ส่วนกิจกรรมที่เป็นที่นิยมบนเกาะหลีเป๊ะ คือ การดำน้ำ เพราะเพียงแค่ออกจากชายหาดไปนิดเดียว คุณก็สามารถสนุกกับการดำน้ำได้ทันที มีการนำชมเกาะต่างๆ รวมถึงการรับประทานอาหารเที่ยงบนชายหาดที่สวยงาม ร้านดำน้ำ และรีสอร์ทต่างๆ มักจะมีอุปกรณ์ดำน้ำให้เช่าและสามารถจัดเรือให้บริการสำหรับทริปดำน้ำ การเล่นน้ำชมปะการังสามารถทำได้ทั่วทั้งเกาะ เพียงแต่บางพื้นที่อาจต้องคอยระวังที่น้ำตื้นมากๆ เพราะอาจพลาดไปเหยียบพวกตัวปะการังและหอยเม่น