To explore sensitivity of the resul

To explore sensitivity of the results to changes in parameter
costs, alignment construction, and gap treatment
was explored by taking as a reference the topology
obtained from optimization alignment analysis under
equal parameter costs (gapผtransversionผ transition)
as a reference because we prefer this method in theory
(see Section 4). We assessed similarity between analyses
in two ways. Topology similarity is the ratio of the
number of shared clades between the trees found in each
analysis to the total number of clades obtained in the
reference analysis. Second, we calculated the increase in
length of the topologies found by each analysis under the
assumptions of the equal costs optimization alignment
method (i.e., diagnosed length of a particular tree under
equal cost optimization alignment minus the minimum
length of the equal cost optimization alignment analysis).
The different values obtained were rescaled by dividing
them by the difference between the maximum and the
minimum possible lengths of the equal cost optimization
alignment analysis. This index, which we call Rescaled
Length Increase (RLI), is reminiscent of the Retention
Index (Farris, 1989) and measures the overall decrease in
fit of characters to a non-optimal topology under a
particular set of assumptions.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

การสำรวจความไวของผลการเปลี่ยนแปลงในพารามิเตอร์ต้นทุน ตำแหน่งงานก่อสร้าง และรักษาช่องว่างถูกสำรวจ โดยการอ้างอิงการโทโพโลยีได้จากการวิเคราะห์ตำแหน่งการเพิ่มประสิทธิภาพภายใต้ค่าพารามิเตอร์เท่ากับ (gapผtransversionผ เปลี่ยน)เป็นการอ้างอิง เพราะเราชอบวิธีนี้ในทฤษฎี(ดูส่วนที่ 4) เราประเมินความคล้ายกันระหว่างวิเคราะห์ในสองวิธี โทโพโลยีความคล้ายคลึงกันคือ อัตราส่วนของการจำนวน clades ร่วมระหว่างต้นไม้ที่พบในแต่ละวิเคราะห์ clades จำนวนรวมที่ได้รับในการการวิเคราะห์การอ้างอิง ที่สอง เราคำนวณการเพิ่มความยาวของโครงสร้างที่พบ โดยวิเคราะห์แต่ละภายใต้การสมมติฐานจัดเพิ่มประสิทธิภาพต้นทุนเท่ากันวิธี (เช่น วินิจฉัยความยาวของต้นไม้โดยเฉพาะภายใต้จัดเพิ่มประสิทธิภาพต้นทุนเท่ากับลบต่ำสุดยาวของการวิเคราะห์ตำแหน่งเพิ่มประสิทธิภาพต้นทุนเท่ากัน)ค่าต่าง ๆ ที่ได้รับถูกถูกปรับใหม่ โดยการหารพวกเขา โดยความแตกต่างระหว่างค่าสูงสุดและความยาวได้ขั้นต่ำของการปรับต้นทุนเท่ากันการวิเคราะห์ตำแหน่ง ดัชนีนี้ ซึ่งเราเรียก Rescaledความยาวเพิ่มขึ้น (RLI), เป็นของเก็บข้อมูลดัชนี (Farris, 1989) และมาตรการโดยรวมลดลงพอดีของตัวละครในโทโพโลยีไม่ใช่สุดภายใต้การชุดเฉพาะของสมมติฐาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

