3.6. Null model-based analysis of distribution changes
We designed two null models in order to address complementary issues on orchid disappearance and appearance in the study area (see Connor and Simberloff, 1983 and Gotelli, 2001). Null model 1 allowed the assessment of whether each administrative unit displayed more or fewer disappearances and/or appearances than expected by chance. This null model permuted the stable/disappeared/appeared labels of each species across administrative units, so that the number of units where a given species was stable, had disappeared or had appeared was held constant, but the number of species that were stable, disappeared or appeared in each administrative unit could vary (Supplementary material A2). The null hypothesis represented by this model stated that the administrative units where orchid species were stable, had disappeared or had appeared was independent from one species to another. The alternative hypothesis considered that some administrative units could experience more or fewer disappearances or new appearances than expected by chance due to some specific context. Because spatial patterns of disappearance/appearance could result from short-distance species dispersal and from the autocorrelation of the environment (Legendre, 1993), we constrained the permutations of species labels to be more likely between neighboring units than between distant units. Distances were calculated based on the centroids of geographical coordinates of units (Hardy, 2008; function resamp.3t of SpacodiR package in R). Therefore, any deviation from the null model was not an artifact of these sources of autocorrelation. Furthermore, the distribution of species over the period was fixed, i.e., the permutations concerned only the administrative units where species were present at least once during the investigated period. The permutations were repeated 999 times. We compared the actual number of disappearances/appearances per administrative unit to the reference null situation of null model 1. We assessed the significance of excess disappearances and appearances in an administrative unit based on the proportion of null values that felt below the observed value, which provided the P-value of the test. We also assessed whether there were fewer disappearances/appearances than expected by chance, based on the proportion of null values that felt above the observed value. Based on null model 1, we assessed the significance of species range changes. The average geographical positions of species were calculated by averaging the latitudes and longitudes of administrative units where they were present at each period. The difference of position between the periods measures the species range change in regard to the four cardinal directions. We then compared the observed range change to the corresponding null distribution predicted by null model 1.
Null model 2 allowed the assessment of the significance of disappearances and appearances across their distribution for each orchid species. The stable/disappeared/appeared labels were then shuffled within administrative units between species. In this case, the number of species that were stable, disappeared or appeared was held constant in each administrative unit, but the number of units where a species was stable, had disappeared or had newly appeared could vary (Supplementary material A2). This model thereby allowed the testing of whether orchid species showed more or fewer disappearances and/or appearances across the study area than expected by chance. An appealing aspect of this model is that it is based on fixed trends in administrative units, so that the effect of their specific land-cover and climatic trajectories on the numbers of species disappearances/appearances was kept constant, and the deviation from the null model was due to dynamics varying across orchid species. As in model 1, permutations of model 2 concerned only the administrative units where species were present at least once during the investigated period. The permutations were repeated 999 times. For the specific analysis of disappearance/appearance according to the protection status of species, the stable/disappeared/appeared labels were permuted among administrative units from France only, as we used here exclusively the French protection lists. In the case of regionally protected species, stable/disappeared/appeared labels were only permuted among administrative units (i.e. ‘départements’ in France) belonging to regions where a given species has been accorded ‘protected’ status.
We adjusted the P-values for multiple comparisons among administrative units or species to avoid artifactual inflation of type I error. P-values were adjusted by the ‘fdr’ method (false discovery rates, Benjamini and Hochberg, 1995) designed to control the expected proportion of incorrect rejections of the null hypothesis (see Pike, 2011 for more information).
