Taxonomic and functional annotation

Taxonomic and functional annotation of gut bacterial communities of
Eisenia foetida and Perionyx excavatus
Article info
Article history:
Received 31 December 2014
Received in revised form 22 February 2015
Accepted 2 March 2015
Available online xxx

Abstract
Epigeic earthworms can significantly hasten the decomposition of organic matter, which is known to be mediated by gut associated microflora. However, there is scanty information on the abundance and diversity of the gut bacterial flora in different earthworm genera fed with a similar diet, particularly Eisenia foetida and Perionyx excavatus. In this context, 16S rDNA based clonal survey of gut metage- nomic DNA was assessed after growth of these two earthworms on lignocellulosic biomass. A set of 67 clonal sequences belonging to E. foetida and 75 to P. excavatus were taxonomically annotated using MG-RAST and RDP pipeline servers. Highest number of sequences were annotated to Proteobacteria (38–44%), followed by unclassified bacteria (14–18%) and Firmicutes (9.3–11%). Comparative analyses revealed significantly higher abundance of Actinobacteria and Firmicutes in the gut of P. excavatus. The functional annotation for the 16S rDNA clonal libraries of both the metagenomes revealed a high abun- dance of xylan degraders (12.1–24.1%). However, chitin degraders (16.7%), ammonia oxidizers (24.1%) and nitrogen fixers (7.4%) were relatively higher in E. foetida, while in P. excavatus; sulphate reducers and sulphate oxidizers (12.1–29.6%) were more abundant. Lignin degradation was detected in 3.7% clones of E. foetida, while cellulose degraders represented 1.7%. The gut microbiomes showed relative abundance of dehalogenators (17.2–22.2%) and aromatic hydrocarbon degraders (1.7–5.6%), illustrating their role in bioremediation. This study highlights the significance of differences in the inherent microbiome of these two earthworms in shaping the metagenome for effective degradation of different types of biomass under tropical conditions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

คำอธิบายประกอบการจัดหมวดหมู่และการทำงานของลำไส้ชุมชนแบคทีเรียใน
Eisenia foetida และ Perionyx excavatus
ข้อมูลบทความ
ประวัติศาสตร์บทความ
ที่ได้รับ 31 ธันวาคม 2014
ที่ได้รับในรูปแบบปรับปรุง 22 กุมภาพันธ์ 2015
ได้รับการยอมรับ 2 มีนาคม 2015
ที่มีจำหน่ายออนไลน์ xxx บทคัดย่อไส้เดือน Epigeic สามารถนัยสำคัญอย่างมีเร่งการสลายตัวของสารอินทรีย์ซึ่ง เป็นที่รู้จักกันที่จะไกล่เกลี่ยโดยลำไส้ที่เกี่ยวข้องไมโครชั้นร่า แต่มีข้อมูลน้อยมากเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์และความหลากหลายของไส้ร่าชั้นแบคทีเรียในจำพวกไส้เดือนดินที่แตกต่างกันที่เลี้ยงด้วยอาหารที่คล้ายกันโดยเฉพาะอย่างยิ่ง Eisenia foetida และ Perionyx excavatus ในบริบทนี้ 16S rDNA ตามการสำรวจ clonal ของลำไส้ metage- ดีเอ็นเอทางเศรษฐกิจหลังจากที่ได้รับการประเมินการเจริญเติบโตของทั้งสองไส้เดือนในชีวมวลลิกโนเซลลูโลส ชุดของ 67 ลำดับ clonal ที่อยู่ในประเภทอี foetida และ 75 ถึง excavatus P. ถูกข้อเขียน taxonomically ใช้ MG-RAST และ RDP เซิร์ฟเวอร์ท่อ จำนวนมากที่สุดของลำดับถูกข้อเขียนเพื่อ Proteobacteria (38-44%) ตามด้วยแบคทีเรียเอ็ด Fi unclassi (14-18%) และ Firmicutes (9.3-11%) การวิเคราะห์เปรียบเทียบเปิดเผยความอุดมสมบูรณ์อย่างมีนัยสำคัญที่สูงขึ้นของแอคติโนมัยสีทและ Firmicutes ในลำไส้ของพี excavatus คำอธิบายประกอบการทำงานสำหรับห้องสมุด clonal 16S rDNA ของทั้งสอง metagenomes เปิดเผยเต้นรำ abun- สูงของ degraders ไซแลน (12.1-24.1%) อย่างไรก็ตาม degraders ไคติน (16.7%), แอมโมเนียออกซิไดเซอร์ (24.1%) และ Xers Fi ไนโตรเจน (7.4%) เป็นที่ค่อนข้างสูงในอี foetida ในขณะที่ P. excavatus; ลดซัลเฟตและออกซิไดเซอร์ซัลเฟต (12.1-29.6%) มีความอุดมสมบูรณ์มากขึ้น การย่อยสลายลิกนินถูกตรวจพบในโคลน 3.7% ของอี foetida ขณะ degraders เซลลูโลสเป็นตัวแทนของ 1.7% ลำไส้ microbiomes แสดงให้เห็นความอุดมสมบูรณ์ของญาติของ dehalogenators (17.2-22.2%) และ degraders หอมไฮโดรคาร์บอน (1.7-5.6%) แสดงบทบาทของตนในการบำบัดทางชีวภาพ การศึกษาครั้งนี้เน้นให้เห็นถึงนัยมีนัยสำคัญของความแตกต่างใน microbiome โดยธรรมชาติของทั้งสองไส้เดือนดินในการสร้าง metagenome การย่อยสลายที่มีประสิทธิภาพของประเภทที่แตกต่างกันของสารชีวมวลภายใต้เงื่อนไขที่เขตร้อน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

