The protein pKa values determine th

The protein pKa values determine the integrand charge difference, T is the temperature, and R is the gas constant. This charge difference between the folded and unfolded protein is calculated for all protein pKa values by PROPKA.

PROPKA relates a protein pKa value to its 3D protein structure. The pKa values of all the ionizable residues in a protein are calculated by determining perturbations, ∆pKa, to a reference water pKa value, pKamodel. Perturbations from desolvation (∆pKaDS), protein dipole interactions (∆pKaQμ), and charge-charge interactions (∆pKaQQ) based on the position and orientation of groups surrounding each ionizable residue are included. Thus, the protein pKa value is expressed as

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ค่า pKa โปรตีนกำหนดส่วนต่างค่าธรรมเนียม integrand, T คือ อุณหภูมิ และ R คือ ค่าคงของก๊าซ แตกต่างระหว่างโปรตีนพับ และกางออกค่าธรรมเนียมนี้จะถูกคำนวณสำหรับค่า pKa ของโปรตีนทั้งหมด โดย PROPKAPROPKA เกี่ยวข้องค่า pKa โปรตีนโครงสร้าง 3 มิติของโปรตีน ค่า pKa ของ ionizable ตกในโปรตีนจะถูกคำนวณ โดยกำหนด perturbations, ∆pKa ค่าอ้างอิงน้ำ pKa, pKamodel Perturbations desolvation (∆pKaDS), โปรตีน dipole โต้ (∆pKaQμ), และค่าธรรมเนียมค่าโต้ตอบ (∆pKaQQ) ขึ้นอยู่กับตำแหน่งและการวางแนวของกลุ่มรอบตกค้างแต่ละ ionizable ได้ ดังนั้น แสดงค่า pKa โปรตีนเป็น

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

โปรตีนค่า pKa ตรวจสอบค่าใช้จ่ายแตกต่าง integrand ที่ T คืออุณหภูมิและ R คือค่าคงที่ของก๊าซ ความแตกต่างระหว่างค่าใช้จ่ายนี้โปรตีนพับและกางออกมีการคำนวณค่า pKa โปรตีนโดย PROPKA. PROPKA เกี่ยวข้องโปรตีนค่า pKa โครงสร้างโปรตีน 3 มิติ ค่า pKa ของทุกตกค้างแตกในโปรตีนที่มีการคำนวณโดยการกำหนดเยี่ยงอย่าง, ΔpKa, เป็นค่าอ้างอิงน้ำ pKa, pKamodel เยี่ยงอย่างจาก desolvation (ΔpKaDS) ปฏิสัมพันธ์ขั้วโปรตีน (ΔpKaQμ) และการมีปฏิสัมพันธ์ค่าใช้จ่ายค่าใช้จ่าย (ΔpKaQQ) ตามตำแหน่งและทิศทางของกลุ่มแต่ละรอบแตกที่เหลือจะถูกรวม ดังนั้นโปรตีนค่า pKa จะแสดงเป็น

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ส่วนค่า pKa โปรตีนศึกษาปริพัทธ์คิดต่างกัน , t คืออุณหภูมิและ r คือก๊าซคงที่ นี้ค่าความแตกต่างระหว่างพับและกางออกค่า pKa โปรตีนโปรตีนทั้งหมด โดย propka ค่า

propka เกี่ยวข้องโปรตีน pKa คุณค่าของ 3D โปรตีนโครงสร้าง ส่วนคุณค่า pKa ของทั้งหมดที่ไอออนไนซ์ได้อย่างที่ตกค้างในโปรตีนจะถูกคำนวณ โดยได้กำหนด ,∆ความการอ้างอิงกับน้ำ pKa คุณค่า pkamodel . ได้จากศูนยากาศ ( ∆ pkads ) ปฏิสัมพันธ์มีโปรตีน ( ∆ pkaq μ ) , และค่าใช้จ่ายค่าธรรมเนียมการปฏิสัมพันธ์ ( ∆ pkaqq ) ขึ้นอยู่กับตำแหน่งและทิศทางของกลุ่มรอบแต่ละไอออนไนซ์ได้อย่างกากรวม ดังนั้นโปรตีน pKa คุณค่าจะแสดงเป็น