3.6 เป็น null การวิเคราะห์แบบการเปลี่ยนแปลงการกระจายเราได้ออกสองรุ่นเป็น null ลำดับปัญหาเสริมบนออร์คิดหายตัวไปและในพื้นที่ศึกษา (ดูคอนเนอร์ และ Simberloff, 1983 และ Gotelli, 2001) ว่างแบบที่ 1 การประเมินของแต่ละหน่วยดูแลแสดง น้อย disappearances หรือนัดกว่าที่คาดโดยบังเอิญได้ รุ่นนี้เป็น null permuted ป้ายเสถียร/หาย/ปรากฏของแต่ละสายพันธุ์ในหน่วยบริหาร จำนวนของหน่วยซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่กำหนดเสถียรภาพ หายไป หรือมีปรากฏ จัดขึ้นคง แต่หมายเลขของสายพันธุ์ที่มีเสถียรภาพ หายไป หรือปรากฏในแต่ละหน่วยดูแล อาจแตกต่างกัน (เสริมวัสดุ A2) สมมติฐานว่างที่แสดง โดยแบบระบุ ว่า หน่วยบริหารที่พันธุ์กล้วยไม้มีเสถียรภาพ หายไป หรือมีปรากฏเป็นอิสระจากชนิดหนึ่งไปยังอีก สมมติฐานทางเลือกถือว่า บางหน่วยดูแลอาจพบ น้อย disappearances หรือนัดใหม่กว่าที่คาดไว้เนื่องจากบริบทบางอย่างเฉพาะเจาะจงโดยบังเอิญ เนื่องจากรูปแบบเชิงพื้นที่ของหาย/ลักษณะอาจมีผล จากสายพันธุ์ระยะแพร่กระจาย และ autocorrelation ล้อม (เลอฌ็องดร์ 1993), เราจำกัดวิธีเรียงสับเปลี่ยนป้ายชื่อสายพันธุ์จะมีแนวโน้มระหว่างหน่วยใกล้เคียงกว่าระหว่างหน่วยห่างไกล ระยะทางที่คำนวณตาม centroids ของพิกัดทางภูมิศาสตร์ของหน่วย (Hardy, 2008 ฟังก์ชัน resamp.3t ของแพคเกจ SpacodiR ใน R) ดังนั้น การเบี่ยงเบนใด ๆ จากแบบจำลองเป็น null ไม่ได้เป็นสิ่งประดิษฐ์ของ autocorrelation แหล่งเหล่านี้ นอกจากนี้ การกระจายพันธุ์ในระยะ คง เช่น การเกี่ยวข้องเฉพาะหน่วยบริหารที่สายพันธุ์มีอยู่น้อยในช่วง investigated การถูกทำซ้ำครั้งที่ 999 เราเปรียบเทียบจำนวน disappearances/นัด ต่อหน่วยดูแลสถานการณ์ว่างอ้างอิงเป็น null รุ่น 1 เราประเมินความสำคัญของส่วนเกิน disappearances และปรากฏในหน่วยการจัดการตามสัดส่วนของค่า null ที่ด้านล่างค่าสังเกต ซึ่งให้ค่า P ของการทดสอบ นอกจากนี้เรายังประเมินว่ามี disappearances น้อยปรากฏตัวกว่าที่คาดไว้โดยบังเอิญ ตามสัดส่วนของค่าที่มากกว่าค่าสังเกต จากแบบจำลองว่าง 1 เราประเมินความสำคัญของการเปลี่ยนแปลงสายพันธุ์ช่วง มีคำนวณเฉลี่ยตำแหน่งทางภูมิศาสตร์ของสายพันธุ์ โดยเฉลี่ยละติจูดและ longitudes ของหน่วยบริหารที่ตำแหน่งที่เคยอยู่ในแต่ละรอบ ความแตกต่างฐานะระหว่างรอบระยะเวลาการวัดการเปลี่ยนแปลงช่วงพันธุ์ในเรื่องสี่ทิศคาร์ดินัล เราแล้วเปรียบเทียบการเปลี่ยนแปลงสังเกตช่วงการแจกเป็น null สอดคล้องตามรูปแบบว่าง 1Null model 2 allowed the assessment of the significance of disappearances and appearances across their distribution for each orchid species. The stable/disappeared/appeared labels were then shuffled within administrative units between species. In this case, the number of species that were stable, disappeared or appeared was held constant in each administrative unit, but the number of units where a species was stable, had disappeared or had newly appeared could vary (Supplementary material A2). This model thereby allowed the testing of whether orchid species showed more or fewer disappearances and/or appearances across the study area than expected by chance. An appealing aspect of this model is that it is based on fixed trends in administrative units, so that the effect of their specific land-cover and climatic trajectories on the numbers of species disappearances/appearances was kept constant, and the deviation from the null model was due to dynamics varying across orchid species. As in model 1, permutations of model 2 concerned only the administrative units where species were present at least once during the investigated period. The permutations were repeated 999 times. For the specific analysis of disappearance/appearance according to the protection status of species, the stable/disappeared/appeared labels were permuted among administrative units from France only, as we used here exclusively the French protection lists. In the case of regionally protected species, stable/disappeared/appeared labels were only permuted among administrative units (i.e. ‘départements’ in France) belonging to regions where a given species has been accorded ‘protected’ status.เราปรับค่า P สำหรับหลายเปรียบเทียบระหว่างหน่วยบริหาร หรือสายพันธุ์เพื่อหลีกเลี่ยงการ artifactual เงินเฟ้อของพิมพ์ที่ผิดพลาด P ค่าถูกปรับปรุง โดยวิธี 'ด้วย' (ค้นพบปลอมราคา Benjamini และ Hochberg, 1995) การออกแบบมาเพื่อควบคุมสัดส่วนที่คาดไว้ไม่ถูกต้องปฏิเสธสมมติฐานว่าง (ดู Pike, 2011 สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม)
การแปล กรุณารอสักครู่..

