A novel strategy for the molecular

A novel strategy for the molecular identification of fungal agents of onychomycosis (including Trichophyton
rubrum) has been designed based on the use of species-specific and universal primers in conjunction with a
commercial kit that allows the extraction of DNA directly from the nail specimens. The microsatellite marker
T1, which is based on a (GT)n repeat, was applied for the species-specific identification of Trichophyton rubrum.
To evaluate how often Scopulariopsis spp. are detected in nail specimens, a second primer pair was designed to
amplify specifically a 336-bp DNA fragment of the 28S region of the nuclear rRNA gene of S. brevicaulis and
closely related species. Other fungal species were identified using amplification of the internal transcribed
spacer (ITS) region of the rRNA gene, followed by restriction fragment length polymorphism analysis or
sequencing. In addition, polyacrylamide gel separation of the T1-PCR product allowed subtyping of T. rubrum
strains. We studied 195 nail specimens (the “nail sample”) and 66 previously collected etiologic strains (the
“strain sample”) from 261 onychomycosis patients from Bulgaria and Greece. Of the etiologic agents obtained
from both samples, T. rubrum was the most common organism, confirmed to be present in 76% of all cases and
serving as the sole or (rarely) mixed etiologic agent in 199 of 218 cases (91%) where the identity of the causal
organism(s) was confirmed. Other agents seen included molds (6% of cases with identified etiologic agents;
mainly S. brevicaulis) and other dermatophyte species (4%; most frequently Trichophyton interdigitale). Simultaneous infections with two fungal species were confirmed in a small percentage of cases (below 1%). The
proportion of morphologically identified cultures revealed by molecular study to have been misidentified was
6%. Subtyping revealed that all but five T. rubrum isolates were of the common type B that is prevalent in
Europe. In comparison to microscopy and culture, the molecular approach was superior. The PCR was more
sensitive (84%) than culture (22%) in the nail sample and was more frequently correct in specifically identifying etiologic agents (100%) than microscopy plus routine culture in either the nail or the strain samples
(correct culture identifications in 96% and 94% of cases, respectively). Using the molecular approach, the time
for diagnosing the identity of fungi causing onychomycosis could be reduced to 48 h, whereas culture techniques generally require 2 to 4 weeks. The early detection and identification of the infecting species in nails will
facilitate prompt and appropriate treatment and may be an aid for the development of new antifungal agents

