Mouse polyomavirus (MPyV) lytically

Mouse polyomavirus (MPyV) lytically infects mouse cells, transforms rat cells in culture, and is highly oncogenic in rodents. We have used deep sequencing to follow MPyV infection of mouse NIH3T6 cells at various times after infection and analyzed both the viral and cellular transcriptomes. Alignment of sequencing reads to the viral genome illustrated the transcriptional profile of the early-to-late switch with both early-strand and late-strand RNAs being transcribed at all time points. A number of novel insights into viral gene expression emerged from these studies, including the demonstration of widespread RNA editing of viral transcripts at late times in infection. By late times in infection, 359 host genes were seen to be significantly upregulated and 857 were downregulated. Gene ontology analysis indicated transcripts involved in translation, metabolism, RNA processing, DNA methylation, and protein turnover were upregulated while transcripts involved in extracellular adhesion, cytoskeleton, zinc finger binding, SH3 domain, and GTPase activation were downregulated. The levels of a number of long noncoding RNAs were also altered. The long noncoding RNA MALAT1, which is involved in splicing speckles and used as a marker in many late-stage cancers, was noticeably downregulated, while several other abundant noncoding RNAs were strongly upregulated. We discuss these results in light of what is currently known about the MPyV life cycle and its effects on host cell growth and metabolism.

ผลลัพธ์ (ไทย) 1:

Polyomavirus เมาส์ (MPyV) lytically ติดเซลล์เมาส์ แปลงเซลล์ของหนูในวัฒนธรรม และเป็น oncogenic สูงในงาน เราได้ใช้ลำดับลึกตาม MPyV การติดเชื้อของเมาส์ NIH3T6 เซลล์ที่ได้เวลาต่าง ๆ หลังจากการติดเชื้อ และวิเคราะห์ทั้งไวรัส และโทรศัพท์มือถือ transcriptomes ตำแหน่งของลำดับอ่านไปไวรัสโพ transcriptional ของสวิตช์ต้นถึงปลายมีทั้งต้นสาระภาพประกอบจีโนม และ RNAs สายสแตรนด์ถูกทับศัพท์เลยเวลาจุด จำนวนยีนไวรัสเจาะลึกนวนิยายเกิดขึ้นจากการศึกษานี้ รวมทั้งการสาธิตของแพร่อาร์เอ็นเอแก้ไขไวรัสใบแสดงผลเวลาล่าช้าในการติดเชื้อ โดยครั้งล่าสุดในการติดเชื้อ 359 โฮสต์ยีนได้เห็นเป็นอย่างมาก upregulated และ downregulated ได้ 857 การวิเคราะห์ยีนภววิทยาระบุใบแสดงผลเกี่ยวข้องกับการแปล เผาผลาญ การประมวลผลของอาร์เอ็นเอ ปรับ และการหมุนเวียนของโปรตีนถูก upregulated ในขณะที่ใบแสดงผลเกี่ยวข้องใน extracellular ยึด cytoskeleton สังกะสีนิ้วผูก SH3 โดเมน และ downregulated ถูกเปิดใช้งาน GTPase ระดับจำนวน RNAs noncoding จึงถูกเปลี่ยนแปลงไปยัง MALAT1 อาร์เอ็นเอยาว noncoding ซึ่งเกี่ยวข้องกับ splicing speckles และใช้เป็นเครื่องหมายในหลายขั้นตอนปลายมะเร็ง ได้อย่างเห็นได้ชัด downregulated ในขณะที่หลายอื่น ๆ อุดมสมบูรณ์ noncoding RNAs ขอ upregulated เราอภิปรายผลลัพธ์เหล่านี้เมื่อสิ่งมีชื่อเสียงเกี่ยวกับวงจรชีวิตของ MPyV และลักษณะพิเศษของโฮสต์เซลล์เจริญเติบโตและเมแทบอลิซึมของ

ผลลัพธ์ (ไทย) 2:

