howing the in and out conformations

howing the in and out conformations of the residue 288–292 loop. The side view shows how the ribose of the −1 position
template strand nucleotide (magenta) makes direct contact with the loop in the in conformation but has a clear steric clash
when the loop is in the out conformation. The top view shows the direction and magnitude of the loop movement relative to
the active site, nascent base pair, and ddCTP base paired to the templating +1 site nucleotide. (B) Kinetic scheme of the
polymerase elongation cycle illustrating the model for the different steps involving conformational changes in the loop. The
EC states reflect the six-state cycle based on the picornaviral polymerase EC structures [8,21]. The flip of Ser288 from up
to down is a pre-catalytic transition involved in NTP repositioning while the movement of the loop from in to out is
associated with the post-catalysis translocation step. Our finding that hydrophobic residues at position 290 increase
polymerase activity while polar residues reduce activity further suggests that the viral RdRPs may have a distinct sixth step
following pyrophosphate release whereby residue 290 is reinserted into its pocket, returning the loop to the in/up
conformation and resetting the active site for the next round of catalysis.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

howing ใน การ ออก conformations ของสารตกค้าง 288-292 ลูป มุมมองด้านข้างแสดงวิธีการวางตำแหน่งของ ribose ของ −1แม่นิวคลีโอไทด์สแตรนด์ (ม่วง) ช่วยให้การติดต่อโดยตรงกับลูปใน conformation ใน แต่มีปะทะ steric ชัดเจนเมื่อวนที่อยู่ใน conformation ออก มุมมองด้านบนแสดงทิศทางและขนาดของการเคลื่อนไหวของวงกับใช้ ก่อฐานคู่ และ ddCTP ฐานคู่นิวคลีโอไทด์ไซต์ templating + 1 (ข) แผนเดิม ๆ ของการแสดงแบบในขั้นตอนต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลง conformational ในลูปวงจร elongation พอลิเมอเรส ที่EC อเมริกาสะท้อนวงจรหกรัฐที่ยึดโครงสร้าง EC พอลิเมอเรส picornaviral [8,21] พลิก Ser288 จากค่าลงเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาก่อนเปลี่ยนใน NTP ให้ขณะเคลื่อนย้ายวนจากในออกเกี่ยวข้องกับขั้นตอนการเร่งปฏิกิริยาหลังการสับเปลี่ยน เราพบว่า hydrophobic ตกที่ตำแหน่ง 290 เพิ่มพอลิเมอเรสกิจกรรมขณะตกที่ขั้วโลกลดกิจกรรมเพิ่มเติมแนะนำว่า RdRPs ไวรัสอาจมีทั้งหมด 6 ขั้นตอนต่อรุ่น pyrophosphate โดยการแทรกอีก 290 ตกค้างลงในกระเป๋าของ คืนวงการในใน/ค่าconformation และการตั้งค่าใหม่ของไซต์ใช้งานอยู่ในรอบถัดไปของการเร่งปฏิกิริยา

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

howing ในและนอก conformations ตกค้าง 288-292 ห่วง มุมมองด้านข้างแสดงให้เห็นว่าน้ำตาลของตำแหน่ง -1
แม่แบบเบื่อหน่ายสาระ (สีม่วง) ทำให้การติดต่อโดยตรงกับวงในในรูปแบบ แต่มีการปะทะกัน steric ชัดเจน
เมื่อวงที่อยู่ในโครงสร้างออก มุมมองด้านบนแสดงให้เห็นถึงทิศทางและขนาดของการเคลื่อนไหวห่วงเมื่อเทียบกับ
เว็บไซต์ที่ใช้งานคู่ฐานที่พึ่งและฐาน ddCTP จับคู่ที่จะเบื่อหน่ายเว็บไซต์ 1 templating (B) โครงการ Kinetic ของ
วงจรการยืดตัวโพลิเมอร์ที่แสดงรูปแบบที่แตกต่างกันสำหรับขั้นตอนที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างในวง
รัฐ EC สะท้อนให้เห็นถึงรอบหกรัฐขึ้นอยู่กับโครงสร้าง picornaviral โพลิเมอร์อีซี [8,21] พลิก Ser288 ขึ้นจาก
การลงการเปลี่ยนแปลงก่อนการเร่งปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องในการจัดตำแหน่ง NTP ในขณะที่การเคลื่อนไหวของวงจากในออก
ที่เกี่ยวข้องกับขั้นตอนการโยกย้ายการโพสต์การเร่งปฏิกิริยา การค้นพบของเราที่ตกค้างไม่ชอบน้ำที่ตำแหน่ง 290 เพิ่มขึ้น
ในขณะที่กิจกรรมโพลิเมอร์ตกค้างขั้วโลกลดกิจกรรมต่อไปแสดงให้เห็นว่า RdRPs ไวรัสอาจจะมีขั้นตอนที่หกที่แตกต่างกัน
ดังต่อไปนี้การเปิดตัว pyrophosphate โดยตกค้าง 290 ถูกสอดเข้าไปในกระเป๋าของตนกลับห่วงไปใน / ขึ้น
โครงสร้างและ การตั้งค่าใช้งานเว็บไซต์สำหรับรอบต่อไปของปฏิกิริยาทางเคมี

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

howing ทั้งในและนอกโครงสร้างของสารตกค้าง 288 –เขาวง มุมมองด้านข้างแสดงให้เห็นว่าหน้าตัวเมียของ− 1 ตำแหน่ง
แม่แบบเส้นนิวคลีโอไทด์ ( บานเย็น ) ติดต่อโดยตรง กับ วง ใน ในโครงสร้าง แต่ได้ชัดเจน เอแคลช
เมื่อห่วงอยู่ออก โครงสร้าง มุมมองด้านบนที่แสดงทิศทางและขนาดของห่วงการเคลื่อนที่สัมพัทธ์

เว็บไซต์ใช้งานคู่ฐานตั้งไข่ และ ddctp ฐานคู่กับเบส templating 1 เว็บไซต์ . ( ข ) โครงการจลนศาสตร์ของการยืดตัวถึงรอบ
รูปแบบต่าง ๆที่เกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงในขั้นตอนในชีวิต
EC สหรัฐอเมริกาสะท้อน 6 รัฐวงจรขึ้นอยู่กับการ picornaviral โครงสร้าง [ EC 8,21 ] โยนขึ้น
ser288 จากจะลงเป็นก่อนการเปลี่ยนแปลงที่เกี่ยวข้องกับ NTP การในขณะที่การเคลื่อนไหวของห่วงจากในจะออก
ที่เกี่ยวข้องกับโพสต์เร่งโยกย้ายขั้นตอน ค้นหาของเราที่ตกค้าง 290 ) ที่ตำแหน่งเพิ่ม
โดยกิจกรรมในขณะที่ตกค้างขั้วโลกลดกิจกรรมเพิ่มเติมแสดงให้เห็นว่า rdrps ไวรัสอาจมี
ขั้นตอนที่หกที่แตกต่างต่อไปนี้พบปล่อยโดยกากมี reinserted ลงในกระเป๋าของตนกลับห่วงใน / ขึ้น
โครงสร้างและการตั้งค่าเว็บไซต์ที่ใช้งานสำหรับรอบต่อไปของปฏิกิริยา