3.6 การวิเคราะห์การเปลี่ยนแปลงการกระจายสำหรับเราได้ออกแบบสอง null รุ่นเพื่อแก้ไขปัญหาซึ่งในกล้วยไม้หายไปและปรากฏตัวในพื้นที่ศึกษา ( ดู คอนเนอร์ และ simberloff , 1983 และ gotelli , 2001 ) รูปแบบในการประเมินว่า 1 ให้แต่ละหน่วยธุรการแสดงมากขึ้นหรือน้อยลงสาบสูญ และ / หรือ ปรากฏกว่าที่คาดไว้โดยบังเอิญ รุ่นนี้ไม่มีค่า permuted คอก / หายไป / ปรากฏป้ายชื่อของแต่ละชนิดในหน่วยการบริหาร เพื่อให้จำนวนหน่วยที่ได้รับชนิดมีเสถียรภาพได้หายไปหรือมีปรากฏขึ้นอย่างต่อเนื่อง แต่จำนวนของสายพันธุ์ที่คงที่ หายตัวไป หรือที่ปรากฏในแต่ละหน่วยธุรการอาจแตกต่างกัน ( A2 วัสดุเสริม ) ส่วนสมมติฐานว่างแทน โดยรุ่นนี้ระบุว่าหน่วยการบริหารที่สายพันธุ์กล้วยไม้มีเสถียรภาพได้หายไปหรือมีปรากฏเป็นอิสระจากชนิดหนึ่งไปยังอีก สมมติฐานทางเลือก พิจารณาว่าบางหน่วยอาจมีประสบการณ์มากขึ้นหรือน้อยลงสาบสูญหรือนัดใหม่กว่าที่คาดไว้โดยบังเอิญ เนื่องจากบางบริบทที่เฉพาะเจาะจง เพราะการหายตัวไปของรูปแบบเชิงพื้นที่ / ลักษณะอาจมีผลจากระยะทางสั้น ๆและชนิดกระจายจากข้อมูลจากสิ่งแวดล้อม ( legendre , 1993 ) เราบังคับเข้าป้ายชนิดที่จะมีโอกาสมากขึ้นระหว่างหน่วยใกล้เคียงกว่ากันระหว่างหน่วยที่ห่างไกล ระยะทางคำนวณบนพื้นฐานของพิกัดทางภูมิศาสตร์จุดเซนทรอยด์ของหน่วย ( Hardy , 2008 ; resamp.3t ฟังก์ชันของ spacodir ชุด R ) ดังนั้น การเบี่ยงเบนใด ๆจากรูปแบบ null ไม่ได้สิ่งประดิษฐ์เหล่านี้แหล่งที่มาของข้อมูล . นอกจากนี้ การกระจายของชนิดในช่วงเวลาคงที่ เช่น เข้าเกี่ยวข้องเฉพาะหน่วยการบริหารที่ชนิดเป็นปัจจุบันอย่างน้อยหนึ่งครั้งในระหว่างการตรวจสอบระยะเวลา เข้าเป็นเวลา 999 ครั้ง เราเทียบตัวเลขจริงของสูญหาย / สิ่งที่ปรากฏต่อหน่วยธุรการไปติดตะกร้อสถานการณ์แบบ null 1 เราประเมินความสำคัญของการเกินและปรากฏในหน่วยบริหารตามสัดส่วนของค่า null ที่รู้สึกว่าด้านล่าง สังเกตค่า ที่ให้ระดับของการทดสอบ เรายังประเมินว่ามีน้อยกว่าที่คาดไว้ โดยโอกาสสูญหาย / ปรากฏตามสัดส่วนของค่า null ที่รู้สึกเหนือพบค่า ขึ้นอยู่กับรูปแบบการโมฆะ 1 เราประเมินความสำคัญของชนิดในช่วงการเปลี่ยนแปลง