ในการสำรวจความไวของผลการเปลี่ยนแปลงในพารามิเตอร์
ค่าใช้จ่ายในการก่อสร้างการจัดตำแหน่งและการรักษาช่องว่าง
การสำรวจโดยการใช้เป็นข้อมูลอ้างอิงโทโพโลยี
ที่ได้รับจากการวิเคราะห์การจัดตำแหน่งการเพิ่มประสิทธิภาพภายใต้
ค่าใช้จ่ายพารามิเตอร์เท่ากับ (ช่องว่างผ transversion ผเปลี่ยนแปลง)
เป็นข้อมูลอ้างอิงเพราะเราชอบนี้ วิธีการในทางทฤษฎี
(ดูมาตรา 4) เราประเมินความคล้ายคลึงกันระหว่างการวิเคราะห์
ในสองวิธี โทโพโลยีคล้ายคลึงกันคืออัตราส่วนของ
จำนวน clades ร่วมกันระหว่างต้นไม้ที่พบในแต่ละ
การวิเคราะห์เพื่อจำนวน clades ที่ได้รับใน
การวิเคราะห์การอ้างอิง ประการที่สองเราคำนวณการเพิ่มขึ้นของ
ความยาวของโครงสร้างที่พบจากการวิเคราะห์แต่ละภายใต้
สมมติฐานของค่าใช้จ่ายเท่ากับการจัดตำแหน่งการเพิ่มประสิทธิภาพของ
วิธีการ (เช่นระยะเวลาในการวินิจฉัยของต้นไม้โดยเฉพาะอย่างยิ่งภายใต้
การจัดตำแหน่งเพิ่มประสิทธิภาพของต้นทุนเท่ากับลบต่ำสุด
ความยาวของค่าใช้จ่ายเท่ากับการวิเคราะห์การจัดตำแหน่งการเพิ่มประสิทธิภาพ ).
ค่าที่แตกต่างกันได้มาโดยการหาร rescaled
พวกเขาโดยความแตกต่างระหว่างค่าสูงสุดและที่
มีความยาวเป็นไปได้น้อยของค่าใช้จ่ายเท่ากับการเพิ่มประสิทธิภาพ
การวิเคราะห์การจัดตำแหน่ง ดัชนีนี้ซึ่งเราเรียกให้ปรับ
ความยาวเพิ่มขึ้น (RLI) เป็นที่ระลึกของการเก็บรักษา
ดัชนี (Farris, 1989) และมาตรการลดลงโดยรวมใน
แบบของตัวอักษรเพื่อโครงสร้างที่ไม่เหมาะสมภายใต้
ชุดใดชุดหนึ่งของสมมติฐาน

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เพื่อศึกษาความไวของผลลัพธ์การเปลี่ยนแปลงพารามิเตอร์ค่าใช้จ่ายในการก่อสร้างใหม่และการรักษาช่องว่างสำรวจโดยการเป็นแบบอ้างอิงที่ได้จากการวิเคราะห์การเพิ่มประสิทธิภาพภายใต้ต้นทุนค่าเท่ากับ ( ช่องว่างผ transversion ผเปลี่ยน )เป็นแหล่งอ้างอิง เพราะเราชอบวิธีการนี้ในทฤษฎี( ดูมาตรา 4 ) เราประเมินวิเคราะห์ความเหมือนระหว่างในสองวิธี ทอพอโลยีความเหมือน คือ อัตราส่วนของจำนวนที่ clades ระหว่างต้นไม้ที่พบในแต่ละการวิเคราะห์จำนวนรวมของ clades ได้รับในการวิเคราะห์การอ้างอิง ประการที่สอง เราคำนวณเพิ่มในความยาวของแต่ละรูปแบบพบโดยการวิเคราะห์ภายใต้สมมติฐานของเท่ากับต้นทุนเพิ่ม และวางแนววิธีการ ( เช่น การวินิจฉัย ความยาวของต้นไม้โดยเฉพาะ ภายใต้เท่ากับต้นทุนเพิ่มประสิทธิภาพแนวลบน้อยที่สุดเท่ากับต้นทุนเพิ่มความยาวของแนวการวิเคราะห์ )ค่าต่าง ๆได้ rescaled โดยแบ่งโดยความแตกต่างระหว่างสูงสุดและอย่างน้อยที่สุดความยาวของต้นทุนเพิ่มประสิทธิภาพเท่ากันการวิเคราะห์แนว ดัชนีนี้ ซึ่งเราเรียก rescaledความยาวเพิ่มขึ้น ( RLI ) เป็นรำลึกของความคงทนในการจำดัชนี ( ฟาร์ริส , 1989 ) และมาตรการโดยรวมลดลงพอดีของตัวละคร ไม่ใช่แบบที่เหมาะสมภายใต้การตั้งค่าเฉพาะของสมมติฐาน