2. Sequencing InformaticsThe Instit

2. Sequencing Informatics
The Institutional Informatics group maintains and extends the software systems required to support activities of proposal management and project specification by the project management office, lab work by production sequencing, post sequencing automated primary data processing and analysis, and publication of data to portals and GenBank. The Institutional Informatics group is organized into six key sub groups:

Project Management Office Services (PMOS): This group is responsible for supporting the software systems used by the Project Management Office (PMO), and a single sign on system for users to access web resources at the JGI. These systems include the Proposal Management System, Project Navigator, and Single Sign On.

Production Process Support (PPS): This team maintains and extends the software systems used by the Sequencing Technology group. This includes Sample Management, Libraries, and Sequencing Operations. In the past two years, a new Integrated Tracking System (ITS) has been released by the JGI and the LIMS supported by this group is one part of this larger system.

Sequence Data Management (SDM): This team manages all data produced from our DNA sequencing platforms. Vender-provided pipelines are wrapped with in-house software to allow for integration within the JGI’s larger infrastructure. All analyzed and raw data are stored within our in-house built hierarchical file system called JAMO. All users access the JAMO tool chain to retrieve data for downstream processing.

Data Warehouse: Since various teams maintain their own data stores it is not possible to query across the systems without having a higher-level schema map. To facilitate this, a data warehouse is built on a nightly basis that performs the necessary mapping across schemas and denormalizes the data for fast read queries. Preconfigured reports are built, using open source version of Jaspersoft, and available for users to run on demand. Ad hoc queries can be made against the data warehouse using SQL as a tool of choice.

Software Quality Assurance (SQA): The SQA team is responsible for testing ITS releases and ensuring that requirements are met before their release. They perform end-to-end integration tests, and when problems are found they are raised with the developers and users. This team also responds to user support requests that arise in the production environment.

Genome Portal: The JGI Genome Portal provides unified access to all JGI genomic datasets. A user can search, download and explore multiple data sets available for all DOE JGI sequencing projects including their status, assemblies and annotations of sequenced genomes. This framework has access control to restrict the visibility of a portal to the PI and associates while work is in progress, allowing them to track progress. However, once the project is completed and released to public the access restriction is lifted. Certain functionality of these systems is highly dependent on each other. To avoid unnecessary tight coupling yet support the dependencies, we have implemented, where performance permitted, RESTful web services. This has allowed each team the necessary flexibility to address the evolving business needs of their customer base while allowing other parts of the organization to access the required data through formal, supported interfaces

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

2. จัดลำดับสารสนเทศกลุ่มสารสนเทศสถาบันรักษา และขยายระบบซอฟต์แวร์ที่จำเป็นในการสนับสนุนกิจกรรมของข้อเสนอโครงการและจัดการข้อกำหนดโดยสำนักงานจัดการโครงการ งานห้องปฏิบัติการ โดยจัดลำดับการผลิต ประกาศลำดับอัตโนมัติหลักการประมวลผลข้อมูล และวิเคราะห์ และการเผยแพร่ข้อมูลไปยังพอร์ทัลและ GenBank กลุ่มสารสนเทศสถาบันแบ่งออกเป็น 6 กลุ่มคีย์ย่อย:โครงการสำนักงานบริการจัดการ (PMOS): กลุ่มนี้จะสนับสนุนระบบซอฟต์แวร์สำนักงานการจัดการโครงการ (PMO), และเครื่องหมายเดียวในระบบสำหรับผู้ใช้เข้าถึงทรัพยากรบนเว็บที่ JGI รับผิดชอบ ระบบเหล่านี้รวมถึงข้อเสนอจัดการระบบ โครงการนาวิเกเตอร์ และเดี่ยวเครื่องหมายบนผลิตกระบวนการสนับสนุน (PPS): ทีมนี้รักษา และขยายระบบซอฟต์แวร์ที่ใช้กลุ่มลำดับเบสเทคโนโลยี ซึ่งรวมถึงการ จัดการตัวอย่าง ไลบรารี และการดำเนิน งานลำดับเบส ในสองปีที่ผ่านมา รวมติดตามระบบใหม่ (ของ) ออก โดย JGI LIMS โดยกลุ่มนี้เป็น ส่วนหนึ่งของระบบใหญ่นี้การจัดการข้อมูลในลำดับ (SDM): ทีมงานนี้จัดการข้อมูลทั้งหมดที่ผลิตจากแพลตฟอร์มลำดับดีเอ็นเอของเรา ท่อเวนเดอร์ให้เป็นห่อกับซอฟแวร์ภายในให้รวมอยู่ภายในโครงสร้างพื้นฐานขนาดใหญ่ของ JGI ทั้งหมดวิเคราะห์ และข้อมูลดิบเก็บไว้ภายในในบ้านของเราสร้างระบบแฟ้มลำดับชั้นที่เรียกว่าอักษรจาโมที่ ผู้ใช้ทุกคนเข้าถึงโซ่มือลจาโมเพื่อดึงข้อมูลสำหรับการประมวลผลขั้นปลายน้ำData Warehouse: Since various teams maintain their own data stores it is not possible to query across the systems without having a higher-level schema map. To facilitate this, a data warehouse is built on a nightly basis that performs the necessary mapping across schemas and denormalizes the data for fast read queries. Preconfigured reports are built, using open source version of Jaspersoft, and available for users to run on demand. Ad hoc queries can be made against the data warehouse using SQL as a tool of choice.Software Quality Assurance (SQA): The SQA team is responsible for testing ITS releases and ensuring that requirements are met before their release. They perform end-to-end integration tests, and when problems are found they are raised with the developers and users. This team also responds to user support requests that arise in the production environment.Genome Portal: The JGI Genome Portal provides unified access to all JGI genomic datasets. A user can search, download and explore multiple data sets available for all DOE JGI sequencing projects including their status, assemblies and annotations of sequenced genomes. This framework has access control to restrict the visibility of a portal to the PI and associates while work is in progress, allowing them to track progress. However, once the project is completed and released to public the access restriction is lifted. Certain functionality of these systems is highly dependent on each other. To avoid unnecessary tight coupling yet support the dependencies, we have implemented, where performance permitted, RESTful web services. This has allowed each team the necessary flexibility to address the evolving business needs of their customer base while allowing other parts of the organization to access the required data through formal, supported interfaces