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

กลยุทธ์สำหรับการระบุระดับโมเลกุลของเชื้อราของ onychomycosis (Trichophyton รวมทั้งนวนิยายrubrum) ได้รับการออกแบบตามการใช้ไพรเมอร์ species-specific และสากลร่วมกับการชุดเชิงพาณิชย์ที่สามารถสกัดดีเอ็นเอจาก specimens เล็บโดยตรง เครื่องหมายชนิด microsatelliteT1 ซึ่งขึ้นอยู่กับ n (GT) ซ้ำ ถูกใช้สำหรับรหัส species-specific Trichophyton rubrumประเมินบ่อย Scopulariopsis โอพบในเล็บ specimens คู่รองพื้นสองถูกออกแบบให้ขยายเฉพาะ 336-bp ดีเอ็นเอส่วนภูมิภาค 28S ของยีน rRNA นิวเคลียร์ของ S. brevicaulis และพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด ระบุชนิดเชื้อราอื่น ๆ ใช้ขยายภายในทับศัพท์ภูมิภาคเป็นตัวเว้นวรรค (ของ) ของยีนใน rRNA ตาม ด้วยการวิเคราะห์ข้อจำกัดส่วนความยาวโพลิมอร์ฟิซึม หรือจัดลำดับ นอกจากนี้ เจ polyacrylamide แบ่งแยกผลิตภัณฑ์ T1 PCR ได้ลูกผสมสามของ rubrum ต.สายพันธุ์ เราศึกษาไว้เป็นตัวอย่างเล็บ 195 ("เล็บตัวอย่าง") และ 66 etiologic สายพันธุ์(ที่เก็บไว้ก่อนหน้านี้"สายพันธุ์อย่าง") จากผู้ป่วย onychomycosis 261 จากประเทศบัลแกเรียและประเทศกรีซ รับตัวแทน etiologicจากตัวอย่างทั้งสอง rubrum ต.ถูกสิ่งมีชีวิตมากที่สุด ยืนยันใน 76% ของกรณีทั้งหมด และอาหารเป็นครอบครัว หรือ (ไม่ค่อย) ผสมแทน etiologic ใน 199 กรณี 218 (91%) ที่ตัวตนของการสาเหตุorganism(s) ได้รับการยืนยัน ตัวแทนอื่น ๆ เห็นรวมแม่พิมพ์ (6% ของกรณีที่มีระบุตัวแทน etiologicส่วนใหญ่ S. brevicaulis) และพันธุ์อื่น ๆ dermatophyte (4% ส่วนใหญ่มัก Trichophyton interdigitale) การติดเชื้อพร้อมกับสายพันธุ์เชื้อราสองได้ยืนยันในเล็กเปอร์เซ็นต์ของกรณี (ต่ำกว่า 1%) ที่สัดส่วนของวัฒนธรรม morphologically ระบุเปิดเผย โดยการศึกษาโมเลกุลไปได้ถูกสถาน6% ลูกผสมสามเปิดเผยว่า แต่แยก 5 ต. rubrum ได้ B ชนิดทั่วไปที่พบมากในยุโรป โดย microscopy และวัฒนธรรม วิธีโมเลกุลได้เหนือกว่า PCR ถูกเพิ่มเติมสำคัญ (84%) มากกว่าวัฒนธรรม (22%) จากตัวอย่างเล็บไม่ถูกต้องในการระบุเฉพาะตัวแทน etiologic (100%) มากกว่าวัฒนธรรม microscopy และขั้นตอนในตัวอย่างต้องใช้เล็บหรือบ่อย(แก้ไขรหัสวัฒนธรรม 96% และ 99% ของกรณี ตามลำดับ) ใช้วิธีการระดับโมเลกุล เวลาสำหรับการวิเคราะห์ลักษณะเฉพาะของเชื้อรา สาเหตุ onychomycosis สามารถลดลงไป 48 h ในขณะที่วัฒนธรรมเทคนิคโดยทั่วไปต้อง 2-4 สัปดาห์ ตรวจหาและการระบุพันธุ์ infecting ในเล็บจะอำนวยความสะดวกรวดเร็ว และเหมาะสม และอาจช่วยในการพัฒนาของอาการใหม่