การศึกษาและการทำงานของลำไส้แบคทีเรียการจัดการชุมชน
อายซิเนีย ฟูทิดา perionyx บทความและข้อมูล excavatus


ได้รับบทความประวัติ : 31 ธันวาคม 2014
รับแก้ไขรูปแบบวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2015

ยอมรับ 2 มีนาคม 2015 ออนไลน์ xxx


epigeic บทคัดย่อไส้เดือนสามารถ signi จึงลดลงอย่างมีนัยสําคัญเมื่อเร่งการสลายตัวของอินทรียวัตถุซึ่งเป็นที่รู้จักกัน เป็นคนกลาง โดยไส้ที่เกี่ยวข้องโอร่าไมโครfl .อย่างไรก็ตาม มีข้อมูลขาดแคลนในความอุดมสมบูรณ์และความหลากหลายของแบคทีเรียในลำไส้flโอร่าไส้เดือนเลี้ยงด้วยอาหารต่างสกุลกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งอายซิเนีย ฟูทิดา และ perionyx excavatus . ในบริบทนี้ 16S rDNA จากการสำรวจงานไส้ metage - nomic ดีเอ็นเอที่ได้รับหลังจากการเติบโตของทั้งสองไส้เดือนในชีวมวล lignocellulosic . ชุดรูปแบบลำดับ 67 เป็นของ Eและ P . excavatus เฟติดา 75 เป็น taxonomically บันทึกย่อและใช้ mg-rast RDP ส่งเซิร์ฟเวอร์ จำนวนสูงสุดของลำดับคือ บันทึกย่อที่จะโพรทีโอแบคทีเรีย ( 38 - 44 % ) รองลงมาคือ unclassi จึงเอ็ดแบคทีเรีย ( 14 – 18 % ) และ Firmicutes ( 9.3 ( 11% ) การวิเคราะห์เปรียบเทียบระหว่าง signi จึงลดลงอย่างมีนัยสําคัญเมื่อสูงกว่าและความอุดมสมบูรณ์ของแอคติโนมัยสีท Firmicutes ในไส้หน้า excavatus .บันทึกย่อการทำงานสำหรับ 16S rDNA งานห้องสมุดทั้ง metagenomes พบสูง Abun เต้น - ความสามารถในการย่อยสลายไซ ( 12.1 ( ร้อยละ 24.1 ) อย่างไรก็ตาม ความสามารถในการย่อยสลาย ไคติน ( 16.7% ) oxidizers แอมโมเนีย ( ร้อยละ 24.1 ) และไนโตรเจน จึง xers ( 7.4% ) ค่อนข้างสูงใน เฟติดาในขณะที่ในหน้า excavatus ; reducers สารซัลเฟต oxidizers ( 12.1 ) ราวเปอร์เซ็นต์ ) มีค่ามากมาย มากกว่าย่อยสลายลิกนินถูกตรวจพบในร้อยละ 3.7 โคลนของ E . เฟติดา ในขณะที่ความสามารถในการย่อยสลายเซลลูโลสแทน 1.7 % ไส้ microbiomes พบความชุกชุมสัมพัทธ์ของ dehalogenators ( 17.2 ( 22.2% ) และความสามารถในการย่อยสลายอะโรเมติกไฮโดรคาร์บอน ( 1.7 ( 5.6% ) , ซึ่งแสดงให้เห็นถึงบทบาทของตนในจังหวัด .การศึกษานี้เน้น signi ถ่ายทอดโรคมะเร็งของความแตกต่างในไมโครไบโ โดยธรรมชาติของทั้งสองไส้เดือนในรูปร่าง metagenome มีประสิทธิภาพการย่อยสลายของประเภทที่แตกต่างกันของชีวมวล
ภายใต้สภาพอากาศร้อนชื้น