DNA barcoding coupled high resoluti

DNA barcoding coupled high resolution melting (Bar-HRM) is an emerging method for species discrimination based on DNA dissociation kinetics. The aim of this work was to evaluate the suitability of different primer sets, derived from selected DNA regions, for Bar-HRM analysis of species in Croton (Euphorbiaceae), one of the largest genera of plants with over 1,200 species. Seven primer pairs were evaluated (matK, rbcL1, rbcL2, rbcL3, rpoC, trnL and ITS1) from four plastid regions, matK, rbcL, rpoC, and trnL, and the nuclear ribosomal marker ITS1. The primer pair derived from the ITS1 region was the single most effective region for the identification of the tested species, whereas the rbcL1 primer pair gave the lowest resolution. It was observed that the ITS1 barcode was the most useful DNA barcoding region overall for species discrimination out of all of the regions and primers assessed. Our Bar-HRM results here also provide further support for the hypothesis that both sequence and base composition affect DNA duplex stability.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

ปกรณ์บาร์โค้ดดีเอ็นเอคู่ความละเอียดสูงละลาย (บาร์ HRM) เป็นวิธีการใหม่ ๆ สำหรับแบ่งแยกสายพันธุ์อิงจลนพลศาสตร์ dissociation ดีเอ็นเอ จุดมุ่งหมายของงานนี้คือ การประเมินความเหมาะสมของชุดรองพื้นแตกต่างกัน ได้มาจากเลือก DNA ภูมิภาค บาร์ HRM วิเคราะห์พันธุ์ใน Croton (Euphorbiaceae), สกุลที่ใหญ่ที่สุดของพืชกว่า 1,200 ชนิดอย่างใดอย่างหนึ่ง คู่ไพรเมอร์ที่เจ็ดถูกประเมิน (matK, rbcL1, rbcL2, rbcL3, rpoC, trnL และ ITS1) จากพลาสติดสี่ภูมิภาค matK, rbcL, rpoC, trnL และเครื่องหมาย ribosomal นิวเคลียร์ ITS1 คู่ไพรเมอร์ที่มาจากภูมิภาค ITS1 เป็นภูมิภาคเดียวมีประสิทธิภาพสูงสุดสำหรับการระบุของชนิดการทดสอบ ในขณะที่คู่รองพื้น rbcL1 ให้ความละเอียดต่ำสุด มันคือสังเกตว่า บาร์โค้ด ITS1 ประโยชน์ DNA ปกรณ์บาร์โค้ดภูมิภาคโดยรวมสำหรับการแบ่งแยกสายพันธุ์จากภูมิภาคและไพรเมอร์ที่ประเมินทั้งหมด ผล HRM บาร์ของเราที่นี่ยังให้การสนับสนุนสมมติฐานที่ว่า ลำดับและองค์ประกอบพื้นฐานมีผลต่อดีเอ็นเอแบบสองด้านเสถียรภาพ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

บาร์โค้ดดีเอ็นเอคู่ความละเอียดสูงละลาย (Bar-HRM) เป็นวิธีการที่เกิดขึ้นใหม่สำหรับการเลือกปฏิบัติบนพื้นฐานของสายพันธุ์ DNA จลนพลศาสตร์แยกออกจากกัน จุดมุ่งหมายของงานนี้คือการประเมินความเหมาะสมของชุดไพรเมอร์ที่แตกต่างกันมาจากภูมิภาคดีเอ็นเอเลือกสำหรับการวิเคราะห์ Bar-HRM ของสายพันธุ์ใน Croton (Euphorbiaceae) หนึ่งในจำพวกที่ใหญ่ที่สุดของพืชที่มีกว่า 1,200 สายพันธุ์ เซเว่นคู่ไพรเมอร์ได้รับการประเมิน (MATK, rbcL1, rbcL2, rbcL3, rpoC, trnL และ ITS1) จากสี่ภูมิภาค plastid, MATK, rbcL, rpoC และ trnL และนิวเคลียร์ ITS1 เครื่องหมายไรโบโซม คู่ไพรเมอร์ที่ได้มาจากภูมิภาค ITS1 เป็นหนึ่งเดียวในภูมิภาคท​​ี่มีประสิทธิภาพสูงสุดในการจำแนกสายพันธุ์ที่ผ่านการทดสอบในขณะที่คู่ไพรเมอร์ rbcL1 ให้ความละเอียดต่ำสุด มันถูกตั้งข้อสังเกตว่าบาร์โค้ด ITS1 เป็นประโยชน์มากที่สุดในภูมิภาคโดยรวมดีเอ็นเอบาร์โค้ดสำหรับการขยายพันธุ์การเลือกปฏิบัติจากทุกภูมิภาคและไพรเมอร์ได้รับการประเมิน ผลการ Bar-HRM ของเราที่นี่ยังให้การสนับสนุนต่อไปสำหรับสมมติฐานที่ว่าทั้งสองลำดับและองค์ประกอบฐานส่งผลกระทบต่อความมั่นคงเพล็กซ์ดีเอ็นเอ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

ดีเอ็นเอ barcoding ควบคู่ความละเอียดสูงละลาย ( บาร์ HRM ) เป็นวิธีการใหม่สำหรับชนิดจำแนกตามจลนพลศาสตร์การดีเอ็นเอ งานวิจัยนี้มีจุดมุ่งหมายเพื่อศึกษาความเหมาะสมของชุดไพรเมอร์ที่แตกต่างกัน ที่ได้มาจากการเลือกภูมิภาคดีเอ็นเอเพื่อการวิเคราะห์หรือบาร์ของสปีชีส์ในสลอด ( Euphorbiaceae ) , หนึ่งที่ใหญ่ที่สุดสกุลของพืชที่มีมากกว่า 1 , 200 ชนิด เจ็ดคู่ไพรเมอร์จำนวน ( matk rbcl1 , rbcl2 rbcl3 rpoc , , , , และ trnl its1 ) จากสี่พลาสติดภูมิภาค matk rbcl rpoc , , , และ trnl และนิวเคลียร์ไรโบโซมเครื่องหมาย its1 . ไพรเมอร์คู่ที่ได้มาจาก its1 เขตคือเขตเดียวที่มีประสิทธิภาพที่สุดเพื่อการจำแนกชนิดของการทดสอบ ส่วน rbcl1 ไพรเมอร์คู่ให้ความละเอียดต่ำสุด พบว่า its1 บาร์โค้ดได้รับประโยชน์มากที่สุดสำหรับการรวมดีเอ็นเอ barcoding ภูมิภาคชนิดจากทุกภูมิภาค และทำการประเมิน บาร์ของเราหรือผลลัพธ์ที่นี่ยังให้การสนับสนุนเพิ่มเติมสำหรับสมมติฐานว่าทั้งลำดับและองค์ประกอบที่ส่งผลต่อเสถียรภาพฐานดีเอ็นเอ เพล็กซ์