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

กลยุทธ์ใหม่สำหรับประชาชนระดับโมเลกุลของเชื้อราตัวแทนของ Onychomycosis (รวม Trichophyton
rubrum)
ได้รับการออกแบบขึ้นอยู่กับการใช้งานของไพรเมอร์สายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงและสากลร่วมกับที่ชุดเชิงพาณิชย์ที่ช่วยสกัดดีเอ็นเอโดยตรงจากตัวอย่างเล็บ เครื่องหมายไมโคร
T1 ซึ่งจะขึ้นอยู่กับ (GT) n ทำซ้ำถูกนำมาใช้สำหรับการระบุสายพันธุ์ที่เฉพาะเจาะจงของ Trichophyton rubrum.
เพื่อประเมินวิธีการที่มัก spp Scopulariopsis มีการตรวจพบในตัวอย่างเล็บคู่ไพรเมอร์ที่สองถูกออกแบบมาเพื่อขยายเฉพาะส่วนดีเอ็นเอ 336 bp ของภูมิภาค 28S ของยีน rRNA นิวเคลียร์ brevicaulis เอสและสายพันธุ์ที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด เชื้อราชนิดอื่น ๆ ที่ถูกระบุการใช้เครื่องขยายเสียงของคัดลอกภายในspacer (ITS) ภูมิภาคของยีน rRNA ตามความยาวของส่วนข้อ จำกัด การวิเคราะห์ความแตกต่างหรือลำดับ นอกจากนี้เจลอะคริเลตแยกของผลิตภัณฑ์ T1-PCR ได้รับอนุญาต subtyping ของ T. rubrum สายพันธุ์ เราศึกษา 195 ตัวอย่างเล็บ (ที่ "ตัวอย่างเล็บ") และ 66 สายพันธุ์ที่เก็บมาก่อนหน้าสาเหตุ (คน"ตัวอย่างสายพันธุ์") จากผู้ป่วย 261 Onychomycosis จากบัลแกเรียและกรีซ สาเหตุของตัวแทนที่ได้รับจากตัวอย่างทั้งสอง T. rubrum เป็นสิ่งมีชีวิตที่พบมากที่สุดได้รับการยืนยันจะอยู่ใน 76% ของทุกกรณีและให้บริการเป็นแต่เพียงผู้เดียวหรือ (ไม่ค่อย) ผสมตัวแทนสาเหตุใน 199 218 ราย (91%) โดยที่ ตัวตนของสาเหตุชีวิต(s) ได้รับการยืนยัน ตัวแทนอื่น ๆ เห็นรวมแม่พิมพ์ (6% ของกรณีที่มีการระบุสาเหตุตัวแทน; ส่วนใหญ่ brevicaulis เอส) และสายพันธุ์อื่น ๆ dermatophyte (4%; บ่อยที่สุด Trichophyton interdigitale) การติดเชื้อพร้อมกันกับสองสายพันธุ์ของเชื้อราได้รับการยืนยันในร้อยละขนาดเล็กของกรณี (ต่ำกว่า 1%) สัดส่วนของวัฒนธรรมระบุสัณฐานเปิดเผยโดยการศึกษาในระดับโมเลกุลจะได้รับการ misidentified เป็น6% Subtyping เปิดเผยว่าทั้งหมด แต่ห้า T. rubrum ไอโซเลทเป็นของ B ชนิดที่พบว่าเป็นที่แพร่หลายในยุโรป เมื่อเปรียบเทียบกับการใช้กล้องจุลทรรศน์และวัฒนธรรมวิธีโมเลกุลได้ดีกว่า PCR ได้มากขึ้นที่สำคัญ(84%) มากกว่าวัฒนธรรม (22%) ในกลุ่มตัวอย่างเล็บและบ่อยครั้งมากขึ้นที่ถูกต้องในโดยเฉพาะการระบุตัวแทนสาเหตุ (100%) กว่ากล้องจุลทรรศน์บวกวัฒนธรรมประจำทั้งในเล็บหรือตัวอย่างสายพันธุ์(ระบุวัฒนธรรมที่ถูกต้อง ใน 96% และ 94% ของผู้ป่วยตามลำดับ) โดยใช้วิธีการโมเลกุลที่เวลาสำหรับการวินิจฉัยตัวตนของเชื้อราที่ก่อให้เกิด Onychomycosis อาจจะลดลงถึง 48 ชั่วโมงในขณะที่เทคนิคการเพาะเลี้ยงโดยทั่วไปจำเป็นต้อง 2-4 สัปดาห์ที่ผ่านมา การตรวจหาและบัตรประจำตัวของสายพันธุ์ที่ติดเชื้อในเล็บจะอำนวยความสะดวกในการรักษาที่รวดเร็วและมีความเหมาะสมและอาจเป็นความช่วยเหลือสำหรับการพัฒนาของเชื้อราตัวแทนใหม่ที่