ทางตำแหน่งเฉลี่ยของชนิดโดยเฉลี่ยค่าละติจูดและของหน่วยที่พวกเขาอยู่ในแต่ละช่วงเวลา ความแตกต่างของตำแหน่งระหว่างระยะเวลามาตรการชนิดช่วงเปลี่ยนในเรื่องสี่ทิศ . เราก็เทียบจากช่วงการเปลี่ยนแปลงที่สอดคล้องกันในการทำนายด้วยแบบจำลองว่าง 1แบบ null 2 อนุญาต การประเมินความสำคัญของหายตัวไปและปรากฏตัวในการกระจายของกล้วยไม้แต่ละชนิด เสถียร / หายไป / ปรากฏป้าย แล้วสับภายในหน่วยการบริหารระหว่างสปีชีส์ ในกรณีนี้จำนวนของสายพันธุ์ที่คงที่ หายตัวไป หรือปรากฏได้จัดขึ้นอย่างต่อเนื่องในแต่ละหน่วยธุรการ แต่จำนวนหน่วยที่เป็นชนิดมีเสถียรภาพได้หายไปหรือมีใหม่ที่ปรากฏอาจแตกต่างไป ( A2 วัสดุเสริม ) รุ่นนี้จึงอนุญาตให้ทดสอบว่าสายพันธุ์กล้วยไม้ที่พบมากขึ้นหรือน้อยลงหายตัวไปและ / หรือปรากฏในพื้นที่ศึกษามากกว่าที่คาดไว้โดยบังเอิญ ลักษณะที่น่าสนใจของรุ่นนี้คือมันขึ้นอยู่กับแนวโน้มคงที่ในหน่วยการบริหาร ดังนั้นผลของดินแดนของพวกเขาที่เฉพาะเจาะจงและวิถีภูมิอากาศบนตัวเลขชนิดต่างๆ / ลักษณะคงที่และเบี่ยงเบนจากแบบ null เนื่องจากพลวัตเปลี่ยนแปลงข้ามชนิดกล้วยไม้ เป็นรุ่น 1 รุ่น 2 พีชคณิตเกี่ยวข้องเฉพาะหน่วยการบริหารที่ชนิดเป็นปัจจุบันอย่างน้อยหนึ่งครั้งในระหว่างการตรวจสอบระยะเวลา เข้าเป็นเวลา 999 ครั้ง สำหรับการวิเคราะห์ที่เฉพาะเจาะจงของการหายตัวไปของ / ลักษณะตามคุ้มครองสถานภาพของชนิด , มีเสถียรภาพ / หายไป / ปรากฏป้ายถูก permuted ของหน่วยการบริหารจากฝรั่งเศสเท่านั้น ที่เราใช้อยู่ โดยเฉพาะการป้องกันฝรั่งเศสรายการ ในกรณีของการป้องกันในระดับภูมิภาคชนิดมั่นคง / หายไป / ปรากฏป้ายเป็นเพียง permuted ของหน่วยการบริหาร ( เช่น ' ' D . . . partements ในฝรั่งเศส ) เป็นภูมิภาคที่ระบุชนิดได้ว่า ' ป้องกัน ' สถานะเราปรับ p-values หลายเปรียบเทียบระหว่างหน่วยการบริหารชนิดหรือเพื่อหลีกเลี่ยงภาวะเงินเฟ้อ artifactual ของความผิดพลาดประเภทที่ 1 p-values ปรับข้อมูลโดยวิธี ' FDR ' ( เท็จค้นพบและอัตรา benjamini hochberg , 1995 ) ที่ออกแบบมาเพื่อควบคุมคาดว่าสัดส่วนไม่ถูกปฏิเสธจากสมมติฐานโมฆะ ( เห็นหอก , 2011 สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม )
การแปล กรุณารอสักครู่..