เมาส์ polyomavirus (MPyV) lytically ติดเชื้อในเซลล์เมาส์เปลี่ยนเซลล์หนูในวัฒนธรรมและเป็นอย่างสูง oncogenic ในหนู เราได้ใช้ลำดับลึกที่จะปฏิบัติตามการติดเชื้อของเซลล์ MPyV เมาส์ NIH3T6 ในหลาย ๆ ครั้งหลังจากการติดเชื้อและวิเคราะห์ทั้งรานไวรัสและโทรศัพท์มือถือ การจัดตำแหน่งของการอ่านลำดับจีโนมของไวรัสที่แสดงรายละเอียดการถอดรหัสของสวิทช์ในช่วงต้นถึงปลายต้นที่มีทั้งสาระและ RNAs ปลายสาระถูกคัดลอกในจุดที่ทุกเวลา จำนวนของข้อมูลเชิงลึกเข้าไปในนวนิยายเรื่องการแสดงออกของยีนไวรัสโผล่ออกมาจากการศึกษาเหล่านี้รวมถึงการสาธิตการตัดต่ออย่างแพร่หลายของอาร์เอ็นเอไวรัสใบรับรองผลการเรียนในช่วงเวลาที่ในช่วงสายของการติดเชื้อ โดยครั้งในช่วงสายของการติดเชื้อ 359 ยีนที่ถูกโฮสต์เห็นจะ upregulated อย่างมีนัยสำคัญและ 857 ถูก downregulated การวิเคราะห์ยีนอภิปรัชญาระบุยีนที่มีส่วนเกี่ยวข้องในการแปล, การเผาผลาญอาหารการประมวลผลอาร์เอ็นเอ methylation ดีเอ็นเอและผลประกอบการที่ได้รับโปรตีน upregulated ขณะที่ยีนที่มีส่วนร่วมในการยึดเกาะนอก, โครงร่างของเซลล์นิ้วสังกะสีผูกพัน SH3 โดเมนและยืนยันการใช้งาน GTPase ถูก downregulated ระดับของจำนวน RNAs noncoding ยาวนอกจากนี้ยังมีการเปลี่ยนแปลง ยาว noncoding MALAT1 อาร์เอ็นเอซึ่งมีส่วนเกี่ยวข้องใน speckles ประกบและใช้เป็นเครื่องหมายในหลาย ๆ โรคมะเร็งขั้นปลายถูก downregulated อย่างเห็นได้ชัดในขณะที่อีกหลาย RNAs noncoding อุดมสมบูรณ์ถูก upregulated อย่างยิ่ง เราหารือเกี่ยวกับผลเหล่านี้ในแง่ของสิ่งที่เป็นที่รู้จักกันในปัจจุบันเกี่ยวกับวงจรชีวิตของ MPyV และผลกระทบต่อการเจริญเติบโตของเซลล์และการเผาผลาญ

ผลลัพธ์ (ไทย) 3:

เมาส์ polyomavirus ( mpyv ) lytically ติดเชื้อในเซลล์หนูเมาส์ , การแปลงเซลล์ในวัฒนธรรม และขอ oncogenic ในหนู เราได้ใช้ลำดับลึกตาม mpyv การติดเชื้อของเมาส์ nih3t6 เซลล์ที่เวลาต่าง ๆหลังจากการติดเชื้อและวิเคราะห์ทั้งไวรัสและเซลล์ transcriptomes .การจัดลำดับจีโนมไวรัสอ่านเพื่อแสดงรายละเอียดของต้นลองไปสลับกับทั้งต้นและปลาย กลุ่มสาระการเรียนรู้ กลุ่มสาระการเรียนรู้การถ่ายทอด RNAs จุดเวลา จำนวนของข้อมูลเชิงลึกใหม่ในการแสดงออกของยีนไวรัสเกิดขึ้นจากการศึกษาเหล่านี้ รวมถึงการสาธิตของ RNA transcripts ในฉาวแก้ไขไวรัสที่ติดเชื้อครั้งช้าโดยในการติดเชื้อครั้งช้า หรือโฮสต์ยีนเห็นที่จะมีนัยสำคัญ upregulated 857 ) และ downregulated . การวิเคราะห์ยีนที่เกี่ยวข้องในการแปลอภิปรัชญาพบ transcripts , การเผาผลาญอาหาร , การประมวลผล methylation ดีเอ็นเอ อาร์เอ็นเอ และการหมุนเวียนของโปรตีน คือ upregulated ในขณะที่ยีนเกี่ยวข้องกับภายนอกเซลล์ยึดเกาะขาดตอน สังกะสีนิ้วผูกสินค้า โดเมนการเปิดใช้งานและมี downregulated จีทีพีเปส . ระดับของยาว noncoding RNAs ยังเปลี่ยน ยาว noncoding RNA malat1 ซึ่งเกี่ยวข้องในการ splicing เกิล และใช้เป็นเครื่องหมายในเวทีมะเร็งหลายสาย ก็เห็นได้ชัด downregulated ในขณะที่หลาย ๆ มากมาย noncoding RNAs ถูกขอ upregulated .เราหารือเกี่ยวกับผลลัพธ์เหล่านี้ในแง่ของสิ่งที่ในขณะนี้รู้จัก mpyv วงจรชีวิตและผลต่อการเจริญเติบโตของเซลล์โฮสต์และการเผาผลาญ