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

กลยุทธ์ใหม่สำหรับการระบุโมเลกุลที่มีตัวแทนของเจ็บไข้ได้ป่วย ( รวมทั้งเชื้อรา Trichophyton
rubrum ) ได้รับการออกแบบบนพื้นฐานของการใช้เฉพาะ - ขยายพันธุ์และ primers สากลร่วมกับ
พาณิชย์ Kit ที่ช่วยให้เล็บการสกัดดีเอ็นเอจากตัวอย่าง การใช้เครื่องหมาย
T1 ซึ่งขึ้นอยู่กับ ( GT ) ( ย้ำใช้รหัสเฉพาะ - ขยายพันธุ์ของเชื้อรา Trichophyton rubrum .
ประเมินบ่อย scopulariopsis spp . ที่ตรวจพบในตัวอย่างเล็บ คู่หลักที่สองถูกออกแบบมาเพื่อขยายโดยเฉพาะ
336 BP ดีเอ็นเอของภูมิภาค 28s ของนิวเคลียร์ rRNA ยีนของสหรัฐอเมริกาและ brevicaulis
ชนิดที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด .ชนิดของเชื้อราอื่น ๆ ที่ถูกระบุว่าใช้แบบภายในและ
spacer ( ITS ) ภูมิภาคของ rRNA ยีนตามข้อกำหนด fragment length polymorphism การวิเคราะห์หรือ
ลำดับ . นอกจากนี้ , polyacrylamide gel แยกผลิตภัณฑ์ t1-pcr อนุญาต subtyping ต. rubrum
สายพันธุ์เราเรียนที่เล็บ ( เล็บชิ้นงานตัวอย่าง ) และ 66 ก่อนหน้านี้เก็บ etiologic สายพันธุ์ (
" ตัวอย่าง " สายพันธุ์ ) จากท่านเจ็บไข้ได้ป่วย ป่วยจากบัลแกเรียและกรีซ ของตัวแทนที่ได้รับ etiologic
จากทั้งสองตัวอย่าง ต. rubrum คือสิ่งมีชีวิตที่พบมากที่สุด ยืนยันจะอยู่ใน 76 % ของทุกกรณีและ
ให้บริการเป็น แต่เพียงผู้เดียวหรือ ( ไม่ค่อย ) ตัวแทน etiologic ผสมใน 199 ของ 218 ราย ( 91% ) ที่ตัวตนของสิ่งมีชีวิตสาเหตุ
( s ) ได้รับการยืนยันแล้ว เจ้าหน้าที่คนอื่นที่เห็นรวมแม่พิมพ์ ( 6% ของกรณีที่มีระบุ etiologic ตัวแทน ;
ส่วนใหญ่ . brevicaulis ) และชนิดเดอร์มาโตไฟต์ ( 4% ; บ่อยที่สุด Trichophyton interdigitale )เชื้อพร้อมกันสองชนิดของเชื้อราที่ได้รับการยืนยันในขนาดเล็กเปอร์เซ็นต์ของกรณี ( ต่ำกว่า 1 % )
สัดส่วนระบุจากวัฒนธรรมเปิดเผยโดยการศึกษาระดับโมเลกุลได้รับ misidentified คือ
6 % subtyping พบว่า ทั้งห้า ต. rubrum ไอโซเลทของทั่วไปประเภท B ที่แพร่หลายใน
ยุโรป ในการเปรียบเทียบกับวัฒนธรรมด้วยกล้องจุลทรรศน์และวิธีการโมเลกุลที่ยอดเยี่ยม pcr อีก
ไว ( 84% ) กว่าวัฒนธรรม ( 22% ) ในเล็บตัวอย่างและมักถูกต้องมากขึ้นโดยเฉพาะการระบุ etiologic ตัวแทน ( 100% ) กว่าจุลทรรศน์บวกวัฒนธรรมประจำทั้งเล็บ หรือเมื่อยตัวอย่าง
( แก้ไขการแสดงตัวของวัฒนธรรมใน 96 และร้อยละ 94 ราย ตามลำดับ ) ด้วยวิธีโมเลกุล เวลา
สำหรับการวินิจฉัยสถานะของเชื้อรา ทำให้เจ็บไข้ได้ป่วยสามารถลดลงได้ถึง 48 ชั่วโมง ส่วนเทคนิคในการเพาะโดยทั่วไปจะต้อง 2 ถึง 4 สัปดาห์ การตรวจหาและจำแนกชนิดของการติดเล็บจะ
อำนวยความสะดวกการรักษารวดเร็วและเหมาะสม และอาจจะช่วยในการพัฒนายาใหม่ตัวแทน