxic : : คันและเห็นด้วย
2457m เมื่อปฏิกิริยา multiplex มีการปฏิบัติกับ
QIAGEN multiplex PCR ผสม ( รูปที่ 1A )